同治元年
鹹豐十一年十一月初一，慈安、慈禧兩宮皇太後“禦養心殿垂簾聽政”。慈安對政治不感興趣，謹守後宮之德。慈禧則野心勃勃，善於玩弄權術，可此時的她既缺乏執政經驗，在朝中又無根基，且還要應對內外危機，這些都不是她所能擔當的。垂簾聽政之初，慈禧將大政都托付給了小叔子奕訢。此時的慈禧“小心謹慎，不便明攬大權。但事事留心，以得政治學術之經驗。”
奕訢控製了內府、外廷、宗室，其權力之大，為清代前所未有。奕訢身上承載了諸多的期望，很多大臣將他比作周公，希望他能有所作為，使大清國擺脫內外困境，一舉振起。辛酉政變之後，奕訢在人事上做了諸多調整。十一月十八日，以曾國藩統轄江蘇、安徽、江西、浙江四省，巡撫以下各官都受曾國藩節製。十一月二十一日，祁寯藻、翁心存、李棠階等被閑置的大臣也被起用，肅順的黨羽陳孚恩則被革職發配新疆。
同治元年之後，兩宮皇太後名義上是垂簾聽政，實際上把一切都交給了奕訢。奕訢以議政王的身份主持軍機處，操控一切政務，“所承之旨，即軍機之旨。所書之諭，即軍機之諭。”恭親王奕訢以議政王身份在軍機處行走，軍機處的廷寄格式也發生了改變。軍機處所發廷寄，開首語書寫“議政王、軍機大臣字寄”字樣，突出了奕訢的政治地位。
奏折呈遞，慣例是先交到皇帝手中，再發軍機處。此時改由兩宮皇太後閱覽後，再發交議政王軍機大臣討論。軍機處討論妥當，於當日召見時將處理意見匯報給皇太後，然後再由軍機處擬旨，最終決定權仍然掌握在兩宮皇太後手中。此時軍機處所擬定的諭旨，慈禧隻是“偶有更動”，絕大多數情況都是順利通過。
軍機處雖有議事，大體上是恭親王一人說了算。奕訢大權獨攬，在軍機處內部具有決定權，各部對他也是極力奉承，揣摩他的心意行事。奕訢權力的擴大，讓慈禧有所警惕，特意命令各部，“一切應辦事件，各有專司，隻宜勘酌例案，不準多所揣摩。”又頒發諭旨，令言官對議政王、軍機大臣加以監督。