出师遇挫，让曾国藩很没面子。
就在曾国藩发布了《讨粤匪檄》后，正踌躇满志、跃跃欲试的之时，西征的太平军卷土重来，势如破竹。遮天蔽日的战船逆流而上，接连攻陷了湖北的汉阳、湖南的岳州等军事重镇。接着，太平军的船队由汉阳而攻击金口、新堤，转而由岳州攻取湘阴，“上踞”靖港，“扰陷宁乡”。
东南危机的奏折一道接一道地呈到咸丰帝的龙书案上，弄得他整天“宵旰东南”，寝食难安。
咸丰帝看得很明白，那些驻守东南的督抚大员们和曾经骁勇善战的八旗兵是毫无指望了，唯一能够挽救危机的只有曾国藩一人。咸丰帝一遍又一遍地给曾国藩发谕旨，无奈地说：“此时惟曾国藩统带炮船兵勇，迅速顺流而下，直抵武汉，可以扼贼之吭。此举关系南北大局，甚为紧要。此时水陆进剿，专恃此军。该侍郎必能深悉紧急情形，兼程赴援”[16]。
清军的无能让曾国藩震惊，他哀叹道：“陆路官兵溃散极多，水陆之师竟至全数溃散。唐树义[17]业已殉难，船只、炮械尽为贼有。东南大局，真堪痛哭！”[18]
曾国藩兵抵长沙，调集部队抗拒太平军。先是王鑫乔口获胜，接着储玫躬破敌于宁乡。太平军败退，曾国藩命令水陆大军乘胜追击。
胡林翼原本是奉吴文镕之命由贵州前来增援湖北的，听说吴文镕战殁，水路又被太平军阻断，进退难矩，被曾国藩留在了湖南。曾国藩把这件事与近日的胜利消息一起上奏给了咸丰帝。没想到，咸丰帝对区区小胜非但不感冒，而且很不满，仍然要求曾国藩“驰赴下游，迎头截剿”。
前有咸丰帝一道道“务须赶紧前进，勿稍延误”“何以退守”“迅速前进，无稍迟延”的谕令，后有烽烟四起的匪情，弄得曾国藩疲于奔命，穷于应付。最后，太平军退出岳州，曾国藩水陆大军随即开进。咸丰帝对曾国藩退守岳州更是火冒三丈，质问曾国藩为什么反退不攻。
曾国藩向咸丰帝解释了近况，言称现驻扎在岳州，“搜查湖汊余匪，就近剿办崇（阳）、通（城）股匪”，待上游肃清以后，即赴下游。这样做，“庶无彼此牵掣之患”[19]。
理由倒是入情入理，冠冕堂皇，而实际上，曾国藩是想把自己的防御重点放在湖南，并借此休养生息，减少损失。
曾国藩的想法的确不错，但是老天爷不帮忙。
是月初五，曾国藩派战船搜查西湖馀匪，卫千总邹国彪遇到火袭，因烧伤而亡。初七，北风大作，停靠在岳州湖畔的战船、辎重船被漂沉了二十四艘，撞损数十艘，淹死的水勇和夫役不计其数。还未正式开战，一阵大风就差不多摧毁了刚刚有了点模样的水师。曾国藩欲哭无泪，痛心疾首。
曾国藩这边正为水师的损失直拍大腿，那边咸丰帝的上谕又到了，而且口气森严，好像给曾国藩上课一般。
原来，湖南巡抚骆秉章屡次接到咸丰帝命他筹兵援鄂的圣旨。骆秉章在一份内奏中说，湖南现在没有多少部队了……现在太平军窜犯湖南，因而湖北的形势比较和缓，准备等湖南进剿的事儿办完，我即刻向湖北派兵跟踪追击太平军。
咸丰帝显然对骆秉章的本位主义不满。朱批道：……湖北现在尚有很多太平军。曾国藩的炮船原来就是为了肃清江面的，现在道路不通，可以暂时留在湖南剿匪，但也不能专门等着湖南的事情完了再缓慢地北上。湖南的事情一旦稍有头绪，仍然应该迅速赶赴湖北才是。曾国藩一向深明大义，谅他不敢只顾桑梓，而置全局于不问。北重于南，安徽、湖北重于湖南，这是不能改变的格局。
曾国藩无故遭到咸丰帝一顿教训，只能暗中憋气又窝火，心里的苦闷自然无处诉说。
太平军对湖北大举进攻，武昌城岌岌可危。咸丰帝屡屡饬令曾国藩“驰赴下游”，救援武昌。咸丰帝近乎哀求般地说：“此时得力舟师，专恃曾国藩水上一军。倘涉迟滞，致令汉阳大股窜踞武昌，则江路更形阻隔。朕既以剿贼重任付之曾国藩，一切军情，不为遥制。”[20]
咸丰帝虽然这么说，其实一天也没忘“遥制”曾国藩。但皇上是金口玉言，说什么是什么，作为臣子只有遵命的份儿，哪有拒绝“遥制”的胆量？
奉旨后，曾国藩忙命令水陆各营汇集岳州，待聚齐后东进。无奈天公不作美。竟然有四千水陆兵勇因大风而被阻滞在洞庭湖，无法按时赶到岳州。由于曾国藩已经派出一千八百人作为先头部队开赴平通，身边只剩下一千六百人，因突然遭到数万太平军的攻击而一败涂地。
同年三月初八，陆营王錱部推进至蒲交界的羊楼司，与太平军遭遇，其前锋受挫。心高气傲的王錱率大队随后赶到。太平军使出诈败之计，王錱不知其中有诈，在后穷追不舍。突然，太平军从四面杀来，令王錱难以抵挡，被打得溃不成军，狼狈地败退岳州城。初十一大早，太平军数千人马乘胜追来，直扑岳州城。此时，王錱所部已成惊弓之鸟，丧失了战斗力。驻扎在岳州城外的曾国葆、邹寿璋、扬名声等部皆因寡不敌众，纷纷败退城中。太平军趁势发起强大攻势，从三面把岳州城围得水泄不通。
初十日，得到信报的曾国藩，急忙调炮船奔赴岳州救援，救出城内的残兵败将后，败回长沙。
岳州兵败让曾国藩很上火，也很丢脸。想不到东征第一次大战就被太平军追着屁股打，弄得惨不忍睹。幸亏有了水师，否则的话不要说岳州城不保，就连败退至城里的湘勇主力也恐怕早就被连锅端了。
作为湘勇统帅，曾国藩不得不上奏咸丰帝陈诉岳州之战的过程，称遭此挫败后，“陆路既已失利，水军亦无固志。初七大风以后，各船损坏，力难应敌。诚恐轻于一掷，或将战船洋炮尽以资敌，则臣之罪戾尤重”[21]，并道：“尚未出境，即有此挫，皆由臣调度乖方所致，深负鸿慈委任！惭憾忧郁莫可名言！”[22]请旨交部治罪，甘愿承担兵败的全部责任。
曾国藩的主动退却，并没有赢得充分的喘息之机。尽管胡林翼、塔齐布打了几个胜仗，但总的危局并没有根本扭转，武昌以南的州县全部被太平军占领。随后，太平军直逼长沙。曾国藩急忙调集人马，拱卫长沙城。大战一触即发。