至正十六年初時，由於方國珍部一直未真正降附元朝，因此在這年的二月，危機四伏的江浙行省便起用了劉基為行省都事，到次年又改任樞密院經曆，與行省院判石抹宜孫同守處州。
石抹宜孫是契丹人，此人嗜學問，好賦詩，為政頗有政績，贏得了治下百姓的一致愛戴。石抹宜孫不伐不矜，與劉基彼此性情、抱負相契，又都雅好詩賦，因此相互間十分推重。劉基曾在詩中讚歎石抹宜孫道：
綠 驊騮不服驂，王良造父亦難堪。
羨君名重中台上，勳業終光北鬥南。
露井淒風殘綠少，霜林落日亂紅酣。
侯封職在同藩屏，班爵無勞阿化男。
在當時的處州，日漸匯聚起一大批有識之士，除了劉基，還有胡深、章溢、葉琛等人，他們成為對手眼裏一股不可小覷的勢力，是浙東文士集團的典型代表，更成為元璋日後急欲瓦解、拉攏的對象。
劉基這次被起用，被賦予的權力甚大，可以自行募集義兵，捕殺那些拒招不從的民軍，因此劉基建立起了一支由自己控製的數千人的武裝。當時處州一帶的青田、麗水、鬆陽、遂昌、縉雲等縣都爆發了民眾起事，劉基赴任後便作下《諭甌括a父老文》，以此勸說那些起事的民眾停止對官府的反抗和對地方的騷亂破壞。與此同時，劉基為石抹宜孫籌謀讚畫，協助官軍鎮壓和招撫處州一帶的民軍，沒多久這些民軍就被掃**殆盡。
當時方國珍部經常在處州一帶出沒，四鄉八鄰的受害者不少。為了減少方國珍部的危害和遏製其擴張，劉基便向石抹宜孫建議道：“方國珍來往於海陸之間，出沒無常，我等應當在各要害之地多多修築城池，步步為營，以堡壘之策對方部賊寇形成壓迫之勢，逐漸縮小其生存圈子，乃至最終滅之。”
a 甌括，指處州和溫州。