軍機處是清朝政治架構中一個非常重要的機構，或稱軍機房，或稱總理處，其實都是一個意思，就是清廷政治的中樞，是最高指揮機關。軍機處成立於雍正年間，最初的功能是協助皇上處理政務，辦理緊急軍務，所以名稱軍機處。
隨著軍機處的設立，先前的議政王大臣會議慢慢就成了擺設。再過半個世紀，這個可有可無的議政王大臣會議自動廢止。從此，內閣變成隻是辦理例行公文的機構，一切機密大政均歸軍機處辦理。軍機處總攬軍政大權，成為最高權力機關，軍機大臣無日不被召見，無日不承命辦事，成為皇帝個人的禦用班子，甚至隻是皇帝的私人秘書班子。這與清廷先前來自各個山頭的議政王大臣會議有著根本區別，所以曆史書上說這是清代君主專製主義的加強。
政治改革爭論的焦點
在君主專製體製下，特別是在君主比較強勢比較明白事理的條件下，軍機處擁有比較大的行政處分權並不一定是壞事，這或許有助於效率提升。“軍機”兩個字本身就帶有非常態的意思，就不是一種和平時代的常態。按照常態內閣體製，公文旅行當然更加規範，有條不紊，按部就班，下級官員有事上報，必須按照職權逐級上報；皇上有什麽指示，也要按照既定發文程序層層轉發層層加批。公文旅行當然需要一定的時間，當然在效率上會受損，但科層化的體製和公文旅行用今天的話說，體現了程序的正義與正當，自然是常態社會的最佳選擇。
軍機處非常態的中樞設置無視科層體製的合理性和程序的合法與正當，軍機處所要的就是效率。這在一個非常態的時期比如戰爭都可以理解，但是作為一個大帝國長時期的治理手段，可能就有問題了。所以近代意義上的政治改革幾乎每一次都觸及軍機處問題，而且每一次都關涉軍機處的存與廢，最典型的就是1898年，正方與反方，其實都在爭奪軍機處存廢的話語權。康有為等政治新秀提出的製度局、新政局等，其本質當時就被眼光老辣的恭親王一語道破：這個廣東後生的目的其實就是要廢我軍機，奪我大清。
1898年政治改革很快煙消雲散。然而終歸形勢比人強，中國在經過庚子國變、辛醜新政及1904年日俄戰爭刺激後，政治改革再起。朝廷在各方麵壓力尤其是出洋考察憲政五大臣影響下，終於明白大清的未來無須他求，要在進行政治改革，走上君主立憲的路，用鎮國公載澤的話說：君主立憲有利於皇權永固，有利於外患漸輕，有利於內亂消弭。
五大臣出洋考察促成了朝野內外舉國共識的重新建構，這個共識就是君主立憲。而君主立憲的本質就中央政府層麵說就是分權，就是重新建構一個君主領導下的三權分立體製，由此軍機處行政處分權一權獨大的問題再次提出，軍機處存廢再次成為此次政治改革爭論的焦點。
根據內外臣工的討論和建議，朝廷於1906年9月1日宣布預備立憲正式開始。第二天，由鎮國公、世續、那桐、榮慶、袁世凱等王公大臣組織的編纂官製館宣布成立，其功能就是規劃立憲體製下中央及地方官製。經過一段時間調研和討論，編纂官製大臣由鎮國公領銜上了一個厘定官製宗旨折，對君主立憲體製下的官製設置提出了一個大致框架。大臣們認為，根據東西洋立憲各國通例，都是將中央權力機構一分為三，立法、行政、司法三權各不相侵，互相維持，三權分立而君主大權統之。這是最理想的政治架構。隻是我們現在還沒有辦法立即召集正式國會，因此此次改革的第一階段，應該先從行政、司法兩個方麵厘定。由此，下一步改革重點自然涉及軍機處存廢；假如不廢，也有個軍機處權限問題。
軍機處存廢之爭
9月30日，編纂官製館例會。在這次會上，鐵良與袁世凱就軍機處問題發生了劇烈衝突，雙方的看法大致代表了當時最典型的兩個主張。袁世凱認為，按照君主立憲原則，軍機處應該撤銷，代之以責任內閣。這是大改的主張。鐵良等人主張小改，反對建立責任內閣，主張在官製改革中銷減各省督撫的權力，集權於中央，主張設立陸軍部統轄全國軍隊，限製官吏兼職。
同一天（9月30日），禦史劉汝驥野上一個奏折，反對實行君主立憲，以為如此改革是“有君主無責任”；反對袁世凱等人設立責任內閣的主張，以為如此必然是內閣把持朝局，紊亂朝綱，將召內亂。10月8日，禦史趙炳麟也上了一個奏折，反對裁撤軍機處設立責任內閣，以為朝廷將一切大權皆授予二三大臣之手，內而各部，外而諸省，皆二三大臣之黨羽布置要區，行之日久，內外皆知有二三大臣，不知有天子。又一天（9日），內閣學士文海向朝廷上了一個折子，指責預備立憲有六大錯，最大錯就是準備裁撤軍機處設立責任內閣。他認為，這個創議是袁世凱的一個陰謀，因此他鄭重建議朝廷立即裁撤官製館，趕走袁世凱。同一天，禦史張瑞蔭也有一個建議，以為軍機處關係至大，盡善盡美，廢之恐君權下移。10月11日，禦史石長信上奏以為設內閣總理大臣跡近專擅，不利於皇權。又一天（10月12日），吏部主事胡思敬上奏以為君主立憲並不是什麽新鮮玩意，隻是竊取外國政治體製的皮毛，除了變更體製，惑亂人心，並不能有效解決我朝問題。至於讓內閣總理大臣一統朝政，那麽不論用親藩，用滿漢大臣，其結果都是恣睢自擅，竊弄權柄，啟奸人窺伺之漸，於皇權不利。這些言官閑散輪番上奏，製造輿論，其目的當然都是朝廷暫緩廢除軍機處。
這些言官提出了一些問題，但是從大勢上說，顯然不合乎朝廷的期待。11月2日，慶親王領銜進呈新官製計劃書，就中央官製改革提出了一個新方案。這個方案的要點就是籌設真正意義上的責任內閣，在適當時機裁撤原來的行政中樞軍機處及那個隻是辦事機構的內閣。當然，慶親王等人在這個建議中表示，真正意義上的責任內閣並不是從原點起步，他的主要架構和職能其實就是原來的內閣和軍機處。新的真正意義的責任內閣設政務大臣十四人，輔弼君上，代負責任。總理大臣一人，秉承聖謨，翊讚機務，平章內外政事。凡用人行政一切重要事宜，均由內閣總理大臣承旨施行。除立法、司法各官外，所有行政各官，內閣總理大臣均有表率之責，並有督飭糾查之權。這個新方案還是堅守了袁世凱先前的主張，還是一個大改革的辦法。
新方案當然是對的，但是這些日子言官閑散，還有那些滿洲貴族的反對意見也不能不考慮，慈禧皇太後和光緒帝承認這個新方案是對的，是可行的，但是他們還是在11月6日發布了一個“五不議”的懿旨，將軍機處、內務府、八旗、翰林院、太監等五個大家爭議最多的機構存廢問題暫且擱置，期待以此減弱政治改革的壓力和阻力。
關於軍機處不議，懿旨給出的理由是，軍機處為行政總匯，雍正年間本由內閣分設，取其近接內廷，每日入值承旨，辦事效率高保密效果好，所以相承至今，尚無流弊，自然無須在這次官製改革中裁撤。內閣、軍機處，一切規製，照舊實行。
“五不議”換來政治改革空間
軍機處不議，乃至“五不議”的說法，在過去一百年一直沒有多高評價，研究者批評者一致認為這個“五不議”就是清廷政治改革的底線，是保守的象征，也意味著清廷的虛偽。其實，各位批評者沒有持續關注“五不議”的後續發展，慈禧皇太後和光緒帝其實是在用“五不議”換取政治改革的空間和可行性，繞開了反對派的陣地，迂回曲折地實現了既定目標。
按照“五不議”原則，軍機處的存廢不再討論，但清廷卻在隨後的中央官製改革中繼續為責任內閣預留了位置和空間。根據朝廷的宣布，軍機處、內閣就這樣繼續存在，但中央官製卻進行大幅度調整，其各部尚書均兼任參預政務大臣，輪班值日，聽候召對。外務部、吏部按照過去的設置繼續存在；巡警為民政一個方麵，改歸民政部；戶部改為度支部，財政處並入；禮部照舊，將太常、光祿、鴻臚三寺並入；學部仍舊；兵部改為陸軍部，練兵處、太仆寺並入；將來再設海軍部及軍諮府，未設立之前，功能歸陸軍部；刑部改為法部，專任司法；大理寺改為大理院，專掌審判；工部並入商部，改為農工商部；輪船、鐵路、電線、郵政均設專司，合組郵傳部；理藩院改為理藩部。如此，中央各部院的改革、創製不僅實現了1898年以來改革先進的理想，將中央層麵按照三權分立的原則進行重構，這就為後來的政治發展預留了極大空間和機會。
還有一個最值得注意的變革是，先前一直爭執的滿漢衝突尤其是中央政府層麵的“滿漢雙軌製”在“五不議”背景下，竟然輕而易舉地化解掉了：按照新官製，各部院正職隻設一人，副職二人，不分滿漢，種族或其他特殊的身份背景不再成為朝廷用人標準，一切均在憲政體製下進行考量。從這個意義上說，“五不議”的意義就是將這五個爭執最大的問題暫且擱置，不挑逗不爭論，集中精力改革那些應該改革也能夠改革的問題。
“五不議”最大限度地擱置了那些極富爭議的政治議題，“軍機處不議”最大限度地容忍了中央權力架構按照君憲體製下的三權分立重新建構，至《欽定憲法大綱》頒布，政治改革路線圖非常清晰，中央政府層麵先設置一個準議會的資政院，然後籌備組建一個責任內閣，待責任內閣正式設立，就標誌著國家進入了君主立憲的新時代，而這個新時代就不再有軍機處等非常機構的任何地位，軍機處的消失一下子變得那麽順理成章，水到渠成。
1911年5月8日，清廷公布《內閣官製》和《內閣辦事章程》兩個文件。根據這些文件，責任內閣就是國家的行政中心，在皇帝領導下，對議院負責，享有處置全國行政事務的大權，這對於重建中央政府層麵的三權分立，當然是一個比較重要的嚐試，也意味著中國就此將要進入一個新時代。如果僅從政治變革意義上說，我們不能不承認“五不議”，特別是“軍機處不議”是政治變革中的大智慧。
至於責任內閣不經意變成了皇族內閣，並將這個王朝拖入深淵，那是另外一個問題，並不表示責任內閣不該建立，軍機處不該廢除。
在談到晚清立憲運動時，攝政王載灃是無論如何也繞不開的人物。他在兩宮相繼去世後全權負責清廷日常事務，他的看法與做法直接影響了憲政的方向與步驟。