清代漕运以漕运总督为核心，形成一套庞大的官制。对原有河漕官制的变革，最重要的当然是废除漕运总督。漕运总督在原有河运体制中的督促不力，很早就有人指出，可将漕标改归绿营，通仓仿海运之例，专派钦差大臣监收，帮费自然减少，浮收也会变轻。并认为，若能裁去一总漕，加派一钦差，其余悉照旧章，漕运还无起色，“民不稍苏，我不信也”。
漕运总督衙门（淮安）
江浙漕粮海运的推行和湖广等省河运漕粮的停止，使得在整个太平天国期间，漕运总督的主要精力变成了镇压起义。咸丰十一年（1861）十月，漕运总督吴棠在清江与太平军相遇，双方在河下开火，吴棠将太平军击退至板闸，割取首级37颗。次日回城巡查，行至八角楼，又见太平军四五百骑，步兵千余名，由北面往西南而走，他督队连开大炮，“轰毙马贼十数名，步贼数十名，始向北面而窜”。同治五年（1866），捻军张宗禹冒充清军偷渡运河，漕运总督邵燦亲自率众，在该处添设炮台，训练士兵，以资扼御，“是以该逆屡扑屡却，颇有斩获”。因为他在捻军纵横江北时，力筹防堵，“屡遏寇氛，地方赖以保全”，后又死于职守，结果得以进入江南名宦祠。漕运总督本有统军之职，但如此大规模地参与军事活动，却是绝无仅有的，并在事实上成为对漕运总督职责的一种改良。
漕运总督驻地的清江浦为运道所经，系南北咽喉，“最关紧要”，中日甲午战争时期，枪械皆集中于此。当时的漕运总督松椿人尚平正，办事亦颇谨慎，“惟以目下清江事势而论，似难必其胜任大局”。结果，山东巡抚李秉衡特意上疏弹劾，要求撤换。由此不难看出，一向以督运漕粮为己任的漕运总督，在晚清却多次承担起相应的军事重任。
与漕运总督类似，其他漕运体制内的官员也积极参加军事活动。咸丰二年（1852），江安督粮道陈克让回江南衙署，“时已贼氛孔棘，震詟江皖”。次年正月，安庆失守，太平军逼近金陵，幕客认为粮储道非守土官，建议陈克让借催漕出运之机离开江南，陈克让怒斥之，“誓以死守，募乡勇三百亲练之”。二月城陷，陈克让率勇巷战，“杀贼数人，贼蚁聚，公肩胁受重伤”，遂阵亡。为此，清廷特在天津建昭忠祠纪念。
康有为像
漕官参与军事行动是特殊时期的产物，但原有职守无所事事，也是不争的事实，故主张将其裁撤的呼声渐高。光绪二十四年（1898），以康有为为代表的维新派人士对漕运体制投入了相当关注，并力主废漕运总督。在康有为等人的影响下，光绪帝下诏，颁布了对漕运制度进行清查的文书，下令废除全部漕运机构，相关人士均交各省处理。他宣谕：“现当开创百度，事务繁多，度支岁入有常，岂能徒供无用之冗费，致碍当务之急需。”各省漕运多由海道，河运已属无多，应征漕粮亦多改折，各省不再有海运任务之粮道，应即裁撤，缺归各藩司、巡守道兼理。如果胆敢“推诿因循，空言搪塞，定当予以重惩，决不宽贷”。当时英国驻华公使窦纳乐对光绪帝的这道谕令评价甚高：“这些计划假若严格地来执行，将和在中国政界起个革命差不多。”
九天后，光绪帝再发上谕，谈到如何安置被裁冗员，指出各衙门裁缺各官未便听其闲散。现当振兴庶务，规划久远，应于铁路、矿务总局、农工商总局酌设官员额缺。随后，主事吴锡嶲条陈漕督所辖各官虽系武职，并无管带漕标之兵，名实殊不相符，所有屯田可以拨归州县。光绪帝乘机下旨：此项人员本在应行裁汰之列，“即着该督抚等妥速议办，并漕督一缺究竟是否应裁，亦着两江总督、江苏巡抚一并详议具奏”。太常寺卿袁昶进一步奏称，漕运总督本为办河运而设，河运既停，“何取此擁腫大官，割淮东厘金局三十六卡以赡之，糜漕标厚饷以卫之，徒使掣江督之肘乎”？他建议在撤裁漕运总督的同时，还将相关属员一同裁并，岁可节省廉俸、兵饷、役食银数十百万，“节费清心之道，莫先于此”。
同期，由康有为代拟、以山东道监察御史杨深秀名义上陈的《为裁缺诸大僚擢用宜缓、特保诸新进甄别宜严、庶以重封疆而警贪酷奏折》，也要求对相关人员区别对待。如河道总督任道鎔“贪狡素著”，即使不裁缺，也当罢斥，“任其归去，勿汲汲别议擢用”。从相关报道来看，这些措施及呼声在不同程度上得到社会的响应。《申报》驻武昌记者报道：“鄂中前奉裁汰冗员之旨，督宪张香帅即檄行各属一体遵照。”他还听说省中粮道及同知、通判、粮道库大使均在裁撤之列，“俟议有端倪，即当具疏入告也”，可谓一派欣欣向荣。
太仆寺少卿岑春煊曾呈递《敬陈管见伏冀采择折》，指出漕运非漕督才能解运，漕督及其属员“皆可裁”。据梁启超回忆，岑春煊主张裁撤冗员，皇上允其所请，各官遭裁，“此诏一下，于是前者尸位素禄、阘冗无能、妄自尊大之人，多失其所恃，人心皇皇，更有与维新诸臣不两立之势”。陈夔龙则称，戊戌变法首在裁官，京师闲散衙门被裁者不下十余处，连带失业者将及万人，“朝野震骇，颇有民不聊生之戚”。
随着慈禧太后重新控制局面，清廷宣布恢复所有机构。上谕指出，裁官缺本为淘汰冗员，外间不察，遂有以大更制度为请，“举此类推，将以讹传讹，伊于胡底”？所有现行新政中撤裁的衙门，悉仍其旧，“毋庸裁并”。梁启超对此痛心疾首，指出国家设官数百人，岁糜千余万，“积弊之极，未有过是者”。若能将全部官员裁撤而听商运，每年可增千余万，官民两利，“此全国稍通时务之人所共知”。不仅如此，九月十八日，慈禧太后还特意再次下旨，指出河道总督照旧设立，任道鎔着仍回任，“以重职守”。
伴随着废除漕运总督的讨论，关于创设江淮巡抚的呼声也此起彼伏。江淮巡抚议设于光绪末年，但其源头却与同治时期创议江北巡抚一脉相承。同治元年（1862）二月，工部尚书王庆云奏称，江北各属原归江宁布政司管辖，自咸丰十年（1860）失陷，巡抚移驻上海，与江北失去联络。诸事难以应手，只得命漕运总督节制江北。漕督公事无多，不妨将其改为江北巡抚，改漕标为抚标，“俟苏常克复，仍复旧制”。清廷指出，此自系为因时制宜起见，特命曾国藩等人议复。因镇江军情紧急，清廷又特遣江苏巡抚李鸿章前往救援。镇江地处江苏中部，于淮扬、苏常及南京等处均可联络，曾国藩认为，安庆克复后，水路畅通，“声息不隔，呼应尤灵”，将王庆云之议否决。
《辛丑条约》签订后，漕运总督陈夔龙以退为进，主动请裁：自太平天国起事以来，河运停止，河督裁汰，漕督移驻清江，督兵防剿管理河运。现屯卫已裁，漕务无事，虽防卫河工也属重要，究与本缺名实不甚相符。政务处会同吏部议奏：漕督原不专为治漕，现河道总督既裁，湖堤各工均归漕督经理，“此时应请暂缓裁撤”。
张謇像
两年后，又有张謇建议徐州建行省。此建议经两江总督端方上奏。张謇宣称：“夫一镇一道之施设，在中原有事、草窃横行之日，犹可枝梧也，其在今日非建行省设巡抚，则断乎不可。”他认为徐州建省有诸多便利：海运通，铁路即达，输挽不绝；漕督可裁，未尽事宜可以徐州巡抚兼管；以原有厘金协饷等收入供养标兵；升徐州道为布政使，授镇道加按察司衔，以淮海道兼臬事，增官不必添员。御史周树模也请裁撤漕督，指出与其留漕督虚名，“不如径设巡抚，有裨实用”。政务处同意将漕运总督裁撤，改为巡抚，仍驻清江，照江苏巡抚之例，名为“江淮巡抚”，与江苏巡抚分治，归两江总督兼辖，“一切廉俸饷项，衙署标营，均仍其旧。”
光绪三十年（1904）十二月二十二日，根据政务处的意见，清廷发布上谕：
江北地方辽阔，宜有重镇，顺治年间改设漕运总督，原兼管巡抚事，现在河运全停，着即改为江淮巡抚，以符名实而资治理。即以原驻地方为行省，江宁布政使所属之江、淮、扬、徐四府及通、海两省直隶州全归管理，仍着两江总督兼辖，各专责成。
裁漕运总督而设江淮巡抚，从本质上讲并无太大差别，故很快招来反对。翰林院侍读学士恽毓鼎将苏淮分不分省的意见进行整理后发现，主张不必分省和立即撤掉江淮巡抚的共74件，主张保留的只有7件。两江总督周馥也称：“分设行省不如改设提督为合宜。”经此波折，政务处重新决定，改淮扬镇总兵为江北提督，文武并用，节制徐州镇及江北防练各营，仍以淮扬海道兼按察使衔，江淮巡抚一缺不再添设，旧有漕标官兵即作为提标。
次年三月二十二日，江淮巡抚恩寿电奏：淮抚裁撤，清江人心惶惑，城内外一律罢市，聚众数千人，弹压不理，“扰乱异常，居民万分惊惧”。当地绅士禀称，漕督驻浦有年，商民亦唯是赖，靠此为生者不下数千人，一旦裁撤，顿失衣食之源，“佥云漕督已裁，吾辈悉成饿莩，更无身家可顾”。恩寿还称，清江居南北交冲，良莠混杂，一经煽惑，愈聚愈多，甚至抢劫焚烧，为患不堪设想！江北提督乃系武职，舆论不孚，恐以后江北各州县呼应不灵，难保不从此多生事端，要求暂缓裁撤。两天后，清廷电示：“清江人心惶惑，城内外有罢市聚众情事，着两江总督周馥仍遵前旨，迅速前往，妥为弹压。”
与此同时，江苏籍京官左都御史陆润庠奏称，改设江淮巡抚有四不便。湖北、云南正在议裁巡抚，江南忽然添缺，未免政令分歧，此其一。改设江淮巡抚后，江苏仅存四府一州，且划江而治，形甚全失，江淮省会设于滨河一隅，亦未甚得势，此其二。改制之后，江淮仅成中等省份，江苏更为小省，筹饷摊款，尤多窒碍，此其三。江淮地区原有三府二州已有两道一镇，布置周密，添设巡抚之后，“徒多文移禀报之烦，无裨吏事军政之要”，此其四。他还指出，朝廷本无分省之意，只因以裁漕督而添巡抚，因设巡抚而议添行省，“办法既疑乎倒置，定章必归于迁就”。清廷要求政务处和两江总督周馥等人再议。政务处表示，可将淮扬海道仿照新疆镇迪道例，兼按察使衔。
周馥像
关键是两江总督周馥也同意裁撤江淮巡抚。据民国史料笔记丛刊中的《蛰存斋笔记》记载，漕运总督恩寿与两江总督周馥意见不合，有一次在招待周馥时，曾以馄饨加上鸽子蛋奉上，意思是讥讽这位没有经过科举、只是凭当李鸿章幕僚起家的人为“混蛋”。结果周馥大怒，“致江北巡抚终未告成，不得已改为江北提督”。不过，在同样这本笔记里，作者又称，改制之事宣布后，“苏人官京朝者推左都御史陆润庠为首，联名力争，请收回成命。江督周馥亦以为言，乃罢行省，改设江北提督，简用刘永庆，体制一如总漕”。最终清朝廷宣谕，既然苏淮分省治理不便，“江淮巡抚着即行裁撤”。这一争论才宣告结束，漕运总督也彻底告别了历史舞台。