一
细川军渡海到天草的同时，锅岛、立花、有马的军队也出动赴岛原，并与岛原领主松仓会师岛原城（现在的岛原市）下迎接幕府的征讨使板仓重昌。大军凡二万人。
“百姓的暴动有什么了不起！”
意气飞扬的板仓重昌率领大军一举攻向原城。
重昌命锅岛打先锋，但领主松仓长门守却请求说：“事情发生在我领土上，请由我军任先锋！”
重昌遂改令锅岛担任高冈地区的先锋，松仓任海边地区的先锋。
二万大军分海陆两路南下，逼向有马村的原城，但重昌及领主长门守等看见原城时，都不禁发出了惊呼声。
据闻，原城本是一座只留下石墙的已毁古城，但现在除城门外，还有一两座天守阁，已是一座高耸坚固的城堡，处处飘扬着染有十字的白旗。从附近各村收集的情报判断，固守城堡的叛徒达三万人，弹药、军粮也很充分。
十二月十日，以松仓军为海滨地区的先锋，锅岛军为高冈地区的先锋，有马及立花随其后将城堡团团包围，发出喊声。城兵毫不畏怯，激烈反击。攻城者伤亡枕藉，只得后退。
十一日及十二日又重整旗鼓进攻，结果仍然后退。本想一举攻陷城池，想不到竟如此艰难。
反之，城内暴徒却意气昂扬，认为预言应验，基督之世已将来临。首领是天童天草四郎时贞，环绕着他的参谋是芦冢忠右卫门、赤星主膳、会津宗印等十三名浪人，他们以四郎为中心召开军事会议。
又，步兵首领由大藏忠次、有马龟之丞、山田右卫门等十浪士充当，以五千人固守二丸；固守出丸的则为田岛刑部率领的三千人。大江口则由大矢野作左卫门率领附近五村的一万五千人防守。
此外还依法设立武者奉行、普请奉行、使番、夜回番头(15)、旗奉行等吏员，固守城池。板仓重昌等最大的误算是将这些暴徒看成一般老百姓，其实统领天主教徒的实是灵巧老练的浪人。
于是，久攻不下的征讨军每天开会，虚度了十多天。
二
对于大名军的久攻不下，德富苏峰在《近世日本国民史》中曾论述道：
一般而言，日本武力在前后七年的朝鲜(16)之役中已枯竭。肥原之役，东西两军虽奋力作战，其实已是强弩之末，至大阪之役尤甚。东军中，胆怯退缩者为数不少，奋勇作战的只是无所依凭的浪人。岛原之役是德川幕府最后的战争，究其实乃是不需要战争者的战争，爱惜生命者的战争，他们所以不能一举攻下原城，与其说是叛徒势力强大，毋宁说是征讨军势力薄弱。
这一批评可谓一针见血。武力如是薄弱，正可说是社会已逐步走向太平的证据。暴徒不管多杰出，终究是一个小地方事件，不像关原之战和大阪之役，一藩之命运全由此决定。该地的松仓姑且不言，其他各藩自初即抱着轻松的态度，只为获取功名利禄而出兵。
结果，序幕战的攻城完全失败，于是各藩军重整旗鼓，于十二月二十日掀开总攻击的火盖。这次也暴露了联军的脆弱，各藩为功名与面子而互争，终至作战计划无法付诸实施，而遭惨败。各藩只一味责备他藩，因而导致意想不到的混乱，军队的统率遂成为严重问题。
先是幕府已借相继而来的情报，认识了事件的严重性，发觉：“要统率九州粗犷的大名，收拾事态，非派遣更强有力的人物不可！”
于是以松平伊豆守信纲、户田左门氏铁为上使，兼程往赴岛原。
因此消息震撼最大的是板仓重昌。
“得将军信赖，担此大任，拥三万大军，竟无法攻陷一孤城，始有此次上使之任命。以武士而言，我有何面目生还江户？这次决以性命相搏，非攻下原城不可。”
板仓重昌满怀悲壮，翌年（宽永十五年，一六三八年）元旦开始了第二次总攻击。
这天，西北风凄厉，飞沙走石，难以逆风行走。黑暗中，各军悄悄逼近城墙，待黎明全军一齐攻城。
三
但是，这次期以必胜的元旦总攻击仍告失败。致败主因在于作战策略不能互相统属。全军本拟利用强风悄悄接近城墙，而后以上午八时为期，同时发动攻击。
但有马兵部大辅忠赖想抢先立功，于上午四时已杀至前门的墙边。选择这一天做总攻击日，主要是因为这一天是元旦，城里的士兵可能疏于防备，但不知何故，城兵却已听说这一天会攻城，正等待得有点不耐烦。
墙上推下了大木头与大石头，并放箭放枪，有马军瞬间被杀了千余人，遭受痛击而后退。其他军队在黑暗中听到呐喊声，却因预定时刻未到，而按兵不动，使有马军败得难堪。
时间一分一秒过去，终于到了预定攻击的八时，以锅岛为先锋，全军朝城门发动总攻击。可是，意气高昂的城兵奋勇作战，大开城门出击，征讨军大感意外而溃走。
板仓重昌挥动指挥刀，命令松仓道：“快回军先行！”
也许枪声厉害，无人敢继续推军前进。重昌只好奔至有马本营，但有马因拂晓之战，伤亡甚众，不肯反击。锅岛军此时亦阵亡两千多人，无力反扑。立花自初即有不满绕至后门，袖手旁观正门的激战。
重昌悲愤得扭曲了脸。
“既如此，只好由我领先……前进！”
重昌高喊往城墙策马直冲。见此情景，副司令石谷十藏及部下三百人跟随其后。拼死的重昌主从拨开弓箭，直冲向城堡的石墙。城兵见是总将，便纷纷出战，重昌手下勇敢善战，直逼石墙。
就在这刹那，石墙上投下的岩石，落到重昌头上，把头盔击坏。重昌倒下又迅即站起，正想爬上石墙。突然，一颗狙击弹飞来，穿越了他的胸部。
家人赤羽源兵卫、北川又左卫门、小村九兵卫奔驰而至，抱住重昌。重昌凝注城堡，叫声：“真遗憾！”便气绝而死。
四
松平伊豆守担任平贼上使，于宽永十四年（一六三七年）十二月三日从江户出发，十六日到大阪，十八日令人从大阪运输攻城用的大炮，十九日亲率从大名征调来的多艘军船，离开河口。
二十七日到达长州下关，次日渡海至丰前小仓。小笠原信浓守（忠真）当时仍在江户，由家老宫本伊织出迎，报告岛原的战况。
接着到了肥前寺井，正月二日欲渡岛原，因强风遇阻，至三日晨始抵岛原海边。在此得知元旦的大败与板仓重昌的死讯。四日，船抵有马，眺望原城。
另外，江户阁老接获重昌阵亡消息后，始为事态之严重而惊，乃下令留在江户的九州大名归藩，将军一一召见，加以鼓励。
谒见时，将军家光问小笠原信浓守道：“不在藩时，主持藩政的家臣是谁？”
“宫本伊织。”
“什么，谁是伊织？”
“是新聘用的人才，宫本武藏的养子。”
“你不在时，无论何事，都可无虑吗？”
“是的。”
将军与信浓守对答后，都莞尔笑了起来。这段对话是小仓藩古传说集《效颦集》中的插话，由此可见信浓守对伊织的信任。
细川忠利晋见时，家光趋进说：“信纲（伊豆守）已赴岛原指挥全军，但九州各大名，所能信靠者仅君一人。事实上，你是总将，望能速平贼徒！”
“承命！定不忝所托！”
忠利感恩退下，正月十二日离开江户，踏上归藩的旅途，二十五日安抵熊本，听长冈佐渡报告。
忠利对自己不在时，一切政务处理得井井有条，甚感满意，对捕得四郎母亲更觉欣慰。
“佐渡！”忠和端坐问道，“武藏还在小仓吗？”
“是。”
“速遣使到武藏那里。”
“遣使？”
“要使者请武藏前往我在岛原的本营。”
“是，遵命速办！”佐渡会心地微笑着说。
五
细川忠利即日由河尻搭船，于一月二十六日抵岛原本营。而聚集在大矢野的大军两万八千六百多人，由光尚率领，已于一月四日渡海至岛原，归松平伊豆守指挥，代板仓担任攻击城门的任务。
伊豆守到本营时，鉴于兵力不足，要求岛津、黑田、小笠原等雄藩派兵支援。岛津遣兵一千人，黑田遣军一万八千人支援。小仓的小笠原家也不待主君归藩，正月十六日以伊织为统帅，率军六千人参战。
从小仓到岛原，势须经过黑田、锅岛等藩的领地，因而有种种不便之处。但深谋远虑的伊织，已事前取得谅解，并在各停驻所预备了军粮，故能昼夜兼行，顺利通过，迅速赶到本营。
这时，武藏仍留小仓。他只是伊织的养父，与小笠原家并无公开关系。以局外人身份参加公家的军事行动，于理说不过去。
当然，伊织的破格任用，乃因背后有武藏支撑，所以武藏希望伊织能独自展现自己的本领。
“父亲，有什么须注意的吗？”
伊织启程时，向武藏征询意见，武藏只说：“没什么可说。尽力为之。”
伊织自己也充满自信。
“谢谢父亲。”伊织低头致谢，接着放低声音问道，“如果在那里遇见由利小姐，该怎么办？”
先前，与市已来函告知，公主已飘然前往岛原。
武藏抬眼说：“公主大概会贯彻初衷，去拯救在战祸中彷徨的孩子。”
过一会儿，他又说：“但这也要有个限度。不久，她也会被逐出岛原。如果公主还有意活下去，我想，肥后熊本才是她最后寄身之所。”
“好，我就这样劝她看看。”伊织说完后，松了一口气。
伊织率军启程后五六天，信浓守忠真从江户回到城里，武藏即时晋见。忠真侯也很了解武藏的身份，他只对武藏说：“武藏，这是久已未见的会战。如果你愿意，不妨去看看。肥后的忠利侯也决定亲临战阵。细川跟我藩不同，是岛原的邻国，很可能是军队的主力。多年未见，到本营去看看他，未尝不是好事。”
忠真侯说完话便启程赴岛原。
六
武藏是武人，又是活在这个时代的人，对岛原之乱当然不会不关心。可是，他毫无意思为试练自己的兵法而到战场去。战争是一种政治现象，而他所探求的却是现象底层的事物，亦即超越生死、超越胜败兴亡，俨然存在的某些事物。
所以，他纵使对藩士们的一举一动满怀兴趣与关心，也未想到岛原一行。可是，过了四五天，武藏突然接到佐渡的来信，使他内心不由得热了起来。
信里首述肥后藩的严重立场，接着写道：
务请赴岛原，与殿下一晤。此非佐渡一己之意，乃殿前意旨。
“好，那就走一趟吧！”武藏当场决定。其实，武藏从忠利的语意中已察知，此战，细川藩已处于他藩无法相比的严重立场，因而，对忠利的心境极为关注。
武藏即日从小仓出发，正月二十九日抵达原城外有马的细川阵地。是临时搭建，用木板围成的军营。他立刻晋见忠利，两人已四年未见了。
“是武藏。”
“噢，武藏，等你好久了。”忠利喜形于色。因在营中，他身穿胄甲，坐在板凳上，左右并坐着同样全副武装的寄之等武将与近卫武士。世子光尚在别的军营，不在身侧。武藏抬眼注视忠利的脸。据说，以前生过病，现在倒精神奕奕。
“尊体健康，至感欣慰。”
“嗯，你的精神也很好。”
“谢谢……”
“各位，这是武藏，是我特意邀来的稀客。各位，若有兵法及其他方面的问题，可尽情请教。”
武藏静静地环视一座，致意道：“请多指教！”
寄之及其他重臣大多认得，但年轻的近卫武士多是第一次见面，各人都张大眼睛望着武藏。
“武藏，你看我军中的情形怎么样？”
忠利觉得武藏的眼睛在探察，便问道。
“气宇轩昂，必胜无疑。”
“嗯，真的如此吗？我虽然前几天才到，但已看出他们各位都意气高昂，心志坚定。”忠利似乎非常满意。
七
这时，寺尾新太郎出现了。他已注意到武藏，却先单膝着地，向忠利复命道：“新太郎参见。卑职已将四郎母亲及家人，共四名送至伊豆守殿下本营。”
“辛苦了。一路都很老实吧？”
“是的，看来颇有感情，毫无慌张之色，并不时对本藩之温情厚意深表感谢。”
“嗯，虽是暴徒的家人，若不反抗，即应加以妥善处置，这是伊豆守殿下的方针。你们能以温情相待，我深感欣慰。”
忠利对此事很表满意。
“惶恐之至！”
新太郎两膝着地，平伏叩头。
“新太郎，过来。武藏来了哪！”
新太郎趋进向武藏行礼。“师傅，您好！”
“看来，你精神还满不错的哪！”
“是的。师傅，您也来了。”
“我是来参观的。呵，不，是想来看看殿下和你们的……家人可好？”
“都很好。这次也把求马助带来了。”
“哦，求马助……几岁啦？”
“过完年，是十四岁。”
“第一次上战场吧？”
武藏眯着眼问。忠利开口说：“新太郎，求马助是你的长子？”
“是的。”
“把他叫来，我要祝贺他初上战场。”
“是。”
新太郎感动地离去，不久就把求马助带来。虽然只有十四岁，却已长得相当魁梧，是个容貌端庄的美少年，身披绯色皮条的甲胄。
忠利开口说：“求马助，抬起头来。”
在入口处平伏于地的求马助，缓缓地把头抬起。
“到这儿来！”
求马助毕恭毕敬地往前行。
“新太郎，跟你少年时期长得一模一样哪。”
“惶恐之至。”
“求马助，会战即将开始，你可要立个大功，以庆祝自己初上战场哦！”
“是。”
“但，可不能急于立功，乱冲盲动呵。”
“是。”
“求马助，你认得武藏吧？去见见。”
求马助转身向着武藏。“师傅！”
“哦，你还记得？”
“是的。”
“你长得好高啰。兵法是向父亲学的吗？”
“是的。是向父亲和姑姑学的。”
“呵，是阿松吗？”
武藏已经很久没提到阿松的名字了。别来已有十多年，却显得特别亲切。她比一般人美丽，又如青年一般刚直，而且是个抱定独身主义的女中豪杰。她一直照顾阿通至死，也亲眼看见悠姬去世，跟武藏有特异的因缘。
八
“松小姐虽然是女流，却也是一个杰出的兵法家。你看来也很强。从今晚起，我住在你的军营里。此后，我教你兵法。”
武藏用目光抚慰着求马助，并鼓励他。
“是，师傅。”
求马助高兴得脸颊泛出红晕，兴奋得眼睛闪烁有光。
忠利也高兴地微笑道：“求马助，如果你初战立了战功，就任你做我的侍童。”
“谢谢殿下。”
父子为忠利这一席话，两手伏地叩头感谢。
武藏又加上一句：“我相信，求马助一定会担当重要职务。”
就武藏来说，这已是最高级的褒奖之辞。他似乎很喜欢求马助。
武藏见过忠利，便赴小笠原的军营拜望忠真。
“哦，你竟来了？是忠利殿下邀请的吧！”
忠真说破了武藏的心思，微微一笑。
“诚如尊言。”
“我这里有伊织，你可以尽量帮助忠利殿下。”
“惶恐之至！”
武藏很了解忠真对自己的情意，但对伊织深获君侯的信赖更觉满意。伊织也非常高兴父亲到了岛原。
武藏对伊织并没有特别交代的话，遂告辞回到新太郎的军营。入夜后，以山东、野田、宫胁等以前所谓的武藏五人团领先，其他认识的人都一齐来见武藏。以绘画出仕的矢野三郎兵卫吉重（幼名三十郎）也在其中。
武藏跟他们闲聊时才知道，以前的门徒小河权太夫已出家，法名露心。
夜深了，众人皆已归去，只剩下武藏与新太郎父子三人。这时，伊织独自来见武藏。
自出兵以来，伊织还未见过新太郎，彼此互道久别后，伊织对武藏说：“父亲，今天派家臣去勘察城外的村庄与地形，据他们报告说，有个类似公主的女人住在附近村里。”
“噢！”武藏的表情有点惊讶。
“松山主水似乎也跟细川军一道来了。寺尾先生，对不对？”
“是的，还未向师傅报告……刚才所说的公主是不是指由利公主？”新太郎问道。
九
“是的。富岳那伙浪人在品川埋伏等待我们的那一天，由利公主跟森都离开了江户，直奔长崎。”
武藏扼要地叙述公主的动向。
“在这之前，公主确能顺利地依照她的理想发展。但是，去年十月，岛原的天主教徒杀进公主的孤儿院，带走了孩子。森都也被杀了。”
“森都被杀？”
“是的。虽然已年近七十岁，却始终坚持他那怪异的信念。他无所依恋，握着公主的手，安详地瞑目西归。”
“呵，原来如此……”
“而且，公主也被奉行驱逐出境。不过，公主意志坚强，她可能是为守护孤儿才到岛原来。”
“师傅，您是说在此地守护孤儿？”
新太郎有点怀疑。伊织低声说：“幕府法令规定，举凡基督信徒不论年岁多么稚幼，一律处刑。据说，目前，松仓与寺泽军正搜查各村，凡参加暴动不在家的天主教徒家房屋一概焚毁，妻子均逮捕处斩，因而从公主的信念与脾性来说，她很可能是要守护这些天主教徒的家人。”
“说的不错……”
新太郎深深点头。伊织接着问新太郎道：“寺尾先生，肥后所捕的天草四郎的母亲与家人已送到本营了？”
“是的，我刚才把他们送到本营。因为是我在天草大矢野岛逮捕的。”
“是你？”
“是的，但引导的却是松山主水，三斋侯推举他做密探，事先到了天草。”
“密探？他真是最适当不过啦！三斋侯确有见识。”武藏脱口说。
新太郎微笑着说：“我跟他已有二十多年没有见面，他越来越令人讨厌。不过，很懂得收买人心，在八代、熊本都颇受欢迎。”
“他本可借此老老实实建立自己的地位，但他却不务于此。他的兵法属第一流，也有纯情的一面，思想却很龌龊。”
“师傅好像说过，主水心怀叵测，有害人之心。”
“不肯面对人生，唯计谋是尚，而又野心勃勃，害人之心由是萌生！”
“父亲！”伊织插口说，“主水那厮若知道我们在这儿，由利公主也在村里，他也许又会耍点花样。”
“嗯，很可能。真是适逢其会。”武藏说完，哈哈大笑。
十
攻城军的统帅松平伊豆守毫无攻城野战的经验。关原之战时，年纪尚幼；大阪之役又正在江户出仕家光。
但以家光的宠臣、阁老之一员来说，伊豆守声望十足，足以指挥九州粗犷的大名。他素有“智慧伊豆”之称，策虑深远，足智多谋。他自初即尽量收集武器，集中兵力，以期万全。狂热信徒三万人固守城池，攻击者却有十二万精锐大军，不战已足挫敌方锐气。伊豆守希望尽可能不费一兵一卒，而使暴徒屈服。然而，城兵虽为大军所围困，却能毫不为之所动。他们相信神父的预言，视四郎为不死之天使，而有必胜之心。
武藏访忠利，住进新太郎军营的当天深夜，伊豆守在本营的居室，遣开家臣，身着家居之服，独自沉思。他正在考虑如何利用今天被送到本营来的四郎母亲及家人。
伊豆守自言自语道：“若再继续进行无益之战斗，固守城池，便斩你母亲首级，并审问叛徒家人，一一处斩，绝不宽待。若迅速开城投降，你母固不待言，即使是罪魁本人，也可谅年纪尚幼，从宽处置。”
伊豆守前思后想，觉得这方法最能收效。
就在这时，外面传来慌乱的脚步声，侍卫的年轻武士和全副武装的家臣，跪伏入口处。武装的家臣说：“报告！有个可疑的女人潜进军营，故加逮捕，该女申言欲见大人，请大人定夺。”
“什么，有妇人要见我？……问她是什么人。”
“她说与大人认识，名叫足利由利。”
“由利！”伊豆守露出复杂的目光。伊豆守非常赏识由利公主的才智，故利用她到长崎来收集天主教徒与贸易商的情报。公主经营白百合寮也得到伊豆守的谅解。但要排除奉行神尾与松仓之异议，以支持公主，又为当时政治情势所不许。再者，从公主倔强的脾性，他知道利用公主也有限度，所以听从其他老中的判断，而在驱逐令上署名。
不过，伊豆守对公主，现在仍未丧失厚待之意，略加思索，当即吩咐：“把她带来！”