1887年光绪亲政后，随着醇亲王奕譞及其福晋的先后去世，慈禧太后与光绪的“母子失和”现象日益严重，戊戌变法那一年更是演化到极端。戊戌年变法的失败，其深层原因固然是保守势力作祟，但直接触发点却是康有为、梁启超、谭嗣同等人策划的“围园之计”。
时人苏继武在《戊戌朝变纪闻》中绘声绘色地描述了当年那场政变的场景：八月初六日，也就是光绪接见日本前首相伊藤博文的次日，慈禧太后突然御临便殿，其设竹杖于座前，庆亲王奕劻及军机大臣、御前大臣等人跪于案右，光绪皇帝则跪于案左。随后，慈禧太后疾声厉色地呵斥光绪，称“康有为叛逆，图谋于我”，其厉声追问道：“你知道，还是不知道？或者你也是同谋？”威吓之下，光绪吓得魂飞齿震，不知所对，好半晌才挤出两个字：“知道。”慈禧太后怒喝道：“既知道，还不将康有为正法，反要放走？”
而据费行简在《慈禧传信录》一书中的记载，慈禧太后当时大骂光绪，说：“汝以旁支，吾特授以大统，自四岁入宫，调护教诲，耗尽心力，尔始得成婚亲政。试问何负尔，尔竟欲囚我颐和园，尔真禽兽不若矣！”
曾为清廷史官的恽毓鼎也在后来的《崇陵传信录》中称，慈禧太后曾当面怒骂光绪：“我养育你二十余年，乃听小人之言谋我乎？”光绪战栗半天，说：“我无此意。”慈禧太后唾之曰：“痴儿，今日无我，明日安有汝乎？”
在将谭嗣同等“戊戌六君子”处死之后，清廷曾发布了一道有关康党罪状的上谕，其中称：“前日竟有纠约乱党谋围颐和园，劫制皇太后，陷害朕躬之事。”但由于清廷的倒行逆施，近代以来的历史书写多不采信或干脆忽略处理。康、梁等维新党人也从未承认有过“围园”密谋。民国后参与修撰《清史稿》的金梁曾当面问康有为，是否真有“兵劫颐和园事”，康有为怫然变色道：“乌得有此？我朝以孝治天下，小臣面对，谁敢妄言？此皆荣、袁辈不学无术，藉危词以邀权势耳！”
康有为说的“荣、袁”，即荣禄与袁世凯。正因为后者的告密而引发了一场流血的政变，清廷上谕很可能以此为根据。不过，近代史家描写戊戌变法多以梁启超的《戊戌政变记》为底稿，其中对“围园密谋”只字不提而多称颂变法志士的非凡事迹。但入民国后，梁启超在《中国历史研究法》中却又自承：“吾二十年前所著《戊戌政变记》，后之作清史者记戊戌事，谁不认为可贵之史料？然谓所记悉为信史，吾已不敢自承。何则？感情作用所支配，不免将真迹放大也！治史者明乎此义，处处打几分折头，庶无大过矣！”
不过，康有为在其生前密不示人的《自编年谱》中却隐约透出了一丝非同寻常的信息：戊戌年八月初三，在接到光绪帝“朕位几不保”的密诏后，康有为与梁启超、谭嗣同等人商议后决定由谭嗣同去游说袁世凯勤王。尽管文中没有提及“兵围颐和园，捕杀慈禧太后”的密谋，但其中有要袁世凯“率死士数百扶上登午门而杀荣禄、除旧党”之语。
当天晚上，杨深秀、宋伯鲁、王照等人前来探慰，康有为未向他们泄漏密诏事，“而以李提摩太交来《瓜分图》，令诸公多觅人上折，令请调袁世凯入京勤王”。康有为的记载与梁启超在《戊戌政变记》中的描述有明显不同，即康有为所记明确为在北京搞政变，而梁启超却称要趁光绪皇帝九月份去天津阅兵之时发动政变。
之后，康有为在《自编年谱》中又称，在谭嗣同去游说袁世凯的当晚，梁启超在金顶庙容闳处等候消息，而他也于凌晨进城，与梁启超一起等候消息。之后，因“知袁不能举兵，扶上清君侧，无如何，乃决行”。由此或可看出，梁启超之说有故意转移视线的嫌疑，如果真要等到九月份在天津发动政变，何以康、梁诸人等候消息的心情如此之急切？
谭嗣同被捕后，其在狱中墙上题写绝命诗：“望门投宿思张俭，忍死须臾待杜根；我自横刀向天笑，去留肝胆两昆仑。”谭诗中说的张俭与杜根，都是不畏权贵、敢于直谏的大丈夫。据《后汉书·党锢列传》，东汉末期张俭任山阳东部督邮时，曾严劾宦官侯览及其为非作歹的家人，为民间所敬仰，其后因党锢之祸而被迫逃亡。“望门投止”说的是张俭在逃亡时，人们敬重他的人品而冒着破家灭族的危险接待他，甚至“郡县为之残破”。杜根是东汉安帝时期的郎中，性格耿直。当时安帝年幼，由邓太后摄政，外戚专权。安帝成年后，杜根上书要求太后归政。邓太后大怒之下，令人将他装在麻袋里摔死。执行的官员怜惜杜根是忠臣，于是有意手下留情，将他打晕之后扔出城外。事后，邓太后还不放心，又派人去查看。杜根装死三日，目中生蛆，这才侥幸逃脱。15年后，邓太后死，杜根这才复出并官拜侍御史。
谭嗣同的绝命诗用典准确，读起来雄浑悲壮，豪迈激扬。但可惜的是，原文其实是这样：“望门投趾怜张俭，直谏陈书愧杜根。手掷欧刀仰天笑，留将公罪后人论。”两个版本的前两句大意相同，但后两句透出一个明显的细节差异是，原诗是“手掷欧刀仰天笑”，改作之后却成了“我自横刀向天笑”，一个主动，一个被动，性质完全两样。
据台湾历史学者黄彰健的考证，这改诗的不是别人，正是谭嗣同的同志兼好友梁启超。所幸的是，谭嗣同的绝命诗为当时狱吏所录，后来交给了参与此狱的刑部主事唐烜（戊戌六君子之一、御史杨深秀的同年）之手，原诗才得以保存下来。不过，原诗的流传范围及其影响力当然远远比不上梁启超所改之诗，否则也无须学者考证了。（晚清史学者孔祥吉则认为，梁启超虽然对谭嗣同题壁诗有所润色，但大体可信，仅修改数字而已。）
那么，梁启超篡改谭诗的目的，是否如同他所撰的《戊戌政变记》一样，为了掩盖一些见不得人的历史真相呢？这个不得而知。有意思的是，在光绪皇帝与慈禧太后先后离世后，康有为在《上摄政王书》中将“围园杀后”传闻指为守旧派及袁世凯等人对维新派的诬蔑，其在文中称：“戊戌春夏之交，先帝发愤于中国之积弱，强邻之侵凌，毅然维新变法以易大下。其时慈官意旨所在，虽非外廷所能窥伺，就令两宫政见小有异同，而慈孝感召之诚，终未尝因此而稍杀。自逆臣世凯无端造出谋围颐和园一语，阴行离间，遂使两宫之间常有介介，而后此事变遂日出而不穷，先帝所以备历艰险以迄今日，实唯此之？故。”
更有意思的是，在递送此书之前，梁启超特地交代老师康有为，其中称：“戊戌密谋，鄙意谓必当隐讳，盖投鼠忌器，今两宫皆殂，前事非复嗣统者所忍言，非伤德宗，伤孝钦，为监国计，实无从理此曲直也。故弟子写信入都，皆力辩戊戌绝无阴谋，一切悉由贼虚构，专归罪于彼一人，则可以开脱孝钦，而事易办。师谓何如？望此后发论，跟此一线，以免异同，为叩！”梁启超之举，目的就是要与老师统一口径，以避免当年的密谋外泄，于己方不利。
20世纪80年代，杨天石先生在日本发现一本写于戊戌年后不久的《诡谋直纪》，作者为当年参与变法的维新党人毕永年。之后，这本小册子立刻在史学界引发了一场大讨论，其中不乏汤学均、房德邻、孔祥吉等名家的参与。在《诡谋直纪》中，作为谭嗣同的好友兼同乡的毕永年自称受命为“围园”的执行人。事前，康有为曾告诉他，准备以袁世凯兵力为后盾，并让他带领百名壮士“奉诏往执西后而废之可也”。而后，又有人告诉他，康有为的真实用意是，“俟往颐和园时，执而杀之可也”。
作为另一个辅证，当时的新政顾问、英国传教士李提摩太在其《留华四十五年记》中称：“（慈禧）下谕秋天要在天津阅兵。皇帝恐怕在检阅的借口之下，慈禧将要夺取所有权柄，而把他放在一边。维新党催着他要先发制人，把她监禁在颐和园，这样才可以制止反对派对于维新的一切障碍。皇帝即根据此点召见荣禄部下的将领袁世凯，计划在他的支持下，带兵至京看守她住的宫殿。”后来，溥仪的洋帝师庄士敦也曾说，1901年斯坦利·史密斯出版的《中国内幕》中也曾提及“围园杀后”一说，不过庄士敦本人对此却将信将疑。
再说毕永年，其在得知谭嗣同游说袁世凯失败的消息后，知事机已泄，随即远遁避祸。在流亡日本期间，毕永年与康、梁等人发生矛盾，由此才有了这本揭露性的《诡谋直纪》。尽管各史家对这份史料所述内容的真实性有过相当激烈的争论，但因为它与袁世凯所写的《戊戌日记》有颇多印证之处，因而这本《诡谋直纪》虽然有不少失实之处，但也不能完全认定为“伪作”。
如果说清廷上谕是“欲加之罪”、袁世凯《戊戌日记》可以因人废言的话，那么，结合毕永年《诡谋直纪》、康有为《自编年谱》及诸多时人笔记似乎可以推定，康有为等人在戊戌年确实有利用袁世凯“兵围颐和园”的计划。
近年，茅海建先生在《戊戌变法史事考》中认为，戊戌政变可分为两个阶段：在光绪接见伊藤博文后，慈禧太后只是限制了光绪的权力，过程相对和缓；但在袁世凯告密的消息传到京城后，政变立刻走向流血化。这似乎也是目前近代史学界的共识。
如果“密谋说”与“阶段说”成立的话，历史学界外的两种大众观点或有必要更正：一是袁世凯告密导致戊戌变法失败（政变非因告密引起，但告密导致了严重的流血后果），二是慈禧太后发动流血政变的原因不仅仅是因为保守，而是因为她的生命安全受到了威胁。假如回到历史的现场，在当时这样一个号称“以仁孝治天下”的时代（即康有为所称的“我朝以孝治天下”），如果维新变法由“围园杀后”密谋而遭受失败，那康梁等人的急切与毛糙或许也有可罪之处。
康、梁等人逃亡海外后，事件中的另一个重要当事人——光绪皇帝陷入了极大的困境。在前文对政变过程的描述中，苏继武与恽毓鼎有不一致的地方，即：苏继武称光绪知道康梁等人的“围园之计”，而恽毓鼎称光绪并无谋害慈禧太后之意。从记述人身份的角度看，时任起居注官的恽毓鼎所说似乎更可信一点（茅海建先生也认为光绪并不认可“围园劫后”之说，甚至毫不知情）。
以光绪之性格，如果说他敢对慈禧太后下手，这似乎有些说不过去。事实上，作为一个年幼即脱离亲生父母而被强行抱入深宫的孩子，光绪虽然贵为皇帝，但其成长史却颇多辛酸之处。据说，光绪初进宫时因身边没有亲人而日夜啼哭，无奈之下，慈禧太后只得赏与光绪的乳母四品官服并将之召进宫中（当时规定入宫须四品以上），小皇帝这才破涕为笑。但第二天早上，小皇帝又放声大哭。慈禧太后不知所措，问光绪的乳母才知道，原来小皇帝在醇王府时常与府中某马夫的儿子一块嬉戏。慈禧太后听后只好再次破例，赏给马夫的儿子四品官服，并立刻接到宫中，承担陪小皇帝玩耍的重大政治任务。小马夫来后，小皇帝这才嬉戏如常，慈禧太后也乐得轻松。
以上是野史，当不得真。不过话说回来，慈禧太后对光绪的态度也未必是外间人所传的那样恶毒与刻薄。事实上，光绪进宫时年仅四岁，当时既是姨妈又是伯母的监护人慈禧太后须亲自过问小皇帝穿衣、吃饭、洗澡、睡觉等生活琐事。在教育孩子这方面，虽然慈禧太后有心想做好，但由于其性格及耐性方面的缺陷，加上政务缠身，她的表现实在不能算合格，其亲生儿子同治就是一个非常失败的案例。
应该说，慈禧太后最初对光绪还是抱有很大期望的。她为小皇帝精心挑选了师傅，其中就包括书法及学问都闻名遐迩的翁同龢等人。但由于其至高无上的威权，慈禧太后对光绪的教育方法十分粗暴性急，小皇帝稍微不合己意，便是讥讽、呵斥甚至责打，这对光绪后来的性格造成了极坏的影响。
慈禧太后对光绪过分严厉的原因，或许是鉴于当年其对同治过于纵容的教训。但她忽视了极为重要的一点：同治毕竟是她的亲生骨肉，即使遭到呵斥和惩罚，也不会感到过分害怕。但光绪就两样了，他在宫中非常的无助与孤独。在慈禧太后的面前，他感到的不是亲情而更多的是恐惧。
当时宫中据说有个服役的太监名叫寇连材，其在《宫中日记》中说，慈禧对光绪一贯疾声厉色。在光绪小时候，她每天总是呵斥之声不绝，稍不如意，常加鞭挞，或罚光绪长跪。长此以往，光绪见了慈禧太后如同老鼠见了猫，战战兢兢，胆为之破。孤身入宫的光绪本就胆小，在慈禧的威严强压之下，以至于长大之后都害怕听锣鼓吆喝之声，听到天上打雷也会吓得腿直哆嗦。
寇连材还说，光绪每次吃饭时，虽然有几十种菜肴馔品，罗列满案，但离光绪坐的地方稍远的菜大多已经臭腐，原因是菜几天都没有换过，而离得近的菜虽不臭腐，然大多久熟乾冷，一点都不可口。光绪每次都吃不饱，但又不敢说，有时想让御膳房换一馔品，御膳房就必须奏明慈禧太后，而后者往往要光绪从小培养勤俭之德，光绪也就不敢再提。
寇连材不知是否真有其人，不过另一位太监信修明也在其回忆中说：“光绪在十岁左右时，由于经常吃不饱，他每至太监房中，必先翻吃食，拿起就跑。等到太监追上，跪地哀求，小皇帝已经将馍馍入肚一半矣。小皇帝如此饥饿，实为祖法的约束，真令人无法。”
心理学理论认为，儿童在被父母讥笑或虐待时，往往会产生一种逆反心理，但在父母的威权下，这种逆反心理又诱发一种内疚感，从而否定自己的行为。长此以往，这种环境下长大的儿童往往患得患失，做事情犹豫不决，缺乏自信。光绪每次到慈禧那里去请安，只要慈禧不命他起来，光绪就只能跪在那里，动也不敢动。慈禧太后过分的责罚严重打击了光绪的自信心，以至于其性格懦弱怕事。但值得注意的是，这种性格在青少年时往往又会出现强烈的逆反，正如其在甲午战争和戊戌变法中的表现一样。
光绪亲政后逆反的表现，更是加重了慈禧太后对光绪的不信任。在她眼里，光绪始终是个懦弱自卑、犹豫不决、依赖性强、难以独当大任的孩子，其在光绪亲政后对朝政的不断干涉和把持，很大原因就是出于这种心态。但慈禧太后从不去想的是，光绪之所以成为一个人格心理存在严重缺陷的人，正是因为她的粗暴教育所造成的。
光绪进宫后，小皇帝与醇王府的关系完全被切断。即使是他的亲生父母醇亲王奕譞及其福晋，也不许有任何的联系。由此，身处深宫、远离父母的光绪从小就缺乏母爱，他成天生活在恐惧当中，这对其成长当然是极其不利的。翁同龢在日记中说，他第一次见到光绪时，发现小皇帝性情敏感，体弱多病，学习时经常哭闹不止或静坐不理，令他感到极为头疼。不过，在翁同龢的谆谆教导下，从小缺乏母爱和父爱的光绪却突然找到了久违的世间情感。他后来逐渐接受了这个对他关心备至的师傅，并渐渐爱上了学习。
对师傅翁同龢的依恋是光绪发奋学习的一个重要因素。作为光绪的师傅，翁同龢不仅在学习上耐心教导，而且在生活上也给了小皇帝无微不至的照顾。时间久了，在从小就缺乏父爱的小皇帝心中，翁同龢在某种程度上扮演了父亲的角色。光绪7岁时，翁同龢因回籍办事，小皇帝得知后整整一天都情绪低落，彷徨不已。在翁同龢离开的两个月里，光绪无心学习，后来连读书声也没有了。等翁同龢回京后，小皇帝拉着师傅的手，高兴得眼泪直流。这一天，小皇帝精神振奋，朗朗读书声连太监们都被吸引了过来。后来，书房里的太监偷偷地告诉翁同龢：“自从师傅走后，皇上从来没有这样大声读过书！”翁同龢听后老泪横流——小皇帝在宫中真的是太孤单、太可怜了！
对于光绪的成长，太监寇连材在《宫中日记》中总结说：“中国四百兆人中，境遇最苦者莫如我皇上（指光绪帝）。盖凡人当孩童时，无不有父母以亲爱之，顾复其人，料理其饮食，体慰其寒暖，虽在孤儿，亦必有亲友以抚之也。独皇上五岁登基，登极基后无人敢亲爱之，虽醇邸之福晋（即光绪生母），亦不许亲近，盖限于名分也。名分可以亲爱皇上者，唯西后（慈禧）一人。然西后骄侈**佚，绝不以为念。故皇上伶仃异常，醇邸福晋每言辄涕泣云。”
寇连材虽然是个太监，但人情的认识颇为深刻。与之相比，慈禧太后在这方面的情商就未免太低了。光绪亲政后不久，原本可在中间起到缓和作用的醇亲王奕譞及福晋分别于1891年和1896年去世，这使得慈禧太后与光绪的关系进一步恶化。特别在甲午战败后，光绪急于复仇的急躁情绪更是让慈禧太后有些放心不下。
戊戌年中，光绪的“忤逆不孝”令慈禧太后一度萌生废黜皇帝的念头，但最终因兹事体大及中外阻力而不得不自行放弃。但在次年（1899年），慈禧太后宣布“乙亥建储”，即选中端亲王载漪之子溥儁为皇储并入继穆宗同治为嗣，名号曰“大阿哥”。
这事细说起来颇有些吊诡。因为光绪时年不过28岁，为何不待他生下子嗣而急于为同治立嗣，其中必有隐情。从恶意的角度来说，慈禧太后是为了报复光绪而出此下策；但从善意的角度来说，也可有另种解释。咸丰年后，同治与光绪都是小皇帝出身，这对于朝政来说隐患颇多，因为慈禧太后再精明，她也只是一个深宫中的女人，其学识和视野无法应对19世纪末的危机年代，而当时的朝廷上下，“国赖长君”（国家的昌盛需要有年长有经验的君主进行管理）似乎也是一种共识。
但问题的关键在于，光绪皇帝似乎没有生育能力。从目前公布的医案及光绪自述的“病原”来看，其自幼即体弱多病，而且患有长期的遗精病史。对于光绪的身体状况，慈禧太后未必不是心知肚明，因为隆裕皇后并非他人而是她的亲侄女。而且，光绪皇帝一生只有一后两妃，之后便再也没有册封过其他嫔妃，这在清朝皇帝中可以说是绝无仅有的。通常而言，清朝皇帝的后妃至少在10人以上（如康熙、乾隆都在三四十人）。即便19岁即驾崩的同治皇帝也有5名后妃。光绪一生只有一后二妃，这究竟是怎么回事呢？
最合理的解释是，光绪皇帝很可能因为长期的肾炎等疾病而导致无生育能力（甚至性能力），因此没有继续册封后妃的必要。如果这种推测符合事实的话，这不仅是光绪个人的残酷命运，也可以说是清王朝的一种难言之隐，甚至可以说是致命的。在1856年同治出生之后，在近半个世纪的时间里，皇宫中就再没有新生儿的啼哭之声。这对于大清皇朝的国运来说，意味着什么？
宫荒五十年，天要亡大清！
慈禧太后的出发点或许是好的。因为皇帝不仅是一个人，同时也是一个至为高级而尖端的职位，任何有作为的继任者在上位前都必须接受长期而专业的帝王教育，一而再、再而三的小皇帝登基，无疑会引发越来越多的危机。眼看光绪确实生不出儿子，慈禧太后也只能另想办法，早做打算。她最终在皇亲近支中选择了端郡王载漪的次子溥儁为大阿哥人选，即所谓“皇储”。
按慈禧太后的懿旨，溥儁系按当年吴可读之议而入继穆宗同治为嗣，名号为“大阿哥”。随后，15岁的溥儁被接到皇宫内弘德殿读书，由同治的岳父、承恩公崇绮和原同治的帝师、大学士徐桐为师傅。由此，在溥儁生父、端郡王载漪周围便聚集了一些保守顽固、盲目排外的亲贵，如庄亲王载勋、载漪的兄弟载濂和载澜、军机大臣刚毅、大学士徐桐等人。庚子年中，这些颟顸宵小之徒胡搞一气，结果引发了更大的一场灾难，这就是为人所熟知的“庚子国变”。在八国联军攻进北京后，慈禧太后携光绪等逃到西安，一时间“国将不国”，清廷险些倾覆。
吃了这样一场大苦头后，慈禧太后与光绪的关系有所改善，而端郡王载漪被认为是“拳乱祸首”，由此连累“大阿哥”溥儁被废出宫。皇宫虽然恢复了昔日的平静，但帝、后之间的矛盾仍旧长期存在，直至两人死亡的最终到来。