何祚庥是無書不讀，各行各業的書他都喜歡讀，都有興趣了解。除了是個著名的科學家、反偽鬥士之外，何祚庥還是一個研究《紅樓夢》、象棋、戲曲、曆史以及曆史人物的專家。
由於何祚庥在自然科學和社會科學兩方麵的成就，被稱為“兩棲院士”。《中國科學技術前沿》、《宇宙》、《複雜性中的思維》、《一萬個世界之謎》、《中華謎典》、《宇宙的起源》、《宇宙的最後三分鍾》、《人類的起源》、《偽科學曝光》這類書自然是他經常翻閱的，也是必不可少的知識補給站。除此之外，何祚庥對曆史以及曆史人物感興趣的程度也不亞於他對自己專業的研究。《前漢演義》、《後漢演義》、《雅史通俗演義》、《中國通史故事》、《1895～1995世紀檔案》、《胡適自傳》、《四大才女之蔡文姬》、《姚雪垠傳》、《末代皇後和皇妃》、《康生外傳》等書籍他都通讀過。
何祚庥對“紅樓”有著高度興趣。他的書架上有很多關於《紅樓夢》的著作：《紅樓夢》、《紅樓夢新證》、《紅樓夢補》、《續紅樓夢》、《紅樓解夢》、《紅樓夢大辭典》等。
何祚庥是個鐵杆戲迷，光是昆劇《十五貫》，就一氣看了六遍。何祚庥還是個戲曲研究者，從他收藏的《京劇大觀》、《梨園一葉》、《翁偶虹編劇生涯》、《京劇流派劇目薈萃》、《範鈞宏呂瑞明戲曲選》、《中國京劇史》、《梨園外史》、《梅蘭芳藝術評論》、《戲曲演員創造角色論》等可見一斑。
很少有人知道，何祚庥以前還是個“棋迷”，年輕的時候他特別喜歡下象棋。現在雖然沒有時間下了，但關於象棋的書他卻收藏了很多：《中國象棋譜》、《中國象棋譜大全》、《象棋新潮布局》等等。很早的時候他就把《中國象棋譜》通讀了一遍，以至於同學、朋友和他下棋沒人能贏他。曾經有一段時間，他躺在**想著棋譜裏的各種布局自己下盲棋。那會兒“象棋譜”之類的書很少很少，所以何老至今仍把這本書當寶貝一樣珍藏著。