忍者這個稱謂是在日本江戶時代開始有的，不過忍者的曆史從更為久遠的時候便開始了。據說在日本首次派遣“忍者”完成任務的，是德聖太子。在當時，忍者被人們稱為“誌能便”。根據時代和地點的不同，有各種各樣的稱謂以下是各個時期忍者的當時的稱謂：飛鳥時代：“誌能便”；奈良時代：“斥候”；戰國時代：叫法甚多，流傳最廣的叫法是“亂波”，這是武田信玄給起的名字；江戶時代：“忍者”。
雖然是在江戶時代正式確立了名字，但是正是從這一時代開始日本進入了較長時間的德川家族統治的和平時期，在曆史的舞台上的活動變得越來越少。由於失去了活動的舞台，使得忍者在曆史的舞台上漸漸地消失。以至於許多的忍術失傳。關於忍者活動的最後記載是在1637年“島原之亂”中，忍者曾作為幕府的部署作戰。
忍者的工作，主要是為主君進行秘策、破壞、暗殺、收集敵方前線情報、攪亂敵方後援基地……等種種諜報活動。 由於生前必須隱姓埋名，過著終生見不得天日的生活；更不能留下隻言片語，以免日後東窗事發，因此，日本忍者的起源，到底該回溯到哪個時代？沒人敢斷言。不過，忍術秘本中，留有聖德太子（五世紀末至六世紀初）身邊有位名叫「大伴細人」的忍者的記載。
目前，日本各地雖有無以數記的忍術流派，但是，追根究底，畢竟還是會回到伊賀（三重縣西北部）、甲賀（滋賀縣南部）兩地。兩者祖先是同一家人，雙方之間大部份也都有親戚關係。隻是，彼此的雇主（主君）若是敵對關係的話，他們便不得不同室操戈，甚或演變成兄弟鬩牆的結果。
忍術
忍術在日本戰國時代盛行一時是因為其極強的實用性。忍術是古代日本忍者所掌握的整套完善的間諜情報技術體係，包括有：追蹤、偵察、諜報、保鏢、暗殺等多方麵的內容。忍者技藝超人，擅長使用劍、鉤等各種兵器與飛鏢等暗器；他們能飛簷走壁，在沙地上飛跑不發出一點聲響；在水中屏息可長達五分鍾，如用特殊器具可在水底待上一天一夜；他們善於在水麵和水底搏鬥，甚至能潛到船底，偷聽船上人的對話……這種種的超人技能是通過非人的磨練才能習得的。