经过长期以来高等教育规模的发展，特别是1999年大规模的高校扩招以来，全国普通高校招生数从1998年的108万人，扩大至1999年的160万，2000年的221万和2001年的268万。而伴随这一飞跃式的扩张，各高校一改往年办学条件恶化的趋势，高校办学条件如生均经费投入、生均校舍建筑面积和生均固定资产与教学仪器设备等几个重要指都标实现了与招生规模的同步增长。1998-2001年，中国高等教育规模扩大了一倍以上，政府拨款增幅达到了80%，高校自筹收入增长了1.7倍，其中学费收入增幅达两倍以上，成为支撑我国高等教育筹资多元化体制快速形成的最重要因素。
在多元化投资体制下，从高等教育投资的规模、效率和公平等目标来看，各地区不均衡程度不断提高。
（一）财政投资占高等教育投资比例下降，地区间不平衡性拉大
从20世纪80年代中期以来，虽然国家财政安排的教育经费的绝对量每年都增加，但多种渠道筹措经费在经费总支出中的比例越来越高。由下图可见，全国高等教育预算内事业费比例从1993年的82.41%下滑到2008年的48.14%，而学杂费比例从1993年的6.15%增长到2008年的27.78%。
图4-1 全国高等教育预算内事业费拨款比例与学杂费比例变化趋势
各地区都基本形成了高等教育投资的多元渠道，但是中央政府与地方政府的投资关系、教育主管与行业主管部门的投资关系、政府与其他渠道的投资关系在不同地区却体现出差异化形态。因此，高等教育投资总规模在不同地区得到了不同幅度的增长。
（二）集中财力重点投资，提高效率
在提高效率的目标下，“重点建设项目”给少数高校带来了相对较多的投资。1978年国家确定重点大学名单后，由于一些院校合并、调整，至1981年底，全国重点高校为96所。除了中央确定的全国重点高校外，各省、市、自治区及各部委也相继确定了本地区、本行业的“省重点”“市重点”和“部重点”高校，基本形成了一个“全国性”和“省、市、部”级多层结构的重点高校建设体系。在这样的政策体系下，由于地区间财力支撑能力不同等原因，导致各地高等教育投资效率有较大差异。
（三）学费标准高，资助体系不健全，教育公平仍需加强
在公平目标下，居民高等教育付费意愿和学生贷款政策实施效果存在着较大的区域差异。对于某些处于偏远贫困地区的学生家庭来说，由于相对缺乏充分的高校学生资助信息，高额的学费可能使他们对大学教育望而却步，从而丧失求学的动力和信心，有的家庭在中等教育阶段就有可能转而选择学制更短、费用更低的中等专业教育，放弃对高等教育机会的追求。社会上对当前高校的收费标准持怀疑和批判态度的学者对制定学费的标准也提出了质疑。1996年12月颁布的《高等学校收费管理暂行办法》规定，高校“学费标准根据年生均教育培养成本的一定比例确定。”并明确“教育培养成本包括公务费、业务费、设备购置费、修缮费、教职工人员经费等正常办学费用支出”。而近几年国家规定的收取学费的比例，不能超过学校年生均日常运行成本的25%。但是该比例的制定并没有一个令人信服的依据。各地随着经济发展水平和居民收入水平的不同，导致学生对于高等教育的付费意愿出现了较大差异。
就学生贷款政策来看，尽管各级政府做了很多工作，但在目前个人信用诚信系统尚未建立的情况下，风险压力较大。国家助学贷款虽已经取得一些进展，但与学生的实际借款需求尚有很大差距，一些地区的部分经济困难学生还不能及时得到国家助学贷款，一些银行积极性和主动性也不高。因此，2001年中国人民银行、财政部、教育部和国家税务总局联合下发《关于进一步推进国家助学贷款业务发展的通知》，2004年教育部、财政部、中国人民银行和银监会联合发文并经国务院批准转发《关于进一步完善国家助学贷款工作的若干意见》，后又制定下发了《国家助学贷款风险补偿专项资金管理办法》《国家助学贷款财政贴息管理办法》《国家助学贷款招投标办法》等配套文件，致力于理顺国家、高校、学生、银行之间的经济关系，完善还贷约束机制和风险防范机制。但是由于我国大多数省份实行生源地助学贷款，而河南省实行校源地助学贷款，因此学生贷款政策实施效果在区域间也存在一定差异。