家族基金会的起源可追溯到欧洲文艺复兴时期。许多著名的家族通过对公共事务的慷慨捐赠形成了巨大的影响力，直至今日依然留下了家族的美名。例如，美第奇家族、罗斯柴尔德家族、富格尔家族等。美第奇家族的资助对文艺复兴运动起到了举足轻重的作用，米开朗琪罗、达·芬奇、伽利略等巨匠都曾是其资助对象。美第奇家族通过对艺术、建筑、科学不遗余力的捐赠取得了惊人的成就，因而也被称为文艺复兴的教父。
秉承欧洲的慈善思想和传统，美国社会从17世纪中叶开始到19世纪，逐步建立了从早期慈善救济过渡而来的社会公益雏形，并发展出与之匹配的一套公益慈善思想。成立于1867年的皮博迪教育基金会（Peabody Education Fund）和成立于1882年的约翰F.斯莱特基金会（John. Slater Fund）“开创了现代大基金的模式，使相对零散的捐赠演变为合理化、组织化和职业化的公益事业，把探索社会问题的根源和辅助弱势群体更多地建立在科学的、理性的基础上而不是主要诉诸仁爱和利他主义”(8)。其后，在20世纪初，诞生了被史学家称为“公益事业革命”的现代基金会运动。在这一过程中，赛奇基金会（Russell Sage Foundation，1907）、卡内基基金会（Carnegie Corporation of New York，1911）、洛克菲勒基金会（Rockefeller Foundation，1913）、罗森沃尔德基金会（Rosenwald Foundation，1917）等家族基金会堪称模范，这些基金会通过自身的积极作为，展示了家族基金会在现代慈善事业中的巨大潜能，在美国历史上留下了不可磨灭的印记。家族基金会的兴起，推动了美国现代慈善事业的发展，同时也为美国现代基金会的发展提供了样板，“为个人和家庭提供了无与伦比的机会，去好好地做成一件事……家族基金会不断集中的财富改变了公益机构的影响和责任，以及与政府之间的平衡关系，使个人有机会去直接地，也更有效地去影响变革”(9)。
英国早在1601年即颁布了世界上第一部慈善法规《慈善用途法》，其后的几个世纪，财富家族兴办了大量的慈善机构。19世纪早期，英国乌托邦社会主义者、企业家、慈善家罗伯特·欧文率先建立基金会以改善企业员工的工作、生活条件，成为这一时期私人基金会的先驱。进入20世纪之后，英国迄今为止仍具规模的一些家族基金会相继成立，其中佼佼者如成立于1936年的惠康信托（Wellcome Trust），其以制药业巨子亨利·惠康爵士（Sir Henry Solomon Wellcome）的遗产创办，主要关注生物医学和健康科学研究领域。2017年，其资产达到232亿英镑，是全世界第二富有的慈善基金会。时至今日，英国的家族基金会以雄厚的资产、慷慨的捐赠和全球化的视野，为英国慈善事业提供了强大的助力。(10)与此同时，在欧洲范围内，家族基金会已经建立起一套成熟和完整的治理、运营模式，著名的家族基金会还有英国的利华休姆信托基金、盖斯比慈善基金会、纪念碑信托基金、塞恩斯伯里家族信托，德国的墨卡托基金会、博世基金会，瑞典的宜家基金会等。
进入21世纪之后，比尔·盖茨和梅琳达与沃伦·巴菲特在2010年发起“捐赠誓言”活动，号召全球亿万富翁将个人财富的半数以上捐赠给慈善事业，以比尔及梅琳达·盖茨基金会等为代表的家族基金会的成立，在全世界引发了对家族基金会这一慈善形式的高度关注和普遍实践。
追溯中国古代最早的慈善基金形态，不得不提到“先天下之忧而忧，后天下之乐而乐”的千古圣贤范仲淹。他在“未贵显”之时，见族人生活困寒，已“有志于”设立一个基金组织以赈济族人。时任杭州太守的范仲淹，在其晚年宣布捐出他一生的全部积蓄，在祖籍地苏州购置了一千余亩良田，建立一个宗族福利基金，称作“范氏义庄”，除资助范氏族人外还周济乡亲。在范仲淹去世后，他的两个儿子又续增条款，田地也一直由范氏子孙中有能力者不断捐赠，使范氏义庄继续维持下去。(11)范氏义庄堪称是我国慈善史上的典范，它是我国史料记载的第一个非宗教性民间慈善组织。它还创造了一个奇迹：虽然历经战乱，朝代不断更迭，但一直到清朝的宣统年间，范氏义庄依然有良田5300余亩，而且运作良好，义庄的慈善事业运行了800百多年。
进入现代，中国大陆家族基金会的发展始于改革开放后，与中国慈善事业的发展相同步。2017年的一份专题报告曾显示，从发起人身份上看，较早的家族基金会主要是文化名人、爱国华侨发起的，如注册于1984年的潘天寿基金会、1986年的福建省泉州贤銮福利基金会等。(12)随着改革开放和经济的发展、财富的积累，一批由企业家、创富一代创建的家族基金会逐渐出现，他们积极参与慈善事业，致力于创建机会平等、可持续的和谐社会。
1988年，《基金会管理办法》出台，这是改革开放后中国第一部专门规范中国民间组织登记管理的行政法规。次年（1989年），吴作人国际美术基金会、马海德基金会先后在北京注册成立。
2004年，《基金会管理条例》出台，进一步促进社会力量参与公益事业制定。这一年，中国第一家现代意义上的家族基金会——内蒙古老牛慈善基金会成立。老牛基金会家族特征明显：由牛根生家族捐赠资产，与他人或企业（包括家族企业）没有关联；家族全部成员参与慈善事业；财富和理念具有传承性，“有形资产”和“无形资产”代际相传。