面对新时代民办教育改革发展的新形势新要求，民办学校内部治理尚在不断完善优化之中，不可避免地存在一些突出问题。
（一）董（理）事会组建及运行随意化
当前我国的法律政策对民办学校董（理）事会的规定比较笼统，因而给实际操作留下了较大的自由空间，在一些民办学校实际的董（理）事会治理形式与规范的董（理）事会形式和内涵出现了偏差。一是相关法规对董（理）事会席位数及人员比例虽有明确规定，但是民办学校董（理）事会实际成员中往往没有师生代表及外界人士；二是举办者、董（理）事会、校长行使权力的边界仍不清晰，权力交叉、权力越位现象时常发生，董（理）事长和校长互不理解、互不支持，甚至发生矛盾冲突的现象频发；三是董（理）事会为主的权力决策运行机制也不规范，制度的随意性执行或选择性执行无法衡量、规制。有些学校虽然设立了董（理）事会，但仍沿用“家族式”“家长式”管理模式，董（理）事会形同虚设，未发挥真正作用。实践证明，法人治理仅有组织结构是不够的，必须有严格、规范的运作程序和规则保障治理机制协调运行。
（二）基层党组织边缘化
相比于公办学校实行党委领导下的校长负责制，多数民办学校的领导体制是董事会领导下的校长负责制。在这种情况下，如何发挥好党委在学校发展中的政治核心作用，成为民办学校党建工作的重要课题。
当前，在民办学校内部治理中，党建工作面临不少新情况、新问题、新挑战。如有的民办学校内部治理需要进一步增强党组织的政治核心地位，建立具体化、可操作的制度，确保党委书记有效参与学校重大问题决策，在工作中不缺位、不错位、不越位；针对有的民办学校兼职党组织书记较多、流动性大，支部书记抓党建精力不足、党管党务能力不够，党建工作“谈起来重要、抓起来次要、忙起来不要”等现象，需要进一步加强党务干部队伍建设；需要进一步增强党组织的渗透力，扩展党组织在校内作用的领域，破除干部能力、场地保障、经费投入等因素的制约，解决部分民办学校党组织覆盖率较低、隶属关系不顺畅、党组织生活不正常、党建工作作用不明显、党组织监督作用发挥不到位等问题。
（三）学术权力异化
一直以来，我国高校的整体概念和形象往往被视为事业单位，在内部管理上主要沿袭行政管理体制，隶属关系清晰，建构了一个金字塔式的组织结构。在行政权力泛化以及民办学校内部仍存在举办者控制的情况下，一些民办学校学术权力更加式微，行政权力干预学术事务导致行政权力和学术权力冲突现象比较明显。虽然一些学校也设立了学术委员会、教学工作指导委员会等学术机构，但其作用并不明显，大多作为咨询机构，学校学术事务大部分由行政权力决定。行政权力泛化还导致了学术人员和行政人员的冲突和对立，专家治校、教授治学得不到充分体现。
（四）监督机制虚化
有些民办学校监事会制度尚不健全，有些学校或尚未成立监事会，或成立了监事会，但是作为非常设机构，监事会职责不明。教师、学生的监督力更是薄弱，教师的主要精力在教学研究上，作为受聘者，自身受到学校评价考核制约，对学校内部治理的直接监督力较弱。学生对民办学校的监督主要是通过“用脚投票”（不就读该校或退学）的方式进行，这种监督方式其实主要是监督民办学校的教育教学质量，而对其财产、治理结构的内部运转模式往往知之甚少。由于信息不充分或不对称，事实上教师和学生对学校的监督是很有限的。
（五）利益相关者参与弱化
利益相关者作为术语被学者界定为“那些没有其支持，组织便不复存在的各种集团”[10]。有学者依据利益相关者与学校的密切程度，将民办学校利益相关者分为四层：第一层是核心利益相关者，包括教师、学生、管理人员；第二层是重要利益相关者，包括财政拨款者、管理部门和校友；第三层是间接利益相关者，指与学校有契约关系的当事人，包括科研经费提供者、产学研合作者、贷款提供者等；第四层是边缘利益相关者，包括用人单位、当地社区和社会公众等。[11]现阶段，由于民办学校教师人事关系或在人才市场代理，或按照企业身份对待，一定程度上造成了学校教师“打工者”的思想，对学校事务的参与度不高；另因大多数民办学校办学历史不长，一般缺少有影响力、有组织的校友参与。此外，社会对民办学校或多或少还存在认识上的偏见，更遑论积极参与民办学校管理。