故事得從唐曉磊的爺爺說起，關於曉磊的爺爺——他可是一個了不起的人，爺爺生前留下了一本又舊又厚的科研筆記，記錄了自己一生的密碼。直到某一天它落到了唐曉磊手中，這本筆記便似乎找到了自己新的主人，曉磊開始對它愛不釋手，在他看來那是他爺爺流傳下來的一筆寶貴的財富。爺爺生前曾是國內著名的自然科學家兼探險家，雖然他生平窮困潦倒，但卻樂觀開朗，總是對生活充滿了無比的熱情。
爺爺時常喜歡獨自一人待在一間靜謐的休息室裏，他在裏頭做些什麽呢——思考各種謎題、研究各種知識、描摹各種邏輯草圖……這些都是他喜歡幹的事情。
後來不知怎麽的，爺爺在一夜之間宣告他要在科研界金盆洗手。他離開科研界之後，開始周遊全國，到處去探幽尋秘，他所到之處，必定要記錄他觀察到的各種神奇的現象。可不幸的是，在最後一次旅行途中，他途經惡龍湖時，突然肺癌病發，逝世在當地一位漁民的家裏。
而事實上，在這本破舊的筆記裏，爺爺開頭就介紹了自己金盆洗手的原委。原來當初爺爺之所以退出科研界，是因為他罹患肺癌，而當時檢查出來時，已經是癌症晚期了。當他得知這個消息時，頗為震驚，事後他也並未告訴任何人，為了在生命的最後章節裏譜寫出一段華麗的樂章，爺爺決定去周遊全國各地，像明朝的地理學家徐霞客一樣，四處探幽尋秘。
爺爺在去世時，隻留下了他生前用過的一台電子顯微鏡、一副放大鏡和一把小提琴。而爺爺後期的奔波勞碌，也是延續了他科學家的風尚，為了破解人世間那些神秘的疑題，還原那些讓人匪夷所思的真相。
所以每探尋到一個秘密之後，爺爺便喜歡詳細地將整個探秘的進程記錄下來，他將自己曆經過的事件一五一十地記錄在這本厚厚筆記本裏。比如裏麵就記錄了惡龍湖裏麵的水怪、西方神話傳說中的吸血蝙蝠……一係列看似神秘而又不可思議的未解之謎，然而當他揭開那些神秘麵紗之後，真相往往又在人的想象之中，是那麽的合乎常理。