二十五年春正月丙辰，朝鮮使來請援。二月丙寅，複議征倭。丙子，前都督同知麻貴為備倭總兵官，統南北諸軍。三月乙巳，山東右參政楊鎬為僉都禦史，經略朝鮮軍務。己未，兵部侍郎邢玠為尚書，總督薊、遼、保定軍務，經略禦倭。
夏六月戊寅，皇極、中極、建極三殿災。癸未，罷修國史。秋七月癸巳，誡諭群臣。丁酉，詔赦天下。是月，楊應龍叛，掠合江、綦江。八月丁醜，倭破朝鮮閑山，遂薄南原，副總兵楊元棄城走，倭逼王京。甲申，京師地震。九月壬辰，逮前兵部尚書石星下獄，論死。冬十月甲戌，安南黎惟潭篡立，款關請罪，詔授安南都統使。是年，琉球入貢。
二十六年春正月，官軍攻倭於蔚山，不克，楊鎬、麻貴奔王京。三月癸卯，賜趙秉忠等進士及第、出身有差。壬子，群臣詣文華門疏請皇長子冠婚，不允。
夏四月丁卯，遼東總兵官李如鬆出塞，遇伏戰死。壬申，京師旱，敕修省。六月丁巳，楊鎬罷。戊午，中官李敬采珠廣東。丙寅，張位罷。丙子，巡撫天津僉都禦史萬世德經略朝鮮。秋七月丙戌，中官魯保鬻兩淮餘鹽。八月丁醜，京師地震。
九月壬辰，免浙江被災田租。冬十月乙卯，總兵官劉綎、麻貴分道擊倭，敗之。
董一元攻倭新寨，敗績。十一月戊戌，倭棄蔚山遁，官軍分道進擊。十二月，總兵官陳璘破倭於乙山，朝鮮平。是年，烏斯藏入貢。
二十七年春二月壬子，分遣中官領浙江、福建、廣東市舶司。是月，貴州巡撫江東之遣兵討楊應龍，敗績。三月己亥，前兵部侍郎李化龍總督川、湖、貴州軍務，討楊應龍。夏四月甲戌，禦午門，受倭俘。是月，臨清民變，焚稅使馬堂暑，殺其參隨三十四人。閏月丙戌，以倭平，詔天下，除東征加派田賦。己醜，久旱，敕修省。丙申，以諸皇子婚，詔取太倉銀二千四百萬兩。戶部告匱，命嚴核天下積儲。六月己亥，楊應龍陷綦江，參將房嘉寵、遊擊張良賢戰死。秋八月甲午，陝西狄道縣山崩。九月，土蠻犯錦州。