軍機處是清朝政治架構中一個非常重要的機構，或稱軍機房，或稱總理處，其實都是一個意思，就是清廷政治的中樞，是最高指揮機關。軍機處成立於雍正年間，最初的功能是協助皇上處理政務，辦理緊急軍務，所以名稱軍機處。
隨著軍機處的設立，先前的議政王大臣會議慢慢就成了擺設。再過半個世紀，這個可有可無的議政王大臣會議自動廢止。從此，內閣變成隻是辦理例行公文的機構，一切機密大政均歸軍機處辦理。軍機處總攬軍政大權，成為最高權力機關，軍機大臣無日不被召見，無日不承命辦事，成為皇帝個人的禦用班子，甚至隻是皇帝的私人秘書班子。這與清廷先前來自各個山頭的議政王大臣會議有著根本區別，所以曆史書上說這是清代君主專製主義的加強。
政治改革爭論的焦點
在君主專製體製下，特別是在君主比較強勢比較明白事理的條件下，軍機處擁有比較大的行政處分權並不一定是壞事，這或許有助於效率提升。“軍機”兩個字本身就帶有非常態的意思，就不是一種和平時代的常態。按照常態內閣體製，公文旅行當然更加規範，有條不紊，按部就班，下級官員有事上報，必須按照職權逐級上報；皇上有什麽指示，也要按照既定發文程序層層轉發層層加批。公文旅行當然需要一定的時間，當然在效率上會受損，但科層化的體製和公文旅行用今天的話說，體現了程序的正義與正當，自然是常態社會的最佳選擇。
軍機處非常態的中樞設置無視科層體製的合理性和程序的合法與正當，軍機處所要的就是效率。這在一個非常態的時期比如戰爭都可以理解，但是作為一個大帝國長時期的治理手段，可能就有問題了。所以近代意義上的政治改革幾乎每一次都觸及軍機處問題，而且每一次都關涉軍機處的存與廢，最典型的就是1898年，正方與反方，其實都在爭奪軍機處存廢的話語權。康有為等政治新秀提出的製度局、新政局等，其本質當時就被眼光老辣的恭親王一語道破：這個廣東後生的目的其實就是要廢我軍機，奪我大清。