1848年刚刚拉开序幕，就预示着这是非同寻常的一年。1月，国王病重，安徒生接到通知，带上创作的小说和童话，给国王朗诵。国王似乎很受鼓舞，轻松活泼地和安徒生交谈，分别时，国王对安徒生说：“我们很快就会见面的。”然而，这成了他们的永别。国王的病一天比一天恶化，1月20日10点15分，国王去世，全国陷入悲痛之中。继承人王太子斐德烈七世宣誓，将继续执行“他亲爱的父亲”所提出的治国安民的方略，安徒生也被任命为“治安委员会成员之一”。然而，1848年的丹麦在欧洲大革命的风暴影响下，已经不那么太平了，战争阴云密布。
1月28日，新国王根据自由派的要求公布了新宪法。新宪法首要解决的是丹麦当时混乱不堪的民族问题。按照自由派的主张，霍尔施坦公国可以获得某些独立性，而在丹麦和德国居民杂居的什列斯维希地区，必须划为丹麦的一个省。霍尔施坦公国和什列斯维希公国以埃德尔河为界，长久以来有着紧密联系。因而，丹麦的自由派喊出了“丹麦以埃德尔河为界”的口号，但遭到两个公国的一致反对，不仅反对把两个历史上有密切联系的地区分割开来，而且希望能有各自的宪法。两个公国派出代表，向丹麦上书，发表他们的主张。国王如果答应他们的要求，就意味着丹麦要永久地失去什列斯维希，这是根本行不通的。国王别无选择，拒绝了两个公国的要求。两个公国的王公决定诉诸武力，组织了一支7000人的起义军，于是战争爆发了。因为在丹麦人眼里，两个公国的起义无疑是暴乱，不得人心，很快就被“平息”了。然而，对这两个公国怀有野心的还有普鲁士，就在起义军大败之时，普鲁士国王派出一支救援军队，打败了丹麦军队；这时，有欧洲宪兵之称的沙皇俄国不答应了，尼古拉一世反对普鲁士国王支持起义者去反对一个合法的君主，出兵支持丹麦，最终，普鲁士和丹麦签订了和约。战争结束了，但霍尔施坦和什列斯维希地区的民族问题仍然没有得到解决。
这场战争的爆发，把安徒生带入了非常尴尬的境地。一方面，作为丹麦人，安徒生有他的爱国心，他当然希望丹麦能胜利；另一方面，安徒生对德国有着美好的印象，他多次到德国旅行，在他最低沉的时候，是德国给他安慰，他在德国有很多朋友，他不愿意因为战争而失去朋友。因此，安徒生对丹麦与德国间越来越明显突出的矛盾，感到非常痛苦。他在给友人的信中写道：“我感到万分难过的是，由于彼此隔膜，优秀的人物之间竟然互相仇视。”
有一位叫赫姆尼茨的德国诗人，将自己的一首诗送给安徒生作纪念，但诗人在这首诗中号召霍尔施坦和什列斯维希地区的人们“更加紧密地团结起来”，安徒生接受着这个诗人的礼品，并不认为有什么不妥，但却受到很多人的指责，说安徒生不爱国，不关心国家大事。然而，安徒生就是想逃避现实，也不由他的意志而转移。一位政府官员找到安徒生，希望他能通过自己在国外的名气与影响，在国外的报刊发表文章来宣传丹麦的政策。安徒生也觉得自己有这个责任，于是就给英国《文学杂志》的主编杰丹先生写了一封信，如实报道丹麦国内的情况以及自己的主张。《文学杂志》立即发表了这封信：
亲爱的朋友，自从上次给你写信以来只过了几个星期，然而在这段时间里发生了一系列的事件，好像过了好多年似的。政治从来不是我的事，诗人有另一种使命，可是现在当动乱震撼着各国，从而几乎不可能麻木不仁地站在地上的时候，我们就必须谈论政治了。你知道丹麦的局势是多么严重，我们面临着战争啊！不过这是一场要由全体受鼓舞的丹麦人民进行下去的战争，在这场战争中，被正义的事业唤起的出身高贵的人和农民都志愿加入战斗队伍；整个丹麦民族热情洋溢，被爱国主义所激发。霍尔施坦—什列斯维希地区的地方领导者，多年来通过德国报纸把我们介绍给诚实的德国人民的那种虚伪观点；诺埃尔亲王所持的那种态度，说什么丹麦国王不自由，他为王室利益而行事，因而占领了伦茨堡——这一切都刺激了丹麦人，人民已团结得像一个人一样奋起了，一切日常生活小事都让位于伟大、高尚的事业。一切都在动，但秩序井然。各个阶层的捐款不拘形式的源源而来，连穷工匠和女仆都捐上他们的一份……
在表达自己不得不卷入政治的同时，安徒生又生动描写了丹麦人民为战争付出财物，甚至自己的生命，但这并不表明安徒生主张用战争来解决问题。他在给柯林的信中写道：“我多么希望战争尽快地结束，多么想看到人们可以自由的生活，致力于统一、友谊啊！谚语说：‘战争开出的花朵是美丽的，但结出的果实却是苦的。’而我却认为，战争根本不会开出什么花朵来。”在给H.C.奥尔斯特兹的信中，安徒生在赞扬士兵们勇敢杀敌的牺牲精神后，忧郁地写道：“但愿这是最后一次交战，可是我们不知道今后究竟怎样，还有多少宝贵的生命可能牺牲。上帝啊！愿真理还成为真理吧！愿和平的光辉再次照耀我们的国土吧！”在给《北方电讯报》的《1848年瑞典人在菲英岛》一文中，安徒生对瑞典军队与菲英岛居民关系中出现的新景象欢欣鼓舞，兴奋地写道：
近来，特别是在大学城的年轻人中间建立起来的相互尊重、友谊和融洽的气氛，如今由于瑞典人在菲英岛的停留，把这气氛带给了几千名他们自己的人。菲英岛或瑞典的农民怎么知道他们相互维持的这种近亲关系呢？尽管敌对时代的记忆犹在，可现在那友好的谅解建立起来，这种谅解是和平的药草，也是惟一带来幸福的东西……愿北方各民族相互理解、尊重和爱护，愿这种团结、爱护的精神永远翱翔在各国的上空吧！
为着回应对“安徒生不是一个真正的丹麦爱国诗人”的指责，安徒生写了一首题为《丹麦，我的祖国！》的爱国诗，经作曲家席尔贝克为之谱曲，家喻户晓，被誉为丹麦的第二国歌。
丹麦，我的祖国！
丹麦，我出生的地方，那里是我的故乡，
我在那儿生根，开始人生的旅程。
丹麦语啊！你是我母亲的语言啊，
既温柔又清丽，抚慰我的心胸。
洁净的丹麦海岸边，
古代贵族的坟墓，
长卧于苹果园和啤酒花田之间。
我爱丹麦，你是我的祖国！
你是我出生的国家，我的故乡。
我在这里生根，开始我的人生。
丹麦的语言是母亲的温柔呼唤，
就像是甜美的音符溢满我的胸怀。
洁净的丹麦海岸边，
野生的天鹄来此筑巢，
心灵的故乡安息着，
那绿色岛屿组成的国家。
我所爱的——丹麦，我的祖国。
安徒生的爱国心不仅通过他的**文字表达出来，还体现在他的日常行动中。丹麦一直流传着这样一则“爱国谢友”的故事——安徒生和德国的奥古斯登堡是最要好的老朋友。1848年普鲁士发动侵入丹麦的战争时，奥古斯登堡加入其中，这引起了安徒生的极大愤怒。四年后的1852年，安徒生再次到德国去旅行。许多德国朋友都涌到车站去迎接他。一位朋友对安徒生说：
“奥古斯登堡公爵夫妇在家里等您，希望您去和他们会见。”
“我不愿去见他们，奥古斯登堡参加了四年前普鲁士侵略丹麦的战争，我怎么能去看这样的人呢？”安徒生愤怒地说着。
从此，两位老朋友断交了。