北京大学的前世今生
1862年，清政府在总理衙门设立了京师同文馆。同文馆的设立是我国创办新式学校的开端。
1896年6月，刑部左侍郎李端芬在给清政府的《请推广学校折》中，第一次正式提议设立“京师大学”。1898年初，随着变法维新运动日益发展，康有为在《应诏统筹全局折》中再次提出：“自京师立大学，各省立高等中学，各府县立中小学及专门学。”
1898年6月11日，在康有为、梁启超的推动下，光绪帝《明定国是诏》宣布变法，诏书中强调：“京师大学堂为各行省之倡，尤应首先举办。”由梁启超起草了一份《京师大学堂章程》，这个章程是北京大学的第一个章程，也是中国近代高等教育的最早的学制纲要。
1898年7月3日，光绪帝正式批准设立京师大学堂，由孙家鼐主持在北京创立，最初校址在北京市景山东街(原马神庙)和沙滩红楼(现北京五四大街29号)等处。许景澄任中学总教习，美国传教士丁韪良(W.A.P.Martin)任西学总教习。
1898年9月21日爆发戊戌政变，百日维新失败，京师大学堂以“萌芽早，得不废”，未被慈禧废止，但京师大学堂处境却变得举步维艰。
1900年，八国联军入侵北京，京师大学堂遭到破坏，校舍被占，图书设备被毁。
按照1903年的癸卯学制规定，京师大学堂毕业生可以授予进士头衔并奖励翰林院编修、检讨等官职。因此，大学堂在当时成了各种失意官员、举贡生监寻求出身的地方。
这时的京师大学堂里，仕学馆、进士馆的学生均带有听差。每到上课时间，各房中便响起一片听差“请大人上课”的声音，然后由听差把笔、纸、墨、砚及茶水、烟具送到讲堂。下课时，听差又来“请大人回寓”，学生大人拍拍屁股便走，由听差在后面收拾杂物。上起体育课来就更热闹了，操场上时不时传来“大人，向左转”“大人，向右转”的喊声。
1905年，清政府下诏废止科考制度，这时的京师大学堂即成为中国唯一官方最高学府和官方教育行政机构。因此，不少学者皆认为京师大学堂是中国太学的正统继承者。
1905年4月30日，京师大学堂举办了第一次运动会，校方特别强调开运动会的目的是培养青年“临事不辞难，事君不惜死”的精神，在这次运动会上，还要运动员一再高呼“皇太后圣寿无疆，皇上圣寿无疆”等口号。
1910年京师大学堂开办分科大学，共开办经科、法政科、文科、格致科、农科、工科、商科七科，设十三学门，分别是诗经、周礼、春秋左传(经科)；中国文学、中国史学(文科)；政治、法律(法政科)；银行保险(商科)；农学(农科)；地质、化学(格致科)；土木、矿冶(工科)。这时，一个近代意义的综合性大学初具规模了。
到了1912年5月4日，当时中国的最高学府、也是中国最高教育行政机关的京师大学堂改名为北京大学，这正是在蔡元培领导下的教育部推动下进行的。中国近代启蒙思想家和教育家严复出任北京大学第一任校长。
1913年秋，当时的民国教育部为减少开销，几欲停办北京大学并将之并入天津北洋大学，遭到时任大学校长何燏时及大学师生反对，何燏时并为此呈文：“办理不善，可以改良；经费之虚糜，可以裁节；学生程度不齐一，可以力加整顿；而唯此一国立大学之机关，实不要遽行停止。”
1913年11月，胡仁源(1883—1942)代理北京大学校长，后正式担任校长。胡仁源本人科举及第后，曾进北大的前身京师大学堂学习，随后留学日、德等国。一般认为胡仁源的教育思想较为守旧。他在北京大学校长任上所聘请的一些教授，多系清末遗老和士大夫，如辜鸿铭、刘师培、姚仲实、陈石遗、黄季刚等人。
1917年入读北大，后曾任民国国立清华大学校长的罗家伦有一段评价：“等到辛亥革命以后，称为国立北京大学，最初一些做过初期校长的人，对于这个学校，也没有什么改革，到了袁世凯时代，由胡仁源代理校长，胡仁源为人，一切都是不足道，但是听说当时不曾列名于筹安会，上劝进表，倒也算是庸中佼佼者。”罗家伦对蔡元培入主北大前的几任校长倒都评价很一般，只对胡仁源拒绝拥戴袁世凯称帝一事称道了一下。
1915年下半年，袁世凯策动军阀官僚和御用文人们拼凑各种各样的请愿团体，上书国会要求改变国体，拥戴他当皇帝。北京大学校长胡仁源和教授也成为他竭力拉拢和收买的对象。他先封胡仁源为“中大夫”，又授给北大一些教授四等、五等“嘉禾章”。接着他的儿子袁克定“就使人说仁源率大学诸教授劝进”，但遭到胡仁源和北大教授们的严词拒绝。“仁源本诸教授之意持不可，谢使者。大学遂独未从贼。”面对权势不为所动，坚守道义，倒体现了胡仁源的风格气节。
胡仁源对北大也进行了一些整顿工作和一系列规划，对本科和预科分别进行调整充实，陆续引进了一批国外留学归来的中青年学者来校任教，尤其在1913—1915年，陆续聘任了一批留日归国、倾向革新的章太炎弟子，如马裕藻、朱希祖、黄侃、沈兼士、钱玄同、马叙伦、沈尹默等人到北大文科任教。这些学者注重考据训诂，以治学严谨见称，这种学风以后逐渐成为北大文史科教学与科研中的主流。
1915年11月，胡仁源根据蔡元培主持定制的《大学令》，设北大首届评议会，聘请陈介石、辜鸿铭、冯祖荀、俞同奎、陶孟和等为评议员，议决校政“大事”。胡仁源的此制度与后来蔡元培改革时的“教授治校、民主管理”有异曲同工之妙，而胡仁源是将此制度付诸实践的第一人。
“五四”运动的策源地——北大“红楼”就始建于1916年6月胡仁源校长在任期间。
但总的来说，到1916年底蔡元培到任时的北大，还远非后来那个享誉学界乃至全中国的最高思想和学术的殿堂，而更像一个藏污纳垢之所。
尽管这时已经是民国五年了，但北大校园还远远不像一个现代大学，甚至不像一个学术机构，很多方面更像是一个衙门，仍保留着前清京师大学堂的规矩。校工见了学校里的“大学生”要称“老爷”，而校工的身份则是“听差”。学生有事找校长，要像下级对待上级官长那样写“呈文”，而校长则把自己的“手谕”写在布告牌上。
学生的来源，多是官僚或富家子弟，来这里就读，不是为了求学问，而是当做“镀金”，为将来在政府里谋取官位积累资本。上课之余，这些学生带着听差打麻将、吃花酒、捧名角，以至于在民国初年，北京地面上流行着“两院一堂”之说，说的是，出入于当时北京著名的红灯区“八大胡同”妓院中的，多是参众两院的议员，再就是来自京师大学堂的“学生老爷”。
蔡元培的北大就职演说
1917年1月4日，严冬的北京，北京大学的大门口，校工们列好了队站在道上静静等着。过来了一辆马车停在大门口，门帘掀开后，下来了一个戴眼镜的瘦瘦的儒雅中年人，沉静地走到了大家面前。这就是他们的新校长蔡元培。
校工们马上齐刷刷地鞠躬致敬。谁也没想到，这位校长大人马上也脱下头上的礼帽，郑重地向校工们深深地回鞠一躬。这突如其来的动作，简直让大家又是错愕，又是受宠若惊。
如前所说，北大的前身是京师大学堂，本身充满了官气，而且官本位的劣习一样不拉。也难怪校工们对校长这个大学衙门里“最大的官”给他们这些听差回礼要感到错愕了。
此后蔡元培每天出入校门，当校卫向他行礼时，他照样脱帽鞠躬。
1月9日，北京大学举行开学典礼，蔡元培发表了如下的演说(今以白话文述其大意)：
五年前，严几道先生为本校校长时，我刚刚在教育部工作。在开学那天曾为北大做了一点事情。各位都是从预科读下来的，所以想必你们也听说过我。士别三日，刮目相看。何况已经过去了好几年，各位也一定是有了长足的进步。我今天就要执掌北大，所以有三件事要通知各位：
一是抱定宗旨。各位来北大求学，肯定有一定的宗旨。如果想知道你的宗旨是否正大，就要先知道大学的性质。现在的人专科学校就读，学成之后有所工作，这是理所当然的。然而在大学则不是这样。大学是研究高深学问的地方，外人每次指出咱们北大的腐败，想要在北大读书，都是有着当官发财的梦，所以从预科毕业后，大多数是进入法律系，进入文科的很少，进入理科的更少。大概是因为法律是做官的捷径啊。因为一心想做官，所以不问老师的学问深浅，而是问官职大小。官阶大的人，特别受欢迎，大概是为了方便毕业生有人提携啊。现在我国的政法工作者，大多是进入政界，专职做教授的人很少，所以聘请教师，不得不请兼职的人，这也是不得已之举。讨论外人指摘的合适与否，不具体说了，消弭批评最好的办法就是提高自己的水平。别人说我们腐败，我们问心无愧，有什么可恐惧的啊。真是有做官发财的目的的话，北京有很多专科学校，进入法律系可以在法律学校学习，进入经济系可以在商业学校报考，又何必要来北大呢？所以各位要抱定宗旨，为了寻求知识而来，进入法律系，不是为了做官；进入经济系，不是为了发财。宗旨定下来，事情就都进入轨道了。各位在这里学习，或者三年，或者四年，时间不是不少，如果能珍惜时间，努力学习，那么成绩会很大的啊。如果只是为了发财做官，宗旨就是错误的，那么就会出现问题。平时不努力学习，临考试时再熟读讲义，不考虑有没有获得知识，只挣分数的高低；考试一完，就把书都扔在一边，混个三四年，有了文凭，借着这个在社会上走动，这岂不是与进入大学的初衷背离了吗？虚度光阴，毫无学问，是耽误自己啊。且辛亥那一战，我们之所以革命，就是因为清廷的腐败啊。就是现在，也有很多人对政府不满意，也是因为社会的道德沦丧啊。现在各位如果不在这个时候打好基础，勤奋学习，则如果将来为生计所迫，担任讲师，则一定会耽误学生的啊。进入官场，则会耽误国家，这是贻误别人啊。误人误己，谁又愿意这样呢？所以宗旨不可以不正大。这是我对各位的第一点希望。
二是要将德行努力砥砺磨炼，现今的风气越来越苟且敷衍，只顾眼前，道德沦丧，北京社会尤其是这样，败坏德行的事情，比比皆是，不是德行根基牢固的人，少有不被这种风气污染的。各位在大学学习学业，应当能约束自己，爱惜自己。国家的兴衰，要看社会风气是高尚还是低劣。如果都流于这种风气，前途不堪设想。所以必须有卓越的人士，以身作则，尽力矫正颓废的社会风气。各位作为大学学生，地位是很高的，理应承担这份责任，不能推卸，所以各位不光要思考如何提升自己，更必须要成为他人的榜样。假设不修德，不讲学，和颓废的社会风气同流合污，已是侮辱自己，更何谈成为他人的榜样。然而各位终日在书桌前发奋学习，没有什么娱乐活动，肯定会感到身体上的劳累痛苦。我为各位打算，不如用正当的娱乐活动替代不正当的娱乐互动，既不损害自己的德行，也对身体有好处。各位进入自己的专业时，曾经填写了志愿书，遵守本校的规章制度，如果中途违反，不就是当初的意思不一样了吗？所以品行不可以不严谨对待和修养。这就是我对各位的第二点希望。
三是敬爱师友。教员教授知识，职员服务大家，都是为了大家学习的便利，大家总不可能无动于衷吧？所以就应该以诚相待，尊敬有礼。至于同学住在一起，尤其是应该互相关爱，这样才会有互相交流学习的效果。不光要开诚布公，更要互相勉励，都在北大，则要荣辱与共。如果有同学道德有问题，举止有不当，社会上遭到批评，即使你自己德行合体，也难以辩解，所以大家更要互相勉励。我在德国，每当到商店里买东西，店主都热情款待，付钱接物，也都互相说谢谢。这虽然只是细节，但这是交际所需要的，普通人况且这样，更何况堂堂大学生呢？对于师友的敬爱，这是我对各位的第三点希望。
我掌管北大才仅仅几天，很多校务还不是很了解，现有两个计划：一是改良讲义。不仅要靠讲授的知识，还更要靠各位自己的潜心学习。以后印教义，只印提纲，细节上的，还有精要的内容，都由讲师口述，或者学生自己找参考，以求学有所得，能够真正对大家的学习有作用。二是添购书籍，本校图书馆书籍虽然多，但是新书很少，如果不广泛购书，必然不能足以给学生参考。现在正在筹集钱款，多多购买新书，将来书籍满架，自然可以多方参考，不会有知识上的缺乏。今天和各位说的就这么多，来日方长，随时都可以和我商讨这些啊。[34]
蔡元培在这次演说中所倡导的精神，为后来北京大学“学术自由，兼容并包”精神的形成和发展奠定了的基础，可以说，正是这篇简短的演说，为北大开启了一个新的纪元。
在蔡元培的这番演讲里，他开宗明义，认为一所大学首先要明确它的性质，“大学者，研究高深学问者也”，而不是人们升官发财的阶梯。作为学生在学校中应该关注的是知识的学习，而不应该片面地注重分数的高低。在研究学问之外砥砺自己的德行，提高自身的素质和修养也是大学生所必需的。同时，作为学校之主体的师生应该建立一种互敬互爱、互相劝勉的关系。
此后的1917—1923年，被认为是蔡元培一生中最为辉煌的时期，他由此无可争议地被奉为全国学界的领袖。
内行管内行——实行教授治校
蔡元培就任北大校长后的第一个重大举措，是在大学的管理模式上力图贯彻“教授治校、民主办校”的原则，让做学术的人领导学术，从而彻底改变以往那种大学的校务由校长、学监等少数人独揽的做法。
1917年，蔡元培到北大后不久，就主持设立了“北大评议会”，以之作为全校的最高立法机构和权力机构，负责制定和审核学校的各种章程、法令，以及学科的废立，学校的预算、决算等。
这个“评议会”的会员全部由教授组成，校长和各专业学科的学长为当然评议员，其余评议员则由文、理、法、工各科的本科和预科各推举两名教授担任。评议员的任期为一年，期满后即进行下届选举，评议员可以连任。到1919年底，评议员的产生则改为按名额分配，即每5名教授中可投票选出一个评议员。
北大的第一届评议员有：校长蔡元培，文科学长陈独秀，理科学长夏元瑮，法科学长王建祖，工科学长温宗宇，文本科教授代表胡适、章士钊，文预科教授代表沈尹默、周思敬，理本科教授代表秦汾、俞同奎，理预科教授代表张大椿、胡濬济，法本科教授代表陶履恭、黄振声，法预科教授代表朱锡龄、韩述祖，工本科教授代表孙瑞林、陈世璋。
为了进一步健全“教授治校、民主管理”的领导体制，在蔡元培的推动下，1919年，北大又在作为最全校最高立法机关和权力机关的“评议会”之外另设了三个机构：
一是行政会议，作为全校的最高行政机构和执行机关，负责实施评议会的各项决议。行政会议的成员的资格也限定为教授，由各专门委员会的委员长及教务长、总务长担任成员，由校长兼任行政会议议长。行政会议下设8个专门委员会，分管各类行政事务，分别是组织、庶务、审计、图书、聘任、仪器、入学、新生指导委员会。各委员会的成员由校长推举，经评议会批准通过。
二是设教务会议及教务处，由各学科的系主任组成，从中推出教务长一名，任期一年，统一领导全校的教学工作。这一时期，担任过北大教务长的有马寅初、顾孟余、胡适等人。
三是设总务处，设总务长一人，主管全校的人事和事务工作。总务处的首长亦为教授学者。如以蒋梦麟为总务长兼会计部主任，李大钊任图书部主任，陈世璋任仪器部主任，李辛白为出版部主任，沈士远任校舍、斋务、杂务、卫生部主任，郑寿仁任注册、编志、询问、介绍部主任。
蔡元培设计出的这一套“教授治校”“依法治校”的体制，为北大走上健康、稳定发展的轨道提供了组织上和制度上的保障。在这套体制的护航之下，北大在当时以及后来，都不曾因为政治时局动**以及校长人选的更迭而影响正常的教学秩序和校园秩序。曾任北大教务长的顾孟余说：“先生(指蔡元培)长校数年，以政治环境关系，在校之时少，而离校之时多。离校之时，校务不但不陷停顿，且能依照计划以进行者，则以先生已树立评议会及各种委员会之制度。”[35]
蔡元培自己也对在北大建立的这套体制很感欣慰。1920年10月，他赴欧考察教育，与大家话别时说：“我这次出去，若是于本校不免发生困难，我一定不去。但现在校中组织很严密，职员办事很能和衷，职员与学生间，也都是开诚布公，我没有什么不放心的事了。”[36]
兼容并包——影响后世的学风
以一个大学来转移一时代学术或社会的风气，进而影响到整个国家的青年思想，恐怕要算蔡孑民时代的北京大学。
当年蔡元培时代的北大学生，后任国立中央大学、清华大学校长的罗家伦(1897—1969)这样说。
胡适、陶行知的老师，美国著名教育家、哲学家、社会学家、实用主义学派创始人约翰·杜威也说过这样一段话：
拿世界各国的大学校长来比较，牛津、剑桥、巴黎、柏林、哈佛、哥伦比亚等等，这些校长中，在某些学科上，有卓越贡献的，不乏其人；但是，以一个校长身份，而领导那所大学对一个民族、一个时代，起到转折作用的，除蔡元培而外，恐怕找不出第二个。
就任北大校长后，蔡元培提出“囊括大典，网罗众家，思想自由，兼容并包”的办学方针。正如他的一句名言：“大学者，‘囊括大典、网罗众家’之学府也。”[37]
所谓的兼容并包实际上也有很大的风险：既有可能汇聚各方英才，也有可能成了三教九流无不掺杂的大杂货铺。这在很大程度上就有赖于掌管者的态度和作风。
蔡元培本身对于中西学术都有深厚的积淀，对于真正的人才，他很少看走眼。蔡元培在这个时候对各类学术人才兼收并蓄，并造成了一种大家和平共存、不相妨害的局面。本来中国有“文人相轻”的传统，互相谁也瞧谁不服气，共处一堂，是很容易滋生矛盾的。但蔡元培处事公平、不偏不倚，使各路才俊心服口服，把彼此的不满和争辩限定在一个合理的范围内。
蔡元培刚到北大时，北大的本科分为四科，有四个学长。蔡元培重新聘请了四科的学长——文科学长为陈独秀、理科学长为夏元瑮、法科学长为王建祖、工科学长为温宗宇。
在当时北大，文科是守旧派最为集中之处、是北大教育革新的首要障碍。因此，整顿北大首先是要整顿北大文科。1917年1月13日，蔡元培任校长的第九天，就以“三顾茅庐”的精神将新文化运动的倡导者、领袖人物陈独秀礼请至北大任文科学长。
陈独秀来到当时的北大，对北大教育革新的意义极为重大。他上任文科学长，催发了北大在文化革新方面的锐气，尤其是他带来了一份影响中国历史进程的重要刊物——《新青年》。陈独秀出任北大文科学长后，以北大为依托、以《新青年》为阵地，鼓吹新思潮，聚集了北大学人的革新力量，掀起了波澜壮阔的新文化运动。
在蔡元培的网罗下，胡适、钱玄同、刘半农、周作人、李大钊、鲁迅、高一涵、沈尹默、吴虞等新派人物云集北大。一时间，北大的师资阵容蔚为壮观。这批人不仅思想新，而且各有所专、学有所长。客观地说来，这些人物其各自的贡献，蔡元培是无法一人包揽和承担的。但如果没有蔡元培，他们将无法汇聚在同一个旗帜下，他们各自也因此难以发挥那么大的影响社会思潮的能量。是蔡元培给这些人提供了北大这样一个宽阔而高耸、得以施展所学的平台。
大量引进具有新知新思想的人，并不意味着蔡元培排斥“旧人”。很多思想守旧但是传统国学功底深厚的学者也同样受到蔡元培的重视，例如黄侃、刘师培、辜鸿铭、黄节、崔适、陈汉章、屠寄等人。这时北大的文科老师中，一大批学术建树颇丰的新老学者囊括其中，如马叙伦、马裕藻、朱希祖、陈大齐、陈介石、陈垣、孟森、杜国庠、马衡、吴梅、章士钊、刘文典、陈寅恪、徐悲鸿、杨昌济、沈兼士、梁漱溟、马寅初、陶孟和、王宠惠等。
北大的理科在蔡元培的领导下也像文科一样人才济济，著名的教授学者有：李四光、翁文灏、丁文江、任鸿隽、李书华、温宗宇、王尚济、孙云铸、陈世璋、俞同奎、秦汾、王仁辅……这批学者几乎无一不是当时国内科学界的顶尖人物。
在延揽人才上蔡元培真正做到了不拘一格，最著名的例证是年轻的学者梁漱溟。
梁漱溟既没有出国留学镀金的经历，也没有国内的大学文凭，但他钻研学术、富有创见的精神，让蔡元培感到这个人是个人才。于是，时年仅24岁的梁漱溟被蔡元培招入北京大学，并给予他讲师的职称。当梁漱溟后来成为一代大师——新儒家学派的著名代表人物时，他总是不忘强调：是当年的蔡元培和北京大学栽培了他。
这一时期，有一个后来改写中国历史的人物也在北大任职，他就是毛泽东，当时在北大图书馆的图书管理员。不过，直到中国的红军完成长征后毛泽东提及他在北大的经历还愤愤不平，他对到延安采访的美国著名记者斯诺回忆道：“我的职位低微，大家都不理我。我的工作中有一项是登记来图书馆读报的人的姓名，可是对他们大多数人来说，我这个人是不存在的。在那些来阅览的人当中，我认出了一些有名的新文化运动头面人物的名字，如傅斯年、罗家伦等，我对他们极有兴趣。我打算去和他们攀谈政治和文化问题，可是他们都是些大忙人，没有时间去听一个图书馆助理员说南方话。”
由于蔡元培在用人上打破了资历限制，这一时期北大的教师队伍迅速实现了年轻化。据1918年的统计，这时的北大教授平均年龄只有三十多岁，其中不少只有二十六七岁，这在中外大学的历史上，都是不多见的。
蔡元培还毫不留情面地辞退不称职的教员。英文系的青年教员徐佩铣被人称为“探艳团长”，个人品质下流，即被蔡元培开除出校。继而蔡元培又顶住压力把一批不称职的外籍教员裁撤出校，即使此举引来当时英国驻华使的蛮横干涉，也毫不退让。
有了“思想自由、兼容并包”，才使得“囊括大典，网罗众家”有了实际意义。“思想自由、兼容并包”，它反映了领导办学事业的人的一种难能可贵的宽容精神，如果放大了来看，它更反映了这个领导者对自己理念的自信，而蔡元培就具备了这种自信。在这个方针下，北大的思想和学术呈现出缤纷万象、百家齐鸣的景象。
在当时的北大有一种说法，中国有多少党派，北大就有多少学派；北大有多少个教授，校园里就有多少种学术观点。
在北大的讲堂上，史学方面，既有信古派的黄侃、陈汉章，也有疑古派的胡适、钱玄同。李大钊、陈独秀可以在讲坛上宣传马克思主义、社会主义，也有的教师在课堂上大讲特讲国家主义、无政府主义；有人提倡工读互助主义，有人宣传儒佛道者；陈独秀、胡适、刘半农、周作人提倡白话文，而黄侃、刘师培、林损等则极力维护文言文的地位。
如果走进那个时代的北大，人们可能会有一种时空错乱之感。当时的校园里，有些教授如胡适，上课时总是西装革履、洋派十足；而在另一间教室上课的辜鸿铭，则是长袍马褂、拖着长辫子，还手持旱烟袋，并专门有仆人为之点烟上水，诸如此类的情形不一而足。这些人用自己的外表装束在无形中昭示着自己的理念。
在蔡元培“思想自由、兼容并包”办学方针的指导下，各类学术团体如雨后春笋般涌现：例如，陈独秀、李大钊发起组织的“社会主义研究会”，1921年改名为“马克思学说研究会”；胡适、马叙伦等组织的“哲学研究会”；梁漱溟组织的“行知社”；徐志摩组织的“阅书报社”；其他还有“教育研究会”“成美学会”“进德学会”“雄辩讲演会”……
在北大校园里的刊物，有校方编办的，如《北京大学日刊》《北京大学月刊》《国学季刊》《社会科学季刊》；有教授私人筹办的，如《新青年》《每周评论》《努力周刊》《读书杂志》《语丝周刊》《现代评论》《猛进》；也有学生自办的，如《新潮》月刊。其中以陈独秀创办的《新青年》、胡适主编的《每周评论》最为有名。
蔡元培曾批评此前的选课制度过于死板，“使锐进者无可见长，而留级者每因数种课程之不及格，须全部复习，兴味毫无，遂有在教室中瞌睡、偷阅他书及时时旷课之弊。而其流弊又传染于同学。”[38]“知教育者，与其守成法，毋宁尚自然；与其求划一，毋宁展个性。”[39]他在主持北大后，大大扩大了学生们选修课的范围。这样一来，既出现过每逢胡适讲课时，由于听课的学生人数太多，常常需临时把课堂改至大教室或礼堂，还出现座无虚席的现象；也会出现某一门课程仅有一名学生选修的场景。
至于课堂教学中不同观点的交锋、互捧、或指名道姓批评对方观点，也是家常便饭。
胡适对钱穆的《向歆父子年谱》的考据谨严，折合今古家法，十分佩服，遂常常在课堂上对学生们做义务宣传。但他对钱穆、冯友兰、顾颉刚等人关于老子和《老子》一书时代的争论，在课堂上则大肆抨击，而这并不影响学人之间的友谊。
“胡适是一个书生，说不好听一点，就是一个书呆子。举一小事，胡适一次会议前声明要提前退席，会上忽而有人谈到《水经注》，胡适之先生立即精神抖擞，眉飞色舞，口若悬河起来，乃至忘了提早退席这件事。”[40]北大学者季羡林曾这样回忆胡适的作风。
特立独行的国学大家辜鸿铭就不买胡适的账，他认为胡适号称治哲学史，但却既不懂德文，又不懂拉丁文，简直是硬充门面、画虎成猫、误人子弟。
而章太炎的高足黄侃也看不起留美的洋博士胡适。但这可不是唯一让他看不上的人，黄侃在上课的时候骂起同门师弟钱玄同来也照样毫不留情，以至于两人同时上课，因教室相邻，钱玄同这边听得字字入耳，连下面听课的学生都忍不住好笑，但钱玄同站在讲堂上若无其事。当年就曾在下面听课的王昆仑回忆说：“教文字学的两位老师，一位是新派钱玄同；一位是老派黄侃。我选的是钱玄同的课。一天，我正在课堂上听钱老师的课，不料对面教室正在讲课的黄侃大声地骂起钱玄同来了。钱听了也满不在乎，照样讲课。后来，我既听钱玄同的课，也听黄侃的课，以便两相对照。”
陈独秀曾在《蔡孑民先生逝世后感言》中称赞蔡元培“容纳异己的雅量，尊重学术自由思想的卓见，在习于专制、好同恶异的东方人中实所罕有”。
其实，陈独秀应该尤其感谢蔡元培对他的爱护和包容。这位为呼吁科学与民主的新文化运动急先锋行事风格圭角毕露、锋芒侵人，个人生活上也是放浪形骸、不检细行，往往他的敌对者以攻讦的口实。陈独秀曾去当时北京的红灯区“八大胡同”消遣，有时闹到被妓女控告、被警察局传讯、被小报大肆渲染，成为轰动社会的丑闻。运笔如枪的陈独秀，若没有蔡元培为他屡次三番解围，恐怕早就被赶出北大了。
难得的是，蔡元培自己是北大进德会的模范会员，“不嫖，不赌，不纳妾”这三条他绝对遵守了，但蔡元培并不以自己的道德标尺去苛求他人。蔡元培对陈独秀之爱护并不是毫无原则，而实在因为在蔡元培看来后者是难得的人才、有益国家，其言论主张值得同情、支持。
这时的北大创办才仅仅20多年，得益于蔡元培的“十六字办学方针”，北大已迅速跻身于当时世界一流的大学。
到20世纪20年代中期，北京大学在学术研究上取得了令人骄羡的成绩，例如物理专业，由于一批从海外学成归来的教授们的殚精竭虑，北大预科的物理水平已与美国哈佛大学一年级水平相当，北大物理专业的本科毕业生水平也处在美国学士与硕士之间。
学科改革——“道”和“术”的纠偏
“中学为体，西学为用”这是上个世纪之交在中国学界广为人知的口号，乃至到了今天还余音犹在。这个口号的提出者，是最先接受了西方新学的中国知识分子，而他们不可避免受到西学思维的影响，才提出这样一个命题，力图为东西思想做一个合理的定位。
问题在于，他们口中所谓的“中学”本质上侧重于“道”，换言之，注重的是世界观方面、修身方面、做人的伦理，而他们所理解的“西学”，注重的是“术”，注重做事的方式、科技的革新。一个是超越的，一个是现实的，可以说，这完全是两个层面的东西。修身的方面本就是“体”，而致用的方面本就是“用”。举例而言，一个科学家，他要掌握专业技能，但同时，他要有品德、理念、伦理观念。这二者毫无悖逆。
再进一步说，“中学”自当为体，“西学”自当为用。并不能因为西方科技发达、东方物质文明落后，就认为中国传统的人文思想和哲学也落后，这是极为可笑的。
蔡元培的可贵，在于并没有因为西方船坚炮利、科技强大，就像当时鼓吹“实业救国”“工科救国”论者一样，专注于理工，他对人文学科的重视，足以成为那个大时代的鸣奏曲中一个空谷回音般的音符，具有超越时空的意义。这具体就体现在他对大学学科的定位上。
本来，北大的学科是文、理、法、商、工五科并立，可以说是高大全而没有重点。蔡元培任校长后，坚决主张将北大办成只包括文、理两科的大学。他在北大的学制改革方面首先是调整学科设置，这对一个大学的发展来讲至关重要，将涉及大学的学术定位、思想文化特色的走向。
1917年1月27日，蔡元培在国立高等学校校务讨论会上提议，一般的综合性大学只设立文、理两科，其他法、医、农、工、商五科则设立单独、独立的专科大学，如法科大学、医科大学等。蔡元培批评当时的高等教育过于模仿日本，既在一般的综合性大学中除设立除文、理，同时还设立法、医、工、商等科，同时又有这几个学科的专科学校存在。
蔡元培提出了这种办学方式的弊端：一方面，“同时并立，义近骈赘。且两种学校之毕业生，服务社会，恒有互相龃龉之点”，也就是说，这相当于重复建设，资源重叠，又导致综合性大学和专科大学的同种专业毕业生形成无必要的竞争；另一方面，高、大、全的学科设置，对大学来讲也造成了不必要的负担，分散了大学的办学精力和资源。例如，北大五个学科虽然看起来齐备全面，“而每科所设，少者或止一门，多者亦不过三门。欲以有限之经费，博多科之体面，其流弊必至如此。”[41]
蔡元培力排来自各方的阻力，在北大停办了商科，将北大的工科并入北洋大学，并计划将北大法科分出去，独立成立法学专科大学(这一计划后来没有实现)。同时，大力充实北大的文、理两科。在文科中，除原有的中国哲学专业、中文专业、英国文学专业外，又先后增设中国史专业、法国文学专业、德国文学专业、俄国文学专业；在理科，除原有的数学、物理、化学三门外，又于1917年增设地质学专业。
在蔡元培的领导下，北大建成了一所以文、理科为主的综合性大学。难能可贵的是，蔡元培还提出了“沟通文理”的主张，原因很简单，在蔡元培看来，文、理是不能“分家”的。
例如在他看来，文科的史学、文学均与科学有关；而哲学更是以自然科学为基础的；同样的，理科的各个专业，都与哲学有关。蔡元培认为，哲学应是科学的归宿。同时，有些学科彼此交叉，根本无法以文理来划分。例如，心理学以前从属于哲学，由于后来广泛采用科学试验的方法，归入理科也说得通；再如地理学中的人文方面应属于文科，地质专业的地文方面则属于理科的范畴。
蔡元培批评文理科划分得过于清晰，弊端很大。他认为这造成的后果是，文科生将“因与理科隔绝之故，直视自然科学为无用，遂不免流于空疏”，理科学生则“以与文科隔绝之故，遂视哲学为无用，而陷于机械的世界观”。这个看法是深刻而富于远见的。蔡元培坚决主张北大应打破学生“专己守残之陋见”，“沟通文理，合为一科”。[42]
1918年9月20日，蔡元培在开学仪式的演讲上说，“近并鉴于文科学生轻忽自然科学，理科学生轻忽文学、哲学之弊，为沟通文、理两科之计画。”1919年，蔡元培即废止北大文理科的科别，将原来分属文、理、法三科的14个专业一律改成为系，原来分属于这三科的各系分别改称第一院、第二院、第三院。这个院，不是院系的院，而是大院的院，也就是说，是按各科所在校园内的地域而划分的，并不算做一级机构，从而模糊了专业的概念。
一个没有哲学和思想的民族是没有灵魂的民族，注定不能在世界民族之林长久存在。但在中国近代“救亡图存”的风气之下，在学人中也出现了急功近利的浮躁思维。蔡元培之所以如此重视文、理两科，并且还如此重视“文理沟通”，他深层次的目的还在于，要扭转当时大学中“重术轻学”“重工轻文理”的偏向，从而为基础学科的学术研究营造风气。
蔡元培进一步认为，中国近代在学习西方过程中亦始终犯了“重术轻学”的毛病。他说：
中国羡慕外人的，第一次是见其枪炮，就知道他的枪炮比吾们的好。以后又见其器物，知道他的工艺也好。又看外国医生能治病，知道他的医术也好。有人说，外国技术虽好，但是政治上止有霸道，不及中国仁政。后来才知道外国的宪法、行政法等，都比中国进步。于是要学他们的法学、政治学，但是疑他们道学很差，以后详细考查，又知道他们的哲学，亦很有研究的价值。他们的好处都知道了，于是出洋留学生，日多一日，各种学术都有人研究了。然而留学生中，专为回国后占地位谋金钱的也很多。所以学工业，预备作技师。学法律，预备考法官，或当律师。学医学，预备行医。只从狭义去做，不问深的理由。[43]
他进一步说：
中国固然要有好的技师、医生、法官、律师等等，但要在中国养成许多好的技师、医生等，必须有熟练技能而又深通学理的人回去经营，不是依样画葫芦的留学生做得到的。……要是但知练习技术，不去研究学术；或一国之中，练习技术的人虽多，研究科学的人很少，那技术也是无源之水，不能会通改进，发展终属有限。[44]
简单总结蔡元培的观点，就是既要研究西方的“术”，也要研究西方的“道”，研究西方发达科学背后的人文思想方面因素，而不是仅仅把西方人的一些先进技术学到手，就大功告成，富国强民就指日可待。
由此我们也不难理解，蔡元培作为受过最传统中式教育的知识分子，何以身体力行地做出一些在当时的守旧派看来是惊世骇俗之举。是的，蔡元培要学西方，他就要学到骨子里，而不仅仅是流于泛泛，他要革新中国传统的，是不合时宜的部分，而并非全盘否定、毫无坚持。
春风化雨的蔡校长
中国当代著名的哲学家冯友兰于1915年至1918年就读于北京大学的哲学系，这一期间，正好是蔡元培在北大校长的任上。冯友兰回忆说：
有一天，我在一个穿堂门的过道中走过，蔡先生不知道有什么事也坐在过道中，我从这位新校长身边走过，觉得他蔼然仁者、慈祥诚恳的气象，是我心里一阵舒服。我想这大概就是古人所说的春风化雨吧。蔡先生一句话也没有说就使我受得了一次春风化雨之教，这就是不言之教，不言之教比什么言都有效。[45]
1918年的一天，身为北大学生的冯友兰因一件事急需北大开具证明，由于时间紧迫，照正常手续办已经来不及了。24岁的冯友兰决定直接去见北大校长。
校长室在一个单独的大院子中。冯友兰走进院门，院子中一片寂静，校长室的门虚掩着，门前既没有保卫，也没有服务员。冯友兰径直走了进去，外间是一个大会客室兼会议室。通往里间的门也虚掩着，门前没有秘书，也没有其他职员。
冯友兰推开门进去一看，蔡元培正一个人坐在办公桌前看文件。他便走上前去，站在蔡元培身旁。蔡元培发现来人，亲切地回首问道：“有什么事吗？”
冯友兰把一封已经写好的信递过去。蔡元培看完信，说道：“这是好事，当然出证明书。”冯友兰说：“请校长批一下。”蔡元培提起笔来，批了几个字，亲切地交代冯友兰说：“你拿着这个到文书科，叫他们开一个证明书。”
冯友兰轻轻地退了出来，去文书科办理了相关手续。
直到多年以后，冯友兰还清楚记得他和蔡元培接触的一个个细节：
我进去和退出这一段时间内没有看见第二个人，当时我想，蔡先生以校长之尊，不要校长排场，也不摆校长架子。他一个人坐在校长室里，仍然是一介寒儒，书生本色，办事从容不迫，虽在事务之中，而有超乎事务，肃然物外的气象，这是一种很高的精神境界。蔡先生在几分钟之内不但解决了我的问题，也把我吸引到这个境界的大门口。[46]
也直至多年后的21世纪，北大的学子们有时还能在北大的未名湖边不经意碰到出来散步的一代代校长，这个平和的风气，大概就是来自蔡元培的遗传。
1918年1月，蔡元培在北大发起组织进德会，会员分甲、乙、丙三种。甲种会员要做到不嫖、不赌、不娶妾；乙种会员于前三戒外，另加不做官、不做议员；丙种会员则于前五戒外再加不吸烟、不饮酒、不食肉三戒。这放在今天也是难以想象的，原因在于，现代的社会，越来越强调公德，对于个人的私德，社会舆论是较少顾及的。
而在《北大进德会旨趣书》中，蔡元培认为那种以为只要能尽公德便可以不讲私德的观点是不足取的，他说，“今人恒言：西方尚公德，而东方尚私德；又以为能尽公德，则私德之出入，不足措意，是误会也。吾人既为社会之一分子，分子之腐败，能无影响于全体。如疾症然，其传染之广，往往出人意表”。[47]
蔡元培号召北大的老师和学生们积极加入进德会，提出入会的作用是：一可以绳己，二可以谢人，三可以止谤。
蔡元培这么一鼓动，结果进德会开成立大会时，教员和学生纷纷加入。各科的学长和著名教授及北大的一些主要行政人员，如李大钊、陈独秀、胡适、钱玄同、刘半农、沈尹默、周作人、马寅初、章士钊等，以及学生中后来知名的邓中夏、许德珩、张国焘、张申府等都成为进德会的成员。共计教员76人，学生301人，职员92人。
这倒颇能反映出蔡元培这个新知识分子以及那一代知识分子受中国传统文化的影响之深。
中国的传统教育方式，正如前面章节提到的，它本身整合了知识和品德修养教育为一体，在相当程度上是一种人格教育、怎样做人的教育，而不是技术、技能的培养，是重“道”而不重“术”的，是首先注重做人，其次才注重做事的。中国传统社会的舆论，也是看重一个人的私德。当中国社会进入转型期，中国人走向世界的时候，往往给人“公德”很差的印象，诸如在公共场合一些不文明的习惯等等，其实这背后有着深刻的文化传统上的原因，是文化的因素，其实和个人品行说不上有多大关系。
蔡元培在西学中深深地浸**过，在他看来，西学固然有强大的现实生命力，但绝对无法因之全盘否认为东学的价值。弥补德育的不足是蔡元培念兹在兹的事情。
当然，蔡元培这样挽救时弊的做法能起到多大作用就很难讲了。私德的培养无法用强制手段，只能靠教化和熏陶，虽然它很可能影响一个人一生的事业和命运，乃至于影响到社会。蔡元培的诸多想法和做法，其苦心可为一叹。
蔡元培还很注重校园风气中的细节。傅斯年曾回忆说：“蔡先生到北大第一年中，有个同学，长成一副小官僚的面孔，又做些不满人意的事，于是同学某某在西斋壁上贴了一张‘讨伐’的告示。两天之内，满墙上出了无穷的匿名文件，把这个同学骂了个‘不亦乐乎’。其中也有我的一件，因为我也极讨厌此人……”结果这么一件和文化、学术建设无关的小事，居然被蔡元培给注意到了。傅斯年回忆：“过了几天，蔡先生在一大会中常说，最后说到此事，大意是说：‘诸位在墙壁上攻击某某君的事，是不合做人道理的。诸君对某君有不满，可以规劝，这是同学的友谊。若以为不可规劝，尽可对学校当局，这才是正当的办法。至于匿名揭帖，受之者纵有过，也决不易改悔，而施之者则为丧失品性之开端。凡作此事者，以后都要痛改前非，否则这种行动，必是品性沉沦之渐。……从此做事，决不匿名，决不推自己的责任。’”蔡元培这样一番像慈父训导不懂事孩子般的话讲了之后，北大校园里类似的种种匿名壁报就慢慢绝了迹。
有一次，为纪念北大建校二十五周年，校方在大礼堂举行了一场音乐会。到了晚上8点音乐会将要开幕时，礼堂的秩序发生了混乱，原因是礼堂里的一部分座位被无票的学生占领了，而有票的学生反而进不来。
蔡元培也在场，他站了起来，和蔼地说，“这次音乐传习所第一次公开演奏，在广大的场所中因为收不住音，仿佛是不甚相宜，所以定在这个视觉中演奏，不能普遍的发给入门券，是因为会场小的缘故。我们这里是北京大学的礼堂，不是沙场，我劝没有入门券而进会场的人要一律退出，出去告知外面没有持券的也一律退去，让有券的可以进来”。
他接着说，“爱好音乐的诸位，如果愿意听，我请音乐传习所的诸同人再为诸位演奏一次，不但一次，以后也可以常常演奏。现在就请你们没有持入门券而进来的人都出去，并且照我的话去告知没有持券的而想进来的人”。
蔡元培这番入情入理的话之后，接下来发生的场景，可从一位北大的校友多年后的深情回忆中看到：“蔡先生说完这些话之后站在台上，只听见台下一阵鼓掌声，有一百多位没有持券的人都站起来，依着次序陆续地出去，大家静悄悄的。蔡先生还站在台上，含着微笑点首。我座位的周围是空虚而且寂静，眼看没有券的人一个个的退去，有券的一个个的进来，第二院中还是那么静穆和严肃，音乐演奏会还是按时开幕。我鼻子一酸，含在眼眶里的泪跟着蔡先生的微笑一齐出来，我不知道巍然在我前面的是高山呢还是大海。”[48]
1922年，蔡元培以北大校长的身份赴欧美参观调查。这时，学生冯友兰正在纽约的哥伦比亚大学就读。纽约的北大同学会听说蔡元培要从伦敦到纽约，就组织了一个接待委员会，冯友兰也是委员之一。同学们到纽约的码头上迎接，只见56岁的蔡元培一个随从也没带，独自下了船。蔡元培住在哥伦比亚大学附近的小旅馆内，和同学们在一起，一些生活上的事务都由接待委员会经理负责。
中国留学生们为蔡元培开了一个欢迎会，会场设在哥伦比亚大学的一个大教室内，教室里座无虚席。冯友兰见到，蔡元培一进会场的门，在座的人呼的一声都站起来了，动作整齐划一，好像是听到了口令一般的不约而同。一个在哥伦比亚大学进修的学者见到这副景象公开说：“我算是真佩服蔡先生了。北大的同学都很高傲，怎么到了蔡先生面前都成了小学生了？”
蔡元培在发言中讲了一个故事，说是一个人的朋友得到了神仙的法术，能点石成金。这个朋友对这个人说：我能点石成金，你要多少金子，我都点给你。这个人说：我不要金子，我只要你那根手指头。全场哄然大笑。蔡元培借这个故事恳切地对大家说，“诸位同学到国外留学，学一门专门知识，这是重要的，更重要的是要得到那个手指头，那就是科学方法。你们掌握了科学方法，将来回国后，无论在什么条件下，都可以对中国做出贡献。”他慈祥诚恳的气象和风趣的言语打动了在场的每一个人。
蔡元培在北大的行事又可谓稳健和机智。
在男女同校的问题上，蔡元培的做法是，先让女生入校旁听，然后渐渐正式招收，并不向当时的教育部明文通报，以免碰钉子，乃至于闹到硬碰硬的地步。蔡元培心明眼亮地看到，教育部的规定里并无禁止女生上大学的条款(当然，相关的规定都是他在教育总长任内制定的)。等到反对者看到木已成舟，而且社会舆论越来越开明，偏向于赞同男女同校，反对者也就不作声了。
蔡元培还引经据典，把“自由、平等、博爱”这个响彻法国大革命时代的口号推演出中国式的解释，“自由者，‘富贵不能**，贫贱不能移，威武不能屈’是也，古者盖谓之义；平等者，‘己所不欲，勿施于人’是也，古者盖谓之恕；友爱(当时把‘博爱’翻译成‘友爱’)者，‘己欲立而立人，己欲达而达人’是也，古者盖谓之仁。”这么一洋文中解，倒与中国的传统文化很接轨，一时间反对这个口号的守旧派茫然失措，也便一时收声。
时人曾这样形容：斗士般的陈独秀打的是南拳，虎虎生威、且刚且猛，而蔡元培更是一个智士，擅长的是太极推手，于柔而无声中四两而拨千斤。
新文化运动的船长
用梁漱溟的话说：
所有陈胡以及各位先生任何一人的工作，蔡先生皆未必能作，然他们诸位若没有蔡先生，却不得聚拢在北大，更不得机会发抒。……这毕竟是蔡先生独有的伟大，从而近二三十年中国新机运亦就不能不说蔡先生实开之了。[49]
梁漱溟的这段话，比较恰切地道出了蔡元培在新文化运动中的首功，那就是，正是蔡元培给中国近代“五四”时期的新文化运动提供了阵地。
当年的北大，有著名的三只“兔子”：蔡元培、陈独秀、胡适。因为这三人都属兔，彼此之间相差12岁，被人称为“兔子党”。后来人们完全可以这样推论，假若陈独秀、胡适只有《新青年》这个作战的堡垒，而缺少北大这个向外发声的阵地，没有北大教授这个堂堂正正的身份，新文化运动就不可能具有高屋建瓴之势和摧枯拉朽之功。假若蔡元培不崇尚法国革命的精神，不主张学术自由，不倡导“读书不忘爱国”，五四运动就不会轰轰烈烈地开展。
新文化运动，顾名思义，是革除中国的旧文化，倡行新文化。革除旧文化，就是“反传统、反孔教、反文言”的思想文化革新、文学革命，提倡新文化，就是提倡民主与科学(旧称“德先生”与“赛先生”，即英文的Democracy 和Science)。新文化运动总的旨趣可概括为：一、提倡民主，反对专制；二、提倡科学，反对迷信；三、提倡新道德，反对旧道德；四、提倡新文学，反对旧文学。
在那时的新知识分子们看来，有了民主与科学这两样东西，中国就不愁翻不了身、强大不起来，相反，缺少这两样东西，国家则危在旦夕。这个时候的新式知识分子们一提起“德先生”与“赛先生”这两个词就群情激奋、兴致高昂、不能自已。
1915年，陈独秀在其主编的《新青年》刊载文章，提倡“德先生”与“赛先生”，这可以看做是新文化运动的发端，但还没有形成大的影响。恰恰是在蔡元培担任了北大校长后，在“兼容并包”的指导思想下，蔡元培吸纳和聚集了一批新式知识分子，如陈独秀、胡适、李大钊、鲁迅、沈尹默、钱玄同、高一涵等人进入北大，还支持陈独秀把《新青年》杂志也迁到北大，深入到求新意识强烈的青年人中间。这等于是把倡行新文化的力量汇聚到一面旗帜下，才集中发出了振聋发聩的声音，造成前所未有的声势。
蔡元培领导下的北大成了新文化运动的阵地，使之进而成为全国性的思想解放运动，这种作用几乎是无可替代的。还不仅如此，当新文化运动遇到守旧势力攻击的时候，蔡元培的担当风骨也体露无余。
对新文化运动的反对力量一度来自政治和文化两界。
1919年2月至3月间，桐城派古文家林纾代表守旧派人士，率先向北大和蔡元培发难，他在自己的作品里把蔡元培比作襄助“毁圣灭伦”的怪物，指斥北大的陈独秀、胡适等人“覆孔孟，铲伦常”，“尽反常轨，侈为不经之谈”，告诫蔡元培要“以守常为是”，“为国民端其趣向”，意思是说，要蔡元培注意自己的身份和影响，给人民做一个端正的榜样。
客观地说，新文化运动的反对者中间，一些人是出于守旧心理，对传统文化有难以割舍的感情，还有一些人是为了维持中国文化的纯正，他们担心革新会把传统文化不分良莠一概抛却，这导致他们对任何形式上的革新和叛逆都不能容忍，这其实是情有可原的。一些是顽固不化者，一些是慨叹人心不古者。守旧、反革新，有时和人品有关，有时则是纯学术上的争论，和私德无关。
对于林纾这一类人的发难，蔡元培一一做了从容的答辩。蔡元培给林纾写了一封信，就林纾对北大、对陈独秀、对胡适等人的攻击或批评略有辩解。但守旧派一再造舆论，北洋政府的首脑们也有点儿坐不住了，通过民国的教育部，向蔡元培施压，要他注意约束北大师生的言行，批评《新潮》杂志等言论过于激进，乃至于传出要蔡元培辞退陈独秀、“管教”胡适等人的声音。
这下子蔡元培可没法容忍了。“北京大学一切的事都在我蔡元培一人身上，与这些人毫不相干。”[50]字字掷地有声。
1920年4月，蔡元培进而在北京英文《导报》增刊上发表了《洪水与猛兽》一文，在文章中，他以洪水比喻新思潮，以猛兽比喻军阀，他说，“我以为用洪水来比新思潮，很有几分相像。他的来势很勇猛，把旧日的习惯冲破了，总有一部分的人感受痛苦；仿佛水源太旺，旧有的河槽，不能容受他，就泛滥岸上，把田庐都扫**了”，“中国现在的状况，可算是洪水和猛兽竞争。要是有人能把猛兽驯服了，来帮同疏导洪水，那中国就立刻太平了”。[51]
新思潮中的沉静者
蔡元培本人在新文化运动中所发挥的作用，远不仅仅是在组织方面。
“五四运动，是中国现代社会发展之必然的产物，无论是功是罪，都不应该专归到哪几个人；可是蔡先生、适之和我，乃是当时在思想言论上负主要责任的人。”新文化运动的领军人物陈独秀曾在《蔡孑民先生逝世后感言》中这样评价五四新文化运动中的蔡元培，他也肯定了蔡元培在新文化运动中思想领域的地位。
蔡元培本人绝非学术思想上的外行，他不但热情支持新文化运动，他本身也是一个发声者。与陈独秀、胡适这些炙手可热的新文化运动人士不同，蔡元培对于新文化运动有自己独到的甚至更深刻的见解。
例如，新文化运动的舆论中有一种“科学主义”倾向，即把科学看成是万能的，乃至于认为科学不但能解决客观世界的问题，也能用于解决人生观问题。这一类的新文化人士推崇孔德的实证主义和詹姆斯的实用主义，把一切对“超验”问题的探讨都视为应该排除在学术研究之外的“玄学”。
而蔡元培则不能同意这种观点。蔡元培本人，应该说历来是提倡科学的，也热心地赞助一切科学事业，但是，他认为科学是有局限的，并不能解决人生的所有问题。他认为像存在、意识、绝对等“形而上”的问题是科学无能为力的，同时，他认为这一类问题并不是“科学主义”者宣称的“毫无意义”。
因为专治科学，太偏于概念，太偏于分析，太偏于机械的作用了。譬如人是何等灵变的东西？照单纯的科学家眼光：解剖起来，不过几根骨头，几堆筋肉。化分起来，不过几种原质。要是科学进步，一定可以制造生人，与现在制造机械一样。
虽然当时还没有今天所谓的“生物科学”、基因技术，但在百年前的蔡元培看来，从纯科学的角度来说，即使未来的某一天，随着科技的发达人类甚至可以复制出自身来。但他的远见在于，问题并不这么简单：
就是一人的生死，国家的存亡，世界的成毁，都是机械作用，并没有自由的意志可以改变他的。抱了这种机械的人生观与世界观，不但对于自己竟无生趣，对于社会毫无爱情；就是对于所治的科学，也不过‘依样画葫芦’，决没创造精神。
防这种流弊，就要求知识以外兼养感情，就是治科学以外，兼治美术。有了美术的兴趣，不但觉得人生很有意义，很有价值；就是治科学的时候，也一定添了勇敢活泼的精神。请诸君试验一试验。
以上是蔡元培在《美术与科学的关系》一文中的话。
蔡元培在《佛法与科学之比较研究》序中说，实证主义和实用主义“这两派哲学，都把玄学上的问题存而不论；把哲学作为现代科学的综合，并非再进一步，把科学所不能解决的问题，设法解决它。然而科学所不能解决的问题，如精神与物质空间是怎么一回事，绝对的真理有没有，是人人所切望有一个答案的”。
蔡元培一再坚持不应放弃对玄学的探讨，他又在《哲学与科学》一文中说，“人类求知的欲望，决不能以综合哲学与实证哲学为满足，必要侵入玄学的范围”。“大学是包容各种学问的机关，我们固然要研究各种科学；但不能就此满足，所以研究融贯科学的哲学；但也不能就此满足，所以又研究根据科学而又超绝科学的玄学。”他强调，“各科学哲理与综合各种科学，尚介乎科学与哲学之间，惟玄学始超乎科学之上”。
这实质上反映了蔡元培思想中深切的人文主义倾向，这也是他与陈独秀、胡适等新文化人士一个很大的不同。
如果简单分析来看，新文化运动者们的一个逻辑是，要通过新的文化、思想来教育民众，在中国实现现代政治运作，维护共和政体，要使中国人增强科学意识，从而建设强大的国家。他们的观点是，辛亥革命之所以遭到挫败，是因为中国的国民头脑中还缺乏民主共和的意识，“中国革命是以种族思想争来的，不是以共和思想争来的；所以皇帝虽退位，而人人脑中的皇帝尚未退位”，因此，“要巩固共和，非先将国民脑子里所有反对共和的旧思想，一一洗刷干净不可”。这种观点无疑是深刻的，它认为满清的登台，是排满民族主义的胜利，而并不是民主共和对于封建皇权的胜利。
但这种观点的提出，仍可以说是基于一种“救亡图存”式的实用主义逻辑。国家的领导人固然关注列强何以在军事上、国力上强大，文化人理所当然地认为是这些列强有着强大文化做后盾，一个国家、一个民族的振兴，当然是一个系统化的问题，而不可能是单方面的问题，故应对中国做思想文化上的革新。
蔡元培则认为，不应把思想文化的改造仅当做一种富民强国的手段，而应以之为一种目的，以及人的一种精神需要。也就是说，他的目光更注视人的终极精神追求和人性的终极关怀。在他看来，文化和思想是人的一种内在要求，是人格完善和人性升华的途径和标志。所以蔡元培一再强**育的目的是培养人格，“是帮助被教育的人，给他能发展自己的能力，完善他的人格，于人类文化上能尽一分子的责任”。
对于蔡元培的观点，我们也可以这样理解，相对于胡适、陈独秀等人关注国家、民族的振兴，蔡元培则更注重社会中每个个体的人格健全、精神建设，而这既事关个人的心灵层面的解放以及个人的福祉，又关系到社会的稳定有序。
也因此，蔡元培对当时一些新文化人士的言行，认为是浮躁、急功近利，乃至于空谈、言行不一。
放到今天来讲，人们可以穿时尚的衣着、享受高科技的生活方式，但道德、伦理、健康的精神和世界观，却更是一个社会得以永继、和谐的永恒主题。在那样一个民族存亡、病急乱投药的年代，蔡元培能以一份独有的冷静，去关注人的伦理问题、关注人在深层次的精神层面，这是十分难得的。
在新文化运动中，蔡元培反对定孔教为国教，但这并不意味着蔡元培反对儒家文化本身。蔡元培也同样反对基督教运动，他并不认为基督教更高明，并由此带来了西方社会的高度发达、国富力强。
蔡元培认为今天西方社会的进步，并非得益于基督教信仰的力量，“仍由于教育普及，科学发达，法律完备。人人于因果律知之甚明，何者行之而有利，何者行之而有害，辨别之甚析，故多数人率循正轨耳，于宗教何与？”蔡元培还认为基督教“都是拘泥着陈腐主义，用诡诞的仪式，夸张的宣传，引起无知识人盲从的信仰，来维持传教人的生活。这完全是用外力侵入个人的精神界，可算是侵犯人权的”。
他对孔教问题的态度是，孔子并非宗教家，“自广义的宗教而言之(信仰心)，必有形而上之人生观及世界观。而孔子无之，其所言者，皆伦理学、教育学、政治学之范围。”“自狭义的宗教言之，必有神秘思想，而孔子又无之”，因此“所谓‘以孔教为国教’者，实不可通之语”。我们知道孔子有句名言：“神鬼之事，吾也难明”。孔子本人对于超乎人以外的事情是避而不谈的，这是蔡元培认为孔教不足以定为宗教的缘由。
依照这个逻辑，蔡元培声言，“我的意思，是绝对的不愿以宗教渗入教育的”。
在中西文化这个全局性的命题上，蔡元培与陈独秀、胡适等人的态度也有明显的分野。
对于后者来说，中国传统文化与西方文化是截然不同、格格不入的。他们认为，中国的传统文化是与“旧”“落后”“愚昧”联系在一起的，而西方文化则是与“新”“现代”“进步”联系在一起的。
蔡元培则绝不认为中西文化可以以“新”“旧”论，或者二者是截然对立的关系。在他看来，人类既然有共同的经验，就会形成普遍的认知，所以中西文化仅仅是进步迟速的差异。他更说道，“其实照懂得欧洲也懂得中国的人看来，中国和欧洲，只表面上有不同的地方，而文明的根本是差不多的。倘再加留意，并可以察出两方文明进步的程序，也是互相仿佛的。至于这方面的进步较速，那方较迟，是因为环境不同等等的缘故”[52]。
他认为，中国的传统文化与西方文化并非格格不入，“我们既然认旧的亦是文明，要在他里面寻出与现代科学精神不相冲突的，非不可能”[53]。
蔡元培的这些观点，倒颇符合今天的文化人类学尤其是比较人类学的一种理念，那就是，文明、文化本身其实难以用优劣、高下来区分，而且，经过不同文明的对比就能发现，构成每种文明的一些必要要素，例如伦理、社会成员的行为规范、信仰等，在每一种文明中都是不可或缺的要件。
三邀爱因斯坦
担任校长的蔡元培时时关注国内外学界的最新动态，他积极邀请中外的著名学者来北大访问、演讲，进行学术交流，大开国外著名学者来校讲学的风气。
国内的知名学者，如梁启超、章太炎等曾受北大之邀来校做学术演讲。国外方面，应邀来北大讲学或演讲的有美国著名哲学家、实用主义的集大成者杜威，美国节育运动创始人山格夫人，英国著名哲学家、历史学家罗素，印度著名诗人、哲学家泰戈尔，德国哲学家杜里舒，“中学西播”的著名学者理查德·威廉(中文名：卫礼贤)，以及来自法国、日本、苏联等国家的有影响力的学者。
蔡元培当年对著名科学家爱因斯坦的盛邀是其中令人感慨的一例。
1905年9月，犹太裔物理学家阿尔伯特·爱因斯坦在德国《物理学年鉴》发表了一篇论文，叫《论动体的电动力学》。这就是著名的“狭义相对论”。它摧毁了“牛顿世界观的旧体制”，被称为“革命的物理新说”。
这时中国的学术界对此还一无所知，相对论初现中国，与蔡元培的一次演讲有关。1917年年初，蔡元培就宗教信仰问题发表演讲，演说词发表于《中华新报》，里面讲到一个观点：科学不能解决有关时间、空间的问题，这些要靠哲学来解决。
在日本留学的中国年轻学者许崇清[54]看到蔡元培的演说后，1917年9月在留学生刊物《学艺》上发文反驳，“方今自然科学界关于时空(即宇与宙)之研究，则有爱(因)斯坦于1905年发表之‘对性原理’(即后来人称的相对论)”。在文中，许崇清简略地介绍了爱因斯坦狭义相对论的一些基本假设和概念术语。这篇回应蔡元培的文章，使许崇清意外地成为中国介绍爱因斯坦狭义相对论的第一人。
看到许崇清的反驳文章，蔡元培认为言之成理，对“相对论”的理论萌发了很大兴趣。蔡元培很欣赏这个年轻人，在许崇清1920年8月回国后，马上邀请其到北大任教。同时，蔡元培不禁萌发了邀请爱因斯坦来北大访问的想法。
1920年8月底，前教育部次长袁希涛访德时，注意到爱因斯坦的一些动向，电告蔡元培，“爱(因)斯坦博士有离德意志，或能来远东”，并询问北大是否愿意接待这位伟大的物理学家。蔡元培立刻复电：“甚欢迎，惟条件如何？请函告。”袁希涛遂于9月11日向爱因斯坦转达蔡元培的这一邀请。当时爱因斯坦产生过离开德国的念头，但仍下不了决心，因此并未接受蔡元培的这一邀请。
蔡元培第二次邀请爱因斯坦访华，是他赴德考察期间。1921年3月，蔡元培以北大校长的身份赴欧美考察，并把邀请欧美学术界专家名人来中国任教或讲学作为一项重要公务。在他列出的邀请名单上，爱因斯坦赫然在列。3月16日，蔡元培抵达柏林的第三天，专程拜访爱因斯坦，当面邀请其到中国讲学。爱因斯坦表示，他当年不能去亚洲，一来因他已答应美方的讲学要求，二来他还要在美国为耶路撒冷的犹太大学筹款。蔡元培仍不肯放弃希望，他恳切地说，从美国前往中国非常方便，“何不乘此一行”？爱因斯坦仍婉言拒绝，他说，因担任着柏林威廉皇帝物理研究所所长的职务，德国方面不希望他离开柏林太久。但他表示，“很愿意在稍迟一些访问中国”，还询问在中国应该用何种语言演讲。
这次拜访，蔡元培感受到爱因斯坦对中国的友好和访华意愿，于是坚定了邀请其来中国讲学的信心。一年后，宝贵的机会再次到来了。
1922年3月，蔡元培接到中国驻德公使魏宸组的电报称:“日本政府拟请爱因斯坦博士于秋间往东京讲演，该博士愿同时来华讲演半月，问条件如何？”蔡元培显得十分激动，当即复电：“电诵悉。爱因斯坦博士来华讲演，甚欢迎。各校担任中国境内旅费，并致送酬金每月千元，祈转达。”蔡元培明知爱因斯坦讲学两周，却开出以月计的酬金，在他的内心里，希望爱因斯坦在中国停留得更长一些。
这封第三次邀请爱因斯坦访华的信函，于4月8日到达柏林，并由中国驻德公使转交给爱因斯坦。1922年6月下旬，蔡元培收到从中国驻德使馆转来的爱因斯坦于5月3日发出的信。爱因斯坦在信中表示，访日结束后，“深愿于本年冬季至贵国北京大学宣讲，其时以两星期为限”，同时提出酬金问题：“关于酬金一层，本可遵照来函所开各条办理，惟近接美洲各大学来函，所开各款，为数均在贵国之上。若对于来函所开各款，不加修改，恐有不便之处。”大概考虑到夫人随行等因素，爱因斯坦提出两项具体条件：“第一，一千华币改为一千美金；第二，东京至北京及北京至香港的旅费，暨北京饭店开销，均请按两人合计。”蔡元培认为，最重要的是爱因斯坦能来北大讲学，酬金问题可以慢慢想办法，马上电告驻德公使：“条件照办，请代订定。”
8月底，蔡元培收到驻德公使转来的爱因斯坦的答复：“拟于新年前后到北京。”获悉爱因斯坦承诺访问中国，国内知识界十分兴奋，而最欣喜的人莫过于蔡元培。蔡元培动员各方筹集资金，组织力量大张旗鼓地宣传爱因斯坦和相对论，约请国内众多学术团体联名给爱因斯坦写欢迎信，做了大量前期准备工作。
当时北大财政拮据，爱因斯坦一千元美金的开价是个天文数字。北大原提出的酬金一千元华币，已相当于当时大学教授月薪的三倍以上，现在换成美金，蔡元培确实感到“真不知往何处筹措”。7月初，蔡元培赶赴山东，向出席中华教育改进社年会的梁启超说明有关情况。梁启超当即答应他自己的讲学社“必任经费一部分”。在多方支持下，酬金有了着落，蔡元培松了一口气。
解决酬金问题后，蔡元培利用北大阵地组织宣传爱因斯坦和相对论，营造了浓厚的氛围。在11月14日的《北京大学日刊》上，蔡元培发表了《爱(因)斯坦(Einstein)博士来华之准备》的文告宣布：经多次联系，爱因斯坦将于新年初来北大讲学。
从11月下旬到12月中旬，国内一流的七位学者在北大举办了一系列公开学术演讲，主题涉及经典力学、狭义和广义相对论、爱因斯坦之生平以及相对论的哲学意义等。11月中下旬，《申报》以“星期增刊”的形式先后发表两篇介绍相对论的文章，“以与国人共相研究”。《解放与改造》《少年中国》和《东方杂志》等也先后出版了“相对论号”。
与此同时，这年秋天，爱因斯坦在接受日本改造社的邀请，到神户庆应义塾大学和东京帝国大学讲学途中，于11月13日顺道前来上海，作了短暂的停留。第二天凌晨，爱因斯坦夫妇仍乘原船前往日本神户。这期间，国内各大学、学术团体纷纷筹集资金，等待爱因斯坦正式访华。蔡元培为了表示慎重，特邀集了各学术团体给爱因斯坦写了邀请信。
为表示慎重和更好地体现对爱因斯坦的诚意，蔡元培又忙着收集各方签名，起草致爱因斯坦的欢迎信。12月8日，也就是爱因斯坦离开上海前往日本讲学的三周后，蔡元培发出了这封用德语写的欢迎信：
尊敬的爱(因)斯坦教授先生：
您在日本的旅行及工作正在此间受到极大的关注，整个中国正准备张开双臂欢迎您。
您无疑仍然记得我们通过驻柏林的中国公使与您达成的协议，我们正愉快地期待您履行此约。
如能惠告您抵华之日期，我们将非常高兴。我们将做好一切必需的安排，以尽可能减轻您此次访华之旅的辛劳。
万事俱备，只等主客。中国知识界，特别是蔡元培，静静地等待着这位科学泰斗到来。
就在大家兴致勃勃地等待爱因斯坦来华时，《申报》的一则报道打破了这种喜悦。
12月28日，《申报》以《爱因斯坦博士之来沪》为题，报道爱因斯坦将于31日从日本抵沪，在上海停留两天后，前往耶路撒冷视察新成立的犹太大学，旋赴西班牙。根本没有提到爱因斯坦前往北大讲学的事情。这令蔡元培十分惊奇。
1923年元旦前后，蔡元培收到爱因斯坦于12月22日发出的信。令他大失所望的是，爱因斯坦访华计划真的取消了。在信中，爱因斯坦十分真诚地解释了取消计划的原因：
校长先生：
虽然极愿意且有从前郑重的约言，而我现在不能到中国来，这于我是一种莫大的痛苦。我到日本以后，等了五个星期，不曾得到北京方面的消息。那时我推想，恐怕北京大学不打算践约了。
因此我想也不便同尊处奉询。还有，上海斐司德博士(Dr.Pfister)——像是受先生的全权委托——曾向我提出与我们从前的约定相抵触的留华的请求，我也因此揣测先生不坚决履行前约。因此种种关系，我将预备访视中国的时间也移在日本了，并且我的一切旅行计划也都依着“中止赴华”这个前提而规定。
今日接到尊函，我才知道是一种误解；但是我现在已经不能追改我的旅程。我今希望先生见谅，因为先生能够想见，倘使我现在能到北京，我的兴趣将如何之大。如今我切实希望，这种因误解而发生的延误，将来再有弥补的机会。
附白，夏(元瑮)教授的一封信中已提及先生此信，这信先到柏林，再到日本，在最近几天我才收到。
是什么原因使得爱因斯坦“失约”，没有在中国讲学，而使中国科学界失去一次绝佳的机会呢？从爱因斯坦1922年12月22日写给蔡元培的信来看，完全是一场误会。
爱因斯坦确实十分渴望“亲眼目睹东亚文明的发源地”，在此前的12月17日写给夏元瑮的信中，他说：“北京如此之近，而予之宿愿，终不得偿，其怅怅之情，君当可想象也。”
爱因斯坦取消访华，确实是“因误解而发生的延误”，但是也不能排除这样的原因：当时中国给世界的印象是穷弱、混乱，爱因斯坦怀疑中方的履约能力，又严格遵循着“中止赴华”的旅行计划，再加上双方之间缺乏沟通，最终造成误解。
爱因斯坦与北京大学擦肩而过，令中国东道主们大失所望。
蔡元培看了这封信后，和许多学界人士一样，为失去这次绝佳的机会而十分失望。蔡元培并没有想到，这是由于双方没有签订合同，这才失去这样一次可贵的机会。作为西方人的爱因斯坦，一切以合同为准，没有合同无异于失去行动准则；而作为东方人的蔡元培往往以“信义”为重，“君子一言，驷马难追”，认为已经讲好了的事情，何须合同约束。中西文化的差异，导致中国科学界失去一次向爱因斯坦学习的机会，实在可惜。
蔡元培后来在1923年1月4日的《北京大学日刊》发表了《跋爱因斯坦来信》，并附其原信，对这件事向全校乃至全国作了解释。他在跋语中说：
(此函)颇多不可解的地方，安斯坦博士是于今年初来华，早经彼与驻德使馆约定，本没有特别加约的必要。我们合各种团体致函欢迎，是表示郑重的意思。一方面候各团体电复，发函稍迟；一方面到日本后因他的行迹无定，寄到稍迟；我们哪里会想到他还在日本候我们的消息，才定行止呢？函中说斐司德博士像是受我的全权委托，曾提出什么留华的请求云云，这是我并没有知道的事，读了很觉得诧异。但这都是以往的事，现在也不必去管他了。我们已有相对学说讲演会、研究会等组织，但愿一两年内，我国学者对于此种重要学说，竟有多少贡献，可以引起世界著名学者的注意。
他在文中提到，爱因斯坦的光临，“比什么鼎鼎大名的政治家、军事家重要几十百倍”，所以我们出了每月一千美元的酬金，没想到最后计划还是落空。
蔡元培还对师生说：“当我们在科学上有所贡献，并引起世界关注的时候，我相信爱(因)斯坦会专程前来访问的。因此大家千万不要懊丧，而应该互相勉励。”
爱因斯坦作为一个世界级的科学家，兼具博大的人文情怀，他对中国人民有一种真挚的同情。在赴日讲学的往返途中，两次经过上海，共停留了三天。爱因斯坦对上海的印象是：“极为喜欢，有许多惊异之闻见。此间理想之气候，澄清之空气，南方天空灿烂之星斗，皆使余之头脑得一难以消灭的印象。此种印象，余将永不忘之。”
他还在旅行日记中记下他的感慨，说中国人民“被残酷地虐待着，所受的待遇比牛马还不如”，因此，他认为近年发生在中国的革命事件(五四运动)是“特别可以理解的”。
爱因斯坦也一直想“将来再有弥补的机会”。由于世界政局动**，他最终未能再踏上中国的国土，但他与蔡元培结下的友谊和对中国人民的友好、同情，一直在延续。
1931年九一八事变发生，当时的国际社会表现出无奈和无所作为，而当年的11月17日，爱因斯坦在西方人士中率先公开谴责日本侵略东三省的行径，呼吁各国联合起来对日本进行经济制裁。
1932年10月，“五四运动的总司令”陈独秀在上海被捕，爱因斯坦和罗素、杜威等联名致电蒋介石呼吁释放。
1936年11月，主张抗日的沈钧儒、章乃器、邹韬奋、史良、李公朴、王造时、沙千里这“七君子”被捕入狱后，爱因斯坦等著名知识分子通电援救，向国民党当局施加道义压力。
1938年6月，爱因斯坦还和罗斯福总统的长子一同发起“援助中国委员会”，在美国两千个城镇开展援华募捐活动。直到临终，爱因斯坦说过这样的话：“20世纪是中国的世纪，因为世界必将从重新认识中国开始，而重新认识中国则必先从重新认识中国哲学开始。”
北大的“功臣”和“功狗”
在一次北大建校的周年纪念会上，曾经主政北大的傅斯年发表演讲，他说，蒋梦麟先生学问比不上蔡孑民先生，办事却比蔡先生高明；而他自己学问比不上胡适，办事却比胡适高明。他笑着批评蔡、胡两位先生：“这两位先生的办事，真不敢恭维。”听罢傅斯年上面这番善意的嘲讽，蒋梦麟笑言，“这话对极了，所以他们两位是北大的‘功臣’，我们两个人不过是北大的‘功狗’”。
这段对话见于北京大学原校长蒋梦麟的《忆孟真》(傅斯年字孟真)一文。
蒋梦麟(1886—1964)是蔡元培早期的学生，曾留美十年，师从哲学家杜威，获得了教育学博士的学位。他曾任国民政府第一任教育部长、行政院秘书长。1919年，蔡元培离开北大，蒋梦麟成为北大实际的掌管者，1930年，他正式成为北大校长，直到1945年卸任。如果把蔡元培为北大制定的“兼容并包、学术自由”的办学方针当成一座灯塔，蒋梦麟就是驾驶着北大这艘巨轮，按其指定的方向前进的一个船长或者舵手。
蔡元培在任北大校长10年半，而实际在校主持事务前后不过5年半。凡蔡元培不在校时，总是由总务长蒋梦麟代理校务。除了三次代行校长职务外，蒋梦麟长期以北大总务长的身份，将主要精力用在协助蔡元培进行北大的体制改革，成为蔡元培治理北大的得力助手。
蔡元培正式辞去校长后，由蒋梦麟接任校长，主持北大17年，是北大任校长时间最长的。在蔡元培的主导下，蒋梦麟与胡适、陈独秀等人通力合作，共同保证北大在现代大学的轨道上疾驰。在他们的主持下，“学术自由、教授治校，以及无畏地追求真理”成为北大的三项治校准则。
蔡元培入主北大，提出“兼容并包，思想自由” 的办学方针，而将蔡元培的办学思想、办学方针贯彻全校并身体力行者，乃是蒋梦麟，其后是胡适、傅斯年。
七次请辞——“不合作”主义
在任北大校长期间，蔡元培的政治态度发生了明显的变化。
这个时候，在中国推翻满清、建立共和的革命使命已经初步完成，蔡元培不再主张任何激烈的阶级斗争以及颠覆式的社会革命，转而赞成和平渐进式的改良。对于这时的国内政治纷争，蔡元培越来越不以党派的身份介入，而是选择以学者的身份发言。这表现出的是一种自由知识分子的倾向。
他的政治主张首先与孙中山为代表的国民党人有所区分，而绝非国民党人在北方的代表。
1916年蔡元培从法国返回中国，时值“一战”期间，这时中国主政的北洋段祺瑞政府欲加入协约国对德宣战。但以孙中山为首的南方革命党人担心其借口参战而乘机发展个人势力、打击异己，对参战一事坚决反对。
蔡元培并没有因为自己的党派之见而站在孙中山一方。他认为，英、美、法与德国之间的战争是“强权与扶助”“道德与不道德”的战争，中国应站在正义的协约国一方，而不应因党派间的政治斗争而意气用事。1917年3月3日，他与国民党的反对派如梁启超、张群励等人，以及其他著名学者一道发起成立了“国民外交后援会”，声援北京政府加入协约国一方，对德断交宣战。
1917年7月，张勋复辟事件之后，段祺瑞控制的北京政府拒绝恢复中华民国国会和《临时约法》，随即孙中山在广州发动护法运动。段祺瑞本人的雄心也不小，他想继承袁世凯的愿望，依靠北洋的军事力量，用武力统一中国。这时他以北洋军力与孙中山领导的西南护法运动相抗衡。
在广州护法军政府与北洋政府的对峙中，蔡元培虽然在反对军阀统治、争取民主共和的立场上，与孙中山并无二致。但此时蔡元培并不赞成孙中山诉诸武力护法，他主张南北双方通过和谈实现国家统一。
1918年10月23日，蔡元培与熊希龄、张謇、王宠惠等人发起成立“和平期成会”，以超党派面目通电全国，呼吁和平统一，减轻人民的战乱之苦。蔡元培还致信孙中山，建议其放弃政治斗争，而致力于实业和教育建设，“倘于实业、教育两方面确卓有成效，必足以博社会之信用，而立民治之基础。较之于议院占若干席、于国务院占若干员者，其成效当远胜也”。[55]
1922年5月，直系军阀吴佩孚、曹锟控制北京的中央政府，由于吴佩孚在“五四”运动期间曾表态支持学生运动，反对当时的亲日派政府，颇得当时舆论好评，一时博得了“爱国军人”“模范军人”的声誉。这时的蔡元培曾寄希望于吴佩孚等人领导中国走向统一。
1922年5月13日，由知名学者胡适起草，经蔡元培、李大钊、王宠惠、罗文干、汤尔和等16人联合签署的题为《我们的政治主张》的提议在胡适主编的《努力》周刊第二期上发表。这篇文章提出了中国政治改革的基本要求：“第一，我们要求一个‘宪政的政府’；第二，我们要求一个‘公开的政府’；第三，我们要求一种‘有计划的政治’。”这就是近代中国政治领域著名的“好人政府”主张。
蔡元培等人之所以提出“好人政府”主张，是因为在他们看来，中国的政治军阀混战、国无宁日，这全是因为好人自命清高、不愿参与政治，结果让坏人当道。主张中提出由知识分子中的“好人”组成“好人政府”，努力改变政府腐败的现实。由这些人组成“好人政府”，形成社会的重心、一点一滴地改造社会，创造出一个完美的“大我”。这样一来，不必开展打倒帝国主义和封建军阀的斗争中国就可富强起来。这种“好政府主义”体现的，实际上是自由的知识分子对于国家治理的一种美好的理想。
同时，蔡元培还反对孙中山的北伐主张，而是支持吴佩孚、曹锟提出的恢复旧国会、请黎元洪复职的倡议。这些主张激起南方国民党人如章太炎、张继等人的严厉批评。
但蔡元培也绝不是当权的北洋军阀政府的傀儡，他对北洋军阀政府的弊政进行了多次的“温和”抗争——采用的是一种典型的学人式的“不合作主义”手段。
从51岁出任北大校长到61岁最后卸任，蔡元培在任一共10年，但是，实际上在校视事的时间不足5年半，期间他曾七辞北大校长而未获允准。我们先看看这张辞职表：
1917年7月3日蔡元培第一次辞北大校长职；
1918年5月21日蔡元培第二次辞北大校长职；
1919年5月8日蔡元培第三次辞北大校长职；
1919年12月31日蔡元培第四次辞北大校长职；
1922年10月19日蔡元培第五次辞北大校长职；
1923年1月17日蔡元培第六次辞北大校长职；
1926年7月8日蔡元培第七次辞北大校长职。
而这七次辞职，各有原因：
第一次辞职是因为张勋拥宣统废帝复辟，蔡元培离开北京到了天津，提出辞去北大校长一职。不过复辟闹剧只持续了12天，蔡元培于当月23日回到了北大。
第二次辞职是因为北大学生要到北洋政府请愿反对中日一个军事协定，蔡元培劝说不成，当天请求辞职。
第三次辞职是在“五四”运动期间，学生们游行到天安门时，北洋政府出动军警，抓捕了许多北大学生。蔡元培四处奔走、呼吁，要求释放被捕学生。5月7日，被抓学生一被释放出来，蔡元培便公开通电引咎辞职。这一次，他是以辞职表示和北洋政府的“不合作”。但北洋政府坚不准辞，包括总统徐世昌在内也一再挽留，辞职不成。
第四次辞职是在1919年12月31日，北京的教职员们因为不满当时的教育部，全体停职罢教，他作为北大校长认为自己当然也应辞职。
第五次辞职的原因则是因为北大学生对讲义收费不满而闹事，即所谓的讲义风潮。蔡元培愤而辞职。最后，这次风潮由胡适在中间调停得以解决。
第六次辞职，缘于曾经在北大任教、时任财政总长的罗文干的冤案。本来，北洋政府的司法部门因查无证据将罗文干释放。不料，时任教育总长彭允彝公报私仇，在国务院会议上提案将罗文干再抓起来。蔡元培了解罗文干的人格和清白，为了抗议行政干预司法，不与违背法治的北洋政府同流合污，遂向总统和教育部提出辞职，并公开在《北京大学日刊》发表辞职声明，还写了一篇《关于不合作宣言》的文章，发表在上海《申报》。这次辞职社会反响很大，各方声援的舆论强烈，最终导致彭允彝下台。总统黎元洪则出面挽留蔡元培。蔡元培虽辞职不成，此后不再到校视事，由蒋梦麟代理北大校长职务。而由于蔡元培的德高望重，北洋政府始终没有正式免他的职。
1926年6月28日，蔡元培从欧洲回国第七次提出辞职，仍没有获准，加上北大师生和北京九个学校的恳切挽留，又没有辞成。一直到了1927年7月军阀张作霖取消北大改为京师大学校，他的校长名义才取消。
从1916年12月以来，10年间，北洋政府的总统就换了5人、临时执政1人、摄政2人，内阁总理换了30次，而蔡元培一直是北大校长。蔡元培为什么一次又一次地辞去北大校长的职务？除了上面说到的具体原因，还有一个原因，就写在他的《关于不合作宣言》这篇文章里。这篇文章的开篇引用了《易经》的话，“小人知进而不知退”。蔡元培在人格上自认不是小人而是君子，所以他知“退”。
早在1919年春天华北欧美同学会在清华开会时，有人发言说，现在政府哪个部门能离得开留学生，如果留学生都辞职，政府当得起吗？蔡元培则站起来说，在黑暗恶劣的时局面前，知识分子要懂得进退，退有时候比不进重要，所以他提出了“不合作”三个字。为了表示自己的不合作，他一次次辞职，一方面是以告退的形式维护自己的人格自尊，一方面是抗议和示范。
陈独秀曾对蔡元培的“不合作”主义不以为然，他认为这是一种消极的态度。但同一时期的胡适的看法则相反。胡适认为，不合作也同样是积极的。