改革开放以来，我国进行了深刻的高等教育体制改革，目的是适应社会的全方位变化及教育自身发展的要求，有效地激发和释放体制的活力。对于普通高校而言，就是建立政府宏观管理、学校面向社会依法自主办学的体制。40年来，我们在推动高等学校办学自主权方面做了许多工作，也取得了不少的成绩。但是，政府对高等学校的管理，仍是一个有待探索的领域，实践中行政配置资源的能力还太强，管得还比较细。落实高等学校自主办学权，需要在依法治教的基础上进一步完善政府的宏观管理职能，确立高等学校的自主法人地位，通过建章立制工作，规范学校内外各种权责及其关系、完善自我约束机制。可通过政府与高校建立契约关系来具体推动这项工作。
（一）改善政府宏观管理，加强高校内部机制建设
高等教育管理体制改革的目标是“建立政府宏观管理、学校面向社会依法自主办学的体制”。政府的管理工作应由重过程管理转向目标管理，由主要依靠行政手段管理转向重点运用立法、拨款、信息和政策指导等手段进行管理，由对学校内部事务干预过多的状况转向主要拟定法规、规划、政策和为基层服务的宏观调控和管理；学校自身的运转应由过去主要根据上级的指令、指示办学，转变为在国家大政方针指导下，学校依法办学和面向社会自主办学。因此，改革的原则是“宏观有序、微观搞活”。
1.政府要转变职能，对高等教育实施宏观管理
第一，关于高等教育管理体制改革。体制的建立和改革，主要来自政府的推动。经过多年来的不断探索，我们建立起了“中央和省两级管理、以省级政府为主”的管理体制，初步建立起了“政府为主、社会积极参与”的举办体制，明确了“高等学校面向社会依法自主办学”的办学体制。应该说，在解决政府和政府间的关系、政府和社会间的关系方面还是有重大突破的，但在解决政府和学校间的关系方面，还存在很大的探索余地。对高等学校的管理，不论是外部还是内部，行政色彩都过于浓厚。
第二，关于高等学校布局调整。布局的设置和调整，分别来自行政力量和市场的推动。我国高等学校传统上是面向大区设置的，即在少数省市设置的高等学校具有为周边省份服务的职责，这样高等学校布局在省份之间存在着多少不一的状况。1993年之后，面向社会主义市场经济体制的转轨及高等教育管理体制的改革，促进了各地高等教育的发展。许多省市都把发展教育作为“强省”“强市”的重要内容，这种热情优化了高等学校的布局结构，表现在高等学校的设置向中小城市延伸，一些省市，特别是东中部省市，高等学校数量明显增多。[8]即尽管计划经济时期高等学校设置在省级区域间存在着不均衡现象，但实施社会主义市场经济后，地方发展高等教育的热情开始改变高等学校的布局结构。当然，这时候需要中央政府在加强对西部及欠发达地区高等教育的宏观调控和支持方面发挥作用。
第三，关于高等学校办学多样化建设。应该说，最希望办学多样化的是政府，政府也采用多种措施推动多样化。美国高等教育专家马丁·A.特罗（Martin A.Trow）曾经在其关于高等教育地位的分析中指出：“一般说来，政府不喜欢一般院校和新院校模仿老牌尖子大学的风格和做法。政府所需要的是国家高等教育体系的更多样化，更适合职业需要的学科，新的更有效的教学模式。他们最不需要的是越来越庞大的大学系统……”[9]但高等学校办学模式雷同、“千校一面”的情况一直难以改观。这里面的原因很多，但政府管得太细、行政配置资源的能力过强也不能不说是其中的主要原因。
可见，高等教育的发展没有政府不行，但光靠政府也不行，需要市场的力量也发挥作用。在体制改革实现了突破性进展之后，行政“作为”的方式和深度需要发生变化。有些地方要加强管理，有些地方要弱化管理。需要研究行政权力的整合问题，研究如何加强政府的宏观管理，而不能把权力按部门，甚至按小部门，分解得支离破碎。
教育主管部门需要进一步转变职能，改进管理方式，突出工作重点，管好该管的事。如维护好高等教育健康发展的政策环境，保证政策、法规、制度的严肃性；完善公办高校党委领导下的校长负责制，加强对民办高校的督导制度；进一步健全对高等学校的审计、监督、巡视制度等。要充分尊重高校办学自主权，规范政府管理高校的行为，注重发挥社会中间机构的作用。
2.高等学校要努力完善内部机制建设
高等学校面向社会依法自主办学，需要加强内部管理和建设，以制度规范和保障学校的健康发展。当前要重点加强财务和学术机制建设。
（1）加强高等学校财务可持续能力建设
近些年来，高等学校处于扩张办学时期，许多学校向银行贷款，有些还进一步引入了其他社会资金。目前，学校逐步进入还贷时期，形成事实上的财务赤字，使高等学校财务风险增大。
高等学校财务风险增大，将会给学校的教学和管理带来一定的影响。OECD的报告《刻不容缓：确保高等教育可持续发展的未来》（On the Edge：Securing A Sustainable Future for Higher Education）明确提出了高等学校的财务可持续能力建设问题。报告认为：“盈余是大学财务稳健的指标之一，它提供现金，以便大学能够灵活处理突发事件或者把握发展机遇，账目盈余还有助于大学把握借贷或者使用其他外部资金的机遇。”
因此，高等学校对自己的办学成本应有所考量，特别是要进行学生培养成本核算。只有有了成本数据，才能够进行具体的收入和支出结构分析，明确增加经费和提高效益的工作重点。在此基础上，加强高等学校财务可持续能力建设，也是实现学校发展战略规划的重要支撑。
（2）探索让广大教师醉心于学术工作的机制
教师的学术水平和敬业精神制约着高等教育质量，而这受制于学术制度的影响。做学问需要耐得住寂寞，学术需要积累，这是亘古不变的真理。可现在的制度不太利于出大师、出大成果，学术充斥了众多的功利和浮躁，组织管理上官僚色彩较浓。后果是严重的，那就是学术的平庸。要改变这种局面，就必须在制度设计上让教师醉心于学术工作，在舆论宣传上让教师对学术有景仰之心。我们需要对学术制度进行探索。
大学教授应该既有崇高的社会地位，又名副其实。遗憾的是，在这两方面，我国均有不足之处，一是门槛较低，二是称谓不专一。门槛低，必然带来学术的贬值，带来中国整个教授群体声誉的下降；称谓不专一，会使社会对教授的头衔不尊敬，一些不在学术岗位工作的人使用着教授头衔，其实是在损害大学的核心价值。学生们看到通过权力、金钱也能换得教授头衔而不愿走学术之路，真正在学术道路上的教授也并不高看自己。
要努力杜绝学术的“关系化”。法国社会学家布迪厄认为：资本分为经济资本、文化资本和社会关系资本三种，大学教授的文化资本比例大，企业家的经济资本比例大。教育领域是一个与学历有关的被严密规则化的人才市场，能使得聪明的“小人物”扩大资本积累范围。因为文化资本不直接等同于经济资本，所以学校教育系统能正当地保持相对的独立性和自律性。学术职务权力寻租等教育领域“关系化”现象的出现，会使社会丧失部分公正性，以及在学术上丧失激励性，年轻人的**与聪明才智会被扼杀。[10]
要逐步摈弃对优秀人才“奖官提拔”的做法。现在举国上下还是比较重视人才的，高等学校更是如此，但大师级的人才很少产生。这里有社会浮躁的原因，也有人才奖励机制上的问题。如学术界最常见的奖励办法就是“奖官”，在现有体制下，有了行政职务就有了更高的声誉，就能争取到更多的资源。岂不知这样做恰恰腐蚀了学术大师生长的土壤，说明知识分子学术发展的道路还没有建设好。有利于创新的制度，是让一流人才在学术框架内成长、走学术发展道路的制度。
（二）以大学章程和契约手段促进高等学校办学自主权的实现
高等学校需要面向社会依法自主办学，但政府也不可能放弃对高等学校的管理。这可以在“宏观有序、微观搞活”的原则指导下，在《高等教育法》和大学章程的框架下，通过政府与学校间建立契约关系加以推动。
1.加强高等学校的“建章立制”工作
高等学校管理既是一项日常工作，更是一项制度建设。落实科学发展观，需要高等学校宏观有序发展与微观搞活办学的有机结合，而这一切需要规范的制度保证。2007年，高等教育发展的主题是“管理、质量、特色”，提出加强管理是因为高等教育在管理工作上暴露出一些问题和漏洞。但要解决管理问题，制度建设是根本。
高等学校要建设自主办学和自我约束相统一的机制，通过建章立制工作进一步规范办学行为，确保正常办学秩序和校园和谐。高等学校要按一定的规范，总结自己的办学经验和借鉴国外的先进做法，着手制定或修订学校的章程，把一些管理要素、准则、原则的东西规定下来，使之成为学校管理与接受社会监督的基本依据。
章程是高等学校发展与建设的“宪法”，是推动和规范高等学校自主办学的基础，是处理高等学校与政府、社会及内部关系的准则，是高等教育长期健康持续发展的制度保证。章程的制定体现了依法治教的精神。1998年通过的《高等教育法》明确提出了对高等学校章程的要求，一些高等学校业已开展试点工作。《高等教育法》是高等学校章程的上位法，其所规定的高等教育的性质、任务、教育方针、教育制度等，以及对高等学校章程所提出的具体要求，均需要认真遵循。
在《高等教育法》的框架下，我们需要对高等学校章程的要素、生效程序及其中所体现的法治精神进行探讨和归纳。[11]各高等学校还需根据自己的办学特色，按程序和要求制定自己的章程。这是高等学校实现面向社会依法自主办学，建立自我发展、自我约束机制的基础。
2.推进政府对高等学校的“契约”管理
高等学校面向社会依法自主办学，需要与政府建立起一种契约关系。即政府对高等学校提出目标和要求、提供财政及其他政策支持、进行绩效评估，高等学校在宏观框架内实行自主办学。这也可以说是一种世界性趋势，如日本国立大学的法人化改革、法国对大学的合同管理等。
日本著名高等教育专家天野郁夫指出，法人化改革是日本国立大学130多年来历史发展过程中最大的一场变革，而实现国立大学与政府行政机构分离是其核心政策问题之一。[12]改革前，日本国立大学是政府的下属机构，其教师属于国家公务员。法人化改革后，国立大学拥有独立的法人地位，大学与政府的关系由行政从属变为平等的民事主体。政府不再直接使用行政手段，而是通过中期目标和计划等宏观手段，以及引入第三方评价等，在大学的发展中体现政府的意志。高等学校在拥有独立的法人身份后，便可以把一些有利于提高办学效益的市场机制引入大学的管理中。包括契约化的管理、弹性人事制度、拨款竞争等。[13]
为了改善中央政府与地方和学校的关系，法国教育界进行了关于契约管理的探索与改革。[14]1975年，法国大学校长联席会和教育部官员聚集在法国西部小镇维拉德朗，召开研讨会，从国家服务现代化的角度，专门讨论如何在国家与大学之间建立一种新型的关系。1983年，研究合同首先在大学研究机构与教育部之间创建。研究合同有利于大学制定较长期的科学研究规划，并将过去的一年拨发研究经费调整为四年。1984年颁布的《高等教育法》规定，大学可以根据所确定的若干年内教学与科研等方面的发展目标，通过协商，与国家签订多年合同，学校要承诺完成发展目标规定的任务，国家要保证提供相应的经费与人员编制。1990年，大学与国家签订四年合同的新型拨款模式开始普遍实行，合同的领域不局限于研究，而是扩大到包括教学与研究、大学生生活、国际合作等大学的全部领域。1994年，大学合同被命名为“四年发展合同”。1998年，教育部的“5月22日通令”重申了关于合同的政策，并规定由高等教育司负责合同的协调工作。从2004年的春季学期起，教育部的相关司局开始同学校展开直接协商。大学与国家建立契约，首次将大学置于高等教育管理的中心位置，为大学与国家之间建立现代宏观管理的关系铺就了一条可行之路，是法国大学在现代化管理道路上迈出的关键一步。