生態移民不隻是簡單的人口遷移，移民不僅是生存空間的轉移，更深層次是對傳統生產、生活方式的一次重大轉型。既是人與自然資源的重新整合過程，又是區域經濟結構重建、社會結構局部變遷與發展的過程。盡管寧夏生態移民取得了顯著成效，在幫助移民群眾脫貧致富和改善生態環境方麵起到了巨大的作用，但隨著移民開發建設工作的不斷推進，一些影響可持續發展的深層次問題逐漸凸顯出來。
一、生態移民開發存在的主要問題
（一）部分政策的適應性、前瞻性不強
寧夏生態移民涉及地域廣、數量大、周期長，移民遷出地的情況各異，政府在製定相關政策時可能過多關注了移民的整體性特點而忽略了其差異性的現狀，導致部分移民政策本身缺乏適應性，難以滿足複雜的移民工程的需要。
1.移民縣外搬遷需求強烈
多數移民不滿意縣內搬遷地的安置區環境，而願意到自然條件更好、產業配套更完善、居住環境更優美的縣外安置地生活。而政策中縣內移民規模與縣外移民規模的結構性差異，導致政府在短時期內難以全部滿足移民縣外搬遷的願望。
2.安置房分配缺乏地區差異的考慮
根據寧夏“十二五”的生態移民規劃，移民安置住房是按戶分配的，住房標準為54平方米每戶，按一家三口人來算，人均隻有18m2，離移民預期差距較大。並且實際中移民人口家庭不均，多數家庭存在“三代多人”及多子女的情況，搬遷後人均居住麵積尚不足10m2，出現了家庭人口多與住房麵積小的矛盾。
3.滯留群眾影響遷出區的整體改造
根據政策規定，對單人單戶、60歲以上老年夫妻及2009年12月31日以後分戶的新戶不予搬遷安置；對於不符合搬遷條件的，長期居住在移民遷出區且沒有固定工作的非農戶、鰥寡孤獨等特殊人群也不予搬遷安置。而目前各移民遷出村均存在上述情況，且所占比例較大，如果對於這部分群眾不進行妥善安置，將嚴重影響遷出後的整村改造和生態恢複工作。