“立儲之爭”，使萬曆皇帝與群臣的鬥爭長達十餘年之久。萬曆決心以頑強的意誌和臣僚們作持久的對抗。群臣不讓他立鄭貴妃的兒子常洵為太子，他同樣以各種理由為借口，也不立王恭妃的兒子常洛為太子，甚至不讓常洛舉行成人典禮，阻止隨翰林院的官員就讀。但是迫於宮廷內外強大的壓力，萬曆最終還是向群臣屈服了。他答應讓常洛出閣就讀。萬曆既然親口答應皇長子常洛出閣就學，便再無口實可以推托。但是負責此事的太監，深知皇上並不樂意為皇長子辦出閣禮，於是開出一張令人瞠目結舌的賬單，總計不下十萬兩銀子。萬曆抓住這一把柄，傳諭內閣，借口皇長子出閣禮所需費用浩大，“出講少俟二三年，冊立一並舉行，庶可省費”。顯然又是在刁難和要挾。事情又拖了一年，萬曆在群臣再度施展的壓力下，不得不宣布：二十二年（1594年）二月初四日，皇長子出閣講學，但以尚未冊立為皇太子，侍衛、儀仗一切儀注，從簡從略。盡管如此，皇長子朱常洛總算是向太子的目標又邁出了艱難的一步。此時他已十三歲了。
當然，萬曆對群臣的屈服，帶著萬分的不情願和異常的憤怒，在他的心靈上從此留下了永久的傷痕，並隨著歲月的流逝而越發痛楚。而“國本之爭”所帶來的惡果，也越來越明顯地展現出來了。
萬曆二十九年（1601年）朱常洛被勉強立為太子，儲位始定，其間竟經曆了十五年之久的磨難。後人評論說：“自古父子之間未有受命若斯之難也！”
常洛立為太子，常洵已去洛陽封地。愛子遠離膝下，寵妃淚灑衣襟，萬曆懷著難言的悲慟和無比的仇恨，麵對他的群臣，也麵對他的帝國，他要進行報複。這個報複的方式是獨特的。早在萬曆二十二年（1594年），他三十二歲時，就開始了一種前所未有的對付臣僚、開脫自己過錯甚至罪責的辦法。自從萬曆十四年（1586年）二月掀起“國本之爭”以來，萬曆先是以“皇子嬰弱”為由，後來又以“群臣聒激”為借口，兼施高壓和敷衍之計，久拖不立。後來，當萬曆知道再沒有借口做為理由來拖延時，便絞盡腦汁，終於在萬曆二十一年（1593年）一月，捏出一個“三王並封”的“待嫡”之計。