收回事權的當天，慈禧太後便開始對維新派進行報複。她在下達給刑部尚書兼步兵統領崇禮的懿旨中寫道：“諭軍機大臣等：工部候補主事康有為結黨營私，莠言亂政，屢經被人參奏，著革職，並其弟康廣仁（顯然是因為哥哥康有為而受到株連），均交步兵軍統領衙門拿交刑部，按律治罪。”（33）其中，“莠言亂政”與康有為奏請聘用洋顧問等激進主張密不可分。處罰宋伯魯的懿旨寫道：“禦使宋伯魯濫保匪人，平素聲名惡劣，著即行革職，永不敘用。”（34）這與他奏請重用康有為以及建議中、英、日等“合邦”不無關係。
初七日，太後單獨審訊皇上一次。初八日，皇上率百官恭賀訓政。太後旨，命皇上拜於階下。禮成，複於便殿召群臣質訊皇上。將所抄皇上書房中及康有為寓中奏章說帖等件，逐條審訊，以諸臣質之。內有楊銳、林旭述上意，催康迅速出京之函。太後大怒，問皇上，皇上不敢認，推楊銳之意。時太後已接北洋袁世凱出首密告之事，追問皇上何意。上隻得推康、譚，否則立受廷杖矣。當即飭下步兵統領捕拿張蔭桓、徐致靖及新進諸人……（35）
如果袁昶在戊戌事變時沒有特殊貢獻，那麽事變之後，康梁等人四處逃命，“六君子”血染菜市口，支持變法的徐致靖被永遠監禁，李端棻、張蔭桓被革職並流放新疆，甚至連地位低下的熊希齡、張元濟等人都被查處……而“變法明星”袁昶不但沒有受到慈禧的任何追究，而且還官運亨通，連他自己在詩中大發感慨，“一載三遷恩遇無”。（36）八月，袁昶調補“肥差”直隸布政使。
不久，身為頑固派的徐用儀（1826—1900，字吉甫，號筱雲，浙江海鹽人）在光緒“二十四年，皇太後再訓政，複直總署，乃密薦太常寺卿袁昶。”（37）並得到批準。10月2日（八月十七日），袁昶調在總理各國事務衙門大臣上行走；