和袁世凯打交道——教育总长的第一课
1911年10月10日，武昌革命爆发。当时的蔡元培还身在德国，正在一所德国小镇的中学里埋头于他的心理学实验。这时，从遥远的东方传来了辛亥革命的隆隆炮声。蔡元培敏锐地感觉到：划时代的转折来临了！
蔡元培马上提前结束了他的研究，赶到德国首都柏林了解国内革命形势的进展。他和那里的中国留学生们一起阅读报章上有关中国革命的报道，相互联络，想办法响应国内的革命。这时，上海光复后被推为沪军都督的陈其美向蔡元培来电报促其回国，蔡元培即取道西伯利亚，于11月28日抵达上海。从此蔡元培就投身到了创建民国的事业。
革命党人取得全国性的胜利似乎已是指日可待的事了，结果，内讧随之而来。
首先是革命军力量的最高统领问题，选黎元洪还是黄兴为大元帅，大家意见不一。1912年1月14日凌晨，更发生了时年34岁的光复会创始人之一陶成章被受陈其美指使的蒋介石、王竹卿暗杀于上海广慈医院的严重事件。这更反映了国民党的前身——同盟会和光复会之间的矛盾，而这些矛盾则不过是日后革命党人不同派系纷争的一个前兆。
看到这些情形，蔡元培给孙中山提出了建议，“惟才能是称，不问其党与省也”。他希望孙中山在干革命的过程中唯才是用，不要问其人的出处和派别。孙中山当即回信表示同意：“关于内阁之设备及组织用人之道，弟意亦如是，惟才能是称，不问其党与省也，但此时不能不收罗海内名宿。来教所论甚明。”
孙中山在筹建临时政府时，本提名章太炎入阁任教育部长，因章太炎性情率直，与同志多有积怨，反对的人很多，于是，孙中山把人选改为大家眼中温和宽厚的蔡元培。1912年元旦，中华民国南京临时政府成立，孙中山被一众革命党人推为临时大总统。孙中山在组建政府部门的时候，任命学界革命党人中声望卓著的蔡元培当教育总长。
蔡元培本来曾有过“以身许国，功成身退”誓言，这时候孙中山要他去政府中当官，蔡元培先是婉辞。但眼见国家初创、百废待举，还远远没到“功成身退”的时候，而且孙中山派来的代表说，您这样德高望重的人如果不就任，恐怕其他的职位大家都不好就任了。于是1912年1月5日，蔡元培便以民国教育总长的身份，出现在了南京临时政府的首次国务会议上。
但谁也想不到蔡元培上任教育部长后的第一课，居然是被派去北方和袁世凯周旋。
在1911年底的武昌起义爆发后，眼见江山倾危，清廷慌忙请出一个握有重兵的实力派人物，来应对局势，那就是借故回家“养病”、实则以退为进的直隶总督兼北洋大臣袁世凯。袁世凯本人这时亦认为清王朝大势已去，他的个人法想法是，既不要为清廷卖命，也不要让革命党人得势，而是为自己谋取政治利益最大化，他马上就出山了。
袁世凯手中的强大军力是革命党人一时对抗不了的。迫于这种形势，一些南方革命党人与袁世凯达成了交易，那就是，由有能力控制北方局势的袁世凯迫清帝退位，然后保举他为新成立的民国的大总统。这很符合袁世凯的盘算。
1912年2月12日，清帝退位，第二天，孙中山被迫宣布辞去临时大总统。随后的2月15日，南京的民国参议院如约推举袁为临时大总统。
孙中山对袁世凯最大的疑虑是其能否真正维护中国的共和政体，于是向袁开出了三个条件：临时政府首都设在南京；新总统应到南京就职；新总统必须遵守《中华民国临时约法》及相关法律章程。
而“欢迎”袁世凯到南京就职的艰重任务被分派给了蔡元培，他被委任为“迎袁专使”，与外交次长魏宸组、海军顾问刘冠雄、法制局长宋教仁以及汪精卫等一批南京临时政府中的人员一同北上，以示隆重。
袁世凯清楚地知道南方临时政府的意图，他知道自己一去南京，就将受制于革命党人，所以他是绝不会轻易就范的。这时，各国的列强也反对中国把首都南迁，怕损及他们的在华利益，他们支持袁世凯，这样他们的在华特权将会被最大限度地保全。
这不是一个风光的差使，蔡元培自己也知道，“此行人人知不能达成目的”。朋友们纷纷劝他辞去这个任务为佳。但是蔡元培说，“我不去，总须有人去，畏难推诿，殊不成话”。
果不其然，蔡元培一到北京，有许多所谓的“人民团体”找上门来，向南方临时政府代表团“请愿”陈情，说首都不能南迁、袁世凯不能离开北京，否则会发生社会动乱。不久，在北京的一些军官和士兵“真的”发生了“兵变”，一时间满城风雨，似乎北方的局面非袁世凯留在北京不能控制。其实，这些都是袁世凯和他的手下指使的，为的是搅乱局势，向身处北京的蔡元培等南方代表示威，也向南方临时政府施加压力，制造留在北京的堂皇理由。
作为南方专使的蔡元培并非没有完全料到这些都是袁世凯背后的小动作，也不像外间人以为的那样，为袁世凯的种种手段所蒙蔽，以至于后来向袁世凯妥协。他对袁世凯其人早有判断。
早在辛亥革命起事八天后，蔡元培给吴稚晖有一封信。
这时，他从德国报纸上知道清廷启用久经罢黜的袁世凯重掌军政大权，他在这致吴稚晖信中，特别提到清廷启用袁世凯这件事，并发表他自己的见解。蔡元培说，听了这个消息，使他对于革命前途“之十分乐天观，生一顿挫”。他继续写道：“弟以为袁世凯者，必不至复为曾国藩，然未必肯为华盛顿，故彼之出山，意在破坏革命军，而即藉此以自帝。”
也就是说，蔡元培判断袁世凯其人，绝不会像曾国藩那样基于礼教思想而效忠清廷到底，但也没有美国的国父华盛顿那样高洁的人品，为了国家而甘愿放弃个人名位，而会为个人野心破坏革命事业，乃至自己当皇帝。
多么准确的预言！蔡元培不是一个书斋里的学问家，他是一个对世局有洞察力的实干家。就在这几句话中，把民国成立后几年间中国政治的宏观演变，看得了如指掌、洞若观火，这真是一个卓越的政治判断。
最终，蔡元培还是对袁世凯做出了让步，代表南方革命党人允准袁世凯在北京宣誓就任临时大总统。1912年3月10日，袁世凯在北京宣誓就职。蔡元培代表南方临时政府接受了袁世凯就任大总统的宣誓，并代孙中山献上祝词。第二天，蔡元培一行在离京返回南京前发表《告全国文》，回顾此行的意义。文中说，“……是故欢迎袁公，我等直接之目的也；谋全国精神上之统一，培等间接之目的也”。
这里说的“精神上的统一”，实质上饱含着貌合神离的无奈。但是这个时候，对于南方的革命党人来说，最低限度，推翻满清的目标已经实现了；同时，无论谁当总统，毕竟共和政体已经在中华确立，成为历史的潮流。另一方面，如果仓促间与袁世凯决裂，一则革命党人的实力不济，可能被袁所彻底击败，革命再次转入低潮。
在当时，希望与袁妥协以达到“谋全国精神之统一”的想法，并不止蔡元培一人，是民国初年大部分革命党人的共同心理。
这反映了革命家和政治家的不同，或者说，反映的是理想主义人格和现实主义诉求的距离。包括蔡元培在内的这一批以推翻满清、赢得新世界为最高理想的革命家们，从一开始所依赖的力量就是少数精英，怀抱建设新中国的理想，但是新秩序的建立意味着原有利益格局的改写，是一个复杂而棘手的系统改造工程，而这远远不是革命的理想主义所能解决的问题。
总的来说，蔡元培在清末民初这一段时间，积极投身革命工作，成为民国的一位政治元老、革命元老，虽然他志不在政治，但这些经历反而对他日后实现自己的教育梦想积累了政治资本、创造了相当的便利。
简政纳贤——教育总长的第二课
完成迎袁专使的使命后，蔡元培回到南京，真正开始干上了他所深感兴趣的本职工作——教育。
这时的南京临时政府初创，可谓无钱无粮。教育总长蔡元培曾问过给予他任命的临时大总统孙中山，教育部在何处办公，结果孙中山答以“此须汝自行寻觅，我不能管也”。后来，时任江苏都督府内务司长的马相伯先生借给蔡元培内务司办公楼的三间屋子，蔡元培的教育部这才开了张。
有一天，总统府通知去领教育部的办公大印，教育部人手少，连跑腿的杂役也派不出，当了总长的蔡元培也不管什么身份，自己挟了块白布，坐着人力车去总统府领了大印，用布包着带回教育部。
这一切困难也挡不住蔡元培“创业”的热情。
由于新政府建立，所有与新政府有关的人纷纷跑来，找关系托人情，想谋个一官半职。蔡元培北上迎袁期间，教育部的次长景耀月代理部务，他私自开列了七八十人的名单，分别冠以司长、科长、秘书的职务，报请总统府颁发委任状。名单上的人多和他有私交，但是跟教育行当没什么关系。蔡元培回来后，马上发现了这一情况。他耐心地同景耀月讲，这样做的话，真正的教育专家就被排斥在教育部外了。而且如果下一任部长对这些人事不满意，一概革除，反而让这些人难堪。蔡元培入情入理地做了一番工作之后，总统府又将这批委任状退还了教育部。
随后，蔡元培规定教育部中除教育总长、次长由大总统任命外，其他人员一律称部员，也就是普通办事人员，不委任官职。他还完全杜绝教育部出现冗员的现象，上至部长下至书记员，蔡元培领导的教育部全部人员加起来共三十多个人，每人每月薪水一律30元。这使教育部成了南京民国临时政府中最精简、开销最少的一个部。这种作风还被蔡元培一直带到了后来迁址到北京的教育部。
1912年4月26日，新的教育部接手原清廷的学部，蔡元培给部员们讲了一番话：“前清办学之种种靡费，其细情不外奢、纵二字……国家无论如何支绌，教育费万难减少。无已，惟有力行节俭，以为全国倡。”
费用可以节省，人才不能节省。能给国家教育事业出力的人才和同志，蔡元培千方百计延揽。
鲁迅、许寿裳等人就是这在这一背景下进入教育部工作的，还有蔡元培往日的革命同志如蒋维乔、钟观光，留德同学如俞大纯等。
有一个年仅23岁的陌生青年，叫王云五(1888—1979，出版家、曾任商务印书馆总经理)，他给蔡元培写了一封信，力陈如何办好民国高等教育。蔡元培细阅之下，觉得信中的意见很中肯，力邀王云五到教育部兼职，两人从此缔结了近30年的忘年深交。1940年蔡元培在香港逝世，王云五是朋友中唯一随侍病榻的送终者。
一天，蔡元培在报上看到《孔学商榷》一文，看后很是欣赏，一打听，写文章的这个叫胡玉缙的作者是清末学部的部员，蔡元培也邀请他到教育部工作。
此外，蔡元培力邀非同盟会派系的共和党人、教育家范源濂做了教育部的次长。他两次登门，诚恳地对范源濂说：“我请出一位异党的次长，在国民党里边并不是没有反对的意见；但是我为了公忠体国，使教育部有全国代表性，是不管这种反对意见的。听说你们党里也有其他看法，劝告你不要自低身份，给异党、给老蔡撑腰；可是，这不是为国民党或我个人撑腰，乃是为国家撑腰。我之敢于向你提出这个请求，是相信您会看重国家的利益超过了党派的利益和个人的得失以上的。”[24]
范源濂为蔡元培的真诚和以民国教育为重的精神所动，不顾他所在的共和党的反对，接受了蔡元培的邀请。事实证明，他们的合作是成功的。后来，范源濂在蔡元培去职后任教育部长，力邀蔡元培担任北大的校长。
有了儒雅的蔡元培做首脑，民初的教育部内上下融洽，全无暮气，乃至于鲁迅后来曾说出“说起民元的事来……当时我也在南京教育部，觉得中国将来很有希望”这样的话来。范源濂也这样忆及当年在教育部与蔡元培共事的情景，“在我们合作期间，部里的人都是知无不言，言无不尽，讨论很多，却没有久悬不决的事。一经决定，立刻执行。所以期间很短，办的事很多”。
改革学制、宣扬五育——教育总长的第三课
1912年1月19日，蔡元培以教育部的名义，颁布了两个重要法令：《普通教育暂行办法》和《普通教育暂行课程标准》。中国教育体系自上而下的全面改革、迈入近现代化，就从民国初创之日、蔡元培主政教育部的一刻开始了。
《普通教育暂行办法》共14条，主要内容有：各级各类学堂均改称为学校，监督、堂长一律改称校长；小学一律于每年3月14日开学，中学、师范则根据地方财力自行决定开学时间；初等小学可以男女同校；小学读经科一律废止；小学应注重手工科；中学为普通教育，文、实不必分科；废止旧时奖励出身，各级学校毕业者，称某级学校毕业生。同时，学校所采用的各种教科书须合乎共和宗旨，由各出版单位自行修改，学校教员对于教科书的内容也可根据这一宗旨随时删改。这个教育法令，在新旧社会交替之际，对于安定人心、稳定局势、建立新的教育秩序，起了非同一般的作用。
1912年2月8日—10 日，《民立报》连续发表蔡元培的重要教育论文《对于新教育之意见》，表述了自己对于教育宗旨的看法。在文中，蔡元培认为教育有两大种类，即，隶属于政治的教育与超越于政治的教育。该文围绕“养成共和国民健全之人格”的思想，全面阐述了军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育五育并举的民国教育方针，以取代清末“忠君”“尊孔”的教育宗旨。
文中，蔡元培认为，“五者，皆今日之教育所不可偏废者也”。他还界定：“军民主义为体育，实利主义为智商，公民道德教育毗于德育，而世界观则统三者而一之。”
蔡元培还认为，五育的核心，是公民道德教育。蔡元培说：“五者以公民道德为中坚，盖世界观及美育皆所以完成道德，而军国民教育及实利主义，则必以道德为根本。”公民道德教育的要旨，即“自由、平等、博爱”。蔡元培以公民道德教育为核心、五育并举的思想，实质上是德、智、体、美诸育和谐发展的思想，这是中国近代教育思想的首创，它适应了辛亥革命后教育发展的客观需要，顺应了当时社会变革的潮流。
蔡元培的主张是对清末学部颁行的“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实”的教育宗旨加以修正，而不是全面推翻。他指出：“忠君与共和政体不合，尊孔与信教相违。”实际上，军民主义、实利主义、公民道德与“尚武”“尚实” “尚公”的意义是接近的。在蔡元培看来，“惟世界观及美育，则为彼所不道，而鄙人尤所注意，故特疏通而证明之，以质于当代教育家，幸教育家平心而讨论焉”。[25]他认为，共和制度下的教育应该特别重视世界观教育和美感教育。
1912年7月10日，当时的中华民国教育部召开临时会议，与会者们根据蔡元培此前所提出的教育方针进行讨论并修改，于9月2日公布中华民国新的教育宗旨：“注重道德教育，以实利教育、军国民教育辅之，更以美感教育完成其道德。”这基本就是蔡元培“五育主义”的翻版。
蔡元培任教育总长期间，主持制定了中国第一个西方化的新学制(史称“壬子癸丑学制”)。
这年7月至8月，教育部在北京召开了全国临时教育会议，蔡元培称这次会议为全国教育改革的起点。大会对民国的教育方针展开了讨论，赞同蔡元培提出的关于教育要体现人的智德体美和谐发展的思想。会议决定重订学制，制定学校系统。会议的成果《学校系统令》于1912年(农历壬子年)9月3日颁布实行，史称《壬子学制》。
《壬子学制》规定：初等小学校学制4年，为义务教育，毕业后可入高等小学校或实业学校。高等小学校学制3年，毕业后可入中学校或师范学校、或实业学校。初小、高小均设补习班，学制2年。中学学制4年，毕业后可入大学或专门学校，或高等师范学校。师范学校本科4年，预科1年。高等师范学校本科3年，预科1年。实业学校分甲乙两类，各3年。专门学校本科3—4年，预科1年。大学本科3—4年，预科3年。
1913年是农历癸丑年，这年8月，教育部将《壬子学制》颁布一年来新颁布的法令、规程与《壬子学制》综合在一起综合，形成一个新的学制体系，称为《壬子癸丑学制》，颁布到全国各地教育机构施行。
《壬子癸丑学制》在纵向方面，明确地规定了学校教育的几个阶段，即分为三段四级。
初等教育阶段，以儿童身心发育、培养国民道德为基础，以生活所必需的知识技能的教授为宗旨，又分为两级：初等小学学制4年，为义务教育，儿童6岁入学，男女同校；高等小学3年，男女分校。
中等教育阶段一级，为中学校4年，以完成普通教育、塑造健全的国民为宗旨，并专门为女子设立女子中学校。
高等教育一级，大学以“教授高深学术，养成硕学宏材、应国家需要”为宗旨。大学分文、理、法、商、医、工、农七科。大学本科3—4年，预科3年，预科附设于大学，不得独立设置。大学为研究学术设大学院，不定年限。
《壬子癸丑学制》在横向方面，分为师范教育、实业教育两个系统。
与高等小学校平行的有乙种实业学校、实业初习学校及初习科。与中学校平行的有甲种实业学校、师范学校及补习科。与大学平行的有法政、医学、药学、农业、工业、商业、商船、美术、音乐、外国语等专门学校以及高等师范学校。
1912年10月，北洋政府教育部颁布《大学令》，准许社会上的民间人士设办私立大学。同年11月又公布《公立私立专门学校规程》，规定国家对于公立、私立专门学校一视同仁，不同点在于，私立专门学校的开办在呈报教育总长认可时，“须开具代表人之履历”，而“代表人对于该校应负完全责任”。
《大学令》一出台，1912年至1927年间，中国大地上出现了兴办私立大学的热潮，涌现出一大批著名教育家和学校，例如严范孙、张伯苓创办的南开大学，陈嘉庚斥资创办的厦门大学，张謇创办的南通大学，以及大同大学、大夏大学、光华大学、中法大学、广州大学、广东国民大学、上海美术专科学校、东亚体育专科学校等，这些学校后来成为中国诸多著名高校的前身。
教育部还出台了“整理教育方案草案”，提出“教育自治”的基本原则。其第一条规定，要“变通从前官治的教育，注重自治的教育”，“教育本为地方人民应尽之天职，国家不过督率或助长之地位。……今后方针注重自治的教育者，国家根本在于人民，唤起人民的责任心，而后学能有起色也”。
“美育代替宗教”的现代辩驳
“用美育代替宗教”，这是蔡元培最著名的思想之一。
如前文所说，蔡元培给中国的近代教育事业提出了著名的“五育并举”的教育方针：军国民教育、实利主义教育、公民道德教育、世界观教育、美感教育。其中的美感教育是一个颇有特色的教育思想，这就体现了蔡元培自留学德国时开始形成的“以美育代宗教”的理念。
蔡元培“以美育代宗教”的思想，在他的《赖斐尔》《对于教育方针之意见》《教育独立议》《以美育代宗教》《美育代宗教》等文章中都有体现。特别是1917 年他在北京神州学会的讲演词、后发表于《新青年》杂志中的《以美育代宗教说》一文，最具代表性。虽然蔡元培并没有就他的这个观点写成一部专著，但“以美育代宗教”的思想贯穿于蔡元培先生一生。
早在新文化运动中，他就不止一次地提出“以美育代宗教”，强调美育是一种重要的世界观教育。1938年2月8日，蔡元培逝世前两年，在为萧瑜编著的《居友学说评论》一书撰写序文时，还提到：“余在20年前，发表过‘以美育代宗教’一种主张，本欲专著一书……而人事牵制，历20年之久而未成书，真是憾事。”
蔡元培将宗教与美育进行对比，认为宗教具有明显的局限性：“一、美育是自由的，而宗教是强制的；二、美育是进步的，而宗教是保守的；三、美育是普及的，而宗教是有界的。”因此，蔡元培提倡“以美育代宗教”，“鉴激刺感情之弊，而专尚陶养感情之术，则莫若舍宗教而易以纯粹之美育”。在蔡元培看来，以美育代宗教，使国人的感情勿受污染和刺激，使其受艺术熏陶而纯正，满足了人性发展的内在需求。
“以美育代宗教”也是中国近代美学发展的一大思潮，例如，王国维曾在他的《去毒篇》一文说：“美术者，上流社会之宗教也。”而在当代的一些学者如潘知常看来，蔡元培当年所提出的“以美育代宗教”的观点，在逻辑上、学理上并不严密。
晚清时期，中国人在精神领域和学术思想上面临着“道术为天下裂”“千古未有之巨劫奇变”，迫使中国人再一次面对严峻的如何生存问题与精神定位问题。但是，总起来看，这些问题应该分成两个方面，一是如何为人们建设一个理想社会；二是如何为普罗大众建构一个灵魂家园。
在这些学者看来，蔡元培恰恰把这两个问题没有清晰地区分开来。
潘知常认为，新文化运动在打倒了孔孟的儒家价值体系后，引入西方的新式理念：在人与自然的维度引进了“科学”，在人与社会的维度引进了“民主”。但在潘先生看来，科学属于认知、民主关涉伦理，这二者均未涉及人与更深层次的精神世界，或者说用其原话说，深入到“灵魂的维度”。
在他看来，中国近代儒学被新知识分子打倒、西学涌入中国后，中国人面临着信仰缺失所带来的精神困惑。他认为，蔡元培等第一代美学家意识到了这一困惑(蔡元培先生称之为：“今日之重要问题”)，但是又绝对不希望“信从基督教”。于是，“以美育代宗教”的呼吁就顺理成章地产生了。1919年，当“五四”洪流汹涌澎湃之时，蔡元培却著专文疾呼：“文化运动不要忘了美育”，其动机就不难理解了。“以美育代宗教”在一定程度上填补了价值真空，也显示了深远的文化内蕴，体现了蔡元培等第一代美学家的睿智。
但是潘知常认为“以美育代宗教”所提出的完全是一个美学的假问题，他说：“从表面看，西方的现代进程是借助于‘科学’‘民主’这一精神杠杆撬动了地球，但是那只是因为这个精神杠杆太长，以至人们只看到了它触及地球的一端，但是却忽视了在遥不可见的手柄一端，在那一端赫然铭刻着：信仰！换言之，‘科学’‘民主’这两棵参天大树是生长在宗教信仰的沃土之中的。”
他认为，蔡元掊提出的“美育代替宗教”，实际上是一种没有上帝的宗教，一种类宗教或者假宗教，也是一块国人最后的领地，或许可以称之为“以审美代替信仰”。这是面对儒家夕阳西下、上帝兵临城下困局时蔡元培所给出的美学回应与回答。
辞职留法
蔡元培一心一意想要推进中国的现代教育事业，但学人的美好理想总是一再被政治的变乱所打断。
1912年3月10日，袁世凯在北京就任临时大总统后，3月25日，成立了民国第一任内阁，总理是与袁世凯颇有交谊的南北和谈原北方代表唐绍仪。唐绍仪少年留美，清末被派往朝鲜与袁世凯共事。民初，唐绍仪由黄兴、蔡元培介绍，并由孙中山监誓加入了同盟会。当酝酿新政府总理人选时，他得到革命党人和袁世凯的共同推举，成为中华民国第一任内阁总理。
出任总理之初，唐绍仪在北京的政坛上本抱有很大的理想抱负，他特意挑选宋教仁、蔡元培、陈其美等同盟会骨干成员入阁，使同盟会会员在政府中占据多数。唐绍仪勤于公务，注重办事效率，使政府呈现一派新气象。但是，唐绍仪的一片公心，却引起了私心重重的袁世凯的不满。
1912年6月，唐绍仪内阁方面与总统袁世凯在直隶总督人选上发生分歧。这本是内阁方面的职权，但袁世凯不愿依唐绍仪的意见把直隶总督的职位交给同盟会方面提出的人选，强行越过内阁任命了他自己的心腹冯国璋担任这一职位。唐绍仪出于公心，站在同盟会立场上，反对袁世凯违反临时约法的做法，于6月15日愤而辞职。
蔡元培这个教育部长是唐绍仪内阁的阁员，他很支持唐绍仪的做法，随之辞职。他在辞呈中写道，“元培迂愚无状，猥蒙任命，承乏国务院，两月于兹矣。以大总统之英明，唐总理之同志，谬谓追随其间，当能竭千虑之一得，以贡献于民国。不图理想与事实积不相容，受事以来，旅进旅退，毫不能有所裨益，始信国务重大，诚非迂愚如元培者，所能胜任……今值总理辞职，国务院当然解散。元培窃愿还我初服，自审所能，在社会一方面，尽国民一分子之责任，以赎二月来负职之罪”。[26]
1912年7月2日在向袁世凯面辞的时候，袁世凯基于蔡元培巨大的社会声望，说，“我代四万万人坚留总长”，蔡元培则答，“元培亦对四万万人之代表而辞职”，完全不给袁世凯留情面。
本来，蔡元培留在教育部长任上，完全可以大施拳脚，继续他的教育救国理想。但问题在于，如果任由袁世凯野心膨胀而不作出姿态，就成了一个大是大非的政治问题，对蔡元培来说，他对同志和国人都没法做出交代。
这一时期，袁世凯和南方革命党人的矛盾不断加剧。对于袁世凯来说，革命党人势力始终是心中的隐患，必欲去之而后快。1913年3月20日，国民党在议会大选中大获全胜，国民党代理理事长、一心想在中国走议会斗争路线的革命先行者宋教仁在上海火车站被刺杀，举国震惊。种种迹象都表明这就是袁世凯指使人干的。4月26日，袁世凯北洋政府又与英、法、德、日、俄五国银行团签订借款合约，意图扩充自己军力。到了6月，袁世凯解除了南方几省革命党人的都督职务。
对于袁世凯的步步紧逼，到了7月份，国民党被迫反击，武装讨袁的“二次革命”爆发。但是，由于革命党人力量分散且弱，而且此时国内主流民意，主要是厌乱思治的情绪，对于国民党的“武装反叛”行为并不理解，缺乏广泛支持的“二次革命”未经两个月即告失败，包括南京在内的南方各省几乎都被袁世凯的北洋军队控制。
历史总是充满了讽刺，辛亥革命后，真正统一的中华民国也就是在“二次革命”后、袁世凯统治下的两年。在列强环伺、国弱民穷的险恶局势下，中央集权的确能给国家带来一定的稳定局面，也因此，袁世凯在镇压“二次革命”时，反而获得民众一定程度上的支持。
1913年10月6日，北京被控制下的民国国会选出袁世凯为第一任正式大总统。11月4日，袁世凯以“叛乱”罪名下令解散国民党，并驱逐国会内国民党籍议员。国会由于人数不足而无法运作，不久即被解散，袁世凯从此成为寡头总统，并于数年后称帝。
这时的蔡元培，除了坚决不与袁世凯合作，在舆论上为反袁造势之外，实在对局面无法有所作为。
蔡元培与吴稚晖、汪精卫等人在上海谈话时说：“国事决非青年手足之力所能助，正不如力学之足以转移风气也。……唯一之救国方法，只当致意青年有志力者，从事于最高深之学问，历二三十年，沉浸于一学专门名家之学者，出其一言一动，皆足以起社会之尊信，而后学风始以丕变。即使不幸而国家遭瓜分之祸，苟此一种族，尚有学界之闻人，异族虐待之条件，必因有执持公理之名人为之删减。”[27]
也就是说，痛心疾首于革命的失败之余，蔡元培反省的是，国家没有一个足以“一言而为天下法”式的导师一样的人物出来说话，主持公理，没有一个伟大的思想家能超越政治而为举国所尊奉、信从，使国事的是是非非有一个权威来裁判。而想要让这等人物在中国的出现，只能靠教育青年。这真是一种沉重至极的学人式的思索。
带着深深的失望与自责，蔡元培在袁世凯军队攻占南京四天后，踏上了出洋游学之路，继续为国家和民族谋求精神和文化上的出路。
与上一次留德不同，这一次蔡元培选择的目的地是法国。在蔡元培看来，法国历史悠久，在世界范围内也有很大影响，在科学、哲学、艺术方面尤其有辉煌的成就，且最先提出“自由、平等、博爱”的口号，是大革命的故乡，在那里，困倦彷徨的蔡元培一定能找到精神上最佳滋养，为民族找到新的精神财富。
此时蔡元培的身份也与以往的留学生身份不同，这时的他，是前民国教育总长、革命党人的身份。这一次旅居法国，他带上了家眷。1913年9月5日，蔡元培一家人上了日本邮船，并于10月14日抵达法国马赛，随后转往巴黎。蔡元培由此开始了游学法国的生涯。
游学法国
这个时期蔡元培几乎把他当教育总长的使命全搬到了法国。
1912年春，李石曾、张静江、吴稚晖、汪精卫等人发起成立了留法勤工俭学会，倡导和帮助中国青年人赴法留学。时任教育总长的蔡元培知道后很支持，专门把北京安定门内的顺天高等学堂借给留法学会，作为留学预备校舍。
抵法后，蔡元培在1915年6月和李石曾等一道在法国巴黎成立勤工俭学会，倡导在法国的华工们提高文化水平。1916年，华法教育会在巴黎成立，蔡元培任中方会长，法国人欧乐为法方会长，其宗旨是，“发展中法两国之交谊，尤重以法国科学与精神之教育，图中国道德、智识、经济之发展”。[28]
就在蔡元培抵法游学不到一年后，1914年8月，震惊世界的“第一次世界大战”在欧洲爆发了。
战火愈燃愈烈，身处法国的中国留学生们多有不安，担心战事会进一步影响到自己的学业，很多人打算回国再做打算。蔡元培则大不以为然，他一方面与当时的驻法公使胡惟德取得联系，想办法从经济上接济中国的留学生，另一方面，他反而劝说大家不要回去，留在法国。留在法国干什么呢？观战。
蔡元培在旅法学界发布了《吾侪何故而欲归国乎》一文，他在文章里说，这个时候回国，“殆发于一时之感情，而决非深思熟虑而出之者”。他劝说大家不要因一时的感情冲动而回国，从而失去观察欧战和求学的机会。他说：
夫多见多闻，欠于上智；观赜观智，乃知天下。此次战局，为百年来所未有，不特影响所及，人权之消长，学说之抑扬，于世界文明中必留一莫大之纪念，而且社会之组织，民族之心理，其缘此战祸而呈种种之变态者，皆足以新吾人蹈常习故之耳目，而资其研究。故使吾人稍稍蓄好奇之心，有济胜之具，虽在闾里，犹将挟策裹粮，为泰西之游，而乃不先不后，会逢其适者，反谋引避，是何故耶？[29]
蔡元培斥责想回中国的人，这正是千载难逢的机会：其一，这是见证世界大事件进程的好机会，可以增长中国人的见识；其二，恰好可以借机观察欧洲先进国家组织动员国民应对变乱的方式。可以学习的东西太多了，怎么能回去呢？国势的衰微，使富于责任感的蔡元培确实是太渴望从世界学到一切能对民族和国家有益的先进学问和知识了，其情可感，其言足动。
当时，法国因为参加第一次世界大战，动员了大量工人上前线，导致工厂劳动力很紧张，大量招收华工。华法教育会成立后，受法国工部局委托，也承担招收华工的工作。蔡元培主持下的华法教育会借此把招工变成勤工俭学的一部分，为华工学习西方先进科学文化和技术创造机会。蔡元培认为：“诚以吾国多数工人生活于彼国工会中，耳濡目染，吸取所长，他日次第归国，必有以助社会教育之进行，而大减阻力。”[30]
1916年4月，华法教育会在巴黎开办了华工学校，首期招收24名学员，以半年为期，学习法文、中文、数学、理化、美术、工艺、卫生等课程，以便这些学员毕业后分赴各地工厂教育华工，蔡元培自己编了《华工学校讲义》40余篇，并亲自给学员们授课。
此前的1915年间，蔡元培还与吴稚晖等人在法国成立世界社，致力于出版书报，向中国人宣介西方学术文化。
这期间，1916年8月，蔡元培在《旅欧杂志》上发表了著名的《文明之消化》一文。
这篇文章里，蔡元培敏锐地提出如何对待中西文化融合的问题。他举例，比如古代灿烂的希腊文化，正是吸收和消化了埃及、腓尼基诸古国的文化；而欧洲现代文化，才是由于吸收并消化了希腊、罗马、阿拉伯诸民族的文化，才焕发出强大的生命力。
蔡元培反省认为，中国自秦汉以后因邻邦均蛮荒落后于中原文明，无可吸收借鉴者，这使中华文化陷于停滞之中。自晋至唐、宋，因与印度文化相接触，致宋代哲学和文学美术各放异彩。但自元代以来六百年，又几乎再没有新的文明营养可兹补充，致中华的文明日渐羸瘠。
他更指出，中国古代吸引印度文明的过程中，因不善于消化吸收，导致整个社会风气为宗教所熏染，以至于迷信滋彰直至今日。到了今天，中国人学习欧洲文明，尤其要审慎，否则，“他日消化不良之弊,将视印度文明为尤甚”。这篇文章的原文是：
吸收者，消化之预备。必择其可以消化者而始吸收之。食肉者弃其骨，食果者弃其核，未有浑沦而吞之者也。印度文明之输入也，其滋养果实为哲理，而埋蕴于宗教臭味之中。吸收者浑沦而吞之，致酿成消化不良之疾。钩稽哲理，如有宋诸儒，既不免拘牵门户之成见；而普通社会，为宗教臭味所熏习，迷信滋彰，至今为梗。欧洲文明，以学术为中坚，本视印度为复杂；而附属品之不可消化者，亦随而多歧。政潮之排**，金力之劫持，宗教之拘忌，率皆为思想自由之障碍。使皆浑沦而吞之，则他日消化不良之弊，将视印度文明为尤甚。审慎于吸收之始，毋为消化时代之障碍，此吾侪所当注意者也。
且既有吸收，即有消化，初不必别有所期待。例如晋唐之间，虽为吸收印度文明时代，而其时《庄》《易》之演讲，建筑图画之革新，固已显其消化之能力，否则其吸收作用，必不能如是之博大也。今之于欧洲文明，何独不然。向使吾侪见彼此习俗之殊别，而不能推见其共通之公理，震新旧思想之冲突，而不能预为根本之调和，则臭味差池，即使强饮强食，其亦将出而哇之耳！当吸收之始，即参以消化之作用，俾得减吸收时代之阻力，此亦吾人不可不注意者也。[31]
除了在法国从事以上与教育事业有关的活动，蔡元培对于中国国内政治形势时刻系之在心。
1916年6月，袁世凯死了，黎元洪继任大总统，国内政治形势又是一番大大的改观。此时，蔡元培的旧友范源濂、袁希涛分别出任了北洋政府的教育总长和次长，电邀他回国，担任北京大学校长，蔡元培接电后即决定携眷归国。
黎元洪“知遇”蔡元培
说到蔡元培到担任北京大学校长，就不得不提到时任大总统黎元洪。
黎元洪这个名字，是蔡元培在打响了辛亥革命第一枪的武昌兵变后才听说的。民国初年的政坛上云波诡谲、过客匆匆，开国大都督、第二任总统黎元洪在这段历史上占据了重要一页。
黎元洪(1864—1928)，湖北黄陂人。年轻时加入清廷水师，甲午战争中其舰被日军击沉，黎元洪投海得生，遂不断升迁，后驻军湖北。德、法军事观察家来汉考察时，黎元洪能以一口流利的英语与之交流。英国记者埃德温·丁格尔采访他后写道：“黎元洪将军具有中国人特有的儒雅，用英语跟我谈话……他具有深邃的洞察力，这是一般军人所无法企及的。”[32]
黎元洪多年来对所领部队中的革命党人的活动采取了宽容的态度，武昌起义的士兵就是来自他的部队。南京临时政府成立时，他当选为副总统。1916年6月6日袁世凯死后，他继任总统，翌年7月，国务总理段祺瑞利用张勋将他驱走。1922年6月，直系军阀曹锟、吴佩孚赶走皖系总统徐世昌，黎元洪再任大总统，第二年6月被迫辞职赴天津。晚年的黎元洪投资实业。黎元洪是中国历史上唯一一个两任大总统和三任副总统的人。
1911年11月28日，蔡元培应陈其美之邀从德国返回沪，回国后没几天，12月2日南京光复后，同盟会与各省在上海的代表酝酿推举革命军的大元帅，筹组革命临时政府，蔡元培是同盟会元老，当然参与其中，并积极协调各方意见。黎元洪当时是大元帅的人选之一。
一些同盟会代表告诉蔡元培，黎元洪本人实际上是被士兵们逼迫参与暴动的，而且私下还与袁世凯的北洋势力有牵连，认为黎当大元帅不妥。于是，在筹备大会上，蔡元培提名黄兴做大元帅，各省代表一致表示赞同。会议上，率直的章太炎当场站了起来说，黎元洪无论如何也是参与了革命首难的有功之臣，影响重大，不可辜负。大家遂举黎元洪为副元帅。
袁世凯死后，黎元洪就任大总统，他一改党同伐异的作风，拟任蔡元培为浙江省长，意在组成“全民政府”。1916年7月12日，黎元洪任命范源廉主管民国的教育部。这时，社会舆论纷纷呼吁整顿北京大学。黎元洪首先想到了蔡元培。蔡元培在任教育总长期间，主持制定了中国第一个西方化的新学制(“壬子癸丑学制”)，以及将京师大学堂改为北京大学的惊世之举，这让黎元洪觉得蔡元培堪当大任。
1916年12月22日，蔡元培应召于大风雪中回到北京。大总统黎元洪接见了蔡元培，随后，北京政府教育部奉大总统令，于12月26日正式任命蔡元培为北京大学校长。
蔡元培走马上任后，面临着教育经费的困难。黎元洪闻知后，先从自己做起，压缩总统府预算、自减薪水，由袁世凯规定的每年192万元减为每年57万元，挤出资金扶植教育。
黎元洪曾与蔡元培讨论女子参政问题。黎元洪说，有人以妇女程度不够为由反对。蔡元培则反驳这种说法，他认为应该只问妇女参政该不该，不能问她们程度够不够，纵然不够，也可用教育补足，不能剥夺其权利。得到黎元洪的首肯后，北大开始招收女旁听生。
在黎元洪的大力支持下，以及陈独秀等的襄助下，蔡元培到任后对北大进行了大刀阔斧的改革，谱写了北大的传奇。蔡元培就任北大校长半年后，因发生“张勋复辟”的政治危机，黎元洪下野，蔡元培也随之宣布辞职。不过，在复辟闹剧流产后，蔡元培即于当月重返北大。
这年夏，举国上下响起了一片要求徐世昌下野、欢迎黎元洪出山的声浪。时任北京大学校长的蔡元培获悉后，觉得这是他理想中的“好人政府”法统重光的时候了。当胡适建议蔡元培不要发电呼吁黎元洪莅京时，蔡元培坚持己见，表示“西南方反对旧国会，揭一黎以与孙对待而开议和，似亦未为不可”。[33]
6月8日，蔡元培联袂王家驹、李建勋、毛邦伟等十人，代表教育界发表通电，欢迎黎元洪北上。1917年6月11日黎元洪自天津赴北京，在幕僚和各界名流的前呼后拥下，黎元洪前往中南海怀仁堂参加总统就职典礼。