光陰荏苒，一千年後，那顆定居的行星在超新星爆發中化為灰燼，然後又再過四千年，當年圖紙上遙不可及的星艦建造計劃已經化為漫天巨艦，遊弋在茫茫星海中。巨大的戴森球體籠罩著這些行星級的巨艦，隨著巨艦移動，阻隔了人造星體散發的光芒，讓星艦聯盟隱藏在黑暗的太空中，宛若幽靈般無聲無息。當大家再一次發現適合人類定居的星球時，流放者兄弟會早已改組為星艦聯盟，一艘艘宛若行星的星艦近距離地從行星邊掠過，每一艘都擁有著跟地球類似的生物圈，區區一顆行星已經無法再入大家的法眼。
對任何一顆星球而言，摸清周邊的環境都是很重要的事，對星艦聯盟來說也不例外，龐大的艦隊不停地遊弋在星海中，摸清自己所能到達的每一顆陌生星球的情況，才能保障聯盟的安全。
星艦聯盟為了安全而紮緊了自己的籬笆，在一些外星文明中，來自星艦聯盟的商品就成了緊俏貨，走私和緝私就像貓抓老鼠般一直持續不斷。
一支走私艦隊被緝私警務船押送回星艦聯盟，卻發生了一件不怎麽好的事情：走私船不敢走正規航線，它穿越了一條陌生的星際塵埃帶，數十名走私者連同押解他們的警察都被不明病原體感染，被緊急送往“斯堪迪”星艦的醫院救治。那些病原體傳染性極強，短短兩天時間，整個醫院的工作人員都被感染，醫院所在城市的居民被緊急疏散，所有的街道都被身穿防護服的士兵封鎖，避免病原體擴散到別的城市去。
疫情的惡化出乎所有人的預料，最高執政官召集最優秀的傳染病專家對病情進行研究，同時火速趕往發生疫情的城市，他知道進入疫區是非常危險的事，稍有不慎，他自己也會被感染，但他既然是最高執政官，那就必須站在最危險的地方，穩定整個星艦聯盟的民心。