由于出现了连续二次事故，华军的核打击造成的损失非常严重，但是，由于爆心距离华军想要打击的主要目标比较远，核弹头对军事目标的打击效果并不明显。
圣迭戈几个美国海军和空军机场上停留在跑道或停机坪上的飞机全部损毁，暴露在开阔地上的人员损失惨重，一些简易布置的高射火力炮位和正在空中进行训练的教练机不对全灭。
而防护良好的机库基本没有损失，码头上的反潜舰队和海军工厂设施损失微乎其微——爆炸后只有一艘手忙脚乱的护航驱逐舰和一艘反潜拖网渔船相撞，后者沉没，前者轻伤。
核爆对军事人员造成的直接杀伤不超过2000人，而且其中很大一部分还是当时暴露在无防护地带的辅助军事人员。
不过，很显然，对于圣迭戈这样的地方，华军不打算只丢一枚核弹就收手。
蘑菇云在圣迭戈上空升起后，华军立刻按计划对圣迭戈进行了第二次核打击——这一次，如麦克阿瑟的设想，攻击载具是一架无人大型水上飞机。
按照中国海军的战术想定，直接使用大型无人机进行核攻击的成功率很低，因为美军在西海岸有完善的雷达防空网，水上飞机速度太慢，会被直接拦截。
但是先用无法拦截的弹道导弹进行首次核打击后，美军机场上暴露在外的飞机和高射武器都会被摧毁，而且其雷达系统、通讯系统都会受到核爆影响而无法发挥作用。
也就是说，这个时候，美军不具备空中拦截能力，即使无人水上飞机这样慢速目标，也可以轻易达成目的。
事实也是如此，这架水艇7大型水上飞机从一艘专门改造的水上飞机母舰带到圣迭戈附近，然后在海面上启动，由两架舰攻九遥控，直接飞往圣迭戈海军基地，在其上空500米处自爆。
于是圣迭戈上空在一天之内升起了第二朵蘑菇云！
强烈的爆炸，把停在港内的所有军舰和商船一起扭成废铁，四艘护航航空母舰全部被摧毁，一艘1300吨级护航驱逐舰被冲击波扔到了距离泊位将近800米外的岸上，像是标枪一样击穿了属于美国海军的一座办公大楼！
两次核打击间隔两个小时，第二次核打击之后又过了两个小时，大致是6月1日上午8时30分左右，执行侦察检测任务的华军舰轰十飞临圣迭戈上空评估核打击效果。
这些侦察机得出的结论是，圣迭戈美国海军舰队基本全灭，城市损失40%左右。
但海军方面依旧不依不饶，同一天下午14时40分，预计核爆污染已经很难对己方进攻部队造成什么损害后，舰队出动886架舰载机对圣迭戈所有美军机场和港口进行常规空袭。
华军的攻击目标分配是：俯冲轰炸机挂载800公斤炸弹攻击机库和仓库等半永固目标，并对可能幸存的敌人军舰补枪。
鱼雷轰炸机挂载1000公斤炸弹水平轰炸城区工厂、海军工厂等面积较大的目标。
不过，机群飞到目标上空的时候，带队的指挥机发现被核弹直击的港口已经找不到合适的目标了，于是负责轰炸港口的俯冲轰炸机部队又转向机场方向。
实际上圣迭戈的几个机场也没有太多目标可以攻击了，因为所有暴露在外的目标都已经被两次核爆摧毁，剩下的只有机库、航站楼等固定目标。
安全原因，这个时代的舰载机不会带着炸弹返航，因此许多舰轰十不得不反复攻击同一目标。
当然，也有些中队觉得没必要在已经确定被摧毁的目标上浪费弹药，因而又转向鱼雷轰炸机负责的工厂目标。
但是机队到了之后才发现，这里因为靠近第一枚核弹的爆心，可供攻击的目标还不如机场那边多，以至于很多鱼雷机都已经转向市区随便找地方扔炸弹去了。
实际上，最终，在圣迭戈挨到最多炸弹的，还是市区平民建筑。
华军的炸弹没有丝毫留情，核爆后仍在努力工作，试图降低损失的美国残存救火队员和尝试维持秩序的警察成了华军轰炸的主要目标。
而且趁着这一天天黑之前最后的几个小时，华军还出动了1016架次的第二攻击波，结果这次攻击最终也把大部分炸弹扔在了市区。
华军对圣迭戈的反复攻击一直持续到天黑，在1946年6月1日儿童节这一天，华军对这座城市实施了两次合计4.7万吨当量TNT的核攻击，另外还出动2000架次飞机投下了7000多吨炸弹。
由于华军的常规炸弹杀死了大量救灾人员，而周边城市的救灾人员也拒绝冒着华军可能的轰炸风险前往圣迭戈救灾。
结果，核爆、煤气管道爆炸、油库爆炸和弹药库爆炸等多种原因造成的大火变得彻底无法控制，烈焰蔓延全城，整个圣迭戈，所有能够燃烧的东西都在燃烧，以至于有些钢筋混凝土建筑居然也被烧塌，无数核爆中的幸存者又被大火吞噬。
实际上，直到6月4日，美军确定华军舰队已经北上开始袭击洛杉矶后，周边其他城市的救援人员才壮着胆子进入圣迭戈开始救灾。
而此时大火已经变得完全无法抑制，因此一直到6月27日，城市火灾在烧无可烧的情况下才勉强被扑灭。
此时，圣迭戈的损失到底有多大，已经无法计算，即使美国自己，也只是在战争结束十年后，才公布了一个模糊的结果：
1946年6月1日到27日，华军核攻击、轰炸和持续火灾，最终造成圣迭戈87%以上的建筑物被破坏，死亡、失踪225000人，受伤40万人。
此外，驻留在圣迭戈的反潜舰队完全覆灭，在这个重要军事基地驻防的400多架飞机，近百门高射炮，十多部各种型号的雷达也全都被毁灭。
经济损失，保守估计在10亿美元以上——40年代的10亿美元！
而且，圣迭戈的灾难实际上并未就此结束，华军核攻击造成的辐射病还将在未来几年内杀死数以十万计的美国人。