1311年，武宗的弟弟愛育黎拔力八達以皇太子身份主政，立即廢除了尚書省，捕殺了脫虎脫等人，在同年1月18日即位，是為仁宗。
仁宗在位的時候，國內局勢相對穩定。雖然對蒙漢之間的隔閡仍未消除，但他卻注意任用漢人中的南人，他在位期間，中書省先後擔當過中書平章政事和其他要職的漢人就有15位之多。他實行廢棄多年的科舉製度，命人用蒙文翻譯了《孝經》《烈女傳》《大學衍義》和《貞觀政要》等書。可以說，仁宗是繼忽必烈後，元朝十位皇帝中唯一的賢主。
仁宗統治前期推行漢法。首先，他力圖抑製諸王貴戚們的權力，以加強皇權。其次，仁宗想用儒術澄清吏治，強化政治的運作程序。
1313年4月，仁宗廢除了諸王封地。為防止鎮北親王們擁兵奪權，仁宗命駙馬醜漢出總北軍，加封為安遠王，並加強了居庸關的軍事守備。為澄清吏治，仁宗嚴禁近侍幹政，整頓選法，重用儒士。1314年，元朝舉行了實行科舉製度後的第一次鄉試。考試仍以對程朱理學、儒學等經典闡釋為判卷標準，用來推動理學的傳播普及。這一次科舉考試的意義很大，自從13世紀30年代元朝滅金，科舉取士製度在中原漢地停廢了近一個世紀，仁宗複科，對當時的整個社會都產生了震動性的效果，給漢族儒士帶來很大的希望。尤其是處於壓抑狀態中的士人，更把它看作是“文運將興”的標誌。不過元朝科舉取士的規模相當有限，對於真正改變當時的政治構成並沒有太大的作用。
李孟是仁宗統治時期的名臣。他是山西人，曾做過武宗和仁宗的老師，並且還擴充了“國子學”的教學內容，教出了不少蒙古子弟與漢人、南人子弟。成宗時李孟做過禮部侍郎，後來跟隨仁宗住在今河南沁陽。成宗去世後，他隨仁宗入京，在武宗海山的奪權過程中起到了一定作用。