随着《民办教育促进法》及其实施条例的颁布和实施，民办教育相关政策逐渐健全完善，对民办学校内部治理的要求和指导也日趋深入。这一时期，民办学校内部治理日趋规范，推动民办教育进入规范发展期。
《民办教育促进法》及其实施条例在民办教育发展的宗旨上与《社会力量办学条例》一脉相承，但对民办学校治理结构的规定更为详细具体，并进一步提高了强制性。如《民办教育促进法》确定了民办学校内部的治理结构，一是规定必须设立理事会、董事会或者其他形式的决策机构，并明确决策机构人数，对决策机构职权范围作出更具体的规定；二是明确学校法人代表由理事长、董事长或者校长担任；三是更具体地规定了民办学校校长的管理职责与权限。民办学校校长职权的确定，从法律上保证了民办学校校长能够独立行使办学权。至此，民办学校内部治理的国家制度框架初步清晰。
以《民办教育促进法》及其实施条例确定的基本制度框架为依据，以全面规范为特征的各类规章制度相继出台配套。2006年国务院办公厅印发《关于加强民办高校规范管理 引导民办高等教育健康发展的通知》，进一步明确理事会（董事会）作为学校决策机构依法行使决策权；理事长、理事（董事长、董事）名单必须报审批机关备案；校长依法行使教育教学和行政管理权；校长必须具备国家规定的任职条件并报审批机关核准。同年，中共中央组织部和中共教育部党组专门下发《关于加强民办高校党的建设工作的若干意见》，强化民办高校党组织建设。2007年1月，教育部讨论通过《民办高等学校办学管理若干规定》，对民办高校的政府管理、内部管理进行规范，特别提出“建立民办学校督导员制度”。
《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》对民办学校完善法人治理结构和落实民办学校法人财产权两大核心问题提出明确要求。2012年，教育部配套出台《关于鼓励和引导民间资金进入教育领域 促进民办教育健康发展的实施意见》，对规范民办学校董（理）事会运行机制提出要求：规范董（理）事会成员构成，限定举办者代表的比例，校长及学校关键管理岗位实行亲属回避制度；完善董（理）事会议事规则和运行程序，董（理）事会召开会议议决学校重大事项，应做会议记录并请全体董事会成员签字，存档备查。这些规定体现出政府的法规制度对民办学校内部治理规定日趋清晰、具体的发展趋势。
在此阶段，地方政府有的放矢地制定了更具可操作性、更为详尽的内部治理规定。如黑龙江省人民政府2005年颁布《关于促进民办教育发展的若干意见》，明确民办学校应当设立学校理事会、董事会或者其他形式的决策机构，实行民主管理，特别明确不要求取得合理回报的民办高等学校（含助学高等学校）实行理事会制。2010年黑龙江省制定《关于加强民办高校校长队伍建设的意见》，规定民办高校决策机构选聘校长要求。为切实加强民办学校的监督管理，2007年江西在全国率先向全省10所民办学校委派了督导专员，成为民办高等教育管理工作中的一项制度创新。2011年江西省政府连续出台了《江西省民办普通高等学校巡视工作暂行规定》《江西省民办普通高等学校董事会（理事会）议事规则（试行）》《江西省民办普通高等学校行政管理工作规程（试行）》《江西省民办普通高等学校党委会议议事规则（试行）》《江西省民办普通高等学校督导专员工作规程（试行）》5个规范性文件，有针对性地提出依法办学、规范办学要求。为加强民办学校党的建设，福建、河北、辽宁、广东、云南、湖南、宁夏、江西等省（区）先后研究制定选配民办学校党组织负责人的工作方案，挑选德才兼备、熟悉教育工作的党员干部到民办学校担任党组织负责人，兼任政府派驻学校的督导专员。山东省委组织部、省委高校工委先后下发《关于加强民办高校党的建设工作的若干意见》等6个文件，对民办高校党组织的建立、职责、工作开展等作了具体规定。这些都为其他省市开展相关工作提供了有益借鉴，促使地方民办教育的内部治理走向完善。
至此，法规制度层面民办学校内部治理机制设计初步形成，为民办学校完善内部治理结构、实现内涵式发展奠定了基础。