六盤山是我國黃土高原西部保存較完整的山地森林生態係統，位於寧、甘、陝三省區交界處，是涇河、清水河、葫蘆河的三河發源地，森林繁茂，溪流密布。在中國自然保護區分類係統中，六盤山屬生物型自然保護區，是我國西北典型、重要的水源涵養林區。
一、物種遺傳基因庫
在全國三大自然特征區域和自然保護區區劃與植被八大區域中，六盤山屬西北幹旱區域黃土高原區、暖溫帶落葉闊葉林區的山地森林生態係統，這決定了其森林生態係統功能的獨特性和重要性。受東南暖濕氣流影響，六盤山的氣候、植被呈現由半濕潤向半幹旱、森林草原向半幹旱草原過渡的特征，形成了其森林生態係統功能的過渡性。生境的多樣性和自然保護區的良好自然環境，孕育了其森林生態係統豐富的物種多樣性和西北地區重要的物種遺傳基因庫。
在六盤山植物區係分區中，本區屬於泛北極植物區的中國—日本森林植物亞區、華北植物地區。本區無中國特有科，但有中國特有屬6個，占該地區種子植物總屬數的2%，中國特有種有300餘種，占總種數的近50%。中國特有種中華北成分、西南成分、西北成分、華中—華東成分等均有分布。盡管中國特有植物在本區較多，但是地方特有種很少，僅有3種，分別是四花早熟禾、六盤山棘豆和紫穗披堿草。寧夏特有成分有細裂槭。陝甘寧特有的成分21種，如短柄五加、甘肅桃、卷邊柳等。青甘寧特有成分2種，即無心菜和中華小苦蕒。甘肅特有成分3種，即紅花岩生忍冬、香莢蒾和密花早熟禾。陝甘寧特有成分有絲葉薹草、貧葉早熟禾等。華北成分為主，其次為西南成分。
六盤山是一座南北走向典型的狹窄石質山地類型，長期以來受內蒙古高原、黃土高原幹旱氣候和秦嶺濕潤氣候的影響，氣候的過渡特征明顯。區內山體起伏較大，從海拔1750m上升到2920m，包括山地、丘陵、台地、溝穀等地貌類型，增加了生境的複雜性。六盤山森林自然保護區有針葉林、闊葉林、針闊混交林、中生落葉灌叢、耐旱落葉灌叢、草甸、草原等植被生境和自然景觀，獨特的自然生境孕育了保護區生物資源的多樣性。依賴六盤山森林群落生存、繁衍的野生動植物極為豐富，是鳥類生存、遷徙及其他野生動物的棲息繁殖地，其中有許多是珍稀特有物種。六盤山自然保護區核心區和緩衝區內無居民生活，人為幹擾極少，基本處於自然狀態，為野生動物提供了豐富的食物和良好的生存、繁衍、進化空間，對物種的保存和延續具有重要作用，是重要的物種遺傳基因庫。