在“大屋顶”问题上，梁思成打破了多年形成的观念，由批评转变为接纳，但接踵而来的问题很快使他陷入自相矛盾的旋涡中。
众所周知，当时的中国，因为多年战争破坏的影响和新政权的发展，对新建筑的需求很大。政府各部的机构需要办公室，其他的许多大学需要学生宿舍，旅馆、礼堂、研究所、博物馆和工厂等等也都需要大房子。但是，经过正规训练的建筑师严重不足，在时间紧任务重的情况下，建筑师们响应苏联的“民族形式”号召，走上模仿中国传统宫殿式建筑的道路，也是难以避免的事。
对此，梁思成表现出强烈的忧虑，他反复提醒建筑师们说：“设计民族形式的建筑时，不是找几张古建筑的照片摹仿一下，加一些民族形式的花纹就可以成功的。在设计工作中应用民族形式，需要经过深入和刻苦的钻研，新中国的新建筑必须从实际创作中产生出来，而且必须经过一段相当长的摸索时期……这时期的长短决定于我们对于民族建筑传统和规律的掌握的迟速。不掌握规律，不精通，不熟悉，只是得到皮相，或生吞活剥地临时抄袭和硬搬，就难有成就。所以努力向祖国建筑遗产学习是创作的一个先决条件。”
尽管梁思成的本意是对建筑民族性问题的大胆尝试，使“大屋顶”建筑能在建筑界引起广泛的争鸣，继而不断推陈出新，涌现出更多、也更成熟的建筑设计方案。但是由于当时没有成功案例可供大家借鉴，包括梁思成自己也还在探索中，所以仿古建筑还是风行一时，遍布全国。但是与普通建筑而言，仿古建筑的成本高出许多，这对于在“一穷二白”基础上搞建设的新中国来讲无疑是沉重的负担。
这一问题很快引起了中央的关注。与此同时，苏联建筑界也随着政治领导人的更迭而转变了风向。斯大林去世后，1954年赫鲁晓夫召开了第二次全苏建筑工作者会议，会上他严厉批评了建筑设计中的复古主义、浪费和虚假装饰问题。
既然苏联老大哥已经做出了榜样，向苏联学习的中国小兄弟自然不甘落后，很快就发起了一场对建筑业“形式主义和复古主义”错误倾向的批判运动，并将其拔高到阶级斗争的政治高度。批判就要有靶子，尤其是这种政治批判。作为建筑学界的权威，国际知名的古建筑研究专家，又是建国初期探索、研究建筑的民族风格的积极倡导者，梁思成无疑成了首选。
在1955年4月《文艺报》发表的《反对浪费国家资金的建筑设计》一文中，不点名地指出“资产阶级的建筑设计思想却打起所谓‘民族形式'的假招牌，说‘建筑首先是艺术’，以及‘我是以创造美去为人民服务的！’引导人们走向盲目抄袭的复古主义。他们从‘清式’‘辽式’毫无批判地抄来一套所谓‘法式’，不管建筑物的性质用途如何，将宿舍、办公室、学校、礼堂造成大大小小的宫殿和庙宇，用大屋顶、飞檐、石栏杆、毫无意义地在钢筋水泥的墙柱上涂漆描花，还装上斗拱、假梁假柱。”
当时任职北京市委办公厅城市规划小组成员的陈干便还联合其弟、时任中央新闻纪录电影制片厂会计科长的高汉在《新建设》杂志上发表了《论“法式”的本质和梁思成对“法式”的错误认识》，直接将矛头对准梁思成的扛鼎之作《营造法式》研究不惜歪曲事实，认为梁思成“歪曲了‘法式’的本意，阉割了‘法式’的精髓。”
这篇文章称：梁思成在斯大林和毛泽东同志，以及一些苏联专家的著作中寻找证据，以他们的词句来装点自己。就这样他以各种巧妙的方法和堂皇的形式，终于形成了一股片面强调‘民族主义’的逆风。中央甚至指定彭真负责，在颐和园畅观楼组织了专门批判梁思成的写作班子。参加的人有各部局的，也有北京市委宣传部部长等，共写了一百多篇批判文章，在这样特殊的政治环境下，梁思成的一些老朋友、老同事，甚至是学生，或岀于强大的政治压力，或岀于明哲保身的无奈想法，或出于投机专营的卑劣心态，竟然也公开加入到批梁的队伍中来。比如，曾经与他密切合作共事10多年的“战友”刘敦桢在《建筑学报》上发表了一篇名为《批判梁思成先生的唯心主义建筑思想》文章，文章是这样写的：梁思成“片面强调艺术忽视适用和经济的错误偏向”，是“资产阶级唯心主义思想的具体表现”，而“关于保护古代建筑纪念物方面，梁先生提出所谓‘古今兼顾，新旧两利'的方针，在实际工作中几乎为保存古物而保存古物，不顾今天人民的需要与利益，反对改变原来城市的面貌，严重地妨碍国家建设事业的发展。”
令梁思成同样感到痛心的，除了来自好友的批判外，还有来自清华建筑系的批判。清华建筑系是他亲自创办，并为之付出了无数心血的地方，但是在那个人人自危的年代，有几人敢说真心话呢？于是清华建筑系的师生们在压力和“正统思想”影响下，也开始批判梁思成。
对此，梁思成的一名学生后来这样回忆说：当时也闹不清梁先生错在哪里，把钱浪费在大屋顶上的确不对，虽说建筑界复古主义、形式主义的设计偏向，梁先生‘有不可推卸的责任’，但也不是梁先生一声令下，全国就都能照办，他还没有那么大的威信吧？中央的政令要自上而下地贯彻，也不会这样快当吧？本来属于正常的学术理论上的问题，完全可以通过探讨和争鸣得以解决，并很好地促进学术思想的进步，但用这种运动的方式来处理问题，无论是对梁思成本人还是对广大建筑系都是有弊而无利的。在巨大的压力下，梁思成无奈地屈服了，1956年2月3日，在全国政协二次会议上，梁思成作了公开检讨，他说：“过去20余年中我写了许多关于中国建筑的调查报告、整理古籍、中国建筑历史、都市规划和创作理论的文章和专书。这些文章和理论的一贯特征就是主观唯心主义、形而上学的；我所提出的创作理论是形式主义、复古主义的。”
在都市规划和建筑设计上，我却一贯地与党对抗，积极传播我的错误理论，并把它贯彻到北京市的都市规划、建筑审查和教学中去，由首都影响到全国，使得建筑界中刮起了一阵乌烟瘴气的形式主义、复古主义的歪风，浪费了大量工人农民以血汗积累起来的建设资金，阻碍了祖国的社会主义建设，同时还毒害了数以百计的青年——新中国的建筑师队伍的后备军。我对自己的错误是长期没有认识的。这是由于我的思想感情中存留着浓厚的封建统治阶级的‘雅趣’和‘思古幽情’，想把人民的首都建设成一件崭新的‘假古董’，想强迫广大工人农民群众接受这种‘趣味’，让他们住在一个‘保持着北京原有的城市风格'的城市里。我之所以走上错误的道路是因为我的错误的立场、观点、方法使我脱离了党的领导，脱离了群众，走上了错误的道路，为人民带来了损失，造成了祖国建筑的障碍。这才使我体会到技术是绝对不能脱离党的领导的，脱离了党就必然要犯错误。
我要像一个初进学校大门的学生一样，努力学习，学习马克思列宁主义，进行自我教育，提高自己的水平，重新认识建筑，重新认识遗产；重新开始我的工作，贡献自己的力量……我要和那个资产阶级唯心主义的故我进行坚决无情的斗争。我一定要把自己改造成为一个红色专家，红色教师。
公开检讨之后，梁思成也许是真正认识到了中国共产党的伟大、光荣和正确。几天后，他便委托周恩来总理向毛泽东呈送了一封感情真挚的长信，强烈要求加入中国共产党。随后，经过许多领导人的同意，终于在公元1959年批准梁思成加入了中国共产党。至此，针对梁思成关于“大屋顶”的批判算是基本结束了。但是，可悲的是，从此以后，作为一名著名的建筑学家，梁思成再也无法自由自在地发挥自己的才智，学术上的黄金时期也在无休止的政治运动中戛然而止了。