从1938年春天入川，到1946年春由川返武汉，熊十力在四川整整漂泊了8年。这8年里，他多次辗转迁徙，而且还受过伤，可谓生活困顿；这8年，他看到日军的铁蹄践踏中华大地，生灵惨遭涂炭，他内心的痛楚如巴山一样沉重，如蜀水一样绵长。然而，作为一个学者，他并没有因为环境的艰难和精神的压抑，而停止学术的探索。
1938年夏天，熊十力写成6万字书稿《中国历史讲话》，后由重庆中央军校石印；8月，他在《文哲月刊》上发表论文《科学真理与玄学真理》；冬天，他指导钱学益将《新唯识论》文言文翻译为白话语体文。
1940年夏天，《新唯识论》白话语体本上卷由吕汉财资助印刷出版两百本，《十力语要》由周封歧资助印刷四百本。
1941年，他着手将《新唯识论》中卷改写成白话语体本。
1942年正月，《新唯识论》上中两卷的白话语体本，在居正的资助下，由勉仁书院哲学组出版。他还在《思想与时代》杂志上发表《体相论》《儒家与法墨》《谈生灭》《答谢幼伟论玄学方法》等论文。
1943年春天，他完成《新唯识论》下卷白话语体本改写工作，在《思想与时代》杂志发表《哲学与史学——悼张荫麟》；在《孔学》杂志上发表《研究孔学宜注意大易、春秋、周官三经》。
1944年3月，《新唯识论》上、中、下三卷白话语体本，共计37万字，由中国哲学会列为“中国哲学丛书甲集”第一部著作，由重庆商务印书馆出版，在《哲学评论》杂志发表《新唯识论问答》《说易》《论性》《论文》《情感与理智》《谈郭象注》等一系列论文，还替居正、李西屏、谢幼伟等人的著作写序。在《三民主义》半月刊发表论文《与人论执中》，这一年，他还历时近十个月写完《读经示要》一书。同年，他在《图书集刊》《中国文化》《三民主义半月刊》等刊物分别发表《重印周易变通解序》《说食》《公诚与自由》等文章。12月，《读经示要》全书三卷，由中国哲学会列为“中国哲学丛书甲集”之三，由重庆南方印书馆出版。
1945年，他写成《吴昆传》《何自新传》，收入由张难先所著的《湖北革命知之录》，由重庆商务印书馆出版。
在如此密集的写作、出版工作中，熊十力还先后承担着复性书院、勉仁书院和勉仁中学的授课任务，同时还要与吕秋逸等人就《新唯识论》的诸多问题进行激烈的论战。也正是在这一时期，熊十力凭借《新唯识论》白话语体文本和《读经示要》这两部著作，真正确立了其一流哲学家的地位。在抗战末期，学界对熊十力的学术思想越来越重视，对其评论也越来越多。
就这一时期的重要成就，学者郭齐勇曾这样评价道：“特别应该指出的是，熊十力、冯友兰、金岳霖、贺霖的哲学，是抗日战争时期中国哲学的瑰宝。他们是在艰难困苦、颠沛流离之际，满怀悲愤、悲情、悲愿和中华民族必定复兴的坚定信念，发愤创制了各具特色的民族化的哲学体系的。在吸纳古今中西印各种思想资源的基础上，他们的哲学体现了民族文化的主体性，为传统哲学现代化作出了难能可贵的探索。”
当然，一个伟大教授的背后往往站着一群非凡的学生，熊十力也不例外。在这些颠沛流离的日子里，他的身边总有几个铁杆的“熊粉”如影随形，或照顾他的生活，或帮助他整理书稿，或资助他出版书籍，或与之谈学慰藉心灵。
比如说，前面所提到的张立民和高赞非就是其早年的两位令人感佩的学生。抗战之前，张立民一直随侍在熊十力身边，吃住同屋，朝夕相处，亲如父子。1939年，陈立夫让马一浮到四川乐山办复性书院，马一浮任院长，邀请熊十力前去讲学。此时，张立民也在邀请之列，师生二人既是同事，还是邻居。高赞非曾随熊十力辗转武昌、北京、上海、南京等地，后来还将熊十力的谈话记录整理为《尊闻录》出版。
高赞非的这一做法被熊十力的其他学生效法，比如，学生云颂天、谢百麟曾将熊十力1932年到1935年写的短札数十篇整理成书，名为《十力论学语辑略》，由北京出版社出版，后来还在此基础上编成《十力语要》第一卷；邓子琴、潘从理根据学生陈仲陆的部分笔记，将熊十力1936年到1940年的笔札、言论编辑整理为《十力语要》第二卷出版；学生王星贤整理熊十力1942年到1946年的短札、信函，汇编为《十力语要》第三卷出版，还以当年的《尊闻录》为基础，汇入熊十力在抗战期间发表的言论、短札，编辑成《十力语要》第四卷出版。他们对熊十力哲学思想的传播起到了积极的推动作用。
卢沟桥事变后，熊十力冒险搭乘运煤的货车逃出北平城，一同随行的就是他的学生刘公纯。1938年，熊十力进入四川后，他的一帮学生邓子琴、钱学熙、刘公纯、陈亚三、刘冰若、王绍常、任伦昉等，与他一起相依于患难之中。其实，熊十力的《新唯识论》早就出版，但是出版后影响却并不大，很重要的一个原因，就是老版的《新唯识论》是文言文，影响了普及。1938年，学生钱学熙决心先将《新唯识论》文言文本翻译成白话语体文本，然后再翻译成英文，只是可惜得很，在熊十力的指导下，钱学熙翻译到文言文本第三章、语体文本第四章的时候，因故离开了四川，翻译工作随即停止。后来，另一个学生韩裕文接手，才将翻译工作继续下去，完成了语体文本上卷的翻译工作，经学生黄艮庸校对出版，而出版的经费则是由学生吕汉财资助。
熊十力与学生的这种融洽关系，不禁使人联想到孔子与学生们的关系。公元前497年，为了保持自己清高的人格，也为了寻求新的从政机会，孔子离开生他养他的父母之邦——鲁国，疲马凋车，开始了为期14年周游列国的生活，身边随行的就是一帮学生。这些学生肩负着多重责任，他们既是“保镖”，也是“保姆”；既是“弟子”，也是“秘书”。熊十力与他的学生们也有着这样一种“复杂关系”。如果不是像孔夫子一样，拥有着强大的人格魅力和学识引力，他是无论如何不可能与学生们构建起这种关系的。
要知道，在民国历史上，学生瞧不上老师的事情比比皆是，前面所说的傅斯年给北大教授朱蓬仙纠错的故事就是一例。
熊十力的学生对其都是极为尊重的，从来没有碰到过像傅斯年这样的“刺头”学生，很大程度上是因为熊十力与学生之间真的是亲如父子。