为满足综合高中多样化的人才培养要求，综合高中的课程体系围绕着“普职融通”的核心要求来设置，文化知识素养学习与技能能力训练并行，学生兼顾升学准备与就业准备，因此呈现出模块化与订单化的面貌。
在管理学上，模块化管理是一种处理复杂系统，并把其分解为更好的可管理模块的方式。每个模块都可以自成一个体系，独立运作，但是又可以随时嵌入一个更大的系统中，或者从大系统中拆卸下来。综合高中的课程门类众多，可以把其整体视为一个大体系。整体的课程体系可以分成三个模块：基础课程模块、学术课程模块、职业课程模块。每一个课程模块内部可以根据学科要求、年级要求或专业要求的不同，将内部模块分成次一级的课程模块，并依此方式进一步拆分。
基础课程模块的设置要求对应综合高中对“全人”的追求，课程内容主要是关于人文、自然科学、社会科学等各领域的基本知识，以及价值观、人生观、待人接物能力等伦理道德知识。基础课程面向综合高中的全体学生，要求每一位学生都必须修读，并达到一定的学分，为其拥有一个相对宽阔的知识视野和文化素养打下基础。基础课程模块基本放在综合高中学生分流之前的学习阶段，其中的个别课程可以贯通到分流后的学习中。
学术课程模块、职业课程模块放置在综合高中学生分流后的学习阶段，主要目的是通过相应的课程学习，实现学生升学或者就业的人生目标。学术课程模块针对的是以升学为目标的学生群体。专业课程的设置应该参考普通高中的课程门类，并且参考高等教育阶段普通高校和职业类院校的专业学科设置，结合自身学校学科优势和所在地区的特点，实施国家课程和地方课程、学校课程相结合的课程设置。
职业课程模块针对的是以就业为目标的学生群体，此模块的具体课程要有一定的门类，以让学生在进行职业培养时有较多的选择。同时，受制于综合高中的规模和师资结构，综合高中的职业课程的种类一般不会过多，而是结合当地的社会需求和学校自身的历史和发展现状，实现职业课程设置的精品化、特色化。
综合高中模块化的课程设置可以充分满足学生普职融通的学习需求。所有学生在基础课程阶段一起学习。在分流后，选择继续升学的学生以学术课程为主，但要同时修读一定比例的职业课程；反之类推，选择毕业后就业的学生以职业课程为主，但要同时修读一定比例的学术课程。同时，对学术课程和职业课程的学习，一方面，使学生的知识与技能得到同步发展，得以更充分地认识与发展自我；另一方面，普职融通的课程设计使学生具备了一定的前置知识和技能，当学生进行普职转换时，他就会感到相对轻松些。
订单性指根据个人实际需求制定针对性、特色性的服务。课程设置的订单性指根据学生的兴趣爱好和个体潜能的发展特点，制定出适合每个学生的个性化课程组合，满足学生的课程选择需求。综合高中课程的订单性直接服务于其人才培养多样化的目标，而模块化的课程设置门类，也使课程的组合拆分变得更为直接和便利，为学生课程选择的订单化打下基础。综合高中课程订单化的充分实现还有一个前提条件，即满足多样性人才培养需要的课程种类、必修课与选修课配套的课程体系。在以往的普通高中和职业高中中，选修课往往面临着种类少、师资匮乏、授课时间经常被必修课挤压等的情况，甚至长期处于一种边缘化的处境，它似乎成为学生在高中生涯中对主科学习的一种调剂和点缀。综合高中课程订单化的提出，颠覆了以往必修课为主，选修课为辅的课程结构模式，把选修课提升到与必修课并驾齐驱的地位上来。同时综合高中课程设置订单化的实现，意味着要配备能保质保量完成选修课任务的师资队伍。
综合高中课程设置上的模块化、订单化，改变了双轨制高中相对僵化、固定的人才培养周期与模式，使学生可以用一种相对灵活的方式完成学业。具体说来，综合高中的学生只要修读完规定数量的学分就可以毕业。学生在学习期间，如果中途学业中断，那么之后只要补充修读剩下的学分即可毕业，学制由此不一定是三年，可以参照大学的做法，以五年或者七年为限。同时，对学分制加以课程的模块化设置，也为学生在综合高中校际选读一定比例的学分提供了便利。当今，虽然在综合高中间的跨校选修学分还难以实现，但综合高中课程设置的特点与学制、学分制度的灵活性为这种可能性埋下了伏笔、播下了希望的种子。
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