隆慶六年五月庚戌，二十六日。穆宗崩。是日傳遺詔，以馮保為司禮監。初保提督東廠，兼掌禦馬監事。時司禮掌印缺，保以次當得之，而閣臣高拱獨薦陳洪，及洪罷，複薦孟衝，保以是怨拱。是時司禮之缺猶懸於閣臣之推薦與否，隆慶時閹權已較重於嘉靖間，然用否係於首輔之一言，相權固重於閹權也。自張居正欲傾拱而假閹為用，由此閹更鴟張。保以怨拱之故，乃與次輔居正深相結。初拱與居正相友善，並先後入閣。拱方修故輔徐階郤，嗾言路追論不已，階諸子多坐罪。居正從容為拱言，拱稍心動，而拱客構居正納階子三萬金，拱以誚居正，居正色變，指天誓，詞甚苦，拱謝不審，兩人交遂離。會帝不豫，居正欲引保以為內助。帝疾再作，居正處分十餘事，使小吏投保，拱知而跡之，吏已入，拱恚甚，麵詰居正曰：“密封謂何？天下事不以屬我曹而屬之內豎，何也？”居正麵發赤，幹笑而已。帝崩於卯刻，忽巳刻斥司禮監孟衝而以保代之。禮科給事中陸樹德言：“先帝甫崩，忽有此詔，果先帝意，何不傳示數日前，乃在彌留後？果陛下意，則哀痛方深，萬幾未禦，何暇念中官？”疏入不報。
六月甲子，初十日。太子翊鈞即位，以明年為萬曆元年。詔祀建文朝盡節諸臣於鄉，有苗裔恤錄。又建表忠祠於南京，祀徐輝祖、方孝孺等。庚午，十六日。高拱罷。馮保既掌司禮監，又督東廠，總理內外，勢益張。帝登極時，保升立禦座旁不下，舉朝大駭。拱以主上幼衝，中官專政，條奏請絀司禮權，還之內閣。又命給事中雒遵、程文合疏攻保，而己從中擬旨逐之。使人報張居正，居正陽諾之，而私以語保，保訴於太後，謂拱擅權蔑視幼君，太後頷之。至是，召群臣入，宣兩宮及上詔。拱意必逐保也，亟趨入，比宣詔，則數拱罪而逐之。拱伏地不能起，居正掖之出，僦騾車出宣武門。居正乃與高儀請留拱，弗許；請得乘傳，許之。拱既去，於是居正遂為首輔。七月，尊皇後為仁聖皇太後，貴妃李氏為慈聖皇太後。舊製：天子立，尊皇後為皇太後，若有生母稱太後，則加徽號以別之。是時馮保媚帝生母，風居正以並尊，居正不能違。慈聖移居乾清宮，撫視帝，內任保，而大柄悉委居正。萬曆元年正月，妖人王大臣之獄起。大臣者，浙中傭奴，以浮**入都，與宮中小豎交昵，竊其牌帽巾服入乾清宮，為守者所執，詔下東廠究問，馮保欲緣此陷故輔高拱，令家人辛儒飲食之，納刃其袖中，俾言拱怨望，與陳洪謀大逆，遂發緹騎馳械高氏奴，圍拱裏第。居正亦請詰主使，舉朝洶洶，謂且逮拱。吏部尚書楊博、左都禦史葛守禮詣居正力解，居正憤曰：“二公意我甘心高公邪？”奮入內，取廠中揭帖投博曰：“是何與我？”揭帖有居正竄改四字，曰“曆曆有據”。守禮識居正手跡，密納諸袖，居正覺曰：“彼法理不諳，我為易數字耳。”守禮曰：“回天非相公不能。”居正奏緩其獄。博陰囑錦衣怵大臣吐實，又以拱仆雜稠人中，令大臣識別，茫然莫辨也。會上命守禮偕錦衣都督朱希孝會決，加刑，大臣疾呼曰：“許我富貴，乃搒掠我邪？且我何處識高閣老？馮家仆教我。”希孝不敢鞫而罷。保懼，以生漆酒瘖大臣，移送法司，坐斬。拱獲免。由是舉朝多惡保，而不肖多因之以進。
高拱扼徐階，居正傾高拱，三人皆良相，而恩怨權勢之間相軋如此。惟徐階之傾嚴嵩，則為世所美。而居正得誌以後，則明於治國而昧於治身，其受報亦至酷，遂為萬曆初期政局之綱領。
元年二月，從居正請，禦經筵。一日講畢，上問：“建文果出亡否？”居正曰：“國史不載，但故老相傳，披緇雲遊，題詩於田州，有‘流落江湖四十秋’句。”上太息，命錄詩進。居正因曰：“此亡國事，不足觀，請錄皇陵碑及高祖禦製集以上，見創業之艱，聖謨之盛。”先是，隆慶六年，帝登極後，居正於是冬進《帝鑒圖說》，大要言前史所載興亡治亂之跡，如出一轍，大抵以敬天法祖，聽言納諫，節用愛人，親賢臣，遠小人，憂勤惕厲，無不治者；反之則亂。因屬講官馬自強稽古堯舜以來有天下之君，撮其善可為法者八十一事，惡可為戒者三十六事，每事前繪一圖，取唐太宗以古為鑒之意名之。帝命圖冊留覽，宣付史館。至萬曆元年三月，進講《帝鑒圖說》時，至漢文帝勞軍細柳事，因奏曰：“古人言：‘天下雖安，忘戰必危。’今承平日久，武備廢弛，文吏箝製弁員，不啻奴隸。夫平日既不能養其鋒銳之氣，臨敵何以責其折衝之勇？嗣後將帥忠勇可任者，宜假以事權，俾得展布，庶幾臨敵號令嚴整，士卒用命。”於是乃詔內外官各舉將才。
隆、萬間軍事頗振作，高拱、張居正皆善馭將。居正雖傾拱，初不改其所拔之材，若張學顏之受知於拱，《史》有明文，讀之，想見宰相留意人材之美。《學顏傳》：“俺答封順義王，察罕土門汗語其下曰：‘俺答，奴也，而封王，吾顧弗如！’挾三衛窺遼，欲以求王。而海、建諸部日強，皆建國稱汗。海西、建州兩種女直，時海西強者為王台，建州強者為王杲。其雲建國稱汗，當是當時事實，然則建州國汗之稱蓋不始自清太祖矣。大將王治道、郎得功戰死，遼人大恐。隆慶五年二月，遼撫李秋免，大學士高拱欲用學顏。或疑之，拱曰：‘張生卓犖倜儻，人未之識也，置諸盤錯，利器當見。’侍郎魏學曾後至，拱迎問曰：‘遼撫誰可者？’學曾思良久，曰：‘張學顏可。’拱喜曰：‘得之矣。’遂以其名上。時為荊州道兵備副使。進右僉都禦史，巡撫遼東。”學顏在隆慶時興複遼鎮，禦破土蠻，入萬曆年，與李成梁築六堡，斥地數百裏，誅建州王杲，居正以倚任成大功。綜萬曆初，居正當國之日，薦方逢時總督宣大軍務，申明封貢約信，邊境以安。其所用劉顯、戚繼光、淩雲翼、李成梁、張佳允，皆一時敢戰之將，應變之才盡在物色，而又發縱指示，明矚萬裏，《史》稱：“居正當國，究心於軍謀邊瑣，書疏往複，洞矚機要，委任責成，使得展布，是以各盡其材，事克有濟。”語見譚綸、王崇古、方逢時、吳兌、鄭洛、張學顏、張佳胤、股正茂、淩雲翼傳讚。
張居正以一身成萬曆初政，其相業為明一代所僅有，而功罪之不相掩，亦為政局反複之由。讀《居正傳》可以盡萬曆初期之政，特詳錄之。其逐高拱而代為首輔，事已見前。為首輔之後，具見一時相業，即萬曆初之所以強盛也。
“帝虛己委居正，其實帝方幼衝，由太後主政。居正亦慨然以天下為己任，中外想望風采。居正勸帝遵守祖宗舊製，不必紛更，至講學親賢，愛民節用，皆急務，帝稱善。大計廷臣，斥諸不職及附麗拱者。複具詔，召群臣廷飭之，百僚皆惕息。兩宮既並尊，慈聖徙乾清宮撫視帝，大柄悉委居正。居正為政，以尊主權、課吏職、信賞罰、一號令為主，雖萬裏外，朝下而夕奉行。黔國公沐朝弼數犯法當逮，朝議難之，居正擢用其子，馳使縛之，不敢動。既至，請貸其死，錮之南京。漕河通，居正以歲賦逾春，發水橫溢，非決則涸，乃采漕臣議，督艘卒以孟冬月兌運，及歲初畢發，少罹水患，行之久，太倉粟可支十年。互市饒馬，乃減太仆種馬，而令民以價納，太仆金亦積四百餘萬。又為考成法，以責吏治。初部院覆奏，行撫按勘者，嚐稽不報，居正令以大小緩急為限，誤者抵罪，自是一切不敢飾非，政體為肅。南京小閹醉辱給事中，言者請究治，居正謫其尤激者趙參魯於外以悅保，而徐說保裁抑其黨，毋與六部事。其奉使者，時令緹騎陰詗之，其黨以是怨居正，而心不附保。”“居正喜建豎，能以智數馭下，人多樂為之盡。俺答款塞，久不為害，獨小王子部眾十餘萬，東北直遼左，以不獲通互市，數入寇。居正用李成梁鎮遼，戚繼光鎮薊門，成梁力戰卻敵，功多至封伯，而繼光守備甚設，居正皆右之，邊境晏然。兩廣督撫殷正茂、淩雲翼等亦數破賊有功。浙江兵民再作亂，用張佳胤往撫即定。故世稱居正知人。然持法嚴，核驛遞，省冗官，清庠序，多所澄汰，公卿群吏不得乘傳，與商旅無別；郎署以缺少，需次者輒不得補；大邑士子額隘，艱於進取，亦多怨之者。時承平久，群盜蝟起，至入城市，劫府庫，有司恒諱之，居正嚴其禁，匿弗舉者，雖循吏必黜。得盜即斬決，有司莫敢飾情。盜邊海錢米盈數，例皆斬，然往往長係或瘐死，居正獨亟斬之，而追捕其家屬，盜賊為衰止。而奉行不便者，相率為怨言，居正不恤也。”“帝漸備六宮，太倉銀錢多所宣進，居正乃因戶部進禦覽數目陳之，謂：‘每歲入額不敵所出，請帝置坐隅，時省覽，量入為出，罷節浮費。’疏上留中。帝複令工部鑄錢給用，居正以利不勝費止之。言官請停蘇、鬆織造，不聽，居正為麵請，得損大半。複請停修武英殿工及裁外戚遷官恩數，帝多曲從之。帝禦文華殿，居正侍講讀畢，以給事中所上災傷疏聞，因請振，複言：‘上愛民如子，而在外諸司營私背公，剝民罔上，宜痛鉗以法，而皇上加意撙節於宮中，一切用度服禦，賞賚布施，裁省禁止。’帝首肯之。有所蠲貸，居正以江南貴豪怙勢，及諸奸猾吏民善逋賦，選大吏精悍者嚴行督責，賦以時輸，國藏日益充，而豪猾率怨居正”。“帝初即位，馮保朝夕視起居，擁護提抱有力，小扞格，即以聞慈聖，慈聖訓帝嚴，每切責之，且曰：‘使張先生聞，奈何？’於是帝甚憚居正。及帝漸長，心厭之。乾清小璫孫海、客用等導上遊戲，皆愛幸。慈聖使保捕海、用，杖而逐之。居正複條其黨罪惡，請斥逐，而令司禮及諸內侍自陳，上裁去留，因勸帝戒遊宴以重起居，專精神以廣聖嗣，節賞賚以省浮費，卻珍玩以端好尚，親萬幾以明庶政，勤講學以資治理。帝迫於大後，不得已，皆報可，而心頗嗛保、居正矣。帝初政，居正嚐纂古治亂事百餘條，繪圖，以俗語解之，使帝易曉。至是，複屬儒臣紀太祖列聖《寶訓》《實錄》，分類成書，凡四十：曰創業艱難，曰勵精圖治，曰勤學，曰敬天，曰法祖，曰保民，曰謹祭祀，曰崇孝敬，曰端好尚，曰慎起居，曰戒遊佚，曰正宮闈，曰教儲貳，曰睦宗藩，曰親賢臣，曰去奸邪，曰納諫，曰理財，曰守法，曰儆戒，曰務實，曰正紀綱，曰審官，曰久任，曰重守令，曰馭近習，曰待外戚，曰重農桑，曰興教化，曰明賞罰，曰信詔：令，曰謹名分，曰裁貢獻，曰慎賞賚，曰敦節儉，曰慎刑獄，曰褒功德，曰屏異端，曰飭武備，曰禦戎狄。其辭多警切，請以經筵之暇進講。又請立起居注，紀帝言動與朝內外事，日用翰林官四員入直應製詩文及備顧問，帝皆優詔報許。”
《居正傳》中敘其相業如此。而《傳》文與居正之怙權得禍相雜，當明末議論，於居正之有功國家，非士大夫切己之事，省記而持公議者較少，惟升沉進退之際，挾舊怨以圖報複者為數較多。故紀萬曆初事，可功可罪。以史傳論，《明史稿》早成，其《居正傳》即多挾詆毀成見。如戚繼光之治兵，居正之任將，古今豈可多得？而當時繼光之倚居正，自不得不加密，因而有饋遺以為好，亦出恒情。繼光，名將，散財養士，土之依繼光者極盛，其不能以避嫌而獨遠首相，與居正之不能法古名賢操守，居相位而不以纖芥累人以自累，此皆以聖賢望人，求全責備之意。《史本傳》於張、戚之間，削去譏謗之語，已見公道之久而益明。當作《史稿》時，猶多采當時毀張之說。其敘邊功雲：“俺答款塞，久不為害，獨小王子部眾十餘萬，東北直遼左，以不獲通互市，數入寇，然其人少弱，非久即退。而總兵李成梁悍勇善戰，數拒卻之，又數掩殺泰寧、福餘諸屬國以為功。居正張大其捷，帝數褒美，加恩輔臣，成梁至封伯。兩廣督撫殷正茂、淩雲翼輩亦以破賊功，爵賞亞遼左。戚繼光鎮薊門，多挾南兵從，北人嫉之，繼光懼，因兵部尚書譚綸購美姬進居正，他所摹畫亦多得居正指，以是畀之事權，諸督撫大臣，唯繼光所擇，欲不利繼光者即為徙去之。而成梁、正茂等亦皆媚居正。然數人故善用兵，功多，帝謂居正運籌力，而世亦稱居正知人。”此段文筆甚佳，褒貶互用，其實所褒皆成貶矣，文士筆鋒，古雲可畏。試取《稿》與《正史》兩相比對，可以了然。
居正綜核名實，不避嫌怨，於其為國而不顧身家，隻應尊敬，不當與怙權而得怨之說混而為一。茲分別言之。
誠等將至荊州，守令先期錄人口，錮其門，子女多遁避空室中，比門啟，餓死者十餘輩。誠等盡發其諸子兄弟藏，得黃金萬兩，白金十餘萬兩。其長子禮部主事敬修，不勝刑，自誣服寄三十萬金於省吾、篆及傅作舟等，尋自縊死。事聞，時行等與六卿大臣合疏請少緩之，刑部尚書潘季馴疏尤激楚，詔留空宅一所，田十頃，贍其母。而禦史丁此呂複追論科場事，謂高啟愚以舜、禹命題啟愚典南畿鄉試，以“舜亦以命禹”命題。為居正策禪受。尚書楊巍等與相駁，此呂出外，啟愚削籍。《明史稿》本傳有雲：“士大夫初諛以伊命五臣，其後擬之舜、禹，居正不為怪。則竟以舜、禹命題為罪狀。”後言者複攻居正不已，詔盡削居正官秩，奪前所賜璽書、四代誥命，以罪狀示天下，謂：“當剖棺戮屍，而姑免之。”其弟都指揮居易、子編修嗣修俱發戍煙瘴地。終萬曆世，無敢白居正者。天、崇間國事日棘，任事無人，乃追思居正，累複官蔭贈諡。至敬修孫同敞死節於南明，與瞿式耜同烈，第五子允修亦死張獻忠之難。
綜萬曆初之政皆出於居正之手，最犯清議者乃奪情一事，不恤與言路為仇，而高不知危，滿不知溢，所謂明於治國而昧於治身，此之謂也。居正之卒在萬曆十年，明年追奪官階，又明年籍其家，子孫慘死狼藉。其時代明之清室，清太祖已於萬曆十一年弄兵於塞外，蠶食坐大，遂移國祚。經過三十餘年，中朝始竟不知有此事，後漸聞其強而羈縻之。至萬曆四十餘年稍稍傳說，已立國僭號，亦不以為意，直至入犯遼、沈，然後舉國震驚。廟堂若有留心邊事如居正其人，何至憒憒若此？故居正沒而遂入醉夢期間矣。