在幾何學之後，康熙還學習了天文曆法、地理、哲學、光學、音樂、解剖學的課程，愛好可謂十分的廣泛。
另外，康熙對西醫也十分感興趣。
康熙三十二年，不幸得了瘧疾，對那個時代而言，瘧疾堪比現在的癌症，死亡率百分百。
那時的康熙，誅殺了鼇拜，平定了三番，驅逐了沙俄，人生正處於巔峰時刻。
還沒享受就要歸天，康熙自然是不願意。
於是召集禦醫開始治療。
隻可惜，群醫束手無策，無論如何用藥，病情都不見好轉。
好在，幸好傳教士給力，給康熙服下了一種治療瘧疾的神藥“奎寧”，康熙這才得以撿回一條小命。
最後，康熙怒斥中醫無能把給他治病的禦醫們給哢嚓了。
這件事情之後，康熙覺得西藥很神奇，便開始命人研究西藥。
因為小時候有得過天花的經曆，康熙便提倡種痘以防天花。
他先給自己子女及宮中女子種痘，後來又給蒙古49旗及喀爾喀蒙古部民種痘，使得千萬人因種痘而免去了患天花死亡，或沒死卻留下麻子的悲劇。
康熙帝還時常和西洋大夫一起出診。在《康熙朝滿文朱批奏折全譯》和《康熙朝漢文朱批奏折匯編》中，他還多次親自為病臣開方賜西藥。
康熙四十二年（1703年），法國傳教士樊繼訓在京病故，玄燁為之扼腕：“似此外科，委實難得，且人品亦憂，深為可憫，朕甚悼之”。
雖然康熙對於西醫產生了很濃厚的興趣，但西方的醫藥並沒有作為一個商品引進，沒有得到推廣，廣大的民眾也沒有享受到先進西醫的機會。
晚年時期的康熙，對科學的喜愛依舊不減。
康熙晚年，主持了全國性大地圖《皇輿全圖》的編纂工作。這張地圖以天文觀測與星象三角測量方式進行，采用梯形投影法繪製，比例為四十萬分之一。