既然決定支持袁世凱，章太炎對袁世凱就顯得格外熱情，他在民國初建的那些日子裏，殫精竭慮為袁世凱出謀劃策，提供了一個又一個建議。
對於章太炎的擁戴和建議，袁世凱感激不盡，投桃報李，袁世凱於4月9日聘請章太炎為總統府高等顧問。此後，章太炎一度堅定地站在大總統袁世凱一邊，成為民初政爭中最拉風的一個重要人物。
章太炎的政治背景是統一黨，他在1912年4月底前往北京也是以統一黨黨魁的身份進行活動。然而，那時統一黨的大本背還在上海，章太炎北上後的實際主持人為張謇。張窘在章太炎離開後，將統一黨和黎元洪的民社、範源濂的國民協進會、陳敬第的民國公會以及國民黨同誌會等拉在一起，重組共和黨。
這五個政黨進行合並的事情，在章太炎北上前就有議論。章太炎的基本意思是不能更改統一黨的名稱，不設理事長，因為除了黎元洪的民社外，其他幾個小黨都不能算是獨立的政黨，與統一黨比起來根本不在一個重量級。
章太炎的告誡並沒有引起張謇的重視，或者說張謇有自己的考慮。在章太炎離開上海後，張睿很快與其他幾個政黨負責人達成合並重組的意向，幾個政黨不論人數多少，各出四人為基本幹事，共同籌組新的政黨共和黨。5月9日，共和黨成立大會在張園舉行，選舉黎元洪為理事長，張睿、章太炎、伍廷芳、那彥圖為理事，林長民、湯化龍等為幹事。
對於張謇的做法和共和黨的成立，身在北京的章太炎堅決反對，強調統一黨總部已移至北京，張謇無權代表統一黨決定，他個人也拒絕擔任共和黨理事。稍後，他又提出一個變通方案，要求共和黨理事長如不能常駐黨部，那麽其餘四名理事中需舉一人常駐，並對黨務負全責。然而這些要求統統被拒絕，這就迫使章太炎在北京發表一個聲明，強調統一黨將不與其他政團合並，宣布他章炳麟是統一黨的黨魁，依然堅守獨立自主的原則。