高等教育管理体制的改革，涉及高等学校与政府和社会之间复杂关系的处理，关涉整个教育体制改革的成败，是20世纪90年代教育体制改革的核心问题。1993年颁布实施的《中国教育改革和发展纲要》明确提出了进行高等教育体制改革的目标和任务，认为“进行高等教育体制改革，主要是解决政府与高等学校、中央与地方、国家教委与中央各业务部门之间的关系，逐步建立政府宏观管理、学校面向社会自主办学的体制”，并且提出了改革政府与高校的关系、加强高校与社会的联系、改革高等学校的招生就业制度和内部管理体制等方面的具体措施。
在政府与学校关系上，《中国教育改革和发展纲要》提出应当处理好政府与学校、中央与地方、国家教委与中央业务部门之间的关系，赋予高等学校在招生、专业调整、机构设置、干部任免、经费使用、职称评定、工资分配和国际合作交流等方面充分的自主办学权利，使得高等学校真正成为面向社会自主办学的法人实体。此后，国家教委在广东和上海等地展开了以共建和合作为主要形式的改革试点工作。1997年，国务院总结改革试点工作的经验和教训，提出了“共建、调整、合作、合并”的八字方针，大大加快了高等学校管理体制改革的步伐，使得高等学校由条块分割的管理体制逐渐转变为条块结合的管理体制。[4]1998年8月，第九届全国人民代表大会常务委员会第四次会议通过了《高等教育法》。《高等教育法》以法律的形式对我国高等教育的管理体制、高等学校的独立法人地位和办学自主权利等内容做出了明确的规定，逐渐建立起了政府与高等学校关系的基本框架。此后，政府又陆续推行了一些新的改革举措，对这一框架体系进行了进一步的改革和完善。1999年，国务院提出要加强省级政府的统筹权力，形成在国家宏观政策指导下，以省级政府统筹为主的条块有机结合的新体制。同年，中央进一步提出要加大省级人民政府发展和管理本地区教育的权力及统筹力度，要求进一步明确省级政府的教育管理职责和权限，形成中央和省级人民政府两级管理、以省级人民政府管理为主的新体制，并且要求在落实和扩大高校办学自主权的同时，加强对高等学校的监督和办学质量检查，逐步形成对学校办学行为和教育质量的社会监督机制以及评价体系，完善高等学校自我约束、自我管理机制。此后，中央和省级人民政府两级管理、以省级人民政府管理为主的高等教育管理体制开始确立并逐渐完善起来。
在学校与社会关系上，《中国教育改革和发展纲要》延续了20世纪80年代教育体制改革的方向，要求高等学校的办学和科研必须坚持面向经济建设，大力开展技术开发、推广应用和咨询服务，兴办科技产业，使科技成果尽快转化为现实生产力。20世纪90年代后期，随着经济体制改革的逐渐深入，强化高等学校与市场的有机联系成为这一时期高等教育体制改革的重要内容。1999年，国家开始实施“高校高新技术产业化工程”，要求高校充分发挥自身优势，带动国家高新技术产业发展，为培育新的经济增长点做贡献。随后，一些基于市场机制的改革举措开始出台并且迅速付诸实践，这些措施包括：加强产学研合作，鼓励高等学校与科研院所开展多种形式的联合、合作；在高等学校集中的地区建立高新技术产业化基地；鼓励高等学校兴办高新技术企业，按照现代企业制度方式组建以高校为依托的高科技产业集团；建立健全高等学校高新技术产业化的保障机制；等等。从改革的结果来看，这些举措的推行不仅使高等学校拓宽了办学经费的来源，而且还使高等学校逐渐调整其教学、科研和社会服务的方向，切实增强了与社会的有机联系，真正成长为面向社会自主办学的实体。
内部管理体制的改革也是这一时期高等教育管理体制改革的重要内容。为激发学校的办学活力，《中国教育改革和发展纲要》提出应积极推进以人事制度和分配制度改革为重点的学校内部管理体制改革。改革的主要措施是在合理定编的基础上，对教职工实行岗位责任制和聘任制，在分配上按照工作实绩拉开差距。为与整个教育体制改革相配套，《中国教育改革和发展纲要》还提出了深化人事劳动制度改革的目标，要求改革高等学校职称评定和职务聘任制度，在高等学校实行聘任制。从此，教师聘任、按劳分配和奖励的制度逐渐在我国的高等学校之中建立起来。进入21世纪，教育部提出了继续深化学校内部管理体制改革，完善学校法人制度的政策目标，要求高等学校坚持和完善党委领导下的校长负责制，推进依法办学、民主治校、科学决策，健全学校的领导管理体制和民主监督机制。在这一政策的指引下，一些高校相继开展了以完善党委领导下的校长负责制和建立学校理事会制度、学术委员会制度、教职工代表大会制度等为主要内容的建设现代大学制度的探索和实践，逐步形成了“自主管理、自主发展、自我约束、社会监督”的内部管理体制。