俄乘亂據伊犁，由其駐使以代收來告，事在同治十年五月。並告將收烏魯木齊，其地有結團自保之漢民徐學功等，非純在亂回手，故不得逞而退。伊犁已為俄據七八年，而後回疆平，而後索返之事起。蓋據伊犁在金積堡下後，寧夏始告肅清之日。光緒元年五月，俄兵官索思諾福斯齊等五人，奉命來華，取道甘肅出關歸國，至蘭州，謁宗棠於節署。是年正月，英翻譯官馬嘉理在滇為騰越官軍所戕，英使威妥瑪揚言英將調印度兵由緬甸入滇，結俄兵由伊犁進，以牽製西師。既而有俄使過隴之事，廷議皆疑其受威妥瑪指，來觀我虛實，告宗棠毋示以瑕。宗棠複總署董尚書怐書，略謂：“我複舊疆，與英無涉。英欲越緬甸開市滇邊，以銷鴉片，非各國共有之利，必不甘附和。由緬至滇，非用兵地，以主製客，不為利誘，地險心固，足捍吾圉。此時即與顯起釁端，亦不可專以柔道牽之。至俄使奉命來在上年，何知有馬嘉理事？何從受其指使？至則坦懷示之。隴禍已十數年，無可掩覆。”至是，果至，宗棠引居節署，間日一會食，詢以外傳與英有約之事。俄使言：“英人叵測，俄與中國從無釁端，國主意與中國永敦和好。伊犁駐兵，乃防回侵害。俟中國克烏魯木齊、瑪納斯，即以交還。”又言：“此行意在請由內地開通茶市，徑運隴邊。”宗棠念俄已於恰克圖通商，此請徑銷茶引，正可杜私販，自我定厘稅章約，許以邊事定後徐議。俄使即以關外糧運艱，自請代購其國，徑運古城，欲速師期以通茶運，相與訂約而別。
二年六月，官軍複烏魯木齊，北路略定。宗棠奏言：“新疆與俄毗連，疆場之事，一彼一此，不但措置乖方，動多妨礙；即語言交際，偶爾失當，亦啟猜嫌爭執之萌。臣奉恩命督辦新疆軍務，身在事中，得害安危，不敢不引為己任。應懇敕下將軍、都統各大臣，於俄人交涉事件，除本有定章應各照常辦理外，遇交涉新疆者，應谘臣定見主辦，不必先與商議，致遠人無所適從，庶徑路絕而軌轍互通，論說少而爭辯自息。”從之。於是議者謂“俄人始約克烏魯木齊、瑪納斯，交還伊犁。各城已複，當與即申前議”。宗棠以為北路鮮當一麵之才，即與旁緣舊說，必多要挾；即收回後，或別有意外之虞，翻難兼顧，不若姑以此委之，得壹意南路。南路平，即伊犁亦為不索而還。既而兵事愈順，京朝益議交還伊犁。駐京俄使數以邊境商民交涉各案未結為詞，宗棠皆為平情定讞以報。三年十二月，新疆悉平，叛回渠魁遁入俄。四年正月，宗棠請敕總理衙門與俄使按約索取，複飭金順移書俄邊官，以還伊犁、交叛逆兩事並議，而許以重犒。久之不報。是秋，俄借貿易，給白彥虎等路票，入邊為寇，擒斬甚眾。時五年正月，俄複縱逋回犯邊，亦多擊斬。朝廷已命吏部侍郎崇厚為全權大臣，與俄政府議收還伊犁事。據宗棠奏俄據伊犁後地方情形，“伊犁西麵舊有拱宸、瞻德、廣仁、塔勒奇四城，均棄而弗守，傾圮殆盡；綏定一城，近以之雜置陝回，距伊犁僅三十裏。伊犁大城，人煙甚少，俄兵及商戶，均萃居東麵惠寧、熙春、寧遠三城，而金頂寺煙戶尤多。伊犁管事俄官名馬伊爾，品秩不過中國同知、通判之類，主伊犁之事者，七河巡撫也。七河一作七水，其官為固必納三爾，其名為喀爾怕科斯克依。所駐阿爾圖，地屬俄境，在伊犁西八百餘裏。其兼轄之官，名圖耳齊坦總督，名為克複滿，亦呼高伏滿，自稱代國大臣，駐浩罕故都塔什幹城，距我喀什噶爾不過數十程”雲雲。觀此，知俄於伊犁並不設重兵防華，金順輩之欲以兵襲取，自是無識之談。襲取不患其不得，交鄰固不當輕以兵相見也。