中國曆代皇帝所麵臨的一個問題是，他們必須集中權力，以確保皇權獨尊；但他們又必須適度放權，以讓臣子去處理紛繁複雜的事務。在分權與集權之間，如何做好平衡，是考量皇帝執政能力的重要標準。
雍正登基之後，培養親信大臣，打擊朋黨，整頓吏治，又在思想領域打擊異端，爭奪輿論陣地，宣傳清廷統治的合法性。在這一過程中，雍正已開始構思創設一個政治機構，這個政治機構專屬於皇帝，由皇帝任命，唯皇帝是從。這個政治機構必須效率極高，又具備保密性，但卻沒有專屬府衙，也沒有專門官吏。它既能滿足皇帝集權的需要，又能高效地處理軍政，控製思想，預防朋黨。雍正七年，帶著這個機構的藍圖，在張廷玉的輔佐下，雍正一手創設了影響清朝國運、主持清朝大政一百八十三年的軍機處。
軍機處創設後，議政王大臣會議、內閣被徹底架空，皇權一統，乾綱獨斷。軍機處的負責人軍機大臣，由皇帝挑選內閣中的滿漢大學士、各部尚書、侍郎等親信大臣擔任。雖然名義上到軍機部上班是兼職，但基本上軍機處都在軍機處辦公。而自軍機處設立後，軍國大事概由軍機處負責。用兵時，由軍機大臣決定戰略方針，皇帝批準之後，再以諭旨發往前方。前方將領的請示，經由軍機處討論，奏報皇帝批準後，再發往前方執行。至於用兵時的兵馬糧秣、山川地形、人文地理之類，概由軍機處主持策劃，這便是後世參謀本部的雛形了。
在重要案件上，軍機處能越過刑部，取得法律執行權。軍機處審理案件，一種是由軍機大臣單獨審訊，將被審者押到內務府公所或步軍統領衙門內接受審問。另一種則由軍機大臣會同刑部審訊。案件涉及的都是當朝大員，故而交給軍機大臣來處理。軍機大臣還可以推薦重要職位官吏，從六部尚書到各省督撫，乃至地方官員，由軍機大臣開列名單，交給皇帝選擇。