然而，《淮南子》和《春秋繁露》在一系列问题上，又存在着重大区别。
首先，贯穿各自体系得最高范畴以及由此反映出的思想主流不同。《淮南子》的最高范畴是“道”，《春秋繁露》的最高范畴是“天”。前者承黄老道家思想之余绪，与时迁移，应物变化，以因应为主。全书讲论道德，总统仁义，“其大较归之于道”[273]。它把失道与得道看做胜败存亡的根本，认为失道则弱，得道则强，“国得道而存，失道而亡”[274]。它还分析了道的特征和功用，认为道能“覆天载地，廓四方柝八极，高不可际，深不可测，包裹天地，……施之无穷而无所朝夕，舒之幎（高诱注：幎，覆也）于六合，卷之不盈于一握”[275]。而且，天地之内，凡阴阳雨露所濡染者，都是“道德所扶”[276]。但道产生万物却又是自然而然，没有目的和意识，“其生物也，莫见其所养而物长；其杀物也，莫见其所丧而物亡。此之谓神明”[277]。“道”贯通一切，是《淮南子》全书的总纲，它包容一切，却不拥有一切，没有意志和情感。
《春秋繁露》贯穿全书的最高范畴是“天”。这是董仲舒对儒家天道思想的改造和发展。在董仲舒看来，天是“百神之君”“万物之本”，人人必须体认天意，依天行事。四时代谢，社会治乱，以至人的喜怒哀乐，都是天意的体现。人君施政，必须仁民爱物，“省天谴畏天威”，才会政通人和；反之，则政衰民乱。天产生万物并规定其消长盛衰的次序，有喜怒哀乐，任德而不任刑，尊阳而贱阴，有绝对权威。凡此等等，表明《春秋繁露》的天是倾注了作者社会政治思想的人格神，它统驭一切，人们必须按“以人随君，以君随天”的原则办事，做到“屈民而伸君，屈君而伸天”[278]。
两书分别围绕“道”“天”范畴而展开的思想体系，其主导倾向是不同的：《淮南子》以道家思想为主体，《春秋繁露》以儒家思想为依归。前者虽然讲论道德，兼容仁义，但终归于“道”。全书多处歌颂道的美妙，反复申论无为而治。它说：“君道者，非所以为也，所以无为也。何谓无为？智者不以位为事，勇者不以位为暴，仁者不以位为患，可谓无为之矣。”[279]“人主之术，处无为之事，而行不言之教。”[280]它认为无为是“道之宗”，能把握此宗，就可“应物无穷”[281]。此外，它还倡导全性保真、清心寡欲等道家修养理论。只要能全性保真，不亏其身，就能与道同体。如果耳目**于声色之乐，则五脏摇动而不定，最终会“精神驰骋于外而不守”，沦于深重的灾祸之中。它还认为，“五色乱目，使目不明；五声哗耳，使耳不聪；五味乱口，使口爽伤”[282]。这已不只是以物欲为耻，简直是以物欲为罪了。沿着这种思路，《淮南子》要求人们“以死生为一代”，“形若槁木，心若死灰”，“轻天下”“细万物”“齐死生”[283]，以超脱于尘世的名利场。显而易见，《淮南子》在万物形成、帝王统治方法以及个人心性修养方面，都是以道家思想为指导的，甚至很多用语都与先秦老庄一样！当然，它也包容儒家等学派的思想，但毕竟只是当做实现无为而治的“治之具”，将其置于道家思想的统属之下，“仁义之不能大于道德”，“仁义在道德之包”等规定，鲜明地表现了它的思想倾向。
《春秋繁露》讲论天人关系，探求治乱之本，力倡仁政德治，其旨归于儒家。作者以王道政治为标榜，反复强调仁政、德治。认为君主如能以“文德为贵而威武为下”，就可长治久安。他力主阳德阴刑、德主刑辅，要求“圣人”多爱少严，厚德简刑。他认为只有“循三纲之纪，通八端之理，忠信而博爱，敦厚而好礼，乃可谓善”[284]，这是典型的儒家思想。至于君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲和仁、义、礼、智、信等“三纲五常”的伦理观念，以及“正其义而不谋其利，明其道而不计其功”的义利观，更是对先秦儒家思想的系统化和深化。它通过对人们的内在控制，增强社会秩序的稳定，并使家庭制度与政治制度交融，形成了中国古代思想文化的一大特点，这正是儒家文化的功能表现。诚然，《春秋繁露》中也吸收了法家、阴阳家、道家等的思想，但在该书中始终受制于儒家，因此，《汉书·五行志》称其“为儒者宗”，确非虚词。
其次，在体系的疏严，理论的精粗方面，《淮南子》与《春秋繁露》有明显的高下之别。《淮南子》诸家杂陈，内容庞杂，体系不够严密。由于它以因应为处世的基本态度和方法，企图兼容并包不同学说，故而在书中出现了截然不同的思想观点，自相矛盾。例如，一方面，攻击儒家的礼义，说什么“仁义立而道德迁矣，礼乐饰则纯朴散矣”[285]，“圣人内修道术，而不外饰仁义”[286]；一方面又赞美汉武帝是“持以道德，辅以仁义”而使“四海宾服”“天下混而为一”[287]。又如，一方面要以道德为根本，追求“与化游”“与道同”的天人合一的精神境界；一方面又要人们“能明于天人之分”[288]。虽然把“道”范畴看得很高，但道与其他范畴的具体关系，却未加以论述和揭示。此外，对于老庄道家语言的袭用，胜于对其思想的继承；对汉初黄老道家的因应思想，取之甚丰，而对其功用观点，却又弃之不当。剽剥儒法，务以为治，却又将其嫁接于清静无为之树，使其成为无果之花。这些，反映出《淮南子》理论上的庞杂和体系上的粗疏。《春秋繁露》以人、君、天步步相随，层层相屈，构建起一个天、地、人的有序状态。用阴阳五行作天人感应思想体系的骨架，贯通一切，用天意约束万有。以儒为主，兼综各家，一切围绕大一统局面的维护，“相反之物不得两起”，持论始终如一。天、人、阴阳、五行、四时，各有所司，各安其位，相互贯通……这一切，表现出该书理论上的精致、统一和体系上的严密，确非《淮南子》所能比拟。
最后，在社会制度和伦理规范的建设以及中央和地方的权力关系方面，两书也有根本区别。《淮南子》对于政治、文化等制度的建设，很少论及。对伦理规范的建设，也无啥建树，只是用道家清心寡欲、全性保真、无为弃智的一套理论，消极地去影响社会。这种情况的出现，与它集黄老之学之大成有关。而黄老之学，从本质上讲，只是一种重功用的政治理论，而非精于思辨的哲学体系，因此，它忽视社会制度和伦理规范的建设。《春秋繁露》与其不同。它首先着意建立封建官僚制度，这一制度的建立，不仅改变了先秦儒家私门传学和法家“学在官府”“以吏为师”的传统，集两家教育思想和方法的精华为一体，为大规模培养人才开辟了道路；而且，更为重要的是，它把政治教化的施行，家庭制度的建立和完善，与读书致仕的制度结合起来，构成了不同于先秦更不同与亡秦的文官制度。教育制度与官吏选拔制度相结合，形成了中国文化的一大特点。至于对中国思想文化影响深远的“三纲五常”等伦理规范的确立，则更集中地反映出董仲舒在社会控制方面的战略眼光。
在中央和地方的权力关系方面，众所周知，《淮南子》主张分权，反对集权（顺带指出，它并不反对统一）。《春秋繁露》则主张高度的中央集权，以利君主“持一统”。
以上几方面的不同之处，反映出《淮南子》和《春秋繁露》在社会政治、人伦物理、理论构建等方面大异其趣，表明西汉中期思想领域的分合异同。