罗振玉就像热锅上的蚂蚁啃骨头。
伯希和公布敦煌文书后，他就开始紧张的研究工作。时间不长，爆发辛亥革命，混战中，各地纷纷独立，大清朝廷瞬间崩溃，统治范围萎缩到故宫弹丸之地。罗振玉对清廷忠贞不贰，时局混乱，知道北京再难以立足，打算洁身引退。正在这时，大谷光瑞的使者来劝说他到日本“避难”。
他与大谷光瑞素不相识，只知道他在日本有影响，且与孙文交往密切。考虑再三，没有答应。接着，内藤湖南、狩野直喜等人联名写信邀请他到日本继续研究工作。罗振玉答应了。这年冬天，他和女婿王国维一起举家东渡日本。同时，大量藏书和古物也运往京都。
他们暂住在京都田中村，然后在京都大学附近筑起“永慕园”和“大云书库”。除与内藤湖南、狩野直喜等人文字交往以外，大部分时间闭门不出，埋头于甲骨文、敦煌遗书和汉简等古典文藉的整理研究。同时，不断写信请求伯希和提供敦煌文书全套资料。
去年，罗振玉就计划刊印伯希和所得敦煌遗书，在端方介绍下，他委托商务印书馆董事会主席张元济影印。同年春天，张元济从上海启程，游历欧美、日本等十一国，考察教育事业。秋天，他拿着北京方面介绍信经意大利前往巴黎，与伯希和交涉敦煌文献出版事宜。当时，伯希和正处于同行的强烈攻击之中——原来，伯希和因为东方学成就，特别因敦煌文献获得极大荣誉，目中无人，骄傲自负，除了将绘画、塑像等艺术品在罗浮宫以伯希和为名的大厅展出而外，其余大量珍贵文物一直锁在巴黎国立图书馆东方部的一间黑屋子里，钥匙由他自己掌管。学者焦急地期盼刊布探险成果，但是，几年过去，他连一份文书目录也没有编制。学者开始产生怀疑，伯希和为什么不开始研究工作，反而帮助斯坦因整理汉文敦煌文献？为什么不让学者们看他的探险成果？
而且，他自己显然也不看，因为大部分装文书的箱子连绳索都没打开。
东方部一位学者发表文章表示，不仅怀疑伯希和的整理能力，而且推测他带来的是赝品，所以无法面对欧洲学界，因此，他们决定放弃保管责任。另一位汉学家著文说：斯坦因既已先进藏经洞，这许多手稿又从何而来？一天读上千份卷子，也就是说一分钟读两份卷子，这样的可能性很小，再说，如果不是假的，为何又长期不许人们观看？他还指责伯希和浪费大量公家财产而无收获。于是，各种说法不胫而走。部分人甚至用肯定口吻说：大概斯坦因将藏经洞文书劫略一空，伯希和在绝望中遇到了甘肃的“阿克亨”，以低廉价格购买一些假文书，回来与斯坦因的收集品对照后发现是赝品。更有武断者说伯希和根本就没有去敦煌，他只从北京琉璃厂购买一些文书充数，然后大部分时间到江南游山玩水去了。
攻击他的文章铺天盖地，几乎席卷所有与东方学有关的杂志。直到1912年斯坦因《中国沙漠中的废墟》发表后，这些攻击的言论才销声匿迹，因为斯坦因明确地说只购买了书库中的一小部分。
张元济抵达巴黎，正是伯希和四面受敌的时候，他没有心思考虑出版事宜。张元济又找中国驻法公使馆，经过官方交涉，获准特别参观。伯希和亲自打开一道道铁门，进入光线暗淡、堆满装文书箱子的密室。张元济只能看到被取出来的卷子，窥一斑而知全豹，他立刻感觉到敦煌文书的崇高价值。伯希和站在旁边监视，并且不断催促。他只好匆匆浏览一阵就惆怅地离开密室。随后，他还会见正在整理斯坦因藏品的沙畹。在他介绍下，到伦敦与斯坦因协商。斯坦因答应四部书可以影印，然而，这是口头承诺，一年后，斯坦因去印度筹划下一次探险，影印出版敦煌文书的愿望就落空了。
辛亥革命爆发，罗振玉的出版计划无从实现，就写信给伯希和索求敦煌卷子照片。那时，针对伯希和的恶毒运动接近尾声，而且他对中国学者“以德抱怨”的君子作风很感动，陆续提供照片。1913年，罗振玉把伯希和断断续续寄给的18种敦煌文献照片整理后，印行在日本的第一部敦煌学著作《鸣沙石室佚书》。后来，罗振玉和王国维从张元济处得知沙畹正在对斯坦因所获敦煌、新疆等地的汉简进行研究，立即联系。冬天，沙畹将手头的稿本寄来，两人分工协作，把敦煌、罗布泊、尼雅一带发掘的汉晋木简影照加以分类考释，定名《流沙坠简》出版。同时，罗振玉写信给沙畹、伯希和和斯坦因，说他和王国维想亲自到欧洲调查敦煌文献。
斯坦因和伯希和不置可否，沙畹却表示热情欢迎，他联合英、德学者准备共同研究敦煌文书。一切就绪，将要启程，第一次世界大战爆发，没能成行。
但是，沙畹还在硝烟弥漫的欧洲期盼着他们的到来。
1914年，吉川从新疆回到日本。大谷光瑞第三次中亚探险结束。
罗振玉和王国维经常到大谷光瑞、吉川处寻找资料。
日本武库举办“西陲古物展览会”，他们前去参观，并与瑞超相见，借回大谷光瑞探险队所获敦煌文书的目录，编成《日本橘氏敦煌将来藏经目录》。
瑞超于1912年6月5日回到京都，然后就是接连不断的演讲。大谷光瑞得知十三世喇嘛流亡印度后返回西藏，立即组织进行西域、西藏两个区域的探险考察队。瑞超想前往西藏，大谷光瑞没有同意，他派青木文教、多田等观执行使命。9月8日，青木文教化装成蒙古喇嘛由喜马拉雅山的间道潜入西藏，时间不长，受阻而回。