成吉思汗征服金朝之后不久，就收到了生活在西辽帝国的一群穆斯林急切而奇怪的请求。此地在天山北麓，位于今天中国和吉尔吉斯斯坦交界地带。他们看到同为穆斯林兄弟的畏兀儿部和哈剌鲁部都摆脱了西辽统治，加入了成吉思汗阵营，因此恳求成吉思汗来把他们从现在的主人手中解放出来，并统治他们。他们之所以呼吁这位蒙古领袖来帮助他们，是因为他们现在的统治者正是他的宿敌屈出律——乃蛮部太阳汗的儿子。
大约十年前，当成吉思汗征服基督教克烈部和乃蛮部时，他把两个汗都杀了，但他们的儿子都逃走了。王罕的儿子最初在信奉佛教的西夏获准避难，而后在流亡途中被他的追随者抛弃，死在了漠南。太阳汗的儿子屈出律几乎遭遇了同样的命运，但他终于在1208年左右成功地到达中国西端的西辽首都。西辽领袖热情地接待了他，因为他们自己毕竟在部落动乱时也曾当过难民。
他们的祖先契丹人曾建立辽朝，从公元907年至1125年统治中国北方和蒙古部落，但随着时间的推移，他们失去了昔日的辉煌，现在统治着一个规模小得多的王国，称为“喀喇(黑色)契丹”，即西辽。他们建立了他们的新帝国，地点在前粟特贸易中心的八剌沙衮周围，靠近天山上美丽的深水湖伊塞克湖，离现代的吉尔吉斯共和国首都比什凯克不远。西辽的统治者保持着他们古老的帝国风格，坚守佛教信仰，因此与他们的臣民越来越疏远，因为越来越多的人改信伊斯兰教，开始挣脱加在他们身上的锁链。正如许多政权终结时所发生的情况一样，那些执政掌权者陷入一种困局难以自拔，他们不理解臣民普遍的恐惧，也不明白周遭的世界早已不在他们的掌控之中。
西辽皇帝古儿汗幻想借助屈出律的支持，打败突然崛起的对手成吉思汗，把草原部落重新置于他的控制之下。他在屈出律身上看到了野蛮人的活力，以为屈出律可以帮助他那僵化的王朝恢复权力与荣耀。屈出律竭力迎合皇帝的妄想，并高兴地放弃了他的基督教信仰，皈依西辽宫廷的官方宗教佛教。一个穆斯林史家说，“屈出律从信奉耶稣教转为偶像崇拜”，而且试图强迫百姓皈依他的新宗教。“他把正确道路的明灯变成了放弃信仰的黑暗，从侍奉仁慈上帝变成了侍奉撒旦的奴仆”。[295]心存感激的皇帝把自己的女儿嫁给了他，立他为汗，让他着手招募被成吉思汗击败的草原上的散兵游勇，组建一支私家军。
古儿汗终其一生都是一个无能的统治者，发动了一系列谋划不周的战争，颁布了一系列前后不一的法令，但这个决定将是他一生中最后一个且是最糟糕的错误。屈出律一获得控制军队的权力，便立刻转而与他的岳父为敌，“就像云中的闪电一样向他突袭”。[296]1211年，成吉思汗入侵金朝领土那一年，屈出律废黜了古儿汗，监禁了他，并夺取了首都、国库和政府的控制权。两年后，在1213年，古儿汗死了，屈出律成为唯一的统治者。作为一个怀有使命的反叛者，他充满了活力，积极进取，发动了战役，试图收复这个皇帝在中国西部那些盛产葡萄、甜瓜和葡萄酒的肥沃绿洲城市的领土。[297]
虽然屈出律现在成了一个佛教徒，但他最初任命的官员都是穆斯林，用以统治他的穆斯林臣民，但当地人不满他们和屈出律合作，很快便推翻了他们，并暗杀了新任命的官员。屈出律最初的反应还比较适度，他召集基督教、佛教和穆斯林学者举行公开辩论，以缓解宗教上的紧张局势，但这些辩论非常情绪化，只能凸显他的臣民之间的差异，激化不同宗教间的愤怒情绪。这时，屈出律决定，因为穆斯林拒绝了他派来统治他们的官员，他别无选择，只能完全压制他们。他关闭清真寺，并禁止教导伊斯兰教教义。最后，他在绝望中孤注一掷，希望把他桀骜不驯的百姓的信仰统一起来，要求穆斯林皈依者转回其原来的宗教基督教或佛教，并放弃穆斯林服装，采用西辽帝国的传统服饰。为了强制执行严格的反伊斯兰教新政策，屈出律在每个穆斯林家中派驻了一个士兵，监视他们的行为，强制他们遵守法规。术外尼写道：“处处看得见**烧杀，而且异端的偶像教徒大肆胡作非为，谁都阻止不住他们。”
虽然花剌子模汗国(在今乌兹别克斯坦)国王穆罕默德二世是中亚地区最靠近他们的强大的穆斯林统治者，但在西辽受迫害的穆斯林并没有得到他的任何帮助，而他至少在一段时间内曾经是屈出律的盟友。因此，陷入绝境的穆斯林派出使者向屈出律的大敌成吉思汗求助。15世纪中亚地区突厥史家米尔扎·穆罕默德·海达尔(Mirza Muhammad Haidar)写道：“之前有关世界之王成吉思汗征服的传闻已经传到了国外。”穆斯林转向蒙古人求救。在“世界之王成吉思汗的保护下”，他们“不再遭受古儿汗屈出律邪恶行为的伤害”。[298]
成吉思汗庄重地接待了穆斯林使者。他相信他们是真诚的，提出的理由是充分的，于是接受了他们的请求，派遣他最得力的一个指挥官哲别，于1216年率军前去解放他们。用术外尼的话说，他们的“祈祷之矢射中采纳之的”。成吉思汗开始“消灭屈出律这个败类，清除他那叛乱的恶果”。[299]对这位蒙古领袖来说，这场战役只不过是扩大他帝国的一种手段，而那里的百姓正渴望加入他的帝国。这同时也是一个向他的草原战争中残存的敌人屈出律施行报复的机会。
结果是，这个任务比哲别预期的要容易得多。屈出律采取了一个策略，把他的士兵从山上的中央要塞撤出，分散驻扎在沙漠绿洲的各个家庭中。这种布阵的后果是他没有预料到的。随着蒙古军队逼近城镇和村庄，穆斯林自发地起来攻击住在自己家中的士兵。因此，“住在城中穆斯林家的所有他的士卒，如水银泻地般刹那间给消灭殆尽”。屈出律的军队土崩瓦解，他带着一小队仍然忠于他的士兵穿越山谷南逃到印度。蒙古人把他“追得像一条疯狗似的”，跨越今天的塔吉克斯坦、阿富汗和巴基斯坦边界，终于在1218年擒获并杀了他。
被解放的西辽穆斯林及其联盟部落蜂拥来到成吉思汗麾下。术外尼称蒙古军队的到来是“真正的一种慈爱，神恩的一种仁爱”。西辽人感到很惊讶，因为纪律严明的蒙古勇士并没有收缴战利品，也没有要求他们进贡。哲别“除了关于敌人的消息外，什么都不问他们要”。[300]成吉思汗着眼于未来，特别希望得到有关花剌子模国王的消息，这个国王统治着波斯和中亚天山山脉和里海之间的大部分地区。在解放穆斯林并杀死他们篡位的汗之后，哲别胜利班师回到蒙古中部。他带给成吉思汗一百匹白马作为礼物，以代替十几年前他射死的成吉思汗的**之驹。
征服西辽后，成吉思汗第一次遇到各种宗教派系之间的斗争，因其人口中混杂着穆斯林、佛教徒和基督徒。他的回答简单而公正。他再一次允许“祈祷请求”，但不限于恳求他来把他们从西辽压迫下解放出来的穆斯林，而是针对所有宗教的信徒。成吉思汗打发使者走遍新解放土地上的每个城市和村庄，宣布他的律法，以便每一个人都能听到并了解。他下令：“人人均可信仰自己的宗教，遵守自己的教规。”[301]从此，这条命令成了他征服战争中的根本原则，在他有生之年都如此对待他的臣民。
虽然在历史上宗教宽容非常罕见，但在13世纪却并不新奇。几位卓越的领袖，如居鲁士大帝和亚历山大大帝，都实行过不公开的宗教宽容政策，此外，在此之前至少有一位皇帝曾发布过明确的宗教宽容法令，他就是罗马皇帝朱利安。他生来就是基督徒，但在公元361年成为皇帝后放弃了信仰。次年，他发出了宽容敕令，允许所有类型的基督徒享有信仰自由，恢复了以希腊神和罗马神为国教的传统，并且像以前的皇帝一样自任帝国大祭司。他提出要重建耶路撒冷的所罗门犹太教圣殿。尽管他对某些宗教很宽容，但他竭力反对基督教，而基督徒则坚决反对他。虽然该法令因其独特的意图一度很有名，但并没有带来宗教自由。第二年，这位三十二岁的伟大皇帝在伊拉克带军征战时被自己手下的一名士兵刺杀。据曾当过朱利安老师的利班纽斯说，这名刺客是一位对皇帝心存不满的基督徒，他认为皇帝是异教徒。[302]在他死的时候，罗马帝国已经重新归向基督教，并正在进行更加严厉的宗教迫害。朱利安的法令已推行于寺庙、教堂和牧师。法令赋予这些异教教派一定的宽容，允许它们在一定限度内活动。
成吉思汗的法律是独特的，因为它不只是允许宗教神职人员从事他们的职业，它还允许每个人拥有选择对自己最具吸引力的宗教或信仰的权利。在蒙古人统治下，宗教信仰自由是一项个人权利。很久以后，在18世纪的欧洲和美国，区分宗教自由究竟是个人权利还是集体权利具有重要的哲学和政治意义。
术外尼是第一位指出成吉思汗新法律重要性的史学家。他之所以这样做，部分原因是，这是成吉思汗的第一份国际性法令。成吉思汗曾于1206年为蒙古人创制了法典，当他在中土作战时，也曾发布过各种军事和行政法令，但这项法律是一项普通法，作为一个严格的法律和道德原则，将推广到新建立的整个蒙古帝国。这是第一套被称为“大法”的国际法律，超越帝国内部任何一个国家的法律。后来的学者，包括对托马斯·杰斐逊产生重要影响的写出成吉思汗传记的佩蒂·德拉·克罗瓦，也称这是成吉思汗的第一部法律。
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当时，成吉思汗也无法知道他的新法律将会变得多么重要。他与西辽穆斯林的遭遇使他对大宗教之间的界限有了新的认识，明白了它们相互之间有多么不同，存在多么大的敌意。他认为所有形式的崇拜都朝向同一个目标，都在向同一个神圣的存在说话。其中任何一个都无所谓对与错，只是所用的方法各有不同而已，但都在教导他们自己的道德规范。与其说他认为相互竞争的信仰之间是平等的，不如说他把它们看得完全相同。有一种普世的宗教，但却有着不同形式的表达，就像有一个统一的帝国，就是他的蒙古帝国，但在帝国内部，人们可以说不同的语言，遵循不同的风俗，采用不同形式的政府，沿袭他们自己的传统和他们祖先的教诲。
在降伏屈出律并把西辽帝国纳入蒙古帝国之后，成吉思汗出人意料地成了宗教自由的拥护者和被压迫者的保护者。在草原游牧民族中，亲属和部族形成了社会中的自然鸿沟，但在定居社会中，宗教的裂纹线在全国纵横交错，犹如一颗钻石上的瑕疵一样，等待一击而碎。成吉思汗认识到了挑动一派反对另一派的好处，但他也意识到，要在他不断扩张的帝国中实现和平，唯一的办法是消除这些可能突然爆发的分歧。
14世纪阿拉伯历史学家和大马士革官员奥·乌玛里对成吉思汗如何接纳外国宗教信仰感到惊奇，因此他错误地认为，他的儿子们各自选择信奉不同的宗教。他声称，成吉思汗的一个儿子皈依了犹太教，另一个皈依了基督教，其余的有人坚持信仰他们的本土宗教，有人崇拜各种偶像，但没有一个是宗教狂或试图把自己的信仰强加给别人。[303]他写道，按照成吉思汗的法律，因宗教信仰而杀人将被判处死刑。[304]
术外尼也天真地从正面意义上解释了成吉思汗对于宗教自由的承诺。他写道：“因为不信宗教，不崇奉教义，所以，他没有偏见，不舍一种而取另一种，也不尊此而抑彼。”他没有逼迫他们，“他尊重的是各教中有学识的、虔诚的人，认识到这样做是通往神殿的途径”。[305]虽然这可能是真实的，但他的宗教政策也有明确的政治动机。
成吉思汗具有工于算计的天赋，总是能够充分利用敌人的弱点，并把敌人的强项转化成为弱项。他发现宗教自由可以用作对付他周围文明的政治和军事利器。他清楚地明白宗教信仰对人的影响力，因此他要利用人的信仰来加强他的战略优势，正如他曾引导河流冲倒城墙一样。
耶律楚材慎思明辨，他发现：“甚哉，生民之难治也!速于为恶，缓于从善。”[306]单靠军队和政府不能保证良好的行为。成吉思汗认识到，他需要通过宗教来控制形形色色的臣民。他的宗教信仰自由政策为应付不断扩张的帝国境内宗派之争的紧迫问题提供了一个实用的解决方案。蒙古世界观还在缓慢的发展过程之中，这种世界观认为，上天选择了成吉思汗恢复正常的世界秩序，纠正错误行为，恢复自然正义，并把迷失的国家领回“康庄大道”，把它们统一起来，置于蒙古人控制的单一帝国之下。为了履行自己的神圣使命，成吉思汗不得不诉诸武力，但他的态度十分真诚，在入侵一个国家之前，他会给他们一个机会，如果自愿地服从他的命令，那么他们的城市就不会受到攻击，他们的市场将继续营业，而他们的统治者和宗教领袖将继续执政掌权。蒙古人答应保护他们免受内外敌人的攻击，管理他们的贸易路线，并实行统一、公平的税收政策。成吉思汗没有赋予他们政治自由，但保证他们的安全和稳定，并允许他们享有完全的宗教自由。
他的政策吸引了备受迫害的穆斯林，给了他们一个神学上的借口来支持一个异教徒领袖。术外尼写道，无论是什么人，只要他支持伊斯兰教，“哪怕他自己不信奉这种宗教，他也会日益兴旺发迹”。[307]佛教徒和基督徒也享有同样的自由，他们不再相互攻击，也不再谴责异教徒征服者**他们的土地，而是找到了一个理由，把他的统治看作某种形式的解放。
根据一个穆斯林史料的记载，成吉思汗在自己职业生涯的早年，曾做过一个梦，在梦中他正在把头巾缠绕在头上，但头巾越来越大，越来越长，似乎没有尽头。因为只有穆斯林戴这种头巾，他便派人去向一个博学的穆斯林商人请教，请其解梦。那位商人解释道，头巾显然象征大汗对穆斯林的权力，他梦中头巾的越变越大意味着他将征服所有伊斯兰教国家，有一天他会统治穆斯林世界。[308]
事实证明，穆斯林曾是成吉思汗最亲密的盟友，但也是他最憎恶的敌人，一些穆斯林最早效忠于他的统治，但最终，他们成了蒙古人征服的最大受害者。八个世纪之后，伊斯兰教仍在挣扎着恢复。和其他宗教相比，成吉思汗似乎凭直觉更了解伊斯兰教，他尊重穆斯林的文化和知识成果，因为他们文化的核心也是游牧文化。蒙古人和穆斯林都是游牧民，有着悠久而辉煌的军事传统，都讨厌吃猪肉和狗肉。正如术外尼所写的：“在那些日子里，蒙古人尊敬地看待穆斯林，为照顾他们的尊严和安适，替他们设立了干净的白毡帐。”[309]
在希腊、罗马、埃及、印度和中国，早期帝国都盛行神秘而奇特的宗教，但伊斯兰教与它们都不同，其信息非常明确，集中在一部篇幅并不太长的经典《古兰经》中的律法里。阿拉伯语文字弯曲有致，很美丽，和蒙古文字很相像，因为它们起源相同。在一些为成吉思汗辩护的穆斯林看来，成吉思汗与伊斯兰教有着某种神秘的联系。《古兰经》第九十六章记载，真主用血块创造了第一个男人，而成吉思汗出生时手里就抓着这样一个血块。成吉思汗代表人类新时代的开始。
蒙古人已经征服了中国北部和西部的王国，现在控制着世界上最富有的贸易线路，从中国北方城市出发，进入中国西部的甘肃走廊和畏兀儿绿洲，到达天山山脉的城市，把中华和伊斯兰这两个伟大的商业文明连接起来。一切都在迅速变化。囚犯变成了王子，王子变成了囚犯。成吉思汗的女儿现在管理着汪古部、畏兀儿部和哈剌鲁部这三个主要的贸易王国，而她们的丈夫则在军中服役。成吉思汗颁布了新的法律，促进贸易，降低税率，废除地方关税，保护客商，他在贸易线路上驻扎卫兵，而且，“凡进入他的国土内的商人，应一律发给执照”。[310]
洗劫中土城市已经使蒙古人获得数不清的掠物。他们有这么多珍贵丝绸、油漆家具、玳瑁梳子、玉花瓶、金、银、绿松石、珊瑚、盘、盆、药品、兵器和酒，但却没有足够的骆驼把它们运走。在蒙古的寒冷气候里，游牧民族能穿的丝绸有限，能搬动的珍宝有限，他们的蒙古包可摆放的家具也有限。过多的货物积压在仓库里，大大限制了蒙古人继续其游牧生活方式的能力。
富有冒险精神的穆斯林商人听说蒙古人出人意料的成功和他们的巨额财富后，便从忽毡(即现代塔吉克斯坦锡尔河畔的商贸城)收集不事纺织的草原游牧人急需的棉花、羊毛和其他面料，并组织了一个商队。成吉思汗向商队领队问道：“这家伙是否认为我们这儿从前根本没来过织品？”[311]于是他吩咐手下把蒙古仓库中堆积如山的丝绸面料和其他商品展示给商队的领队看。这些人从没有见过如此巨大的财富，一下子惊呆了，于是，他们不再试图向蒙古人兜售自己的商品，而是把它们作为礼物献给他们，希望成吉思汗也把他的财富分给他们一份。
事实证明这是一个明智的决定。穆斯林商人带来了一些优质棉花，成吉思汗很喜欢，还有一种他从未见过的织锦。中国织工用丝线织成精美的山、鸟、树和精巧的场景图，但穆斯林的织工用真金丝线织成精美的几何图案，配以飞舞的花卉图案，或者鸟、狮子或其他动物的图案。
成吉思汗很喜欢这些商品，并决定用他的新财富来购买他无法从中土获得的商品：忽毡商人带来的华贵的织锦、大马士革优质钢、来自印度的香味扑鼻的檀香木。他不需要派一支部队到中亚获取这些货物，他似乎只需要派一个贸易商队就可达到目的。他新征服的穆斯林臣民善于交易，有着组织商队穿过沙漠的悠久历史。而派遣商队所需要的费用和精力同装备一支军队的成本相比是微不足道的。只要与诚信的合作伙伴建立相互尊重的关系，蒙古人就可以用金、银或以货易货的贸易方式获得他们所需要的任何外国货物。
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1218年，成吉思汗派出一个外交使团到花剌子模汗国，与该国国王洽谈贸易开放。花剌子模是汗国皇室家族所在地，位于流入咸海的阿姆河辽阔肥沃的三角洲。花剌子模国王曾仿照早期的波斯王国来建造他们的国家，从而使他们成为古粟特人的继承者。在其领土上既有着许多大的贸易城市，也有荒凉的沙漠和山地，从咸海一直延伸到阿富汗，北入现代的哈萨克斯坦，囊括现代伊朗、土库曼斯坦和乌兹别克斯坦、哈萨克斯坦南部、阿塞拜疆东半部，塔吉克斯坦、吉尔吉斯斯坦和阿富汗的西半部。花剌子模帝国西部与巴格达哈里发的阿拉伯帝国接壤，东北部与前西辽帝国接壤。不知为何，该汗国国王与周围所有邻邦，无论大小，都保持着敌对关系。
即使是对蒙古人的一切持严厉批评态度的术兹札尼也承认，成吉思汗起初去花剌子模是为了寻求和平。他引述成吉思汗寄给花剌子模国王的信说：“朕为东方的统治者，你就成为西方的统治者吧。我们双方应缔结坚定的和平友好条约，要让商人和商队自由来往通行，带着贵重和普通货物从我方前往你方，正如从你方来到我方一样。”[312]
花剌子模国王作出了积极回应，并援引蒙古人成功地把西辽帝国的穆斯林从佛教迫害下解救出来的功绩，认为成吉思汗已经与伊斯兰教建立了永久同盟。他邀请成吉思汗派遣商队带着商品前来贸易。为了组建一支大型商队，成吉思汗下令他的每个女儿和儿子选择一位穆斯林家臣参与这次商贸之旅，并为他们配备“金砖或银砖”。[313]除了黄金，蒙古人还发来了貂皮、麝香、玉、驼绒纺织品。[314]这既是一个贸易商队，也是派往中亚地区最大王国的外交使团。
成吉思汗通知花剌子模国王：“我们也派出一队商旅，随他们前往你邦。”希望他们可以获得“奇珍异宝”，与此同时，“从今后，因我等之间关系和情谊的发展，那仇怨的脓疮可以挤除，骚乱反侧的毒汁可以洗净”。[315]《蒙古秘史》记载，商队由一百个商人组成，由乌忽纳带队，此人可能来自印度，因为至少有一个印度人是商队的主要领队。[316]据术外尼记载，商队由四百五十多人组成，加上他们自己的牲畜和货物，用五百多头骆驼载货。[317]无论商队人数多少，该商队都是来自蒙古的最大且最有价值的商队。
成吉思汗希望他统治下的帝国能以贸易兴国，不仅给蒙古民族带来繁荣，也给在他统治下的各国，无论是汉人的国家、穆斯林的国家，还是基督徒的国家，都带去兴旺发达。然而，正如术外尼用诗意的语言所指出的那样，有时很难断定静静地栖息在某人屋顶上的那只鸟究竟是带来吉祥的凤凰还是带来不幸的猫头鹰。成吉思汗可能暂时在世界屋脊上栖息，但他正要对那些低估他力量和决心的人释放出巨大的恐怖能量。在“兴旺之水”从“他们欲望的江河”流出之前，花剌子模的穆斯林将忍受“祸害的军队”带来的苦难。[318]一旦屠杀开始，便是残酷无情的，但这场苦难本可以避免。
1218年至1219年之交的冬天，花剌子模汗国的一位官员，也是国王的舅父，率军搜查了刚刚抵达该汗国边境城市欧特拉的蒙古商队，此地在现代的哈萨克斯坦和乌兹别克斯坦边境附近。他囚禁了带领商队的商人，然后，经过国王(他也觊觎这笔财富)的同意，他杀死了商队成员，只留下一个活口，此人设法逃脱向成吉思汗报告。这次袭击绝不仅仅是一个典型的针对商人商队的洗劫，而是更加严重的事件。它激怒了成吉思汗，更重要的是，动摇了他对穆斯林的信任，他本来以为他与穆斯林之间已经建立了这种信任关系。这种敌对行为危及了他曾设想的连接东西方贸易的网络。
他把这次对商队的袭击看作花剌子模汗国国王无缘由的、蓄意的背信弃义行为。用术外尼的话说：“那愤怒的旋风把尘土投进仁爱的眼内，万丈怒火使眼泪夺眶而出，唯有洒下鲜血才能扑灭它。”[319]但一开始成吉思汗表现出了惊人的克制：他派遣特使要求该国国王惩罚欧特拉总督。但这位国王对来自偏远蛮荒之地的野蛮人的要求嗤之以鼻，认为他们也许能恐吓邻近的宋朝，但决不会威胁到他固若金汤的穆斯林城市，因为他的军队规模强大到是成吉思汗的军队的数倍。这个国王不仅没有对成吉思汗的要求作出反应，反而杀害了特使。这个国王一生统治无能，优柔寡断，而这次的决定是他毕生最糟糕的决定。
花剌子模国王绝非仅仅背叛了成吉思汗。在蒙古人看来，他违背了天意，偏离了正确的行为之道。用成吉思汗的话说，这个国王已经斩断了联系人性道德与天道的神圣纽带。他问道：“何可听撒儿塔兀勒百姓，断我金糜绳耶？”然后他再次动员他的国家准备战争。[320]他把入侵中亚穆斯林国家看作是一个正当行为，是为了把它们拉回正道而作出的努力。他带着长生天明确的使命而来，目的是“使之归正”。[321]
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在商队遇袭不到一年后，蒙古军队于1219年至1220年之交的冬天出征。成吉思汗打击花剌子模国王和穆斯林城市的战役是一个家族事务，无论从好的意义上还是从坏的意义上说，都是如此。他的儿子和女婿陪同他出征作战，孛儿帖则留在后方，负责管理蒙古帝国，而他的女儿们则统治着丝绸之路上的商业城市。战役开始的时候，成吉思汗和他的儿子们为解决他的继任者问题召开了会议。他现在五十七岁了，以他这个年龄，有可能不会活着返回了。经过激烈的家庭讨论，他的儿子们同意支持他第三个儿子窝阔台为下一任大汗。其他三个儿子都将成为统治帝国部分领土的汗。成吉思汗本来心仪他的长子术赤，术赤也是所有儿子中最聪明的，但是由于其他兄弟对他的父亲究竟是谁存有疑问，因此一直不支持他。
成吉思汗精心挑选随行的家属和军人，启程踏上前往中亚的漫漫征程。他选择了他的第四位妻子忽兰哈敦陪伴他并管理他的移动军事总部，其他三个妻子则留在蒙古帝国宫廷。他的五个儿子陪同他征战，其中四个由孛儿帖所生，另一个小儿子阔列坚由忽兰所生。[322]
就在成吉思汗率军离开蒙古中心地带，穿越阿尔泰山进入中亚时，成吉思汗和他的军队停下来祭奠帝国大纛。这是在漫长的战役之初由怯薛主持举行的最重要的仪式之一，对每个参与者来说都有着深刻的象征意义。虽然仪式是在七月举行的，但仪式结束之后立即下了三英尺深的雪。
成吉思汗的谋士耶律楚材写道，“帝疑之”。像任何熟练的观象师一样，耶律楚材把这场雪解释为一个吉兆，玄冥之气主雪，“见于盛夏，克敌之征也”。[323]一个优秀占星家的工作并不完全是能够预测未来，而是能够对任何情况给予正面解释，即使士兵或一般人可能会觉得是一个坏兆头，也要往好处解释。成吉思汗自己可能不需要这种解释，但他要让他的士兵听到。在他的余生中，耶律楚材证明了自己善于把可能的负面迹象解释为正面的预示，变成成吉思汗成功和胜利的保证。他擅长宣传鼓动，承担着为他的主人引导公众舆论的重要任务。
然而大雪越下越多，这时真正成了一个现实的问题，而不仅仅是一个象征性问题了。耶律楚材写道：“时方盛夏，雪凝冰积。”[324]他描写道，山路狭窄，无非“樵夫小径”[325]，但大汗命令“斫冰为道”。[326]现在没有什么能够阻挡他了。耶律楚材写道：“当意志坚强的人决心已定，便坚如大山，不为时事所移。”[327]
虽然这次远征将成为史上最血腥的军事战役之一，但对于年轻的耶律楚材来说，开始时他只是觉得好玩。离家随蒙古军队出征使他获得了释放，机会难得。他穿越蒙古、中国西部和中亚地区，看到了新的美景，启发了他新的想象。他一生花了大部分时间从诗、书、画和书法中研究并学习世界，但现在突然有了机会去亲眼看一看山上的云雾是什么样的，太阳如何在波平如境的湖面闪烁，群鸟落在山巅，为何看上去犹如冰雪覆盖一般。
作为一个年轻学子，他有着不知疲倦的热情与好奇心，他草草记下许多短诗，他称之为“光风满贮诗囊去”。[328]耶律楚材也描述了成吉思汗在蒙古移动的帝国首都，在那里，“山溪交错，满目苍翠”。在营地里，“车帐如云，将士如雨。牛马被野，兵甲辉天；远望烟火，连营万里。往昔辉煌，谁与争锋？”[329]
生活是一个感官的发现之旅。当他越过群山，进入花剌子模的土地，耶律楚材很高兴地在穆斯林的花园和果园里看到梨、杏和苹果，而当他看到石榴时激动地写道：“其大如栱，甘而差酸。”他看到硕大的西瓜，“长耳仅负二枚，其味甘凉可爱”。在其他地方，甜瓜长得大如“马首”。[330]有时连最简单的事情也会使他困惑不解，比如穆斯林的硬币不像中国古钱币那样中心有个孔，以便可以串在一起，容易计数和运输。他喜欢葡萄和葡萄酒，凭着年轻人的机灵和天真的闯劲，他自己很快就学会了酿酒。“葡萄亲酿酒，杷榄看开花”“自酿葡萄不纳官”。[331]在他一生中，他一直在享用葡萄酒，有时会喝过头，也在诗中不断提到葡萄酒。
阅读耶律楚材的游记，看到其中写了那么多杏、石榴和免税酒等，有时让人很难相信，耶律楚材是随蒙古人西征的，而战争即将打响。他正在参加一场历史上最伟大的征服战争，尽管起初他似乎完全不知道这次冒险的意义，但他逐渐理解了其重要性，意识到他必须记录他所看到的一切。蒙古征服花剌子模的战役使他接触到了新的土地和思想，激发他更多地思考他个人的背景，厘清他的信仰。他发现了自己的身份认同。尽管他非常忠于成吉思汗和蒙古人，但走得离家越远，他早年接受的教育就不断地从心底浮现出来，他也越来越像一个汉人。
蒙古大军正在逼近，消息不断传来，警报四起，但花剌子模国王一筹莫展，不知道该怎么办。他似乎非常害怕蒙古人，同时也相信真主会保护他免受异国莽汉的羞辱。他派兵增援欧特拉，因为他知道这个城市将首先受到攻击。蒙古军队到达后，包围了欧特拉，并开始了长达数月的围攻。这个国王错误地认为，蒙古人最终要么放弃围攻，要么洗劫这座城市作为对蒙古商队遭劫的报复后，便会满足而去。因此当蒙古人派出小股军队，同时从不同方向进攻几个城市时，他仍愚蠢地毫无准备。这其实类似于在大狩猎开始前惊吓动物的蒙古战略，蒙古军队表面上看似分散杂乱无章的攻击让这个国王感到困惑，也使他无法组织协调一致的反应。他不知道从何处去阻击蒙古人，更无法预计接下来将发生什么。
蒙古人在攻下边境城市欧特拉之前就袭击了花剌子模帝国的心脏。如果他们也选择自亚历山大时代以来大部分军队所走的贸易路线，他们将穿过一系列城市，其中包括伟大的贸易和艺术中心撒马尔罕，然后到达布哈拉或者位于现代乌兹别克斯坦城市乌尔根奇附近的都城希瓦，这个地方也叫花剌子模。但成吉思汗和他的小儿子拖雷并没有选择走这条路，他们率领五万大军，分为五个单位，在当地牧民向导的帮助下，于1220年初天气依然比较寒冷的时候越过克孜勒库姆沙漠。当年二月，蒙古人扑向布哈拉，就像一群饿狼扑向毫无防备的绵羊一样。两个星期后，这个城市被攻陷。
在一个月内，他们已经到达了防守更加严密的撒马尔罕城下，尽管有庞大的军队驻扎在那里，蒙古人仍然迅速拿下了这个城市。蒙古人在欧特拉疯狂发泄他们的愤怒。这个被称为复仇之都的居民明白等待着他们的将是什么样的命运，因此拼死抵抗。抵抗者射尽了他们的箭，然后就阵亡了，女孩子们走上前来，开始拆除宫殿的砖块砸向进攻者。但蒙古人决心取胜。正如术外尼所说，蒙古人屠杀那些头戴面纱的女人，和屠杀那些头戴缠头巾的男人一样残忍。[332]“内堡和城池被夷为平川”。而那位曾扣押蒙古商队，引发这场战争的傲慢的总督，不得不“饮下死亡之杯，穿上永生之服”。术外尼引用波斯经典《沙赫纳美》(诸王纪事)的话说：“这就是天道，它一手捧着王冠，一手拿着绞索。”[333]
蒙古人在花剌子模取得的胜利是血腥恐怖的，尤其是被击败的士兵，蒙古人通常把他们集体屠杀，或保留一些活下来，但等待他们的是更悲惨的命运，他们被用作未来战斗的人肉盾牌，或活活地扔到护城河里当填料。成吉思汗的侵略军规模很小，因此他要确保在战场和他的蒙古家园之间没有潜在的敌军存在，以便在必要时能顺利撤退。活着的士兵便构成了持续不断的威胁，于是他便把他们消灭。他对待平民的方式各有不同，有时很严酷，有时则比较仁慈。在后来漫长的战役中，他对败兵的政策保持不变，但随着他越来越深入中亚，离故土越来越远，他对待平民也越来越严酷。
在布哈拉、撒马尔罕和欧特拉迅速陷落后，成吉思汗给每个城市一个投降的机会。他派穆斯林使节去那里，敦促他们“从毁灭的漩涡和血槽中逃离”。如果他们反抗，他保证将歼灭他们于血海之中，“但如果你们智慧的耳朵听从忠告，顺服他的命令，你的生命和财产将安如磐石”。[334]成吉思汗总是说话算话。那些投降的人未受到任何伤害，他善待他们。反过来，他用这种公平待遇作为一种手段，鼓励其他城市投降。
有些城市投降了，而其他城市甚至在蒙古人威胁到来之前就揭竿而起反抗他们国王的压迫了，因而当一些难民逃避侵略者时，剩下的人也跑去加入侵略者的行列。其中一些人跑去迎接蒙古人，因为他们也是游牧人，宁愿接受成吉思汗的统治，也不愿受国王的压迫剥削。还有一些通常来自突厥部落的异教徒，他们憎恨人口占多数的穆斯林，因为他们受到穆斯林的压力，要求他们放弃自己传统的宗教信仰，皈依伊斯兰教。随着每次新战斗的开始，那些抵抗者面临的命运也越来越严酷。
现在没有什么能阻止蒙古人了。当他们来到大河时，他们用船建造桥梁，用石头和泥土建造水坝。当敌人跳上河边的驳船企图逃跑时，蒙古骑兵追杀他们，向他们发射易燃的石脑油，并在河面上来回拉起粗大的铁链。[335]蒙古人用石头、泥土和俘虏的躯体填充城市的护城河。当他们来到很高的城墙下时，他们搭建云梯，并让他们的汉人工程师制造破城槌、弩炮以及其他巧妙的围攻机械，而俘虏则在挖地道。
国王穆罕默德二世被吓坏了。术外尼在谈到他时说：“魔鬼这个蛊惑者，已使他的父亲穆罕默德一世心中恐怖和害怕到极点，以致为了不让那支威力无比的军队抓到，为了在他们的袭击前紧踩马镫逃生，他但求入地有缝、上天有梯。”[336]他开始与他的大儿子扎兰丁激烈争吵，扎兰丁想让他抵抗，因为蒙古人尚未到达他的首都。他对他父亲说：“在一个我们没有遭遇，甚至还没有离开他本土的敌人面前，转身逃跑，把军旅分散到各地，这是一个懦夫的表现，不是一个强大侯王的做法。”[337]扎兰丁认为，他父亲未能组织起一个抵抗蒙古人的联合行动。各城各省不得不各自为战，凭一己之力抵抗侵略军，相互之间没有协作，也没有人指挥。他请求父亲让他指挥军队，否则“我们将像胶糖那样受到谴责之口的咀嚼，在全人类面前溺毙在悔恨的洪水中”。
国王试图用哲学来证明他的立场。“圆中均有缺，满月均有亏蚀，缺中又均有圆”。他轻描淡写地说，有的时候不战斗倒是明智之举，“因为在绞索中激动只有加速死亡，把揣测和幻想结合起来只能产生疯狂。这是人所共知也是一个成立的事实”。[338]扎兰丁愤怒地离开了，决心“在雄伟的战场上驰骋”，即使他不得不违抗上天的意志，他也要战斗。
蒙古人一路追杀这位懦弱无能的国王，而他正从他的首都希瓦逃向里海，把自己的母亲、妻子和孩子们撇在身后，自谋生路，结果被蒙古兵俘虏，境遇凄惨。他空无一人的首都靠近现代乌兹别克斯坦和土库曼斯坦边境，曾是一座无与伦比的富裕城市。术外尼写道：“它的领域是容纳现代奇珍的宝地，他的宅邸散发各种崇高思想的光辉，它的州邑、郡县，因贵人光临而成为一个个玫瑰园。”[339]
国王的母亲组织疏散后宫和皇家金库。她杀害了城内聚集的所有人质，因担心蒙古人可能解放他们，而他们会加入敌营。城里的居民现在被抛弃了，因为“没有一个领袖派给他们，他们可以赖以应付不幸事故，负责国政和公务，并因他的摄政，他们可以抵抗老天施加的暴力”。[340]
成吉思汗派速不台和哲别两员大将率领两万精兵向西追击逃亡的王和金库，但他没有围攻都城。相反，他把它交给他的三个儿子负责，这样他们就可以获得占领首都的荣誉，同时学习一起合作。结果他们却像守城的希瓦人一样互不合作。术赤料想他最终会继承这座城市，因此想把破坏减到最低限度。而察合台和窝阔台只想要摧毁它，并掠夺它。他们“率领一支冲锋陷阵如洪水、连绵不绝如阵风的军队到来。他们绕城巡视，遣使诏谕居民投降”。他们没有得到回应，于是“他们忙于为攻城准备木头、投石机、投掷器等武器。花剌子模境内没有石头，他们便利用桑木制造投掷器。一如既往，他们每天都利用许愿和恐吓、威迫和利诱来逼迫居民，偶尔彼此也射几箭”。[341]
蒙古人的攻击相互脱节，缺乏组织。蒙古部队在护城河里灌满了石脑油，放火焚烧，几乎攻陷了这座城市，然后，为了挽救城内建筑物，使其免遭损害，他们使河流改道，结果前功尽弃。成吉思汗不得不下令，撤销术赤指挥官的职务，让窝阔台接替他的职位。几经挫折反复，最终还是攻下了这座城市。然后，出于贪婪，这几位兄弟抢夺贵重财宝，私自瓜分，却不送给他们的父亲——帝国的大汗一份。
成吉思汗入侵花剌子模帝国时，他发现，中亚城市的穆斯林与中国西部草原和沙漠绿洲突厥部落的穆斯林大不相同，他们并不像突厥穆斯林那样觉得他有什么魅力，也没有对陪伴他的穆斯林表示任何精神上的亲近感。对他们来说，他只不过是一长串不知从何处而来的野蛮劫匪中最新的一个，尽力抢走一切，然后便消失无踪。可是当他们发现，这个统治者与众不同，根本不打算离开时，他们后悔莫及。
花剌子模人并不像在西辽统治下的穆斯林那样欢迎蒙古人，也不把他们当作解放自己的英雄。同样，蒙古人也对他们的新敌人充满了蔑视。根据一个穆斯林的描述，蒙古人是这样看他们的：“住在房子里的城镇居民是退化和柔弱的族类，他们是种地的农夫，像牲口一样辛苦劳作的奴隶，以便他们的主子可以在奢华生活中打发时光。”[342]蒙古人对撒马尔罕、布哈拉和欧特拉人的观感则是：这些人就像山羊群或绵羊群，很快就被吓呆，容易诱导，可以随意驱使。
即使那些投降并服务蒙古人的穆斯林也竭力想弄明白他们的帝国和社会究竟发生了什么事。对这些虔诚的信徒来说，伊斯兰文明的明珠遭到如此空前的破坏是令人费解的。只有上帝的盟友才可能有这么大的能力，但上帝为什么允许这种毁灭呢？他们习惯于穆斯林之间的战斗、袭击、入侵、互相残杀，他们也曾与基督徒和非信徒作战，但异教徒从未如此大规模地征服过他们。因为这种征服太不可思议了，在某种程度上一定是神的旨意。成吉思汗一定与神有着某种看不见的联系。正如14世纪一位库尔德历史学家所说的：“虽然他不是一个穆斯林，但他与神之间有真正的友谊。”[343]
蒙古军队横扫花剌子模和古代波斯文明的土地，征服了一个又一个城市。其中一个重要城市是位于德黑兰东南部的雷城(Ray)。该城因不同版本的伊斯兰法而造成的宗教冲突很严重，内部四分五裂，几乎无法组织起对蒙古人的有效抵抗。根据16世纪的波斯历史学家穆罕默德·赫万达米尔的记载，相互对立的两个伊斯兰教派的信徒会见哲别，都恳求他杀死另一派的信徒。结果他把两派信徒全都杀死了，并且问道：“这些诡计多端的让自己同胞流血的男人还能是什么好东西？”[344]我们不能认为赫万达米尔的记载都是事实，因为这是在征服发生很久以后记下来的，但它说明了在穆斯林派别之间的宗教敌意有多么深。
伊斯兰内部的对抗如此之烈、仇恨如此之深，以至于与花剌子模国王为敌的许多穆斯林选择和蒙古人站在一起，并且很高兴看到蒙古骑兵摧毁国王军队的惨状。在巴格达的哈里发和常被称为阿萨森教派的伊斯玛仪派支派尼扎里派头目都被其他穆斯林指控曾在战争中暗助蒙古人。不管他们是否这样做过，一个不争的事实是他们从没有帮助过花剌子模国王。
成吉思汗肯定与伊斯玛仪派有过秘密交易。伊斯玛仪教派的第二十五任伊玛目哈桑三世在主动投降蒙古以后，曾派出使者拜见成吉思汗。[345]花剌子模国王统治着波斯世界的大部分地区，但里海附近的山地除外。这一大片山地由哈桑三世控制，其军事基地在阿拉穆特。他的穆斯林教派被大多数穆斯林谴责为异教徒，但他们则认为自己的领袖是一个神人。伊斯玛仪一向以狂野不羁的行为闻名，他们抽大麻，也滥用其他药物，沉迷女色，并频繁地突然改变他们的神学和宗教实践。这个王国地域狭小，周围强邻环绕，东北方向是花剌子模，西部是巴格达哈里发，西北方是塞尔柱突厥人。他们利用他们家园的崎岖地形保护自己免遭吞并。虽然他们没有一支实力强大的军队，但他们在山上建造了一系列似乎坚不可摧的堡垒。
为了与巴格达哈里发结盟对付花剌子模国王，哈桑三世已经放弃他的什叶派信仰，并宣布效忠逊尼派。他的追随者们接受了这种突然的变动，解释说是因为神自己不断变化的特性，但他们也知道，这可能只是一个政治策略，并没有什么神学意义。在他们的宗教和政治传统中，这种诡计总是让他们引以为傲。他们盲目追随他们的领袖，从不质疑和怀疑，也不后悔。
尼扎里派虽然人数不多，但影响力很大，全都是因为他们巧妙而有效地使用暗杀和恐怖手段。他们无法战胜战场上的军队，于是便对敌人的领袖采用特殊的外科手术般的打击。为达到此目的，尼扎里派组建了一支受过专门训练的敢死队，这些人愿意为了自己的宗教信仰牺牲自己。1307年，一位亚美尼亚史家在《东方史精华》一书中写道：“这些人没有信仰，无法无天。这些人没有任何信念或信仰，他们只信他们的主伊玛目，即所谓的山中老人教给他们的那样；而他们都那么服从于他们的主，只要他吩咐，他们情愿赴死。”[3]
这些敢死队成员都要接受训练，掌握他们邻邦的语言，理解其文化和服饰，还要学会伪装与隐身术。然后，他们被派去渗透进敌人的核心圈子，按照需要逐步有条不紊地进行，直到他们能很好地执行其任务为止。在大多数情况下，他们作为间谍采取行动，但是当需要时，他们随时准备发动袭击而牺牲自己的生命。他们或者个人单独行动，或者以小组形式行动，这样如果一个人失败了，另一个便能迅速取代他的位置。
他们的目标大多是其他穆斯林，特别是塞尔柱突厥人，但他们也刺杀过著名的十字军将领，比如的黎波里的雷蒙德二世和蒙费拉的康拉德等。他们也试图刺杀法国的腓力二世和路易九世以及英格兰的爱德华二世，但并没有成功。[346]有些被指为尼扎里派的谋杀行动很可能是更接近于受害者的对手干的，只不过嫁祸于尼扎里派。一些所谓的刺杀未遂案件可能是返回欧洲的十字军添油加醋编造的战争故事，这些人热衷于讲述自己的辉煌战绩和濒死体验。
即使是未遂的暗杀也能散布恐怖。在12世纪，敢死队施巧计渗透进了伟大的库尔德将军萨拉丁的核心圈子。这位将军曾是埃及、也门和叙利亚的阿尤布苏丹。他们设法来到他的私人住处，试图刺杀他，但两次行动都失败了。有一个流传的故事说，那个刺客故意放过了苏丹，当他爬进苏丹的帐篷后，并没有杀苏丹，而是用他的刀把一封警告信钉到苏丹的枕头上。即使是尼扎里派的盟友也对他们的友谊怀有戒心。术外尼写道：“一些与他们订有协议条款的国王，无论是前任国王还是当代的统治者，都吓得战战兢兢。”[347]
通常的刺杀都是自杀式袭击，因为刺杀目标的警卫往往要么杀死刺客，要么立即捕获他们，然后把他们折磨至死，但一些刺客设法逃脱并回到了阿拉穆特周围，在那里他们会被安排在世上过上天堂般的幸福生活，这通常意味着充足的毒品和性的供应。正是因为他们用这种方式使用大麻，因此他们得到一个称呼——阿萨辛派(hashshashin)，即吸大麻者。他们究竟吸了多少大麻是值得研究的，但这可能只是他们的敌人对他们的一种侮辱，以便说明他们的思想有多么混乱。无论是否属实，这个词在西方有了新的意义，成了一个现代词“刺客”(Assassin)。
伊玛目哈桑三世的使节与成吉思汗的会面当然是历史上很不寻常的一次会面，它也是一次非常秘密的会面。虽然术外尼在他所写的成吉思汗传记中介绍了尼扎里派的悠久历史，包括哈桑三世的传记，但他对伊玛目哈桑与成吉思汗交往的描写却很简略，颇让人感到费解和沮丧。据他说，伊玛目在会谈开始之前曾给成吉思汗寄过信，但却又说，关于这些信件，“真相并不明确”。[348]他暗示成吉思汗亲自会见了哈桑三世，但他并没有详细说明。他只承认可能是当时众所周知的情况：“显而易见的是，当征服世界的皇帝成吉思汗的军队进入伊斯兰教国家时，派遣大使述职并表示效忠的君主是贾拉勒·丁(即哈桑三世)，他选择了正确的道路，奠定了公义的基础。”术外尼用很长的篇幅说明蒙古与这些异端结盟的正确性，强调至少在当时，哈桑三世是与逊尼派妇女结婚并信奉逊尼派信仰的。
无论当时的会面中发生了什么，蒙古人和尼扎里派达成了一项协议，刺客教派和哈里发的部队会站在后面观望，让成吉思汗摧毁他们的敌人。[349]尼扎里派不会干扰蒙古人，但他们也没有派出战士与成吉思汗的军队协同作战。他们可以自由地攻击花剌子模，只要他们的攻击不影响蒙古军队的作战就可以。也许最重要的是，在成吉思汗在中亚地区作战期间，尼扎里派占领的所有土地起到了安全区的作用，供逃离蒙古人或花剌子模人的难民避难。尼扎里派的领地成了许多平民的救生走廊，但士兵除外。
成吉思汗和伊玛目之间的协议似乎是出于政治和战略的考虑。在他们结盟时，成吉思汗的重点是征服，而伊玛目已经快接近生命的终点。成吉思汗并不需要尼扎里派军队的一个原因，是他们能提供更有价值的东西。尼扎里派经营着一个出色的间谍网络，在中亚和地中海地区收集情报。根据史家阿里·伊本·阿尔·阿西儿的说法，尼扎里派的官员会见蒙古大将出马瀚，向他提供情报，鼓励他追击扎兰丁。[350]这个联盟在成吉思汗的一生中都很稳固，在他死后十多年里，尼扎里派继续向蒙古人提供情报。[351]尼扎里派没有给蒙古人提供士兵或进贡，但在蒙古军队一个接一个征服城市的同时，刺客们有时自发地向花剌子模发动袭击，并让他们的边界保持开放，接纳那些抛弃花剌子模国王的形形色色的难民。
伊斯兰世界的严重分裂给成吉思汗提供了利用宗教对立和宗派斗争进行征服的简单途径。虽然许多穆斯林接受成吉思汗的说法，他是上帝对他们施加的惩罚，但一些神秘的苏菲派声称，实际上是他们向上帝发出了一个神圣的呼求，招来蒙古人摧毁他们在伊斯兰教内部的敌人，并惩罚堕落的王室。根据一种说法，苏菲派的领袖曾亲自引导蒙古勇士进入市区，鼓励他们杀死所有的穆斯林，大喊：“啊，异教徒部落，杀死这些作恶的人。”[352]相互对立的苏菲教派一再重复引用同一个故事和说法，他们争着邀功说，是自己把蒙古人带到了伊斯兰世界。虽然存在多种说法，但这些记载都是在事实发生很久以后写成的，似乎更多的是虚构的故事，而不是事实。
拉施德丁的说法更加可信，他说，1221年，在对花剌子模首都希瓦发动攻击之前，成吉思汗设法拯救住在希瓦的伟大的苏菲派领袖纳吉姆·奥丁·可不拉和他的门徒。蒙古人把信息绑在箭头上射进城内，鼓励苏菲派逃离。七十位苏菲派弟子逃了出来，但他们的主人太老了，无法逃离。有人说，这场攻击正是他曾经向上帝祈求的。这位年迈的苏菲派大师拒绝了成吉思汗的邀请，不愿放弃这座城市，他回答道，七十多年来，他经历过“苦难的岁月，也经历过甜蜜的时光”，现在从家中逃走会显得缺乏“男人的操守和雅量”。据说他这样回答：“我将从你那里得到圣战和殉难的祝福，而你将从我们这里获得伊斯兰的祝福。”他相信蒙古人在净化伊斯兰教后最终将皈依伊斯兰教。[353]
拉施德丁告诉我们，这个城市投降后，成吉思汗和他的士兵曾寻找这位老苏菲派领袖，他们“找了很久，最后在被杀的人中间发现了他的尸体”。[354]他的竞争对手、反蒙古的苏菲派领袖声称对他的死负责，他说他命令成吉思汗杀死他和其他离经叛道的苏菲派领导人，因为他们犯了罪，把真正的信仰传授给不肖弟子，甚至还有狗。[355]
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成吉思汗认识到一般的穆斯林都很虔诚，因此他迅速制定了一个有效方法，利用他们对上帝的坚定信心作为打击他们的有力武器。1220年3月，在访问新征服的布哈拉的清真寺后，他召集该城的领袖开会。据术外尼记载，成吉思汗告诉他们：“人们啊，须知你们犯了大罪，而且是你们中间的一些大人物犯下这些罪行。如果你们问我，我说这话有何证明，那我说，这因我是上帝之鞭的缘故。你们如不曾犯下大罪，上帝就不会把我作为惩罚施降给你们。”[356]他声称，这些被打败的领袖应该负责，因为他们误导了他们的社会，同样，他认为宗教领袖应该为自己的行为和他们的追随者的行为负责。
他召集穆斯林领袖并不是想成为他们的学生或弟子。他是叫他们来接受审判。他自认为是上天在地上的代表，有责任研究被征服者的宗教，以确定他们所犯的错误，并纠正他们的错误。他仔细地审视着那些穆斯林领袖，就像一位商人在检查苹果上的蠕虫或宝石上的瑕疵一样。他的职责是区分善行和恶行，并惩恶扬善，使每个人回归正道。这些人中很少有人真正理解蒙古入侵的含义。当一位伊玛目被其追随者问到怎么会发生这样的事时，他回答说：“别出声!这是真主吹动的万能之风，而我们无权发言。”[357]
在后来的几个月里，他会见了自封的神人和智慧之师，他倾听他们、询问他们的做法、审查他们的成就，并测试他们的道德水准。他的探求并不是一位学者悠闲的研究，也不是在偏僻山洞里冥想的隐士的探求，他的探求是一个行动中的男人的探求。战斗正在身边残酷地进行，生与死的决定、战斗引起的肉体和情感的混乱都使他的精神使命更具有紧迫感。在令人窒息的战火硝烟中，他的思想必须坚强而清晰，与众不同，超越濒死之人的哀号之声。
他要用一条金色的缰绳驯服并驾驭迷途的宗教，并引导它们进入他所领导的一个车队。
一头骆驼不能成为一个商队，因此他认为，单独一个宗教也不能引导人类上天堂。他宣称，他的责任就是使“整个伟大的人类都走在法治的道路上，为了获得荣耀和名誉”。[358]
他并不是不信宗教本身，而是不信任控制宗教的人，因为那些人利用他们的权力来实现自己的目标，而不是上天的旨意。他让做错事的人对此负责，杀掉了一些人，也囚禁了许多人。而对另一些人，如果他们对社会和上天履行自己的职责，他承诺给予他们自由和经济支持。在他征服的土地上，他鼓励宗教自由，但是无论在何处遇到宗教极端主义，他都会严厉镇压。
在撒马尔罕会见穆斯林学者时，成吉思汗请虔诚的穆斯林不管在何处祈祷时，都记得为他祈祷。他认可穆斯林的大部分做法，赞扬他们致力于祈祷和施舍的行为，但也严厉批评他们，因为“他们随心所欲地吃喝快乐，整夜沉湎于**生活”，甚至在神圣的斋月也不知收敛。[359]《古兰经》中可能包含某种正确的信息，但它似乎并不比其他宗教的经书更有效地鼓励好行为。书本并不比它所鼓励的行为更重要。如果穆斯林不遵循自己圣书的命令，蒙古人凭什么要对它感兴趣呢？
他告诉穆斯林，没有必要去清真寺礼拜，或到麦加朝圣，因为上帝是无处不在的。他批评这些做法，但没有禁止他们。他极力劝阻穆斯林断肢惩罚、割礼、让妇女戴面纱或将妇女隔离，就像他讨厌汉人缠足一样；他谴责一些穆斯林的做法是可悲、不洁的，在他看来，他们违反了更高的道德律令。例如，他强烈反对屠宰动物时切开其喉咙，使其失血过多而死亡。在蒙古人眼中，这种做法残忍不洁，而且浪费，因为它污染了空气和土地。同样，在溪流或池塘沐浴就被认为污染了人和动物饮用的宝贵的水。
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随着战事减缓，一些城市选择投降，蒙古人开始欣赏伊斯兰教的魅力，觉得这种宗教比游牧民族简单的宗教更精致。他们遇到了一个伟大的穆斯林文明，并惊叹于它的美丽。布哈拉和撒马尔罕的清真寺像绿松石山拔地而起，地板上装饰着地毯，犹如白色大理石上的诗篇。
在进入布哈拉前，蒙古人不曾见过这样一个社会，宗教当局既行使政治权力，也担任法官，履行国家政府的职能。在佛教王国，统治者作为一个虚拟的神进行统治，但在穆斯林国家，很难确定谁制定法律，究竟是统治者统治宗教，还是相反。这两种政体混合在一起似乎是有问题的。毛拉、伊玛目和阿亚图拉负责执法，实际上掌管了国家权力，并使设立世俗统治者成为一件不必要的事情，而蒙古帝国的原则却相反。
穆斯林立即努力使蒙古人改变信仰，但成吉思汗予以抵制，部分原因是他对伊斯兰教与城市生活的密切联系持怀疑态度。在蒙古人看来，伊斯兰教是一种比较适合工匠、商人和农民的宗教。有一位汗曾这样告诉试图劝说他皈依伊斯兰教的穆斯林：“在我的勇士中没有理发师、铁匠和裁缝。”“如果他们成为穆斯林并遵循伊斯兰教法，他们以什么为生呢？”[360]蒙古人是游牧民和战士，他们的信仰支撑着他们的生活方式。
这些道德讨论记载在神秘的苏菲派穆斯林著作中，但是这些讨论很快就变味了，变成了竭力劝说蒙古人攻击对立的苏菲教派的自利行为。这些故事往往未注明日期，很少透露会议在何处举行，有时甚至连故事的作者也不交代，但从总体来看，它们使我们对讨论的基调和主题有了某种深入的认识。当苏菲派领袖哈贾·阿里被带来见成吉思汗时，这位蒙古领袖获悉，这位圣人的父亲也是一位圣人，“经常把食物分发给人们”。
成吉思汗问：“他把食物分给自己的百姓呢，还是分给陌生人呢？”
他的一个门徒回答：“每个人都把食物分给自己的百姓，但这个人的父亲把食物分给陌生人。”
成吉思汗说道：“那他的确是一个很好的人，他把食物分给神的子民。”然后他把那个人释放，并赐给那个人一件新斗篷。[361]
对苏菲教派来说，羊毛斗篷是一种信仰的标志，在一些苏菲教徒看来，这一姿态表明成吉思汗认可他们的宗教习俗。但蒙古人似乎很难把穆斯林和犹太人分开，更难把一派穆斯林跟另一派穆斯林分开。也难怪没有蒙古记录提到成吉思汗与苏菲教派的会见，甚至没提到他是否知道他们，而穆斯林作家却记录了一长串他与苏菲派领袖及其弟子的这种会见。
虽然很少有证据支持苏菲教派记录的所谓的会面，但苏菲派在蒙古人统治时期的确比较兴旺。最初的蒙古入侵曾把成千上万的苏菲派教徒送去流放，如伟大的诗人贾拉勒丁·鲁米的家人，而他们也因此把自己独特的崇拜方式向西传播，带到了土耳其和地中海东部沿岸地区。这些难民当然没有理由赞美蒙古人，但蒙古的宗教宽容政策给了苏菲教徒传教的自由并使之得以蓬勃发展。