玄奘帶著一大批佛典，心中有著無盡的使命感和來自時間的壓力。西行印度時，玄奘選擇的路線蜿蜒曲折，因為他到處巡禮遊覽。而回國的路線則簡單得多，除了不得不轉彎的地方外，大部分都是直線前行的。在今印度、巴基斯坦和阿富汗境內的路程，玄奘選擇的都是以前走過的並且最快捷的路線。但到了阿富汗與中亞的交界地帶，玄奘則轉越蔥嶺，開始一段從未走過的路線，也就是沿古時通西域的南道，向河西走廊行進。
行到毗羅那拏國時，住在那裏的原那爛陀寺的同學師子光和師子月都跑來迎接，在二人的盛情邀請下，玄奘在那裏開了兩門課，講授了兩個月才離開。玄奘來到了闍爛達羅國，那裏的烏地多王曾答應幫忙運送佛像、經典。玄奘把要托運的東西進行了一番整理，率領一行人進入了今巴基斯坦東北境。沿途有很多盜匪出沒，玄奘來時就曾在這一帶遭過洗劫。這一次玄奘想出了一個法子，他派人在隊伍前，先告訴土匪他們所運的隻是一些佛典之類不值錢的東西，請他們放行。果然玄奘一路上再沒受到什麽損害。後來迦濕彌羅王得到消息，特派專使來請玄奘舊地重遊，玄奘婉言拒絕，稱大象行動不便而繼續上路。後來在一次渡河的時候，玄奘自己騎象，那些佛經和佛像都通過船來運送，一些人負責在船上照料，不料到了河心的時候，突然刮起一陣大風，船身左搖右晃，夾經本和花種都從船上掉了下來，無從救及。後來一行人來到了烏鐸迦漢荼城，來迎接玄奘的迦畢試王告訴玄奘，自古以來，凡載運奇花果種的船渡河時都會遇到這種情況。玄奘隻好派人到附近的烏仗那國將遺失的佛典重新抄寫，因而又耽擱了五十多天。隨後他們又來到了迦畢試國境內，國王派了一百多人協助玄奘越過興都庫什山。他們用了七天的時間才登上最高的那座山，那裏終年積雪，寒風凜冽，人幾乎無法站立，就連鳥的飛行都變得很艱難，隻能挑選風小的地方活動。人無法騎馬，隻能相互攙扶著前行。