創建一所大學，對於現在的國家來說，並非難事，而對於晚清政府則是舉步維艱，爭吵了十幾年，也沒建成。
早在1882年，曾出使過俄國的王之春在《廣學校篇》中指出：“西學規例極為詳備，國中男女老幼，無論貴賤，自王子以至於庶人，至七八歲皆入學……鄉塾之上有郡學院，再上有實學院，再進為仕學院，然後入大學院。”將近代大學的概念介紹到中國。隨後，薛福成、鄭觀應、胡熵棻等對於改革腐朽的教育模式、創建與世界接軌的近代教育體係多有論述，多次提倡。
甲午戰敗，喪權辱國，朝野震驚。創建新式學堂，培養新型人才以拯救國家，成為誌士仁人的共識之一。1896年2月，管理官書局大臣孫家鼐上奏《官書局章程》，提出“藏書籍”、“刊書籍”等七項職責，其中，第四項就是“擬設學堂一所”。同年6月，刑部左侍郎李端棻上了《奏請推廣學校折》，進一步提出：“自京師以及各省府州縣皆設學堂……京師大學，選舉貢監生年三十以下者入學，其京官願學者聽之。”在首都創建京師大學堂的宏偉藍圖，終於浮出水麵。總理各國事務衙門（也稱總署）根據上諭，對李端棻的奏折進行了議複，認為“該侍郎所請於京師建設大學堂，係為擴充官書局起見，應請旨飭下管理書局大臣察度情形，妥善辦理”。
孫家鼐（1827—1909），安徽壽州人（今壽縣），字燮臣，時任禮部尚書、管理官書局大臣。翁同龢在《日記》中高度評價道：“孫燮臣沉潛好學，服膺王陽明之書，立誌高遠，凝厚而開張，餘欲兄事之。”
接到總署踢過來的“皮球”，一向“最稱拘謹”、見事就謙讓的孫家鼐當即表示：“學堂……亦即官書局分內應辦之事。”他清醒地意識到“泰西各國……淩抗中朝，犖犖群才，取之宮中而皆備，非僅恃船堅炮利為也”、“非有人才，不能自立”，於是，他迅速“與在局諸臣悉心籌議”，狠抓落實。在《議複開辦京師大學堂折》中，他毫不客氣地批評了中國陳舊的國學教育模式和華而不實的洋務學堂：“……中國京師建立學堂，為各國通商以來僅有之創舉，苟僅援引此官學、義學之例，師徒授受以經義帖括，獵取科名，亦複何裨大局？即如總署、同文館、各省廣方言館之式，斤斤於語言文字，充其量不過得數十翻譯人才而止。福建之船政學堂、江南製造局學堂及南北洋海軍武備各學堂，皆囿於一才一藝，即稍有成就，多不明大體，先厭華風，故辦理垂數十年，欲求一緩急可恃之才而竟不可得者，所以教之之道，固有未盡也。此中國舊設之學堂，不能仿照辦理也。”