为学子撑起一片天
作为师长的蔡元培对他学生的关爱是无以复加的。
1901年秋，蔡元培来到上海就任南洋公学特科总教习一职，后来的民国名人如邵力子、李叔同、黄炎培等人都是蔡元培此时的学生。在此期间，南洋公学发生了一次学潮，事件的原委是，某守旧教师在上课前发现师座上有一只墨水瓶，认为是学生有意捉弄，结果校方将一位无辜的学生开除，进而引发其他学生抗议。校监汪风藻毫不退让，将这些学生一并开除，最终导致全校大部分学生愤而退学。
特科班总教习蔡元培和其他几位老师支持学生的行动，随即辞职，并组织了“爱国学社”接收这些学生，还请章太炎、吴稚晖等新派知名学者担任学社教师。
此后，蔡元培在上海发起中国教育会，在1905年日俄战争期间，更是剪掉辫子、脱下长袍，与年轻学生一起搞军事训练。
引燃“五四”之火
“五四”运动开启了中国一个新的时代。
后来有评说“五四”运动是彻底地反对帝国主义和封建主义的爱国运动，是中国新民主主义的开端。这次运动波及中国此后的思想文化、政治发展方向、社会潮流，教育，不但对中国共产党的产生和发展起到了重要的作用，即使到今天，对中国社会亦有着不可低估之影响。
蔡元培就是最初“五四”运动的促生者。它的缘起是这样的：
第一次世界大战结束后，由于当时的北洋政府看准国际风向，加入了协约国，这时也俨然成了“战胜国”之一。1918年11月11日，德国战败的消息传到北京，一时间，中国人沉浸在欢庆中，这并不仅仅是因为所谓的“公理战胜强权”，还有一个更其重要的原因，每个国人都期盼着中国作为战胜国的一员，能由此卸掉背负了半个多世纪的被列强各国强加给中国的种种不平等条约以及屈辱。
蔡元培和千千万万的中国人一样，这时沉浸在无比的欢欣之中。为了庆贺德国投降，当时的教育部特宣布各学校在11月14日至16日放假三天。蔡元培作为北大校长，积极带领北大师生参加在北京举行的庆贺活动。
他特地向北京政府的教育部借来天安门露天讲台，组织北大教员向各界民众演讲，宣扬爱国主义。15日，蔡元培亲自登台，作了题为《黑暗与光明的消长》的讲演，他赞扬协约国的胜利是“正义”战胜“阴谋”，“平民主义”战胜“武断主义”，“大同主义”战胜“黑暗的种族偏见”。他同时还号召国内的军阀武人们顺应世界潮流，“快快抛弃了这种黑暗主义，向光明方面去呵！” 16日，蔡元培又发表了著名的《劳工神圣》演说，宣告说，“此后的世界，全是劳工的世界”。
此后，蔡元培又再次组织北大师生在中央公园(今中山公园)举行演讲大会，并且，他要求北大的学生务必全体参加。他说，国家的命运与世界的命运休戚相关、学校的命运和国家的命运休戚相关、学生的命运与学校的命运休戚相关，“向使德国竟占胜利，而军国主义横行世界，则我国之命运将如何，其影响于我校者如何，影响于诸生者如何。诸生试以数月前全体赴总统府事，比例而推想之，恐有什百倍于囊日之恐慌者”。
蔡元培还更进一步说，凡是故意不参加演讲会的学生，“此其人即不屑以世界眼光、国家观念等绳之，而第即其对于本校及本班之无情，亦必为同班诸生所不齿。……苟有规避不到者，请本班同学自检之，然后施以相当之惩戒。同班诸生，决不恕此无情之同学，而为之容隐，此本校职员所深信不疑也”！
蔡元培的这几番话把对国事的关心上升到了人格优劣的高度，而且意气慷慨溢于言表。年轻的学子们本来就热血沸腾，被他们的蔡校长这么一鼓动，一时间家国天下的政治热情就高不可遏。胡适后来在1935年的《纪念五四》一文中有言，正是由于蔡元培的**，使北大人从那天起“就走上了干涉政治的路子，蔡先生带着我们都不能脱离政治的努力了”。
接下来的政治局势发生了陡然变化，把学人们的**完全推向了另一个方向。
1919年1月18日，作为战胜国的协约各成员国美、英、法、意、日等国，开始在法国巴黎的凡尔赛宫召开处理“一战”善后问题的“巴黎和会”。中国作为协约国的一员，派顾维钧、王正廷等为外交代表与会。到了4月30日，在“巴黎和会”上，英、法、美等国置中国的利益于不顾，屈服于日本压力，竟在“巴黎和会”上决议将战败国德国原在中国山东的特权全部转让给日本。这对于包括蔡元培在内的广大中国人无疑是一个晴天霹雳，尤其是对“巴黎和会”抱有很高期望的中国知识阶层，所谓“公理战胜强权”的幻想完全被浇灭。
蔡元培是国内最先知道这一消息的人之一。5月3日，时任北京徐世昌政府外交委员会委员长的汪大燮焦急地乘马车找到蔡元培，透露说北京政府准备发出电报，密令中国代表在巴黎和约上签字，要蔡元培想想办法。得知内情的蔡元培在经过了一番焦灼的思考后，将罗家伦、傅斯年等北大学生代表请到家中，告知了此事。此时的蔡元培认为，只有借助爱国青年学生的力量，才能影响北洋政府的政策，改变国是。
从蔡元培口中听到这个消息，大家一时沸腾了。原本，北大学生们决定在“五七”国耻日进行游行，这样一来，游行马上被提前到次日，也就是5月4日，由此爆发了中国近代中上著名的“五四”运动。
“五四”运动爆发后，当时的北洋政府面临着极为尴尬的境界，一方面不得不承认学生的爱国热情，称他们“纯本天良”，另一方面又想控制学生，把运动平息下去。在发生了火烧赵家楼等事件后，军警奉令当天捕去学生代表32人。面对各地学生对政府行政机关的持续围攻，北洋政府颁布严禁抗议公告，大总统徐世昌下令镇压。
蔡元培后来曾谈到了他对于“五四”学生运动的看法，“学校当局的看法是，如果学生的行为不超出公民身份的范围，如果学生的行为怀有良好的爱国主义信念，那么学生是无可指责的。学校当局对此应正确判断，不应干预学生运动，也不应把干预学生运动看成是自己对学生的责任”。
在这一事件上，蔡元培显然是支持青年学生这一爱国运动的。
5月4日当日，北洋政府的教育部曾发了183号训令，要求身为北大校长的蔡元培“严尽管理的责”，对不遵守法纪，参加示威游行的学生“应即予开除”。蔡元培置之不理。
当晚，北大学生在北大的三院礼堂开会，商讨营救被捕学生的办法，蔡元培亲临会场，向大家表示，一定要负责把被捕的32名同学保释出来。散会后，蔡元培即拜访与北洋政府关系密切的故交孙宝琦，为了说服孙宝琦，蔡元培坐在会客室，“从下午9时左右起，一直过了12时以后不走”。
此后，蔡元培又与北京其他12所大专院校的校长在北大开会，商讨营救措施，成立了以蔡元培为首的校长团，负责与政府交涉。蔡元培当场表示：为使学生出监狱，他愿意“以一人抵罪”。随后，蔡元培率校长团到北洋政府的警察部门与警察总监吴炳湘会谈，保释被捕学生。
5月7日，蔡元培亲自率领北大的师生在汉花园的红楼前迎接被捕学生归来，并向大家讲话，表示深切的慰问。被捕学生之一的许德珩后来回忆，“当我们出狱由同学们伴同走进沙滩广场时，蔡先生那样的沉毅而慈祥，他含着眼泪强作笑容，勉励我们，安慰我们，给我们留下了极为深刻的印象”。
此时北洋政府内一些力主镇压学生运动的政客则对蔡元培恨之入骨，将蔡元培看成是学生运动的“罪魁祸首”，认为“此事为北大学生所主持，北大学生系受蔡孑民之嗾使”，准备撤除蔡元培的北大校长职务。社会上甚至传出北洋政府内有人要重金雇人刺杀蔡元培的说法。
杀君马者道旁儿
“五四”运动爆发后，担任北大校长的蔡元培不遗余力地营救被北洋政府抓走的学生。但当5月8日被捕学生全部释放回校后，蔡元培却于第二天向大总统徐世昌和教育总长傅增湘递交辞呈，次日清晨悄然出京。蔡元培留给北大师生的便条上写道：“吾倦矣！‘杀君马者道旁儿也’。‘民亦劳止，汔可小休’。吾欲小休矣。”这让各方人等都颇感诧异。
“杀君马者道旁儿”这个典故出自《风俗通》，意思是说，一匹好马跑得很快，结果围观的人，也就是“道旁儿”，不停地鼓掌喝彩，导致骑者在喝彩声中不停驱驰马匹，以至于马越跑越快，最终累死了。
蔡元培自喻为马毫无疑义，然而“道旁儿”是指谁？蔡元培后来向外界说明，他的出走只是不满当时的政府。然而从蔡元培后来的言行来看，“道旁儿”亦兼指当时的学生。那么，为什么蔡元培要把当时学生运动中的学生比作“道旁儿”，乃至于“倦矣”呢？这和蔡元培对学生运动的看法有关，他反对青年学生过分沉溺在政治浪潮中。
在“二次革命”以后，蔡元培对改造中国的理念已经渐渐地从革命转向了改良，这时的他对孙中山以“护法”为旗帜另立南方政权之举就不以为然，他的一些言行甚至一度引起了国民党内的非议。
上任北大校长后，蔡元培主张“大学学生，当以研究学术为天责，不当以大学为升官发财之阶梯”。他在给汪精卫的信函中也曾说：“在弟观察，吾人苟切实从教育着手，未尝不可使吾国转危为安。而在国外经营之教育，又似不及在国内之切实。弟之所以迟迟不进京欲不任大学校长，而卒于任之者，亦以此。”
由此可见，蔡元培提倡“教育救国”的理念，希望学生专注于学问。当然，对于学生参与政治运动，蔡元培没有持完全否定的态度，一开始，他的态度甚至是积极支持的。
但在“五四”之后，蔡元培对各地学生竞相投身爱国运动的现状甚为担忧，他反复重申：“救国之道，非止一端，根本要图，还在学术。”但由于国内外局势的压迫和不断恶化，他的话显然不入学生之耳，甚至与学生几成对立之势。
蔡元培也在各种反对势力的压力下发表辞职声明，大意为：一、我绝对不能再作那政府任命的校长；二、思想自由是世界大学的通例，我绝对不能再做不自由的大学校长；三、北京是个臭虫窠，我绝对不能再到北京的学校任校长。临走前，他留下那张字条：“吾倦矣!‘杀君马者道旁儿也’。‘民亦劳止，汔可小休’。吾欲小休矣。北京大学校长一职，已正式辞去，其他有关系之各学校、各集会，自五月九日，一切脱离关系。特此声明，惟知我者谅之。”
事隔多年后，蔡元培写的回忆文章《我在北京大学的经历》，把当年辞职的原因做了清晰的梳理：“……但被拘的虽已保释，而学生尚抱再接再厉的决心，政府亦且持不做不休的态度。都中宣传政府将明令免我职而以马其昶君任北大校长，我恐若因此增加学生对于政府的纠纷，我个人且将有运动学生保持地位之嫌疑，不可以不速去。”[56]
北京的风潮非但没有因为蔡元培的辞职而平息，反而引发了一场更大规模的“挽留蔡校长”运动，以至于教育部新任命的校长无法到校。在这种情况下，蔡元培于当年7月回北大复职。
在南下途中，蔡元培给北大学生写信，他肯定了学生们的行动，认为此举“纯出于爱国之热诚”。但在返回北大后，蔡元培开始尽可能地劝告学生应以“学术救国”为重，不可常为救国运动而牺牲。他说：
吾国人口号四万万，当此教育无能、科学无能时代，得受普通教育者，百分之几；得受纯粹科学教育者，万分之几。诸君以环境之适宜，而有受教育之机会，且有受纯粹科学之机会，所以树吾国新文化之基础；而参加于世界学术之林者，皆将有赖于诸君。诸君之责任，何等重大，今乃为参加大多数国民政治运动之故，而绝对牺牲之乎?诸君唤醒国民之任务，至矣，尽矣，无以复加矣![57]
这段话反映了蔡元培当时的矛盾心理。
确实，在“五四”之前蔡元培是支持学生运动的。在当时他认为，政府在国难面前无所作为或者不可信任，所以需要学生奋起、有所作为，正如他事后说的，“五四运动是社会的各方面酝酿出来的。政治太腐败，社会太龌龊，学生天良未泯，便不答应这种腐败的政治，龌龊的社会，蓄之已久，进发一朝，于是乎有五四运动”。[58]
但作为一校之长，蔡元培先生曾亲身经历清末到民国初的数起学生风潮，他深知其中的危害。
1922年10月25日下午4时，因北大学生讲义潮而辞职的蔡元培在回校复职后，在师生大会上发表演说：“我这一回的辞职，有多数的人都说我‘小题大做’。但是我对于十八日的暴举，实在看得很重大。……我还记得二十年前革命主义宣传最盛的时候，学生都怀着革命的思想，跃跃欲试，就在学校里面试验起来。……他的导火线都很简单，大半为记分不公平或饭菜不好等小问题，反对一个教员或一个庶务员，后来迁于全体教职员，闹到散学。……现在政治上的失望与改革的热诚，激动人的神经，又与二三十年前差不多了。学生在学校里面要试验革命的手段又有点开端了。我希望有知识的大学生，狠要细心检点。”[59]
1928年后，蔡元培开始专任中央研究院院长，基本上与民国的教育行政系统脱离直接关系，但在1931年“九一八”事变后，国民党中央政治会议决定设立“特种教育委员会”，并由蔡元培出任委员长，这使得60岁的蔡元培再次被推到了学生运动的风口浪尖。
1931年12月14日，蔡元培在国府做报告时称，国难期间，学生之爱国运动决不能荒废学业，“因爱国而牺牲学业，则损失的重大，几乎与丧失国土相等”。
蔡元培做这个报告的第二天，北方各大学南下的示威学生与南京本地学生五六百人便来到中央党部门前示威请愿，学生们群情激奋，局势几近失控。蔡元培和陈铭枢这时被派出来接见学生，但令人震惊、不可思议的事情发生了，蔡元培先生还没说上两句话，即被学生拖下殴打，陈铭枢也被学生用木棍猛击头部，当场昏厥。
时任国民党中央宣传委员会主任委员邵元冲在日记中称：当时里面正在开中央临时常会，蒋介石提出辞职，获得通过。就在此时，学生“夺门而入，逢人即殴，遇物即毁，并劫去守卫枪支，欲加放射，中央工作人员以忍不与较，受伤颇多。常会乃推蔡孑民、陈真如两君前往答复，即为暴徒攒殴，并将蔡拽去，中途始释，陈亦受伤倒地。……当时中央工作人员以自卫计，不能再忍，乃截捕暴徒十一人，……嗣右任、稚晖不予深究，乃稍加训导，遣之归去”。
一个为人尊敬的教育界元老、一个国民上将，被学生如此暴烈的行动对待，这时的蒋介石在日记中愤恨地说：“学生之横狂如此，而先辈诸书生，犹主宽柔纵容，将使全国秩序不定，陷于无政府态度矣！”他已经开始露出杀机了。
事后蔡元培对新闻界发表谈话说，他理解学生忧患国难的情绪，但对于“学风沦落”的现状深表忧虑。12月17日，事态非但未平息反而进一步扩大化，南京、北平、上海等地的学生数千人于当天举行联合大示威，再次包围国民党中央党部，并将悬于大门口的党徽、岗亭布告栏等砸毁，下午又将《中央日报》报社捣毁并放火焚烧。由此，国民政府出动大批警察及宪兵进行镇压，并在珍珠桥附近打死打伤学生30余人，逮捕近百人，史称“珍珠桥惨案”。
蔡元培并不是第一个挨学生打的国民党“中央大员”。早在9月28日，南京、上海两千多名学生到国民党中央党部请愿时，因为当时天上下着倾盆大雨，交涉又没有得到使学生们满意的结果，于是，学生们转到民国外交部，闯入部长王正廷的办公室，王正廷未及应答之时，已经被学生打了两个愤怒的耳光。事后第三天，王正廷即辞去外交部长一职。多年后王正廷回忆说：“我在外交生涯中，有一桩最得意的事，也有一桩最倒霉的事。最得意的是拒绝在巴黎和会上签字，受到全国人民的高度赞扬，自己也感到扬眉吐气。最倒霉的是‘九一八’事变后代人受过，被请愿学生打了两记耳光。”与此同时，施肇基大使也在巴黎遭到了同样的待遇，他在被学生代表打伤并受侮辱后愤而辞职，同时辞职的还有代理外交部长顾维钧。
梁漱溟曾在1940年写的《纪念蔡元培先生》一文中评价说，“蔡先生一生的成就不在学术，不在事功，而只在开出一种风气，酿成一大潮流，影响到全国，收果于后世”。梁漱溟所提到的蔡元培所开的“风气”，包含有“自由之精神、独立之人格”的意思。但在后来的蔡元培看来，“自由”过了头，动辄革命或运动，这就不是“爱国”而要“误事误国”了，这恐怕是蔡元培没有完全预料到的。