在史学近代化的过程中，也伴随着近代的历史研究方法的出现。
1947年，顾颉刚在他的《当代中国史学·引论》中，讲到当时的中国近百年史学的后期发展情况时写道：
后期史学的面目，是颇为新颖的。他（它）所以比前期进步，是由于好几个助力。第一是西洋的科学的治史方法的输入。过去的乾嘉汉学，诚然已具有科学精神，但是终不免为经学观念所范围，同时其方法还嫌传统，不能算是严格的科学方法。要到五四运动以后，西洋的科学的治史方法才真正输入，于是中国才有科学的史学可言。在这方面，表现得最明显的，是考古学上的贡献；甲骨文和金文经过科学的洗礼，再加上考古学上的其他发现，便使古代文化的真相暴露了出来。此外如新的考据论文，多能揭发各时代历史的真相，而史料的整理，也比从前要有系统得多。这都是科学方法之赐。[60]
在这之后，他还依次讲到另外几个“助力”：西洋新史观的输入，新史料的发现，欧美、日本汉学研究的进步，新文学运动的兴起等。作者把方法置于第一个“助力”，足以表明那时相当多的一部分学人的认识。
在这里，顾颉刚所说的“科学的方法”，主要是指近代考古学的方法和历史考证方法。其影响所及，有对甲骨文、金文的新认识，有新的考据论文，有一系列考古新发现，有新的史料整理，从而有了对古史的新认识。这个“科学的方法”的提倡，以胡适为最早，而王国维、顾颉刚、陈寅恪、陈垣是取得成就最突出的史家，被称为近代史学上的考据学派[61]。这个时期，梁启超在史学上有广泛的论述，他关于治史方法的倡导，产生了一定影响。
在二十世纪初的中国史学上，胡适被称作是一个“最先有方法自觉”的人。而胡适自己也认为“‘方法’实在主宰了我四十多年所有的著述”[62]。胡适以其在新文化运动中的影响，又打着“科学”的旗号，故其倡言“方法”的言论，曾一度为不少人所接受。胡适所倡言的“科学的方法”，用他自己的话来概括，叫作“大胆的假设，小心的求证”，这10个字，是“胡适科学方法的商标”[63]。胡适的方法论，另一方面标榜“尊重事实，尊重证据”，另一方面又否认真理的客观性，从而否认人们认识真理的可能性。他认为“一切‘真理’都是应用的假设”，“所有的科学律例不过是一些最适用的假设，不过是现在公认为解释自然现象最方便的假设”[64]。可见，胡适的“科学的方法”实质上是实用主义方法。这种“方法”既不承认真理的客观存在，“事实”和“证据”也就从根本上失去了它的价值。而其在对待具体史事上，“宁可疑而错，不可信而错”，实则是一种历史虚无主义的方法论。
顾颉刚是受到胡适所说的“科学的方法”的影响而又同胡适走着不同治史道路的史家。1926年，顾颉刚在《古史辨·自序》这篇长文中，讲到了他对科学方法的认识过程，以及他是怎样找到了一种研究历史的方法的。他写道：
我常说我们要用科学方法去整理国故，人家也就称许我用了科学方法而整理国故。倘使问我科学方法究竟怎样，恐怕我所实知的远不及我所标榜的。我屡次问自己：“你所得到的科学方法到底有多少条基本信条？”静中温寻旧事，就现出二十年来所积下的几个不可磨灭的印象。十二三岁时，我曾买了几部动物、植物的表解，觉得它们分别种类的清楚，举出特征和形象的细密，都是很可爱的。进了小学，读博物理化混合编纂的理科教科书，转嫌它的凌乱。时有友人肄业中学，在他那边见到中学的矿物学讲义，分别矿物的硬度十分明白，我虽想不出硬度的数目字是如何算出来的，但颇爱它排列材料的齐整，就借来抄录了。进了中学，在化学课堂上，知道要辨别一种东西的原质，须用它种原质去试验它的反应，然后从各种不同的反应上去判定它。后来进了大学，读名学教科书，知道惟有用归纳的方法上可以增进新知；又知道科学的基础完全建设于假设上，只要从假设去寻求证据，更从证据去修改假设，日益演进，自可日益近真。后来听了适之先生的课，知道研究历史的方法在于寻求一件事情的前后左右的关系，不把它看作突然出现的。老实说，我的脑筋中印象最深的科学方法不过如此而已。我先把世界上的事物看成许多散乱的材料，再用了这些零碎的科学方法实施于各种散乱的材料上，就喜欢分析、分类、比较、试验，寻求因果，更敢于作归纳，立假设，搜集证成假设的证据而发表的主张。如果傲慢地说，这些新主张也可以算得受过科学的洗礼了。[65]
从这一段自述中，人们可以清晰地看到顾颉刚学习“科学方法”的热情和轨迹，可以由此进而看到在二十世纪二十年代中国学人热心于讲求“科学方法”的一般情形。
胡适和顾颉刚都十分强调治史方法的重要，故有的研究者把他们称作“方法学派”[66]。他们虽然都是以“疑古”著称于史学界的人物，但他们两人所“疑”不同。胡适的“疑”，在哲学思想上是不相信真理的客观存在而宣扬实用主义，在历史观点上不相信中国有优秀的文化遗产而宣扬民族虚无主义。顾颉刚的“疑”是在学术上以“疑古”为手段而以“考信”为目的，并从治学态度上的客观主义转向对民族前途的关切[67]。顾颉刚的“疑”，最终还是要达到“日益近真”的目的，跟胡适的“疑”在性质上也有不同。顾颉刚提出的“累层地造成的中国古史”的历史观点，对有关古史的一些传说起了廓清之功，他从研究《禹贡》开始的历史地理研究和边疆地理研究，他编著的考辨古史的名作《古史辨》等，在中国近代史学上都是有地位，有影响的。
王国维、陈寅恪、陈垣都是以考据显赫于中国近代史学的名家，但他们的考据又各具特色。王国维用“二重证据法”，以达到“古史新证”的目的。他对于考古学上的新发现表示极大的重视，认为这推动了新学问的出现。他甚至认为，这在中国历史上有长久的传统，他这样说过：
古来新学问之起，大都由于新发现。……有孔子壁中书出，而后有汉以来古文家之学。有赵宋古器物出，而后有宋以来古器物、古文字之学。晋时汲冢竹简出土后，同时杜元凯之注《左传》，稍后郭璞之注《山海经》，已用其说。然则中国纸上之学问，有赖于地下之学问者，固不自今日始矣。[68]
王国维在关于古史的研究中，善于以旧史料解释新发现的材料，又以新发现的材料印证旧史料：新发现的材料可以证明古史记载中的可信部分，而古史记载也可以补新材料中的脱略。这样，新材料可以充分发挥作用，旧材料也可以得到重新鉴定。他用这一方法对古史中的疑难问题进行深入的考证，取得了突破性的进展，为中外学人所推崇。他自己解释这种方法叫作“二重证据法”，他这样写道：
研究中国古史，为最纠纷之问题。上古之事，传说与史实混而不分。史实之中，固不免有所缘饰，与传说无异；而传说之中，亦往往有史实为之素地。二者不易区别，此世界各国之所同也。在中国古代已注意此事。
…………
至于近世，乃知孔安国本《尚书》之伪，《纪年》之不可信，而疑古之过，乃并尧、舜、禹之人物而亦疑之。其怀疑之态度及批评之精神，不无可取。然惜于古史材料，未尝为充分之处理也。吾辈生于今日，幸于纸上之材料外，更得地下之新材料。由此种材料，我辈固得据以补正纸上之材料，亦得证明古书之某部分全为实录，即百家之不雅驯之言，亦不无表示一面之事实。
此二重证据法，惟在今日始得为之。虽古书之未得证明者，不能加以否定，而其已得证明者，不能不加以肯定，可断言也。[69]
人们在评价王国维的史学成就时，总是不能离开评价他的治史方法，可见他的“二重证据法”在近代考据学上的重要地位。陈寅恪在《王静安先生遗书序》中这样写道：
这里讲的“互相释证”、“互相补正”、“互相参证”都离不开考据方法，并把它加以理论化了，唯其如此，故可以“示来者以轨则”。从王国维到陈寅恪，都十分注意对治史方法的总结，由此也可以窥见一代学人的学术风貌。
陈寅恪和陈垣也都是近代历史考据学上的大师，前者以诗文与史事互证，后者以探求史源、讲究类例，在考据和撰述上都取得了创造性的学术成果。从二十世纪三十年代开始，陈寅恪注意到以诗文证史的方法，如以韦庄《秦妇吟》补述黄巢起义事迹，以李复言《续玄怪录》发中唐宫闱斗争隐秘等，都是在这方面的独特创举。四十年代，他把以元稹、白居易诗笺证史事的著作集成《元白诗笺证稿》，成为以诗证史的一部里程碑式的著作。后来，他又用十年时间，撰成《钱柳因缘诗释证稿》即《柳如是别传》，通过笺释钱谦益、柳如是诗文，广泛地论述了明末清初的历史。其中涉及一些重大历史事件，如复社事迹、钱谦益投清因缘、郑成功复明活动等，本末甚详，且可补正史之不足。这书是以诗文系统地考订一代史事的杰作，作者自称撰述此书是“欲自验所学深浅”，堪称是作者一生治学方法的总结。[71]
陈垣研究历史和历史文献的一个重要方法，是讲究类例，即分类列举的方法。他在一个专题下面搜集许多材料，区别类例，找出一定范围内的通例，然后编纂成文。他写的《元西域人华化考》，用了这种方法。他晚年的代表作《通鉴胡注表微》，也用的是这种方法。他在历史文献学方面的著作，如《史讳举例》，成书8卷，为例82；《元典章校补释例》，在一万两千多条材料中，选取十分之一，分类部居，加以疏解，成书6卷，为例50。他的《旧五代史辑本发覆》也是属于校勘性质的专书，不以例称，但也是运用类例的方法写成，凡5卷，收录材料194条，分为10例。[72]陈垣在史学方法论方面，也提出了自己的见解，如他在《史讳举例》序中说道：
民国以前，凡文字上不得直书当代君主或所尊之名，必须用其他方法以避之，是之谓避讳。避讳为中国特有之风俗，其俗起于周，成于秦，盛于唐宋，其历史垂二千年。其流弊足以淆乱古文书，然反而利用之，则可以解释古文书之疑滞，辨别古文书之真伪及时代，识者便焉。盖讳字各朝不同，不啻为时代之标志，前乎此或后乎此，均不能有是，是与欧洲古代之纹章相类，偶有同者，亦可以法识之。研究避讳而能应用之于校勘学及考古学者，谓之避讳学。避讳学亦史学中一辅助科学也。[73]
这里，他不仅说明了什么是避讳和避讳学，而且从史学的宏观方面来说明避讳学方法应用的重要，沟通了古今中外，具有理论概括的意义。可以认为，陈垣区分类例的方法，继承和发展了古代史家在这方面的成就，在近代历史考据学上取得了独树一帜的成就。
最后，我们还要说到，近代“新史学”的首倡者梁启超在史学方法上也有突出的贡献。梁启超的论著中，有比较方法和统计方法的应用[74]。但梁启超在史学方法上的突出贡献，还应是他的《中国历史研究法》及《中国历史研究法补编》这两部书所阐述的方法论问题。这两部书的题名，表明了作者是着意于史学方法的。关于这一点，梁启超在《补编》的《绪论》中作了这样的说明：
凡《中国历史研究法》书中已经说过的，此次都不详细再讲。所以本篇可名之为《补中国历史研究法》或《广中国历史研究法》。
……旧作所述，极为简单，不过说明一部通史应如何作法而已。此次讲演，较为详细，偏重研究专史如何下手。因为作通史本不是一件容易的事情。专史没有做好，通史更做不好。若是各人各做专史的一部分，大家合起来，便成一部顶好的通史了。此次讲演，既然注重专史，所以又可叫做《各种专史研究法法》。总论的部分，因为是补充《中国历史研究法》所不足，所以很零乱，没有甚么系统。分论的部分，因为注重各种专史的作法，所以比较复杂，更丰富。[75]
梁启超自己把这两部著作概括为“通史的作法”和“专史的作法”，都是属于历史编纂法方面的内容。值得注意的是，梁启超在这两部书中所阐述的历史编纂方法，并不只是形式方面、技术方面的问题，它也涉及对历史、史学、史学史、史学的改造、史学的目的、史家修养，以及史料学和历史表述方法等问题。可见，梁启超所着意要阐述的史学方法，是以历史编纂方法为核心的涉及许多史学理论问题的广义的史学方法论。他阐述的史学方法论之所以必须涉及广泛的史学理论问题，其精髓则在于“史之改造”。由此看来，梁启超之论史学方法的特点，是不脱离理论认识去孤立地讨论史学方法，这是他倡导“新史学”的高明之处。
以上，我们是结合着在中国近代史学上有重要影响的史家，阐述了近代的历史研究方法的基本面貌和主要成就。在二十世纪二十年代至四十年代，中国学人也写出了一些以介绍西方史学方法为主要内容的史学方法著作，对促进中国史学方法的发展起到了积极的作用。