應該看到，慈禧收回事權有一個心理演變過程：
9月4日、5日，光緒未經請示就罷免禮部“六堂官”、任命軍機四章京，威脅到慈禧的權力基礎，讓她產生了收回事權的強烈念頭。
9月14日，光緒帝到頤和園請安，要求太後同意開懋勤殿，“太後不答，神色異常，（光緒）懼而未敢申說。”（41）
9月18日，收回部分事權後，慈禧仍未想到把事情做絕。
9月21日，慈禧收回光緒的全部事權，但她並沒有全盤否定由自己批準而進行的戊戌變法。
9月22日，光緒帝仍然按計劃祭祀社稷壇，還勤政殿，“見大人畢，還涵元殿”。當晚前後，袁世凱的“告密”傳來，慈禧才怒不可遏，徹底撕破臉皮，開始大肆搜捕、鎮壓維新人士：23日，諭令捉拿張蔭桓、楊銳、劉光第、譚嗣同、林旭等。25日，將康廣仁、張蔭桓、徐致靖、楊深秀、楊銳、林旭、譚嗣同、劉光第等8人關進刑部大牢；慈禧很可能已掌握光緒與“囚後殺祿”有關證據，所以，她決定廢除光緒帝，並下達了為光緒求醫的上諭，為廢立做輿論準備。26日，諭令派軍機大臣會同刑部、都察院對徐致靖、楊深秀等“嚴刑審訊”，宣布袁昶等主張廢除的“詹事府、通政司、大理寺、光祿寺、太仆寺、鴻臚寺等衙門照常辦事，毋庸裁並”。27日，諭令“限三日俱奏”。28日，又諭令派剛毅監刑，不經審訊，將康廣仁、楊深秀、譚嗣同、林旭、楊銳、劉光第“即行處斬”……。10月4日以後，慈禧開始清洗、處罰大內有關人員。她親自審訊，以“幹預國政”、“串通是非”等罪名，將親近光緒和珍妃的太監楊瑞珍、楊長文、張得明、戴恩如等4人殘酷“杖斃”，活活打死後，“拋入萬人坑”。另外10名同情光緒的太監，也分別處以“重責二百板、永遠枷號”和“板責一百、枷號二年”的殘酷刑罰。