孙传庭离开前一天，将圣旨交给黄龙。
黄龙接过圣旨，原来是要黄龙的部队接管鞍山和辽阳的防务，维持两地秩序，特别是不准出现民间仇杀；整军一个月；同时配合当地政府取消包衣奴才，恢复包衣奴才的自由身份；当地权贵按直系亲属三代内每人保留10亩田地，多余的土地予以没收，分给当地无地百姓。
袁崇焕的第一军区要整军一个月，崇祯将收复辽东的任务先交给禁军新军三个军。
孙传庭将鞍山和辽阳防务移交给黄龙的部队。第二天，孙传庭、卢象升和刘兴祚带领禁军新军第一军、第二军和第三军开始了收复辽东之路。
皇太极10万大军在蓟州被全歼，阿敏的5万大军在大凌河堡被歼灭，沈阳的1万留守部队被歼灭，后金的精锐基本上被全部消灭。
还有鞍山和辽阳的三千多留守部队被歼灭，整个后金20万大军只剩下不到3万5000左右的留守部队，包括归顺后金的诸蒙古部落。
后金还占领的城池，每个城池的留守部队最多差不多只有千人。
禁军新军第一军、第二军和第三军分成左、中、右三路，先西进，七天的时间就打到了鸭绿江边。
朝鲜国王李倧得知明军收复辽东，打到鸭绿江的消息，亲自带领群臣到江边欢迎明军。
禁军新军第一军、第二军和第三军又分成左、中、右三路。一个月的时间，打到了乌苏里江。
然后三个军分成上中下路，在长城外西进。
林丹汗在宣大府外得知明军打过来的消息，带着察哈尔部过了黄河，跑到了青海。
禁军新军第一军、第二军和第三军已经作战有半年多时间了，崇祯命令三个军不用追击，在赵城驻扎休整。
禁军新军第一军、第二军和第三军每占领一个地方，就设立郡县，取消包衣奴才，恢复包衣奴才的自由身份，并且把牧场和田地分成牧民。
后金既然已经不复存在，在蓟州收押的2万7千余名俘虏也可以处理了。
看押的官兵告知俘虏，后金已经没有了，现在所有的俘虏都是大明的子民，家里的牧民都分到了牧场和田地。愿意回去的发放路费和干粮，自己出关回去；愿意留在关内的，由政府分田地安置；愿意继续当兵的，由国防部来安排。
最后有2万余名俘虏愿意继续当兵，有6000余名俘虏要回家，还有1000余名愿意留在关内。
崇祯决定将2万余名俘虏编成两个军，每军一万人，番号为禁军新军第四军和第五军，第四军军长为虎大威，第五军军长为猛如虎。两个军移驻赵城，接防禁军第一军和第二军和第三军。
禁军第一军、第二军和第三军出征时是1629年的10月，回到驻地已经是1630年的7月。离开驻地时，寒风习习；回到驻地，则是单衣。
1630年2月，崇祯和孙承宗返回京城。
毛文龙于同年3月回到京城。到国防部报到时，毛文龙看到同仁们看他的眼光都非常奇怪。
毛文龙到孙承宗那述职，双方简单寒暄了几句。
毛文龙问道：“不知道怎么回事，今天大家看我的眼光都奇奇怪怪的。”
孙承宗沉思片刻说道：“有一件事，一直没有跟你通报。“
孙承宗停顿片刻，盯着毛文龙说道：“你家里人出事了。”
毛文龙不由一惊，说道：“我家里人出什么事了？”
孙承宗说道：“今年1月份，你的儿子毛承䘵和三个干儿子孔有德、耿忠明、尚可喜在鞍山兵变，随后被平定。孔有德和耿忠明畏罪自杀，毛承禄和尚可喜被擒获，现在关在京城的大牢里面。”
毛文龙似被什么重击，瘫坐在椅子上，他知道兵变意味着什么。过了好一会，毛文龙才缓过神来，问道：“到底怎么回事？”
孙承宗把兵变的前因后果给毛文龙讲了一遍。
毛文龙顿时老泪纵横，说道：“都怪我害了他们，如果我以前严格治军，也不会是现在这样的结局。”
孙承宗递给毛文龙手帕。
毛文龙哭了一会，止住了眼泪，说道：“圣上会怎么处置毛承䘵和尚可喜？会凌迟处死吗？”
孙承宗说道：“两人作为兵变的头领，死罪肯定难免。但圣上已经颁布圣旨，废除凌迟、腰斩之类的残酷刑罚。肯定会给两人留个全尸。”
房间一时陷入了沉默。
过了好一会，毛文龙说道：“等这两人执行了死刑，我准备回杭州老家，落叶归根了。”
孙承宗说道：“国防部需要毛副部长这样有丰富作战经验的将军。”
毛文龙说道：“孙正相你就别宽慰我了。事情明摆着，调我到国防部当副部长，是明升暗降。应该怕我因犬子的事，有不轨之心。既然圣上对我的信任打了折扣，再留下来，就只会是混日子。再在国防部待下去，也没多大意义。”
孙承宗只能静静地听着，这时候又能说什么呢？
毛文龙叹了一口气说道：“戎马了一生，该回家过几年安逸日子了。”
确实，有了毛承禄、孔有德、耿忠明和尚可喜四人的兵变，不可能再把实权特别是可以调动军队的权力交给毛文龙。而且有了儿子毛承禄和孔有德、耿忠明、尚可喜三个干儿子的兵变，以后在国防部开展工作，其他部门或人员是否愿意配合，也是大打问号，工作难开展是确定的。
信任出现了裂缝，在双方还没有撕破脸时辞职回家，也许是最好的安排。
毛文龙到大牢先见了毛承禄。
毛承禄见到毛文龙，跪地哭道：“父亲救我。”
毛文龙破口大骂，说道：“你老子我怎么会有你这个软蛋儿子？杀头不过头点地。早知今日，何必当初。”
毛承禄哭着说道：“儿要被凌迟处死啊。”
毛文龙抺着眼泪说道：“孙正相亲口给我说了，圣上已经取消了凌迟、腰斩等酷刑。会给你留个全尸。”
毛文龙又去见了尚可喜。
尚可喜跪倒在地，说道：“感谢干爹来看我。”
毛文龙眼含泪说道：”好孩子，都怪干爹没有管好你，害了你。”
尚可喜说道：“现在的一切都是我咎由自取，感谢干爹以前对我的照顾。“
毛文龙把戴着脚镣手镣的尚可喜紧紧抱着，男人之间，有些话不必多说。
毛承禄和尚可喜被枪决，留了全尸。毛文龙将两人安葬后，辞职回到杭州老家，再也没有离开过杭州。
林丹汗带着自己的部队成为了流寇。
1633年塞外大旱，粮食严重短缺。林丹汗部队内部出现了人相食的情况。其旗下的大头目塔什海、虎鲁克寨桑、巴达西寨桑等率领部众向明朝投降。
1634年，林丹汗在逃亡途中死于天花。
1635年，因被虎大威的禁军新军第四军和猛如虎的第五军追击的走投无路，林丹汗儿子额哲和母亲苏泰太后，向明朝投降，并献出后元传国玉玺。至此后元灭亡。
大明、后金、后元三国在1635年终归一统。此为后话。