（一）高等教育投资方式由中央统一计划拨款改为分级计划拨款
新中国成立以后，中央实行高度集中的计划经济体制，相应地也建立起了高度集中的财政体制。当时各项经费包括教育经费，均由国家财政统一列支。1949—1979年，教育经费列入国家预算，实行统一领导，中央、省（直辖市、自治区）、市、县分级管理的体制。各地方政府根据当地需要拟订教育发展计划，逐级上报，最终由中央政府进行统一调整和平衡。高等教育实行“条块结合”的管理办法，中央各部委与各省（直辖市、自治区）制订自己的高等教育发展计划与经费预算，上报中央平衡、审批，这种高度集中的教育财政管理体制是与当时高度集中的政治体制相吻合的。但这种过分集中的教育财政管理体制不利于发挥地方政府发展教育的积极性，影响了地方高等教育发展的进程。
改革开放以后，1980年我国财政体制进行了重大改革。同年2月，国务院颁布了《关于实行“划分收支、分级包干”财政管理体制的暂行规定》，将国家预算管理由过去的“统收统支”改为“划分收支、分级包干”的“分灶吃饭”体制，即由过去的中央政府统一管理国家全部收支的财政体制，变为中央和地方分级管理财政收入与支出的分级负责的新财政体制。与此相适应，财政用于高等教育的支出，根据学校行政隶属关系，分别由中央和地方财政各自负担。除中央各部属高校仍然由中央政府财政部负责外，各地方高校所需经费均由各省财政部门负责计划拨款，中央财政对地方高等教育不再统一计划拨款。高等院校办学经费也开始由政府包办、单一拨款向以国家财政拨款为主、多渠道筹措经费的体制过渡。这样就把地方高等教育的管理权和责任同时交给了地方政府，使地方政府可以根据本地区社会经济发展对人才的需求，适当调整本地区的高等教育结构。这一改革措施有利于调动各省、自治区、直辖市政府投资兴办高等教育的积极性，并使高等教育的发展更适合经济发展的需要。从1980年到1989年，中国新增建的404所高等院校中，有300多所是用地方财力办起来的，占新增高等院校总数的70%以上。这一以“实行分级管理”为基本特征的高等教育投资体制的改革有力地促进了全国高等教育的发展，但容易造成各省之间教育发展不平衡。
（二）高等院校的微观投资体制改革由“统收统支”转向“预算包干、结余留用”
1980年以前，高校经费均由国家财政统一计划拨款，高校在年终决算后需将全部结余款项交回国家财政。高校本身缺乏经费使用方面的自主权，亦缺乏提高经费使用效益的积极性。许多高校往往是年终决算前“突击花钱”，力求把分到手的钱全部花掉，因此在一定程度上造成高等教育经费使用不当，降低了高校的办学效益。1980年以来实行“预算包干、结余留用”的办法，即由各个高校按照国家下达的年度预算包干使用，年终结余全部留归高校结转下年度支配。这项改革的目的在于赋予高校资金使用自主权，形成促进高校提高经费使用效益的激励机制，使得高校能够把提高办学效益同其自身利益有机结合起来，以充分调动高校办学的积极性，强化高校的成本意识，提高办学效益。1998年年底，全国财政工作会议上正式提出了新的公共财政改革，它包括部门预算改革、国库集中收付制度改革、“收支两条线”改革、政府采购制度改革等，对高校的财务管理和运作产生了重要影响。2012年，财政部、教育部印发了最新修订的《高等学校财务制度》，明确了高校总会计师的职权和责任，即总会计师为学校副校级行政领导成员，协助校（院）长管理学校财务工作，承担相应的领导和管理责任。总会计师的设置不仅迎合了高校资金来源多渠道化的需要，而且将促进学校内部财务管理的科学化和精细化，这一专业岗位已经成为当前我国高校财务管理体制改革的重要工作。[1]
（三）政府公共拨款分配机制的改革由“基数+发展”转为“综合定额+专项补助”的方式
在改革开放以前，高等教育经费实行的是单一的国家投入政策。20世纪80年代以前，我国对高等教育拨款实行的是“基数+发展”的拨款方式。这种方式是由财政部和高校主管部门根据高校的规模及各种日常经费开支的需要，核定一个拨款基数，以后各财政年度的经费开支预算在上年度经费基数的基础上，根据财力状况增加本年度的发展经费。“基数+发展”的拨款方式简明易行，能简化决策程序，并且易于配合政府对高等院校的集中财政管理。在高等院校数量较少、结构单一的情况下，“基数+发展”的方法具有一定的适用性。但由于基数的确定缺乏科学依据，预算分配过程本身缺乏量化、公正和透明，直接导致各高等院校之间资源分配的不平衡和不合理。20世纪80年代以后，因高等教育财政体制发生重大改革，与此相适应的拨款机制也发生了明显的变化。为了克服“基数+发展”拨款方式的弊端，国家从1986年开始实行“综合定额+专项补助”的“公式法”拨款方式。“综合定额”是指财政部门或学校主管部门制定的每生教育经费的定额标准，对不同层次、不同种类的学生分别制定了不同的定额标准，计算确定的“综合定额”部分的经费预算数额；“专项补助”是对“综合定额”的补充，它是在考虑学校的各种特殊需要后，由财政部门和教育主管部门根据国家的政策导向和学校的特殊需要单独核定下达的（见图5-1）。这种拨款方式的量化性强、透明度高，激发了学校为社会多出人才的积极性。自20世纪90年代以来，我国在高等教育财政拨款体制方面进行了一些改革。如根据教育发展的整体规划和部署，在原有教育经费分配方式的基础上，探索了其他一些特殊的分配方式，如“211工程”“985工程”“重点办好几所世界一流的大学，给予一定的资金支持”等。
图5-1 综合定额和专项补助费结构图[2]
为加强顶层设计，兼顾当前和长远，统筹考虑中央高校各项功能，2015年11月，财政部、教育部联合发布《财政部教育部关于改革完善中央高校预算拨款制度的通知》，改革的主要内容包括两个方面：一是完善基本支出体系，更好地支持中央高校的日常运转，促进结构优化；二是重构项目支出体系，区分不同情况，采取调整、归并、保留等方式，加大整合力度，进一步优化项目设置。中央高校预算拨款制度改革后，地方高校也要协同推进。各地要按照该通知的精神，结合实际，改革完善地方高校预算拨款制度，促进从整体上提升高等教育质量。[3]