扁桃体分为咽扁桃体、腭扁桃体、舌扁桃体，我们常说的扁桃体主要是指腭扁桃体。扁桃体是免疫器官，它可产生淋巴细胞和抗体，具有抗细菌和抗病毒的防御功能。扁桃体的免疫屏障功能对维持婴幼儿机体内环境稳定具有重要作用。尤其扁桃体在咽部，而咽部是饮食和呼吸的必经之路，经常受到各种病菌和异物侵扰。扁桃体的重要任务，就是对这一个特殊的区域进行保护。
简单来说，扁桃体属于淋巴组织，它能发挥抵御上呼吸道病毒和细菌的作用，承担咽喉位置的健康保卫功能。在孩子9月龄前，扁桃体一般看不到，一旦发育完全，扁桃体会在整个儿童期保持增大的状态，而在成年之后，扁桃体抵御疾病的功能会逐渐减弱，也会变小。
正因为咽部常常会接触到病菌，所以扁桃体就容易遭受侵袭而发炎。有些细菌平时是与我们共存的，比如溶血性链球菌、葡萄球菌和肺炎球菌等致病菌，它们就存在于人的咽部和扁桃体隐窝内。正常情况下，由于扁桃体表面上皮完整和黏液腺不断分泌，可以把这些细菌随同脱落的上皮细胞从隐窝口排出来，维护身体健康。
然而，当我们因为过度疲劳、熬夜、受凉等，抵抗力下降了，身体的防御功能就会减弱，扁桃体的分泌功能也会降低，它自然就会遭受细菌感染而发炎，表现为扁桃体炎。