普鲁士的改革并非只局限于社会、经济和管理体系。沙恩霍斯特和格奈泽瑙进行的军队重组也同样重要。经过耶拿一役，人们已经对过去建立在阶级体系之上的军队系统失去了信心。除此之外，拿破仑也逼着普鲁士的军队进行改组。1808年，他下令普鲁士军队减员至4.2万人。这正好是个改革的机会。因为常备军人数存在限制，所以每位公民都必须接受训练并学会使用武器。常备军人数严格限制在4.2万人，但民兵在穿上军装服过短暂的兵役后就会转为预备役；后备军成立，虽然直到1813年才正式组织了国土保卫战，建立了全国总动员机制。同时，正规军内部也进行了一些改革：年老、能力不足者被清退；阶级限制被废除，转而采用一套更好的晋升系统，军功至少在某种程度上成了晋升的标准；整个军队在训练、战术、枪支弹药上都有所改良。