第一批清洗已經告一段落， 其餘人的議罪大多就是走一個形式。但國家目前麵臨的問題，現在已經清晰地擺在台麵上。
首先，尚書台及各部、九卿、以及大部分文吏僚屬缺額極大， 需要及時從各州郡遴選。再者，司州的亂軍四散開來， 沒有了王叡的統領， 反倒開始作亂。災民需要調撥糧食賑濟，軍戶、在籍的良民也要遣返回原籍。同樣，王叡也要迅速緝捕歸案。盡管王濟的供詞中沒有任何證據指向王叡參與到謀反之中， 但是王濟本身就是謀逆罪，子孫自然也都不能幸免。
最後， 渤海王既然已死，那麽與楚國的聯姻也就擱置了。楚國公主如今已經過江， 是否遣人送返也要再議，但朝野中不乏有聲音要求皇帝本人將楚國公主接納下來。國家需要休養生息， 沒有力氣去打一場舉國之戰。
尚書台最先做了整改，諸多曹令合並， 減為六曹， 即吏部、民部、祠部、七兵、都官、度支。以錄尚書為長官，令、仆射副之，置六尚書、二丞。
其中祠部合並了原來的祠部、儀曹， 掌宗廟祭祀禮樂製度，從九卿之一太常裏瓜分了大部分禮儀職權。而原來的太常僅剩下管理皇帝陵墓、寢廟所在縣邑，每月巡視諸陵， 並兼管太學部分事務， 算是徹底的高位虛置養老崗。祠部尚書現由侍中孔昱兼任。
民部合並了原來的左右民曹，掌民事及土木工程， 削減了司空的職事，將作大匠棄置不用，新民部尚書由原來的將作大匠陸擴繼任。
七兵尚書掌軍事樞務，主管全國軍事行政，領左右中兵、外兵，及騎兵、別兵、都兵七郎曹，掌全國兵籍、征兵、儀仗。從本質上來說，打破了一部分州刺史加兵的統治壁壘，國家對兵力會有一個更為直觀的了解。七兵尚書目前尚未置，但未來或屬宗王，或屬寒門。