李贽的主要撰述有《藏书》、《续藏书》，《焚书》、《续焚书》，前者是历史评论著作，后者是诗文集而重于思想评论，它们在史学史和思想史上各有重要的地位。他还编有《初潭集》，合《世说新语》与《焦氏类林》成编，其批点、评论，也反映出他的哲学思想和社会思想。
《藏书》68卷、《续藏书》27卷，是李贽关于历史人物评述的两部著作。《藏书》取材于历代正史，记战国至元末约800个历史人物。《续藏书》取材于明代人物传记及有关文集，记明代万历以前约400个历史人物。从历史思想来看，《藏书》所包含的历史评论的批判精神，具有突出的史学价值。李贽的历史评论的批判精神，表现在以下几个方面：
首先，是表现在对历史评价的理论认识上。李贽认为：“人之是非，初无定质；人之是非人也，亦无定论。无定质，则此是彼非并育而不相害；无定论，则是此非彼亦并行而不相悖矣。”[90]这是肯定了人们认识事物的“是”与“非”是可以同时存在的，不仅可以“并行”，而且可以“并育”，即促进认识的发展。李贽进而指出：汉、唐、宋三代，“中间千百余年而独无是非者，岂其人无是非哉？咸以孔子之是非为是非，故未尝有是非耳”。这是明确地提出，在历史评价上，应当改变“咸以孔子之是非为是非”的传统价值观念。在他看来，千百年中只遵循孔子的是非为是非，就等同于没有是非可言，更谈不上“是”与“非”的“并行”、“并育”。李贽还认为：“夫是非之争也，如岁时然，昼夜更迭，不相一也。昨日是而今日非矣，今日非而后日又是矣”，怎么能以孔子的是非为定论呢。李贽提出的这些论点，在历史评论的理论发展上，是一个重大的进步。唐代刘知幾曾大胆地提出“疑古”、“惑经”，表现出了他在历史评论和史学批评上的批判精神。不过，他所“疑”之“古”、所“惑”之“经”，只是就一些具体的史文和记载说的；而李贽则是从历史评论的基本原则即历史评价的标准上提出了异议。在魏晋南北朝隋唐时期，史学上曾有一派主张，即历史撰述在形式上和思想上都应效法《春秋》。针对这一类主张，唐人皇甫湜提出：“是非与圣人同辨，善恶得天下之中，不虚美，不隐恶，则为纪、为传、为编年，是皆良史矣。”[91]这是表明，作为“良史”，在历史撰述上不必尽效法《春秋》。而李翱的《答皇甫湜书》也提出了“用仲尼褒贬之心，取天下公是公非以为本”[92]，作为历史评价的原则。他们提出的“是非与圣人同辨”、“取天下公是公非以为本”的思想，反映了史家在历史评论上自觉意识的增强。但是，所谓“善恶得天下之中”、“用仲尼褒贬之心”的不同价值原则，则又表明他们还没有完全摆脱《春秋》思想的羁绊。李贽在前人的基础上又前进了一大步，他主张在历史评价的是非上，史学家应当有自己的是非标准，而要做到这一点，必须突破“咸以孔子之是非为是非”的传统观念。尽管李贽在历史评价的是非上带有一定的相对主义的色彩，但这并不是他要宣扬的主要之点；要求突破传统思想束缚的批判精神，毕竟是居于主导地位的。
其次，是表现在对于历史进程的认识上。李贽对历史进程有自己的独立见解，即把历史进程看作是种种不同历史人物活动的轨迹；不论这些历史人物活动的性质及其后果如何，都应当在这个轨迹上反映出来。《藏书·世纪》部分，就是按照这个认识编撰的。他在《藏书》卷二《世纪·混一诸侯》一目之下，列举了秦始皇帝，在《匹夫首倡》下写了陈王胜，在《英雄草创》下写了西楚霸王项羽，在《乘时复业》下写了齐王田横，最后在《神圣开墓》下写了汉高祖皇帝。按照同样的道理，王莽、公孙述、曹魏、孙吴、刘蜀、南朝、北朝，以及李密、窦建德等，都一一列于“世纪”之中。他对历史进程的这种看法，有两个鲜明的特点：一是摆脱了“天命”论的窠臼；二是基本上跳出了“正统”论的圈子。同时具备这两个方面批判精神，在他以前的史学家中是少见的。李贽以混一诸侯、混一南北、华夷一统分别评价秦、隋、元三朝的历史，以东晋为南朝开端、刘渊为北朝起始等见解，也都不与前人雷同。李贽还认为：历史上的“治”与“乱”是相互依存、相互转化的，“乱之终而治之始也”，“治之极而乱之兆也”。他是用人们物质生活的“文”与“质”的相互转化来说明这种现象的。可见，他对于历史上治乱的认识是具有朴素的唯物思想和辩证思想的。但他没有指出在“一文一质，一治一乱”中历史的进步，反而认为“一治一乱若循环”，暴露出他在历史观上的局限性。
最后，是表现在他对众多历史人物之与众不同的评价上。由于以上两个原因，李贽在评价历史人物方面，往往能是前人所未能是，亦往往敢非前人所未敢非。他称秦始皇“自是千古一帝”，称陈胜是“古所未有”，称项羽“自是千古英雄”，说西汉元、成、哀、平四帝“不足称帝”等，都表明他敢是敢非的独立见解。这种独立见解，突出地反映在他对历史人物的分类上。李贽把帝王以外的历史人物分为8大类：大臣、名臣、儒臣、武臣、贼臣、亲臣、近臣、外臣。每类又分若干门，如大臣分为5门：因时、忍辱、结主、容人、忠诚。名臣分为8门：经世、强主、富国、讽谏、循良、才力、智谋、直节。儒臣分为2门：德行（含德业、行业）、文学（含词学、史学、数学、经学、艺学），等等。这说明李贽对于历史人物有一个自成体系的全面认识，而他对每一个、每一门以至每一类历史人物的划分，实际上已包含着对他们的评价，反映出他不同于以往评价历史人物的一些见解。其中，他对“儒臣”的批评尤为激烈。他说：“儒臣虽名为学而实不知学，往往学步失故，践迹而不能造其域，卒为名臣所嗤笑。然其实不可以治天下国家，亦无怪其嗤笑也。”[93]他对于儒臣的这种否定，不免失于偏激，但他批评宋人“直以濂洛关闽接孟氏之传”自诩，是一种否认历史连续性的错误认识，认为千数百年中“若谓人尽不得道，则人道灭矣，何以能长世也！”[94]他批评隋末王通“学未离门户，教不出垣墙”，“彼其区区，欲以周公之礼乐，治当时之天下；以井田、封建、肉刑为后世之必当复。一步一趋，舍孔子无足法者。然则使通而在，犹不能致治平也，况其徒乎！”[95]这反映出李贽的历史进化思想，跟上文所引他关于治乱循环的说法，并不一致，说明他思想的矛盾。像这样的一些批评，都是很有见地的，而显示出他的批判的锋芒。
自《史记》以下，历代正史中都有一些类传；魏晋南北朝以后，各种专题性质的传记如雨后春笋，而正史中类传的名目也时有变化，这无疑启发了李贽对于历史人物的分类和评论。但是，像《藏书》这样对历史人物提出了整体性的认识，并按他们的身份、事功、专长、性格等做详细的分类和评论，大胆倡言作者的批判性见解，以前还不曾有过。这是李贽对中国古代史学的贡献，而尤其是对历史评论发展的贡献。
这里，附带说一说《史纲评要》这部书。据康熙《麻城县志》记，李贽所著书中有《史纲》一部。又据康熙时人吴从先所作《史纲评要序》称：“若其凌轹无状，信非卓吾不为，非卓吾不能矣”；“予所疑，疑所藏者，必不疑卓吾”。因此，今人一说，以《史纲评要》为李贽所撰。[96]现姑依此说，略述其书，存而备考。
《史纲评要》凡36卷，编年体，起“三皇五帝纪”讫“元纪”。史文甚简；评论尤简，少的只有一个字，多的也只有几十个字。书名称为“史纲评要”，颇得体。其性质，是一部历史评论之书。而它在历史评论方面有两个特点：一是突破传统的藩篱，多有新见；二是嬉笑怒骂皆寓褒贬。例如，它评论秦的统一，指出：“始皇出世，李斯相之，天崩地坼，掀翻一个世界。是圣是魔，未可轻议。”[97]所谓“掀翻一个世界”，乃发前人之所未发。他评论汉武帝下诏罪己，认为：
汉武惟此一诏可谢高帝、文帝。天下大坏而得以无恙，佛门之忏，圣门之政，过天地之风雷，可不勇哉！[98]
这是充分肯定了汉武帝下诏罪己的大智大勇及其历史作用。
又如它评论唐高祖传位唐太宗的诏书说：
太祖此诏，最为得之。于是知向之立建成者为非是矣。盖此天下乃太宗上献之太祖，非太祖下传之太宗者也。岂与世及之常例乎！
这是对一个久有争议的问题所发表的极奇特的见解。
再如，武德八年之下记：
以张镇周为舒州都督。镇周以舒州本其乡里，到州，召亲戚酣宴凡十日，赠以金帛，泣与之别曰：“今日张镇周犹得与故人欢饮；明日之后，则舒州都督治百姓耳，官民礼隔，不复得为交游矣。”自是亲戚故人犯法，一无所纵，境内肃然。
其评论之语是“妙人”，“老顽皮”[99]。
《史纲评要》一书，在历史评论的见解上，多有启发人的地方，然就史笔而言，可以借鉴的地方不多。