萬曆的生父穆宗朱載垕元配陳氏，北京通州（今通縣）人，1567年冊為皇後，但身體孱弱，多病無子。萬曆對待這位非親生母倒也孝敬如常，即位後上尊號為“仁聖皇太後”，與生母“慈聖皇太後”兩後並尊。
萬曆的生母“慈聖皇太後”李氏，北京順天府漷縣人。漷縣地處北京東南80裏，地臨通惠河，金代為縣，元代為州，明代又降為縣，今屬通縣，又降為村，稱漷村鎮。李氏家境清貧，父親是泥瓦匠。為了生計，她幼年被賣到通州陳家作使女，與陳家姑娘相處很好，情同姊妹，陳姑娘即後來的“仁聖皇太後”，正因為有這層交往，以致被朱載垕看中，選為宮嬪。生下了萬曆，母以子貴，被尊為“慈聖皇太後”，但仍與“仁聖皇太後”友善相處如初。太後出身寒微，對娘家人等管束很嚴。有一次父親李偉為軍中織造布匹，以次充好，從中漁利，引起軍中不滿，萬曆得知，取布檢驗，果然如此。萬曆報告皇太後，皇太後十分生氣，傳諭嚴辦。輔臣張居正為了照顧皇親，處罰了下屬人員，皇太後得知，認為處罰不當，又召李偉父子入宮，叫他們跪在仁德門前，她親升隆道閣，曆數他們的罪行，李偉父子慌恐服罪。慈聖太後一生篤信佛教，宮中人為討她喜歡，說她是九蓮菩薩化身，而她也以菩薩自居，北京長椿寺懸掛著她的九蓮菩薩影像，她把佛祖舍利在宮中供奉之後，又送往京南房山雲居寺在雷音洞安葬；她在京城內外建築的佛寺不計其數，京西八裏莊經她修建的慈壽寺，規模很大。現在佛寺已經傾塌，但十三級磚塔，至今高聳入雲；又廣行善事，修橋補路，京南數百裏的祁州（今安國）伍仁村的大石橋，也是她建的，石橋與銘刻，現在也完好如初。北方的名山古寺、佛事道場，幾乎都得到她的支持與資助。上行下效，使萬曆一朝，佛教盛極一時。慈聖以太後之尊，動用宮中的“金花銀”、“脂粉銀”與國庫的“帑銀”建寺事佛，祈天賜福，以期皇朝永固，自然會通行無阻，朝臣們不敢提出意見，不過，上天盡可以賜福，皇朝也可能永固，而這堂堂皇朝又由誰來繼承大業呢？